Changeset 45


Ignore:
Timestamp:
Aug 11, 2010, 4:10:19 PM (10 years ago)
Author:
j@…
bzr:base-revision:
j@dannynavarro.net-20100809141712-f1elceltr5n95752
bzr:committer:
Danny Navarro <j@dannynavarro.net>
bzr:file-ids:

mzcms/models.py models.py-20100730084238-fjjwldiefr0w07zv-4
mzcms/parsers.py parsers.py-20100806092910-g1sxvv1o5b9umkof-1
bzr:mapping-version:
v4
bzr:repository-uuid:
724254b2-fbe6-419d-9466-c04ef4c9d29d
bzr:revision-id:
j@dannynavarro.net-20100809152143-wupx7dm9da51912j
bzr:revno:
45
bzr:revprop:branch-nick:
trunk
bzr:root:
trunk
bzr:timestamp:
2010-08-09 17:21:43.714999914 +0200
bzr:user-agent:
bzr2.1.2+bzr-svn1.0.3
svn:original-date:
2010-08-09T15:21:43.715000Z
Message:

Parsing spectra sucessfully

Location:
trunk/mzcms
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/mzcms/models.py

    r44 r45  
    4848    def __init__(self, scan, run, peaks, prec_mz, prec_charge):
    4949        self.scan = int(scan)
    50         self.run = str(scan)
     50        self.run = str(run)
    5151        self.peaks = tuple(peaks)
    5252        self.prec_mz = float(prec_mz)
  • trunk/mzcms/parsers.py

    r44 r45  
    1111from collections import defaultdict
    1212from collections import namedtuple
     13from itertools import izip
    1314
    1415SEPARATOR = '--gc0p4Jq0M2Yt08jU534c0p'
     
    4647    """
    4748    def __init__(self,
     49                 protein_factory,
     50                 peptide_factory,
     51                 spectrum_factory,
     52                 psm_factory,
    4853                 scan_str=r'FinneganScanNumber%3a%20(\d+)%20',
    4954                 rawfn_str=r'RawFile%3a%20(.+raw)',
     
    5156                 contaminant_str=r'^IPI:CON_:IPI',
    5257                 # XXX: Fix default factories
    53                  protein_factory=dict,
    54                  peptide_factory=dict,
    55                  spectrum_factory=dict,
    56                  psm_factory=dict
    5758                 ):
    5859        self.scan_regex = re.compile(scan_str)
     
    6263        self.non_target_regexes = (contaminant_regex, decoy_regex)
    6364        self.rawfn_regex = re.compile(rawfn_str)
     65        self.protein_factory = protein_factory
     66        self.peptide_factory = protein_factory
     67        self.spectrum_factory=spectrum_factory
     68        self.psm_factory=psm_factory
    6469
    6570    def _parse_spectra_fn(self, dat_file):
     
    168173        nativeid_psms = self._parse_psms(dat_file)
    169174        extraspec = self._parse_extraspec(dat_file)
    170         #for native_id, psms in nativeid_psms.items():
    171         #    for psm in psms:
    172         #        psm['#SpectraFile'] = pkl_fn
    173         #        psm['FragMode'] = frag_mode
    174         #        psm.update(nativeid_spectra[native_id])
    175         #        yield psm
    176         #return proteins, peptides, spectra, psms
     175        spectra = dict()
     176        for summ, extra in izip(summspec, extraspec):
     177            spectrum = self.spectrum_factory(prec_mz=summ[0],
     178                                             prec_charge=summ[1],
     179                                             run=extra[0],
     180                                             scan=extra[1],
     181                                             peaks="TBI")
     182            spectra[(spectrum.scan, spectrum.run)] = spectrum
     183        import ipdb; ipdb.set_trace()
     184        return proteins, peptides, spectra, psms
    177185
    178186def get_prot_ids(accs):
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.