source: lib/Omim2Pubmed.pm @ 7

Last change on this file since 7 was 7, checked in by maarten, 10 years ago

added rewriting of insertions and deletions

File size: 1.2 KB
Line 
1        package Omim2Pubmed;
2        use strict;
3        use warnings;
4        use Carp;
5        ##################################################
6        ## the object constructor (simplistic version)  ##
7        ##################################################
8        sub new {
9                my $self = {};
10                $self->{O2P} = {};
11
12                bless($self);    # but see below
13                return $self;
14        }
15
16        ##############################################
17        ## methods to access per-object data        ##
18        ##                                          ##
19        ## With args, they set the value.  Without  ##
20        ## any, they only retrieve it/them.         ##
21        ##############################################
22
23        sub loadpubmed_cited {
24                my ( $self, $filename ) = @_;
25                open( FILE, "<" . $filename ) or die $!;
26                #print($filename);
27                while (<FILE>) {
28                        my ( $omim, $ref, $pubmed ) = split( /\t/, $_ );
29                        $pubmed =~ s/\s+$//;
30                        $self->{O2P}{$omim}{$ref} = $pubmed;
31
32                }
33                return ("size of hash:  .\n");
34        }
35
36        sub getpubmed {
37                my ( $self, $omim, $ref ) = @_;
38                my $pubmed = "";
39                if ( exists( $self->{O2P}->{$omim}->{$ref} ) ) {
40                        $pubmed = $self->{O2P}->{$omim}->{$ref};
41                }
42                else {
43                        $pubmed = "non found";
44                        #carp( "omimid:" . $omim,
45                                #" numberref:", $ref, " value does not exist/n" );
46                }
47
48                return ($pubmed);
49        }
50
51        1;    # so the require or use succeeds
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.