Changeset 55


Ignore:
Timestamp:
Aug 11, 2010, 4:13:11 PM (10 years ago)
Author:
j@…
bzr:base-revision:
j@dannynavarro.net-20100811081220-c0v3sed9b6pm51cc
bzr:committer:
Danny Navarro <j@dannynavarro.net>
bzr:file-ids:

mzcms/parsers.py parsers.py-20100806092910-g1sxvv1o5b9umkof-1
bzr:mapping-version:
v4
bzr:repository-uuid:
724254b2-fbe6-419d-9466-c04ef4c9d29d
bzr:revision-id:
j@dannynavarro.net-20100811081721-bl1459g8nbhl4e67
bzr:revno:
55
bzr:revprop:branch-nick:
trunk
bzr:root:
trunk
bzr:timestamp:
2010-08-11 10:17:21.289999962 +0200
bzr:user-agent:
bzr2.1.2+bzr-svn1.0.3
svn:original-date:
2010-08-11T08:17:21.290000Z
Message:

Better variable naming to update data folders

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/mzcms/parsers.py

    r54 r55  
    283283                    ser_proteins, ser_peptides, \
    284284                    ser_spectra, ser_psms = dat_parser.parse(dat_file)
    285                     for k, v in ser_proteins.items():
    286                         if k not in proteins:
    287                             proteins[str(k)] = v
     285                    for prot_id, prot in ser_proteins.items():
     286                        if prot_id not in proteins:
     287                            proteins[str(prot_id)] = prot
    288288                    transaction.savepoint()
    289                     for k, v in ser_peptides.items():
    290                         if not k in peptides:
    291                             peptides[str(k)] = v
     289                    for pep_id, pep in ser_peptides.items():
     290                        if not pep_id in peptides:
     291                            peptides[str(pep_id)] = pep
    292292                    transaction.savepoint()
    293                     for k, v in ser_spectra.items():
    294                         if k not in spectra:
    295                             spectra[str(k)] = v
     293                    for spec_id, spec in ser_spectra.items():
     294                        if spec_id not in spectra:
     295                            spectra[str(spec_id)] = spec
    296296                    transaction.savepoint()
    297                     for k, v in ser_psms.items():
    298                         if k not in psms:
    299                             psms[str(k)] = v
     297                    for psm_id, psm in ser_psms.items():
     298                        if psm not in psms:
     299                            psms[str(psm_id)] = psm
    300300                    transaction.savepoint()
    301301
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.