Changeset 44


Ignore:
Timestamp:
Aug 11, 2010, 4:09:59 PM (10 years ago)
Author:
j@…
bzr:base-revision:
j@dannynavarro.net-20100809140009-s4lr753fe9u4cqvu
bzr:committer:
Danny Navarro <j@dannynavarro.net>
bzr:file-ids:

mzcms/models.py models.py-20100730084238-fjjwldiefr0w07zv-4
mzcms/parsers.py parsers.py-20100806092910-g1sxvv1o5b9umkof-1
bzr:mapping-version:
v4
bzr:repository-uuid:
724254b2-fbe6-419d-9466-c04ef4c9d29d
bzr:revision-id:
j@dannynavarro.net-20100809141712-f1elceltr5n95752
bzr:revno:
44
bzr:revprop:branch-nick:
trunk
bzr:root:
trunk
bzr:timestamp:
2010-08-09 16:17:12.680999994 +0200
bzr:user-agent:
bzr2.1.2+bzr-svn1.0.3
svn:original-date:
2010-08-09T14:17:12.681000Z
Message:

Added support for protein, peptide... factories while isntantiating parser

Location:
trunk/mzcms
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/mzcms/models.py

    r34 r44  
    7272def appmaker(zodb_root):
    7373    if not 'app_root' in zodb_root:
    74         folders = parse_dats('./dats', proteins_factory=Proteins,
     74        folders = parse_dats('./dats',
     75                             proteins_factory=Proteins,
    7576                             peptides_factory=Peptides,
    7677                             spectra_factory=Spectra,
    7778                             psms_factory=Psms,
     79                             protein_factory=Protein,
     80                             peptide_factory=Peptide,
     81                             spectrum_factory=Spectrum,
     82                             psm_factory=Psm,
    7883                             )
    7984        app_root = Experiment(folders)
  • trunk/mzcms/parsers.py

    r43 r44  
    4949                 rawfn_str=r'RawFile%3a%20(.+raw)',
    5050                 decoy_str=r'^IPI:REV_:IPI',
    51                  contaminant_str=r'^IPI:CON_:IPI'
     51                 contaminant_str=r'^IPI:CON_:IPI',
     52                 # XXX: Fix default factories
     53                 protein_factory=dict,
     54                 peptide_factory=dict,
     55                 spectrum_factory=dict,
     56                 psm_factory=dict
    5257                 ):
    5358        self.scan_regex = re.compile(scan_str)
     
    169174        #        psm.update(nativeid_spectra[native_id])
    170175        #        yield psm
    171         pass
     176        #return proteins, peptides, spectra, psms
    172177
    173178def get_prot_ids(accs):
     
    214219
    215220def parse_dats(dats_dir, proteins_factory=dict, peptides_factory=dict,
    216                spectra_factory=dict, psms_factory=dict):
     221               spectra_factory=dict, psms_factory=dict,
     222               protein_factory=dict, peptide_factory=dict,
     223               spectrum_factory=dict, psm_factory=dict):
    217224    """Parses all the dat files in dats_dir
    218225    """
     
    221228    spectra = spectra_factory()
    222229    psms = psms_factory()
    223     dat_parser = DatParser()
     230    dat_parser = DatParser(protein_factory=protein_factory,
     231                           peptide_factory=peptide_factory,
     232                           spectrum_factory=spectrum_factory,
     233                           psm_factory=psm_factory)
    224234    for root, dirs, files in os.walk(dats_dir):
    225235        for dat_fn in files:
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.