Changeset 9

Show
Ignore:
Timestamp:
07-10-11 13:49:24 (3 years ago)
Author:
r.w.w.brouwer@…
Message:

Added narwhal.sh controle script

Location:
trunk/narwhal/bin
Files:
1 added
1 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/narwhal/bin/run_tools.sh

    r8 r9  
    1414    echo $1 
    1515    echo " 
    16 Usage: workflow.sh -j [maxjobs] -p [profile] RUNFOLDER 
     16Usage: run_tools.sh -j [maxjobs] RUNFOLDER 
     17 
    1718 
    1819 
     
    3132MAXJOBS=8                                       # run at most 8 parallel processes 
    3233RUNFOLDER=""                                    # the run folder to write the results in  
     34mismatches=0 
    3335 
    3436echo "`date` Started" 
     
    3739# PARSE THE OPTIONS 
    3840# 
    39 while getopts 'j:' opt; do 
     41while getopts 'j:m:' opt; do 
    4042    case $opt in 
    4143        'j') 
    4244            MAXJOBS=$OPTARG 
    4345            ;;  
    44         'p') 
    45             profile=$OPTARG 
     46        'm') 
     47            mismatches=$OPTARG 
    4648            ;; 
    4749    esac 
     
    100102if [[ -f $optfile ]] && [[ $(wc -l $optfile) > 0 ]] ; then 
    101103        echo "`date` Indexing multiplexed FastQ files from ${optfile}" 
    102         parallel -a $optfile --colsep ';' -j $MAXJOBS demultiplex index -f {1}  -i {2} -b {3} -s {4} -c {5}  
     104        parallel -a $optfile --colsep ';' -j $MAXJOBS demultiplex index -f {1}  -i {2} -b {3} -s {4} -c {5} -m $mismatches 
    103105fi 
    104106