Ignore:
Timestamp:
Jul 1, 2010, 4:42:47 PM (10 years ago)
Author:
maarten
Message:

feature ok version

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • lib/ProccesAllicVariants.pm

    r11 r12  
    9393#
    9494#       }
     95        if ( length($mutation) > 0 ) {
     96                $mutation="p.".$mutation;
     97        }
    9598        return ($mutation);
    9699
     
    362365        return ($result);
    363366}
     367sub formatdnamutation{
     368        my ($dnaUnformated) = shift;
     369        if($dnaUnformated=~/c\.(.*)/){
     370                $dnaUnformated=$1;
     371        }
     372        my $formated="";
     373                if ( $dnaUnformated =~ /^\s?(IVS\d{1,5})\w{0,5},\s?([\w\-]{3})\s?,\s?([+\-\d]{2,9})\s?$/ ) {
     374                        my $substition=$2;
     375                        $substition =~ tr/-/>/;
     376                        $formated=$1.$3.$substition;
     377        }elsif( $dnaUnformated =~ /^\s?(\d{1,4})-BP (DEL|INS), [A-z]*(\d{1,5})([ACTG]{0,10})\s?$/ ){
     378                my $amount=$1;
     379                my $event=lc($2);
     380                my $position=$3;
     381                my $sequence=$4;
     382                my $postion2="";
     383                if ($event eq "del"){
     384                         $postion2=($position+1)-$amount;
     385                }else{
     386                        $postion2=($position+1);
     387                }
     388                $formated=$position."_".$postion2.$event.$sequence;
     389       
     390       
     391        }else{
     392                $formated=$dnaUnformated;
     393        }
     394        if (length($formated)>0){
     395                $formated="c.".$formated;
     396        }
     397        return($formated);
     398}
     399
    364400
    365401sub fomatYears {
     
    417453          }
    418454        }
     455        if (length($formated)>0){
     456                $formated="c.".$formated;
     457        }
    419458        return ($formated);
    420459}
     
    597636                  . "aa mutation". "\t"
    598637                  . "dna mutation"."\t"
     638                 . "formated dna mutation"."\t"
    599639                  . "DBsnp" . "\t"
    600640                  . "references" . "\t"
     
    632672                        my $aamutation=getAAMutation($av);
    633673                        my $dnamutation=getDNAMutation($av);
     674                        my $formateddnamutation=formatdnamutation($dnamutation);
    634675                        my $authorsAndYears = getAuthor( $av->description() );
    635676                        $authorsAndYears = formatAuthors($authorsAndYears);
     
    653694                          . $aamutation . "\t"
    654695                          . $dnamutation."\t"
     696                        . $formateddnamutation."\t"
    655697                          . $dbsnp . "\t"
    656698                          . $articles . "\t"
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.