Changeset 85


Ignore:
Timestamp:
Mar 30, 2012, 1:44:45 PM (5 years ago)
Author:
b.hoekman@…
Message:

Added parser for ProgenesisTSV format.
Updated other stuff as well.

Location:
trunk/JavaLCMSTools/src
Files:
3 added
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/JavaLCMSTools/src/export/mgf/ExportLCMS2SpectraToMGF.java

    r79 r85  
    55import java.io.FileWriter;
    66import java.io.IOException;
     7import java.util.Iterator;
     8import java.util.List;
    79import java.util.ListIterator;
    810
     
    2123         * @param fileName
    2224         */
    23         public static void writeMGFFile(String fileName, LCMS2Spectra lcMS, Double minIntensity) {
     25        public static void writeMGFFile(String fileName, LCMS2Spectra lcMS, Double minIntensity, String titleFileName) {
    2426                try {
    25                         write(fileName,lcMS,minIntensity);
     27                        BufferedWriter write = new BufferedWriter(new FileWriter(new File(fileName)));
     28                       
     29                        write(write,lcMS,minIntensity, titleFileName);
     30                       
     31                        write.flush();
     32                        write.close();
     33                } catch (IOException e) {
     34                        // TODO Auto-generated catch block
     35                        e.printStackTrace();
     36                }
     37        }
     38       
     39        /**
     40         * Writes multiple LCMS2Spectra to one mgf file
     41         *
     42         * @param fileName
     43         */
     44        public static void writeMGFFile(String fileName, List<LCMS2Spectra> spectra, Double minIntensity) {
     45                try {
     46                        BufferedWriter write = new BufferedWriter(new FileWriter(new File(fileName)));
     47                       
     48                        Iterator<LCMS2Spectra> itLCMS = spectra.iterator();
     49                        while(itLCMS.hasNext()) {
     50                                LCMS2Spectra lcMS = itLCMS.next();
     51                                write(write,lcMS,minIntensity,null);                           
     52                        }
     53                       
     54                        write.flush();
     55                        write.close();
    2656                } catch (IOException e) {
    2757                        // TODO Auto-generated catch block
     
    3161       
    3262       
    33         private static void write(String fileName, LCMS2Spectra lcMS, Double minIntensity) throws IOException {
    34 
    35                 BufferedWriter write = new BufferedWriter(new FileWriter(new File(fileName)));
     63        private static void write(BufferedWriter write, LCMS2Spectra lcMS, Double minIntensity, String titleFileName) throws IOException {
    3664               
    3765                ListIterator<Spectrum> litSpectrum = lcMS.getSpectrumLisIterator();
     
    6290                               
    6391                                if(writeSpectrum) {
     92                                        String charge = "0";
     93                                        if(spec.getPrecursorChargeState() != null && spec.getPrecursorChargeState() != 0) {
     94                                                charge = "" + spec.getPrecursorChargeState();
     95                                        }
     96
     97                                        String fName = (new File(lcMS.getFileName())).getName();
     98                                        if(titleFileName != null) {
     99                                                fName = titleFileName;
     100                                        }
     101                                        //Parser friendly  title!!
     102                                        String title = "file:" + fName + "|mz:"+ spec.getPrecursorMZ() +"|scannr:"+spec.getScanNr()+"|rtSec:" + (int)(spec.getRetentionTime() * 60) + "|charge:" + charge + "";
     103                                       
    64104                                        write.write("BEGIN IONS\n");
    65                                         write.write("TITLE=test\n");
     105                                        write.write("TITLE="+ title + "\n");
    66106                                        write.write("PEPMASS="+spec.getPrecursorMZ()+"\n");
    67107                                        write.write("SCANS=" + spec.getScanNr() + "\n");
     
    88128                       
    89129                }
    90                
    91                 write.flush();
    92                 write.close();         
    93130        }
    94131
  • trunk/JavaLCMSTools/src/lcSpectra/LCMS2Spectra.java

    r81 r85  
    1919public class LCMS2Spectra {
    2020
     21        private String fileName = "";
    2122        ArrayList<Spectrum> spectrums = new ArrayList<Spectrum>();
    2223               
     
    2526         *
    2627         */
    27         public LCMS2Spectra() { }
     28        public LCMS2Spectra(String fileName) { this.fileName = fileName; }
    2829       
     30        public String getFileName() {
     31                return fileName;
     32        }
    2933       
    3034        public void addLevel1MassSpectra(double retentionTime, MassSpectraC msSpectra) {
     
    6468         *
    6569         */
    66         public void extendSpectra(Double massTolerancePPM) {
     70        public void extendSpectra(Double massTolerancePPM, Integer topX) {
    6771                ArrayList<Spectrum> updated = new ArrayList<Spectrum>();
    6872               
     
    8185                               
    8286                                if(previousMS1 != null) {
    83                                         updated.addAll(extendMS2Spectra(previousMS1,current,listMS2, massTolerancePPM));
     87                                        updated.addAll(extendMS2Spectra(previousMS1,current,listMS2, massTolerancePPM,topX));
    8488                                }
    8589                               
     
    98102
    99103
    100         private ArrayList<SpectrumExtended> extendMS2Spectra(Spectrum beforeMS1, Spectrum afterMS1, ArrayList<Spectrum> listMS2, Double massTolerancePPM) {
     104        private ArrayList<SpectrumExtended> extendMS2Spectra(Spectrum beforeMS1, Spectrum afterMS1, ArrayList<Spectrum> listMS2, Double massTolerancePPM, Integer topX) {
    101105                ArrayList<SpectrumExtended> result = new ArrayList<SpectrumExtended>();
    102106               
     
    128132                        double intensityEnd = (rtEnd - beforeMS1.getRetentionTime()) * intensDiff + intensityBefore;
    129133                                               
    130                         SpectrumExtended specE = new SpectrumExtended(ms2,null);
     134                        SpectrumExtended specE = new SpectrumExtended(ms2,topX);
    131135                        specE.setPrecursorInfo(intensityStart, intensityEnd, scanDuration);
    132136                       
  • trunk/JavaLCMSTools/src/loadData/lcMSData/LoadMZMLFile.java

    r79 r85  
    4242        private static String cvSelectedIon             = "MS:1000744";
    4343//      private static String cvIsolationTargetMZ       = "MS:1000827"; //Not used
    44         private static String cvChargeState         = "MS:0000041";
     44        private static String cvChargeState         = "MS:1000041";
    4545       
    4646        public static void main(String args[]) {
    47                 loadFile("/home/bhoekman/Desktop/test.mzml");
     47//              loadFile("/home/bhoekman/Desktop/test.mzml");
     48                loadFileMS2("/ab_home/localdev/work/paal/PhenyxTest/exportTest/0/all_grp0/OLDSCXColumn_R19_CONT_500mMNaCl.mzdata.xml.mzML");
     49               
    4850        }
    4951       
     
    9193       
    9294        private static LCMS2Spectra loadMS2(String fileName, Double minIntensity) {
    93                 LCMS2Spectra result = new LCMS2Spectra();
     95                LCMS2Spectra result = new LCMS2Spectra(fileName);
    9496
    9597                File xmlFile = new File(fileName);
     
    311313                        }
    312314                       
    313                         ParamGroup pg = lPG.get(0);
    314                        
    315                         Iterator<CVParam> itCVP = pg.getCvParam().iterator();
    316                        
    317                         while(itCVP.hasNext()) {
    318                                 CVParam cvp = itCVP.next();
    319                                
    320                                 if(cvp.getAccession().equalsIgnoreCase(cvChargeState)) {
    321                                         result = Integer.parseInt(cvp.getValue());
    322                                 }
    323                         }
    324                        
     315                        Iterator<ParamGroup> itPG = lPG.iterator();
     316                        while(itPG.hasNext()) {
     317                       
     318                                ParamGroup pg = itPG.next();
     319                               
     320                                Iterator<CVParam> itCVP = pg.getCvParam().iterator();
     321                               
     322                                while(itCVP.hasNext()) {
     323                                        CVParam cvp = itCVP.next();
     324                                       
     325                                        if(cvp.getAccession().equalsIgnoreCase(cvChargeState)) {
     326                                                result = Integer.parseInt(cvp.getValue());
     327                                        }
     328                                }
     329                        }
    325330                }
    326331               
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.