source: lib/MyHandler.pm @ 7

Last change on this file since 7 was 1, checked in by maarten, 11 years ago

initial import

File size: 1.6 KB
Line 
1    package MyHandler;
2  use Data::Dumper;
3
4  my $isseqvar=0;
5  my $isoriginal=0;
6  my $isvariation=0;
7  my $isposition=0;
8
9    sub new {
10        my $type = shift;
11        return bless {}, $type;
12    }
13
14    sub start_element {
15        my ($self, $element) = @_;
16
17        #print "Starting element $element->{Name}\n";
18        #print ($isseqvar."\n");
19         # print(Dumper($element->{Attributes}));
20          if ($isseqvar==1){
21          #  print(Dumper($element->{Attributes}));
22            if($element->{Name} eq "position"){
23                     
24                print($element->{Attributes}->{'{}position'}->{'Value'}."\n");
25            }
26            if($element->{Name} eq "variation"){
27                      $isvariation=1;
28            }
29            if($element->{Name} eq "original"){
30                      $isoriginal=1;
31            }
32            if($element->{Name} eq "position"){
33                      $isposition=1;
34            }
35        }
36        if($element->{Name} eq "feature"){
37          my $thing=$element->{Attributes};
38          if( $thing->{'{}type'}->{'Value'} eq 'sequence variant'){
39            $isseqvar=1;
40          }
41        }
42      if($element->{Name} eq "dbReference"){
43          if($element->{Attributes}->{'{}type'}->{Value} eq "MIM"){
44          print($element->{Attributes}->{'{}id'}->{Value}."\n");
45          }
46        }
47
48
49}
50    sub end_element {
51        my ($self, $element) = @_;
52       
53        #print "Ending element $element->{Name}\n";
54        if($element->{Name} eq "feature"){
55       
56        $isseqvar=0;
57        }
58}
59
60    sub characters {
61        my ($self, $characters) = @_;
62    if ($isseqvar==1){
63        #print "characters: $characters->{Data}\n";
64
65                     
66    if($isvariation==1){
67      print "Variation: $characters->{Data}\n";
68      $isvariation=0;
69    }
70       if($isoriginal==1){
71      print "Original: $characters->{Data}\n";
72      $isoriginal=0;
73    }
74    }
75}
76
77    1;
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.