Changeset 96

Show
Ignore:
Timestamp:
21-04-12 10:57:28 (2 years ago)
Author:
b.hoekman@…
Message:

fixed issue if there was 2 times mzML in a fileName!!

Files:
1 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/msCompare/src/runProgram/programParts/openMS/RunOpenMSV15.java

    r52 r96  
    559559                        String mzDataFileName = fileName; 
    560560                         
    561                         String featureFileName = fileName.replaceFirst("mzML", "xml"); 
     561                        String featureFileName = replaceLast(mzDataFileName, "mzML", "xml"); 
    562562                        String[] commands = null; 
    563563                        if(openMSProgramLocation == null) { 
     
    634634        } 
    635635         
     636        /** 
     637         * Replaces the last occurence of replace in inString with the with String 
     638         * @param inString 
     639         * @param replace 
     640         * @param with  
     641         * @return 
     642         */ 
     643        private String replaceLast(String inString, String replace, String with) { 
     644                 
     645                String result = inString + with; //if not found just add 
     646                if(inString.contains(replace) ) { 
     647                        String inRev = ""; 
     648                        String repRev = ""; 
     649                        String withRev = ""; 
     650                         
     651                        for(int i = inString.length() - 1; i >= 0; i--) { 
     652                                inRev += inString.charAt(i); 
     653                        } 
     654                         
     655                        for(int i = replace.length() - 1; i >= 0; i--) { 
     656                                repRev += replace.charAt(i); 
     657                        } 
     658                         
     659                        for(int i = with.length() - 1; i >= 0; i--) { 
     660                                withRev += with.charAt(i); 
     661                        } 
     662                         
     663                        inRev = inRev.replaceFirst(repRev, withRev); 
     664                         
     665                        result=""; 
     666                        for(int i = inRev.length() -1; i >= 0; i--) { 
     667                                result += inRev.charAt(i);  
     668                        } 
     669                } 
     670                 
     671                // TODO Auto-generated method stub 
     672                return result; 
     673        } 
     674 
    636675        /** 
    637676         *      Writing now the parameters by copying the old file and replacing there the: