Changeset 6

Show
Ignore:
Timestamp:
15-12-11 16:53:24 (2 years ago)
Author:
y.zhang@…
Message:

=1215.cpp, GFF, passion_pipeline

Location:
trunk
Files:
1 removed
4 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/compile.sh

    r2 r6  
    1 g++ ./code/PASSION0924.cpp -o PASSION -O3 -fopenmp 
     1g++ ./code/PASSION1215.cpp -o PASSION -O3 -fopenmp 
  • trunk/passion_pipeline.sh

    r3 r6  
    137137 
    138138rm $outputfolder/tmp/deletions.* 
    139 rm $outputfolder/aln*asinput*.tmp 
     139 
    140140rm $outputfolder/aln*asinput 
    141141rm $outputfolder/deletions.* 
  • trunk/userdefined_exonisland_GFF.pl

    r3 r6  
    121121  while (my $line = <USEREXONFILE>) 
    122122  { 
    123         if (!($line =~ /^track/ || $line =~ /^#/)) 
    124         { 
    125           chmod $line; 
    126           my @array=split("\t",$line); 
    127           my ($chr,$start,$end)=($array[0],$array[3],$array[4]); 
    128           $chr =~ s/chr//; 
    129           for (my $i=$start;$i<=$end;$i++) 
     123        chmod $line; 
     124    if ($line !~ /^\s*$/) 
     125        {if (!($line =~ /^track/ || $line =~ /^#/)) 
    130126          { 
    131             $hash_user_exon{$chr}{$i}=1; 
     127            my @array=split("\t",$line); 
     128            my ($chr,$start,$end)=($array[0],$array[3],$array[4]); 
     129            $chr =~ s/chr//; 
     130            for (my $i=$start;$i<=$end;$i++) 
     131            { 
     132              $hash_user_exon{$chr}{$i}=1; 
     133            } 
     134            print $chr,"\t",$start,"\t",$end,"\n"; 
    132135          } 
    133           print $chr,"\t",$start,"\t",$end,"\n"; 
    134136        } 
    135137  }