Changeset 96


Ignore:
Timestamp:
Apr 21, 2012, 10:57:28 AM (5 years ago)
Author:
b.hoekman@…
Message:

fixed issue if there was 2 times mzML in a fileName!!

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/msCompare/src/runProgram/programParts/openMS/RunOpenMSV15.java

    r52 r96  
    559559                        String mzDataFileName = fileName;
    560560                       
    561                         String featureFileName = fileName.replaceFirst("mzML", "xml");
     561                        String featureFileName = replaceLast(mzDataFileName, "mzML", "xml");
    562562                        String[] commands = null;
    563563                        if(openMSProgramLocation == null) {
     
    634634        }
    635635       
     636        /**
     637         * Replaces the last occurence of replace in inString with the with String
     638         * @param inString
     639         * @param replace
     640         * @param with
     641         * @return
     642         */
     643        private String replaceLast(String inString, String replace, String with) {
     644               
     645                String result = inString + with; //if not found just add
     646                if(inString.contains(replace) ) {
     647                        String inRev = "";
     648                        String repRev = "";
     649                        String withRev = "";
     650                       
     651                        for(int i = inString.length() - 1; i >= 0; i--) {
     652                                inRev += inString.charAt(i);
     653                        }
     654                       
     655                        for(int i = replace.length() - 1; i >= 0; i--) {
     656                                repRev += replace.charAt(i);
     657                        }
     658                       
     659                        for(int i = with.length() - 1; i >= 0; i--) {
     660                                withRev += with.charAt(i);
     661                        }
     662                       
     663                        inRev = inRev.replaceFirst(repRev, withRev);
     664                       
     665                        result="";
     666                        for(int i = inRev.length() -1; i >= 0; i--) {
     667                                result += inRev.charAt(i);
     668                        }
     669                }
     670               
     671                // TODO Auto-generated method stub
     672                return result;
     673        }
     674
    636675        /**
    637676         *      Writing now the parameters by copying the old file and replacing there the:
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.