Changeset 37


Ignore:
Timestamp:
Aug 11, 2010, 4:08:02 PM (10 years ago)
Author:
j@…
bzr:base-revision:
j@dannynavarro.net-20100809114648-ieq7nmfd0ljlvleh
bzr:committer:
Danny Navarro <j@dannynavarro.net>
bzr:file-ids:

mzcms/parsers.py parsers.py-20100806092910-g1sxvv1o5b9umkof-1
bzr:mapping-version:
v4
bzr:repository-uuid:
724254b2-fbe6-419d-9466-c04ef4c9d29d
bzr:revision-id:
j@dannynavarro.net-20100809115605-tb1fgzs9o20f5730
bzr:revno:
37
bzr:revprop:branch-nick:
trunk
bzr:root:
trunk
bzr:timestamp:
2010-08-09 13:56:05.730999947 +0200
bzr:user-agent:
bzr2.1.2+bzr-svn1.0.3
svn:original-date:
2010-08-09T11:56:05.731000Z
Message:

MascotPsn? named tuple implemented

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/mzcms/parsers.py

    r36 r37  
    3333#fraction_regex = re.compile(r'fraction%3a%20(\d+)')
    3434
     35MascotPsm = namedtuple('MascotPsm',
     36                       'rank '
     37                       'pep_mass '
     38                       'delta_mass '
     39                       'pep_seq '
     40                       'score '
     41                       'prot_ids'
     42                       )
     43
    3544class DatParser(object):
    3645    """Mascot Dat Parser
     
    94103                is_target = check_target(accs, self.decoy_regex)
    95104                if is_target and rank == 1 or rank == 2:
    96                     mascot_psm = MascotPsm('mascot_psm',
     105                    mascot_psm = MascotPsm(
    97106                            rank=rank,
    98107                            pep_mass=pep_mass,
    99108                            pep_seq=pep_seq,
     109                            score=score,
    100110                            prot_ids=prot_ids
    101111                            )
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.