WikiStart: experiment.xsd

File experiment.xsd, 8.2 KB (added by pieter.lukasse@…, 7 years ago)

Experiments XSD

Line 
1<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
2<xs:schema attributeFormDefault="unqualified" elementFormDefault="qualified" xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" targetNamespace="http://schemas.nbic.nl/proteomics/experiment" xmlns:tns="http://schemas.nbic.nl/proteomics/experiment">
3  <xs:element name="Experiment">
4    <xs:complexType>
5      <xs:sequence>
6        <xs:element name="Tags" maxOccurs="1" minOccurs="0">
7          <xs:annotation>
8            <xs:documentation>the tags. A tag can be for example a condition or just some other grouping. You can use this
9             to later compare groups against each other instead of just comparing samples against each other</xs:documentation>
10          </xs:annotation>
11          <xs:complexType>
12            <xs:sequence>
13              <xs:element name="Tag" maxOccurs="unbounded" minOccurs="1">
14                <xs:complexType>
15                  <xs:sequence>
16                    <xs:element name="SampleRef" maxOccurs="unbounded" minOccurs="1">
17                      <xs:complexType>
18                        <xs:simpleContent>
19                          <xs:extension base="xs:string">
20                            <xs:attribute type="xs:string" name="ref" use="required"/>
21                            <xs:attribute type="xs:string" name="mslabelRef" use="optional"/>
22                          </xs:extension>
23                        </xs:simpleContent>
24                      </xs:complexType>
25                    </xs:element>
26                  </xs:sequence>
27                  <xs:attribute type="xs:string" name="name" use="required"/>
28                </xs:complexType>
29              </xs:element>
30            </xs:sequence>
31          </xs:complexType>
32        </xs:element>
33        <xs:element name="Comparisons" maxOccurs="1" minOccurs="0">
34          <xs:annotation>
35            <xs:documentation>This would be the 'default' comparison you're interested in, if you add more tags they can be selected in the tool configuration field
36             Can be an optional tag</xs:documentation>
37          </xs:annotation>
38          <xs:complexType>
39            <xs:sequence>
40              <xs:element name="Comparison" maxOccurs="unbounded" minOccurs="1">
41                <xs:complexType>
42                  <xs:simpleContent>
43                    <xs:extension base="xs:string">
44                      <xs:attribute type="xs:string" name="fromTag" use="required"/>
45                      <xs:attribute type="xs:string" name="toTag" use="required"/>
46                    </xs:extension>
47                  </xs:simpleContent>
48                </xs:complexType>
49              </xs:element>
50            </xs:sequence>
51          </xs:complexType>
52        </xs:element>
53        <xs:element name="MSLabels" maxOccurs="1" minOccurs="0">
54          <xs:annotation>
55            <xs:documentation>Information needed to understand (metabolic)labeling strategies</xs:documentation>
56          </xs:annotation>
57          <xs:complexType>
58            <xs:sequence>
59              <xs:element name="MSLabel" maxOccurs="unbounded" minOccurs="1">
60                <xs:complexType>
61                  <xs:simpleContent>
62                    <xs:extension base="xs:string">
63                      <xs:attribute type="xs:string" name="id" use="required"/>
64                    </xs:extension>
65                  </xs:simpleContent>
66                </xs:complexType>
67              </xs:element>
68            </xs:sequence>
69          </xs:complexType>
70        </xs:element>
71        <xs:element name="SampleReplicates" maxOccurs="1" minOccurs="0">
72          <xs:complexType>
73            <xs:sequence>
74              <xs:element name="Replicate">
75                <xs:complexType>
76                  <xs:sequence>
77                    <xs:element name="SampleRef" maxOccurs="unbounded" minOccurs="1">
78                      <xs:complexType>
79                        <xs:simpleContent>
80                          <xs:extension base="xs:string">
81                            <xs:attribute type="xs:string" name="ref" use="required"/>
82                          </xs:extension>
83                        </xs:simpleContent>
84                      </xs:complexType>
85                    </xs:element>
86                  </xs:sequence>
87                  <xs:attribute type="xs:string" name="name"  use="required"/>
88                </xs:complexType>
89              </xs:element>
90            </xs:sequence>
91          </xs:complexType>
92        </xs:element>
93        <xs:element name="Samples">
94          <xs:complexType>
95            <xs:sequence>
96              <xs:element name="Sample" maxOccurs="unbounded" minOccurs="1">
97                <xs:complexType>
98                  <xs:sequence>
99                    <xs:element name="Measurements">
100                      <xs:annotation>
101                        <xs:documentation>etc...   etc...</xs:documentation>
102                      </xs:annotation>
103                      <xs:complexType>
104                        <xs:sequence>
105                          <xs:element name="Measurement" maxOccurs="unbounded" minOccurs="1">
106                            <xs:annotation>
107                              <xs:documentation>All 40+14 measurements for S1, e.g.:  All 40+14 measurements for S2, e.g.:</xs:documentation>
108                            </xs:annotation>
109                            <xs:complexType>
110                              <xs:sequence>
111                                <xs:element name="File" maxOccurs="unbounded" minOccurs="1">
112                                  <xs:complexType>
113                                    <xs:simpleContent>
114                                      <xs:extension base="xs:string">
115                                        <xs:attribute type="xs:string" name="filePath" use="required"/>
116                                        <xs:attribute type="xs:string" name="id" use="required"/>
117                                        <xs:attribute type="xs:byte" name="order" use="optional"/>
118                                      </xs:extension>
119                                    </xs:simpleContent>
120                                  </xs:complexType>
121                                </xs:element>
122                              </xs:sequence>
123                              <xs:attribute type="xs:string" name="id" use="required"/>
124                            </xs:complexType>
125                          </xs:element>
126                        </xs:sequence>
127                      </xs:complexType>
128                    </xs:element>
129                  </xs:sequence>
130                  <xs:attribute type="xs:string" name="id" use="required"/>
131                </xs:complexType>
132              </xs:element>
133            </xs:sequence>
134          </xs:complexType>
135        </xs:element>
136        <xs:element name="MeasurementReplicates" maxOccurs="1" minOccurs="0">
137          <xs:complexType>
138            <xs:sequence>
139              <xs:element name="Replicate" maxOccurs="unbounded" minOccurs="1">
140                <xs:annotation>
141                  <xs:documentation>...  ...  ...  ...</xs:documentation>
142                </xs:annotation>
143                <xs:complexType>
144                  <xs:sequence>
145                    <xs:element name="MeasurementRef">
146                      <xs:annotation>
147                        <xs:documentation>The 40 LC-MS/MS (CID) measurements here  The  14 LC-MS/MS (ETD) measurements here  The 40 LC-MS/MS (CID) measurements here  The  14 LC-MS/MS (ETD) measurements here</xs:documentation>
148                      </xs:annotation>
149                      <xs:complexType>
150                        <xs:simpleContent>
151                          <xs:extension base="xs:string">
152                            <xs:attribute type="xs:string" name="ref" use="required"/>
153                          </xs:extension>
154                        </xs:simpleContent>
155                      </xs:complexType>
156                    </xs:element>
157                  </xs:sequence>
158                  <xs:attribute type="xs:string" name="name" use="required"/>
159                </xs:complexType>
160              </xs:element>
161            </xs:sequence>
162          </xs:complexType>
163        </xs:element>
164      </xs:sequence>
165
166    </xs:complexType>
167  </xs:element>
168</xs:schema>