Changeset 132


Ignore:
Timestamp:
May 17, 2011, 2:08:45 PM (6 years ago)
Author:
tjeerd@…
Message:

#37 resolved with this commit

Location:
nugoctdwebapp/src/java/ctd/services
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • nugoctdwebapp/src/java/ctd/services/getStudies.java

    r129 r132  
    5050            throw new Exception403Forbidden();
    5151        }
    52         //Logger.getLogger(getTicket.class.getName()).log(Level.INFO, "getStudies(): strSessionToken is valid: "+strSessionToken);
     52
     53        LinkedList lstGetAssays = objGSCFService.callGSCF2(getSessionToken(),"getAssays",null);
     54
     55        String strStudyCall = "";
     56        for(int i = 0; i < lstGetAssays.size(); i++){
     57            HashMap<String, String> mapTokens = (HashMap<String, String>) lstGetAssays.get(i);
     58
     59            if(!strStudyCall.equals("")) strStudyCall += "&studyToken=";
     60            strStudyCall += mapTokens.get("parentStudyToken");
     61        }
     62
     63        HashMap<String, String> objParam = new HashMap();
     64        objParam.put("studyToken",strStudyCall);
     65        LinkedList lstGetStudies = objGSCFService.callGSCF2(getSessionToken(),"getStudies",objParam);
     66
     67        String[] arrOptions = new String[lstGetAssays.size()];
     68        for(int i = 0; i < lstGetStudies.size(); i++){
     69            HashMap<String, String> map = (HashMap<String, String>) lstGetStudies.get(i);
     70            String strCode = " ("+map.get("code")+")";
     71            if(map.get("code")==null) {
     72                strCode = "";
     73            }
     74            arrOptions[i] = map.get("title").toLowerCase()+"!!SEP!!<option value="+map.get("studyToken")+">"+map.get("title")+strCode+"</option>";
     75        }
     76       
     77        Arrays.sort(arrOptions);
    5378
    5479        strReturn = "<option value='none'>Select a study...</option>";
    55         objGSCFService = new GscfService();
    56         strGSCFRespons = objGSCFService.callGSCF(getSessionToken(),"getStudies",null);
    57         String[] strGSCFRespons2 = objGSCFService.callGSCF(getSessionToken(),"getAssays",null);
    58 
    59         //Logger.getLogger(getStudies.class.getName()).log(Level.SEVERE, "getSt:\nCODE: "+strGSCFRespons[0]+"\n"+strGSCFRespons[1]+"\n-----\nCODE: "+strGSCFRespons2[0]+"\n"+strGSCFRespons2[1]);
    60         //LinkedList lstStudies = new LinkedList();
    61         LinkedList lstGSCFResponse = new LinkedList();
    62         LinkedList lstGSCFResponse2 = new LinkedList();
    63 
    64         ObjectTransformer trans = null;
    65         try {
    66             trans = ObjectTransformerFactory.getInstance().getImplementation();
    67         } catch (NoImplementationException ex) {
    68             Logger.getLogger(getTicket.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
    69         }
    70         try {
    71             lstGSCFResponse = (LinkedList) trans.deserializeFromJsonString(strGSCFRespons[1]);
    72             lstGSCFResponse2 = (LinkedList) trans.deserializeFromJsonString(strGSCFRespons2[1]);
    73         } catch (DeserializerException ex) {
    74             Logger.getLogger(getStudies.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
    75         }
    76 
    77         LinkedList<String> lstParentTokens = new LinkedList();
    78         for(int i = 0; i < lstGSCFResponse2.size(); i++){
    79             HashMap<String, String> mapTokens = (HashMap<String, String>) lstGSCFResponse2.get(i);
    80             lstParentTokens.add(mapTokens.get("parentStudyToken"));
    81             //Logger.getLogger(getStudies.class.getName()).log(Level.SEVERE, "parSt: "+mapTokens.get("parentStudyToken"));
    82         }
    83 
    84         String[] arrOptions = new String[lstGSCFResponse.size()];
    85         for(int i = 0; i < lstGSCFResponse.size(); i++){
    86             HashMap<String, String> map = (HashMap<String, String>) lstGSCFResponse.get(i);
    87             if(lstParentTokens.contains(map.get("studyToken"))) {
    88                 String strCode = " ("+map.get("code")+")";
    89                 if(map.get("code")==null) {
    90                     strCode = "";
    91                 }
    92                 arrOptions[i] = map.get("title").toLowerCase()+"!!SEP!!<option value="+map.get("studyToken")+">"+map.get("title")+strCode+"</option>";
    93             } else {
    94                 arrOptions[i] = "";
    95                 //Logger.getLogger(getStudies.class.getName()).log(Level.SEVERE, "some are more equal: "+map.get("studyToken"));
    96             }
    97         }
    98         Arrays.sort(arrOptions);
    99         for(int i = 0; i < lstGSCFResponse.size(); i++){
     80        for(int i = 0; i < arrOptions.length; i++){
    10081            if(arrOptions[i].contains("!!SEP!!")) {
    10182                String[] arrSplit = arrOptions[i].split("!!SEP!!");
  • nugoctdwebapp/src/java/ctd/services/internal/GscfService.java

    r129 r132  
    4040    *              making or processing the REST call to GSCF this exception is thrown
    4141    */
     42    @Deprecated
    4243    public String[] callGSCF(String sessionToken, String restMethod, HashMap<String, String> restParams) throws Exception500InternalServerError {
    4344        String[] strRet = new String[2];
     
    7879                    strRet[1] +=strLine+"\n";
    7980                }
     81                rd.close();
    8082            }
    8183            connection.disconnect();
     
    8789        return strRet;
    8890    }
     91
     92    public LinkedList callGSCF2(String sessionToken, String restMethod, HashMap<String, String> restParams) {
     93
     94        String[] strRet = new String[2];
     95
     96        try {
     97            strRet = this.callGSCF(sessionToken, restMethod, restParams);
     98        } catch (Exception500InternalServerError e) {
     99            StackTraceElement[] arrStackTr = Thread.currentThread().getStackTrace();
     100            Logger.getLogger(getTicket.class.getName()).log(Level.SEVERE, "callGSCF2 ERROR ("+arrStackTr[2].toString()+"): "+e.getError());
     101        }
     102
     103        LinkedList objJSON = null;
     104         try {
     105            ObjectTransformer trans = ObjectTransformerFactory.getInstance().getImplementation();
     106            objJSON = (LinkedList) trans.deserializeFromJsonString(strRet[1]);
     107        } catch (Exception e) {
     108            Logger.getLogger(getTicket.class.getName()).log(Level.SEVERE, "callGSCF2 ERROR (JSON): "+e.getLocalizedMessage());
     109        }
     110
     111        return objJSON;
     112
     113    }
     114
     115
    89116    /**
    90117     * Base URL of GSCF Rest Controller/API
  • nugoctdwebapp/src/java/ctd/services/internal/Overview.java

    r126 r132  
    4242            Logger.getLogger(getTicket.class.getName()).log(Level.SEVERE, "OVERVIEW ERROR (isUser): "+e.getError());
    4343        }
    44         //Logger.getLogger(getTicket.class.getName()).log(Level.SEVERE, "isUser Response: "+strGSCFRespons[1]+" "+objGSCFService.isUser(strGSCFRespons[1]));
     44
    4545        if(!objGSCFService.isUser(strGSCFRespons[1])) {
    4646            String urlAuthRemote = objGSCFService.urlAuthRemote(getSessionToken(), res.getString("ctd.moduleURL")+"/index.jsp?p=overview");
     
    5858        strOffset = "";
    5959
    60         String strGSCFRespons2[] = new String[2];
    6160
    62         // Get all studies a user has access to
    63         try {
    64             strGSCFRespons = objGSCFService.callGSCF(getSessionToken(),"getStudies",null);
    65             strGSCFRespons2 = objGSCFService.callGSCF(getSessionToken(),"getAssays",null);
    66         } catch (Exception500InternalServerError e) {
    67             Logger.getLogger(getTicket.class.getName()).log(Level.SEVERE, "OVERVIEW ERROR (getStudies): "+e.getError());
    68         }
    69         ObjectTransformer trans = null;
    70         LinkedList objJSON = null;
     61        LinkedList lstGetAssays = objGSCFService.callGSCF2(getSessionToken(),"getAssays",null);
    7162        String strStudyQuery = "";
    72         Map mapStudyNames = new HashMap();
    73         //Logger.getLogger(getTicket.class.getName()).log(Level.SEVERE, "OVERVIEW RESPONSE "+strGSCFRespons[1]);
    74         try {
    75             trans = ObjectTransformerFactory.getInstance().getImplementation();
    76             objJSON = (LinkedList) trans.deserializeFromJsonString(strGSCFRespons[1]);
    77         } catch (Exception e) {
    78             Logger.getLogger(getTicket.class.getName()).log(Level.SEVERE, "OVERVIEW ERROR (JSON): "+e.getLocalizedMessage());
    79         }
    80        
    81         for(int i=0; i<objJSON.size(); i++) {
    82             HashMap<String, String> objMap = (HashMap) objJSON.get(i);
     63        String strStudyCall = "";
     64        Map mapAssayNames = new HashMap();
     65               
     66        for(int i=0; i<lstGetAssays.size(); i++) {
     67            HashMap<String, String> objMap = (HashMap) lstGetAssays.get(i);
     68           
    8369            if(!strStudyQuery.equals("")) strStudyQuery += ",";
    84             strStudyQuery += "'"+objMap.get("studyToken")+"'";
    85             //Logger.getLogger(getTicket.class.getName()).log(Level.SEVERE, "EntrySET: "+objMap.entrySet().toString());
    86             mapStudyNames.put(objMap.get("studyToken"), objMap.get("title"));
    87             //Logger.getLogger(getTicket.class.getName()).log(Level.SEVERE, "ADDED TO MAP: "+objMap.get("studyToken")+" "+objMap.get("title"));
     70            strStudyQuery += "'"+objMap.get("parentStudyToken")+"'";
     71
     72            if(!strStudyCall.equals("")) strStudyCall += "&studyToken=";
     73            strStudyCall += objMap.get("parentStudyToken");
     74
     75            mapAssayNames.put(objMap.get("externalAssayID"), objMap.get("name"));
    8876        }
    8977
    90         trans = null;
    91         objJSON = null;
    92         Map mapAssayNames = new HashMap();
    93         //Logger.getLogger(getTicket.class.getName()).log(Level.SEVERE, "OVERVIEW RESPONSE "+strGSCFRespons[1]);
    94         try {
    95             trans = ObjectTransformerFactory.getInstance().getImplementation();
    96             objJSON = (LinkedList) trans.deserializeFromJsonString(strGSCFRespons2[1]);
    97         } catch (Exception e) {
    98             Logger.getLogger(getTicket.class.getName()).log(Level.SEVERE, "OVERVIEW ERROR (JSON): "+e.getLocalizedMessage());
     78        HashMap<String, String> objParam = new HashMap();
     79        objParam.put("studyToken",strStudyCall);
     80        LinkedList lstGetStudies = objGSCFService.callGSCF2(getSessionToken(),"getStudies",objParam);
     81
     82        Map mapStudyNames = new HashMap();
     83        for(int i=0; i<lstGetStudies.size(); i++) {
     84            HashMap<String, String> objMap = (HashMap) lstGetStudies.get(i);
     85            mapStudyNames.put(objMap.get("studyToken"), objMap.get("title"));
    9986        }
    100        
    101         for(int i=0; i<objJSON.size(); i++) {
    102             HashMap<String, String> objMap = (HashMap) objJSON.get(i);
    103             //Logger.getLogger(getTicket.class.getName()).log(Level.SEVERE, "EntrySET: "+objMap.entrySet().toString());
    104             mapAssayNames.put(objMap.get("externalAssayID"), objMap.get("name"));
    105             //Logger.getLogger(getTicket.class.getName()).log(Level.SEVERE, "ADDED TO MAP: "+objMap.get("studyToken")+" "+objMap.get("title"));
    106         }
    107  
     87
    10888        if(!strStudyQuery.equals("")) strStudyQuery = " WHERE a.study_token IN(" + strStudyQuery + ") ";
    10989
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.