Changeset 8 for lib


Ignore:
Timestamp:
Apr 19, 2010, 7:18:26 PM (10 years ago)
Author:
maarten
Message:

removed some output bugs

Location:
lib
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • lib/Omim2Pubmed.pm

    r7 r8  
    4141                }
    4242                else {
    43                         $pubmed = "non found";
     43                        $pubmed = "";
    4444                        #carp( "omimid:" . $omim,
    4545                                #" numberref:", $ref, " value does not exist/n" );
  • lib/ProccesAllicVariants.pm

    r7 r8  
    188188
    189189                my @refs    = @$refsref;
    190                 my $counter = 0;
     190                my $counter = 1;
    191191                foreach my $ref (@refs) {
    192                         $counter = $counter + 1;
    193192                        my $auth = $ref->authors();
    194193                        if ( $auth =~ m/^$authAV/ ) {
    195194                                my $authY = $ref->location();
     195                                my $tempresult="";
    196196                                if ( $authY =~ m/$yearAV/ ) {
    197 
    198                                         $result .=
     197                                       
     198                                        $tempresult =
    199199                                          $self->{Omim2Pubmed}->getpubmed( $numb, $counter );
     200                                          if ($tempresult ne ""){
     201                                                print($counter." ".$numb."\n");
     202                                                $result.=$tempresult;
     203                                          }else{
     204                                                $result.=$authAV."(".$yearAV.") ".$ref->location();
     205                                               
     206                                          }
    200207                                }
    201208                        }
     209                        $counter = $counter + 1;
    202210                }
    203211        }
     
    269277sub formatInDelMutation{
    270278                my $mutation = shift;
    271                 print("'".$mutation."'");
     279#               print("'".$mutation."'");
    272280                my $formatMutation="";
    273281                if  ( $mutation =~ /^1-BP\s*?(DEL)\,\s*?(\d{1,5})([A-Z])/i ) {
     
    283291                }elsif($mutation =~ /^(\d{1,5})([A-Z]*?)\s*?(DEL)/i){
    284292                        $formatMutation=$1.lc($3).$2;
    285                 }else{
     293                }elsif($mutation =~/(INT(\d{0,3})-(\d{0,3}) (DEL))/i){
     294               
     295                        $formatMutation="IVS".$2."+?_IVS".$3."+?".lc($4);
     296                        $mutation =~ s/INT\d{0,3}-\d{0,3} DEL//;
     297                        if(length($mutation)>5){
     298                                $formatMutation.=",".formatInDelMutation($mutation);
     299                        }
     300                }
     301                else{
    286302                        $formatMutation=$mutation;
    287303                }
     
    300316                $year     = $authAndYear[ $i + 1 ];
    301317                $pubmedid = $self->getPubmedID( $refsref, $author, $year, $numb );
    302                 $result .= "{PMID" . $pubmedid . ": " . $author . " (" . $year . ")}";
     318                $result .= "{PMID" . $pubmedid . ":" . $author . " (" . $year . ")}";
    303319        }
    304320
     
    308324sub proccesAllicVariants {
    309325        my ( $self, $avsref, $refsref, $numb ) = @_;
    310 
    311326        my @avs    = @$avsref;
    312327        my $result = "";
    313328        foreach my $av (@avs) {
    314329#print($av->number() . "\t");
     330if ($av->title() ne "REMOVED FROM DATABASE"){
    315331                my $mutation        = getMutation( $av );
    316332               
     
    319335                my $articles =
    320336                  $self->createAuthorsOutput( $refsref, $authorsAndYears, $numb );
    321                  
     337       
    322338                #lool up allelic variant in dbsnp and return accesionnumber 
    323339                my $dbsnp = $self->{Omim2DBsnp}->getdbsnp( $numb, $av->number() );
    324340                               
    325341                #print(Dumper($authorsAndYears));
    326                
    327342               
    328343                my $desc = $av->description();
     
    361376                          . $nucleotidemutation . "\n";
    362377                }
    363 
     378}
    364379        }
    365380
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.