source: lib/Omim2dbsnp.pm @ 13

Last change on this file since 13 was 11, checked in by maarten, 10 years ago

fixed latest requests

  • Property svn:mime-type set to text/plain
File size: 1.3 KB
Line 
1        package Omim2dbsnp;
2        use strict;
3        use warnings;
4        use Carp;
5        ##################################################
6        ## the object constructor (simplistic version)  ##
7        ##################################################
8        sub new {
9                my $self = {};
10                $self->{O2P} = {};
11
12                bless($self);    # but see below
13                return $self;
14        }
15
16        ##############################################
17        ## methods to access per-object data        ##
18        ##                                          ##
19        ## With args, they set the value.  Without  ##
20        ## any, they only retrieve it/them.         ##
21        ##############################################
22
23        sub loadCrossReference {
24                my ( $self, $filename ) = @_;
25                open( FILE, "<" . $filename ) or die $!;
26                #print($filename);
27                while (<FILE>) {
28                        my ( $omim, $ref, $pubmed ) = split( /\t/, $_ );
29                        $pubmed =~ s/\s+$//;
30                       
31                        $self->{O2P}{$omim}{$ref} = $pubmed;
32
33                }
34               
35                return ("size of hash:  .\n");
36        }
37
38        sub getdbsnp{
39               
40                my ( $self, $omim, $av ) = @_;
41               
42                my $dbsnp = "";
43                ## clean the omim and ref, so it contains only \d
44                if($omim=~ /(\d{6})/){
45                        $omim=$1;
46                }
47                if($av=~/(\d{4})/){
48                        $av=$1;
49                }
50       
51                if ( exists( $self->{O2P}->{$omim}->{$av} ) ) {
52                        $dbsnp = $self->{O2P}->{$omim}->{$av};
53                }
54#               
55       
56
57                return ($dbsnp);
58        }
59
60        1;    # so the require or use succeeds
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.