Changeset 85

Show
Ignore:
Timestamp:
30-03-12 13:44:45 (2 years ago)
Author:
b.hoekman@…
Message:

Added parser for ProgenesisTSV format.
Updated other stuff as well.

Location:
trunk/JavaLCMSTools/src
Files:
3 added
3 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/JavaLCMSTools/src/export/mgf/ExportLCMS2SpectraToMGF.java

    r79 r85  
    55import java.io.FileWriter; 
    66import java.io.IOException; 
     7import java.util.Iterator; 
     8import java.util.List; 
    79import java.util.ListIterator; 
    810 
     
    2123         * @param fileName 
    2224         */ 
    23         public static void writeMGFFile(String fileName, LCMS2Spectra lcMS, Double minIntensity) { 
     25        public static void writeMGFFile(String fileName, LCMS2Spectra lcMS, Double minIntensity, String titleFileName) { 
    2426                try { 
    25                         write(fileName,lcMS,minIntensity); 
     27                        BufferedWriter write = new BufferedWriter(new FileWriter(new File(fileName))); 
     28                         
     29                        write(write,lcMS,minIntensity, titleFileName); 
     30                         
     31                        write.flush(); 
     32                        write.close(); 
     33                } catch (IOException e) { 
     34                        // TODO Auto-generated catch block 
     35                        e.printStackTrace(); 
     36                } 
     37        } 
     38         
     39        /** 
     40         * Writes multiple LCMS2Spectra to one mgf file 
     41         *  
     42         * @param fileName 
     43         */ 
     44        public static void writeMGFFile(String fileName, List<LCMS2Spectra> spectra, Double minIntensity) { 
     45                try { 
     46                        BufferedWriter write = new BufferedWriter(new FileWriter(new File(fileName))); 
     47                         
     48                        Iterator<LCMS2Spectra> itLCMS = spectra.iterator(); 
     49                        while(itLCMS.hasNext()) { 
     50                                LCMS2Spectra lcMS = itLCMS.next(); 
     51                                write(write,lcMS,minIntensity,null);                             
     52                        } 
     53                         
     54                        write.flush(); 
     55                        write.close(); 
    2656                } catch (IOException e) { 
    2757                        // TODO Auto-generated catch block 
     
    3161         
    3262         
    33         private static void write(String fileName, LCMS2Spectra lcMS, Double minIntensity) throws IOException { 
    34  
    35                 BufferedWriter write = new BufferedWriter(new FileWriter(new File(fileName))); 
     63        private static void write(BufferedWriter write, LCMS2Spectra lcMS, Double minIntensity, String titleFileName) throws IOException { 
    3664                 
    3765                ListIterator<Spectrum> litSpectrum = lcMS.getSpectrumLisIterator(); 
     
    6290                                 
    6391                                if(writeSpectrum) { 
     92                                        String charge = "0"; 
     93                                        if(spec.getPrecursorChargeState() != null && spec.getPrecursorChargeState() != 0) { 
     94                                                charge = "" + spec.getPrecursorChargeState(); 
     95                                        } 
     96 
     97                                        String fName = (new File(lcMS.getFileName())).getName(); 
     98                                        if(titleFileName != null) { 
     99                                                fName = titleFileName; 
     100                                        } 
     101                                        //Parser friendly  title!! 
     102                                        String title = "file:" + fName + "|mz:"+ spec.getPrecursorMZ() +"|scannr:"+spec.getScanNr()+"|rtSec:" + (int)(spec.getRetentionTime() * 60) + "|charge:" + charge + ""; 
     103                                         
    64104                                        write.write("BEGIN IONS\n"); 
    65                                         write.write("TITLE=test\n"); 
     105                                        write.write("TITLE="+ title + "\n"); 
    66106                                        write.write("PEPMASS="+spec.getPrecursorMZ()+"\n"); 
    67107                                        write.write("SCANS=" + spec.getScanNr() + "\n"); 
     
    88128                         
    89129                } 
    90                  
    91                 write.flush(); 
    92                 write.close();           
    93130        } 
    94131 
  • trunk/JavaLCMSTools/src/lcSpectra/LCMS2Spectra.java

    r81 r85  
    1919public class LCMS2Spectra { 
    2020 
     21        private String fileName = ""; 
    2122        ArrayList<Spectrum> spectrums = new ArrayList<Spectrum>(); 
    2223                 
     
    2526         * 
    2627         */ 
    27         public LCMS2Spectra() { } 
     28        public LCMS2Spectra(String fileName) { this.fileName = fileName; } 
    2829         
     30        public String getFileName() { 
     31                return fileName; 
     32        } 
    2933         
    3034        public void addLevel1MassSpectra(double retentionTime, MassSpectraC msSpectra) { 
     
    6468         *  
    6569         */ 
    66         public void extendSpectra(Double massTolerancePPM) { 
     70        public void extendSpectra(Double massTolerancePPM, Integer topX) { 
    6771                ArrayList<Spectrum> updated = new ArrayList<Spectrum>(); 
    6872                 
     
    8185                                 
    8286                                if(previousMS1 != null) { 
    83                                         updated.addAll(extendMS2Spectra(previousMS1,current,listMS2, massTolerancePPM)); 
     87                                        updated.addAll(extendMS2Spectra(previousMS1,current,listMS2, massTolerancePPM,topX)); 
    8488                                } 
    8589                                 
     
    98102 
    99103 
    100         private ArrayList<SpectrumExtended> extendMS2Spectra(Spectrum beforeMS1, Spectrum afterMS1, ArrayList<Spectrum> listMS2, Double massTolerancePPM) { 
     104        private ArrayList<SpectrumExtended> extendMS2Spectra(Spectrum beforeMS1, Spectrum afterMS1, ArrayList<Spectrum> listMS2, Double massTolerancePPM, Integer topX) { 
    101105                ArrayList<SpectrumExtended> result = new ArrayList<SpectrumExtended>(); 
    102106                 
     
    128132                        double intensityEnd = (rtEnd - beforeMS1.getRetentionTime()) * intensDiff + intensityBefore; 
    129133                                                 
    130                         SpectrumExtended specE = new SpectrumExtended(ms2,null); 
     134                        SpectrumExtended specE = new SpectrumExtended(ms2,topX); 
    131135                        specE.setPrecursorInfo(intensityStart, intensityEnd, scanDuration); 
    132136                         
  • trunk/JavaLCMSTools/src/loadData/lcMSData/LoadMZMLFile.java

    r79 r85  
    4242        private static String cvSelectedIon             = "MS:1000744"; 
    4343//      private static String cvIsolationTargetMZ       = "MS:1000827"; //Not used 
    44         private static String cvChargeState         = "MS:0000041"; 
     44        private static String cvChargeState         = "MS:1000041"; 
    4545         
    4646        public static void main(String args[]) { 
    47                 loadFile("/home/bhoekman/Desktop/test.mzml"); 
     47//              loadFile("/home/bhoekman/Desktop/test.mzml"); 
     48                loadFileMS2("/ab_home/localdev/work/paal/PhenyxTest/exportTest/0/all_grp0/OLDSCXColumn_R19_CONT_500mMNaCl.mzdata.xml.mzML"); 
     49                 
    4850        } 
    4951         
     
    9193         
    9294        private static LCMS2Spectra loadMS2(String fileName, Double minIntensity) { 
    93                 LCMS2Spectra result = new LCMS2Spectra(); 
     95                LCMS2Spectra result = new LCMS2Spectra(fileName); 
    9496 
    9597                File xmlFile = new File(fileName); 
     
    311313                        } 
    312314                         
    313                         ParamGroup pg = lPG.get(0); 
    314                          
    315                         Iterator<CVParam> itCVP = pg.getCvParam().iterator(); 
    316                          
    317                         while(itCVP.hasNext()) { 
    318                                 CVParam cvp = itCVP.next(); 
    319                                  
    320                                 if(cvp.getAccession().equalsIgnoreCase(cvChargeState)) { 
    321                                         result = Integer.parseInt(cvp.getValue()); 
    322                                 } 
    323                         } 
    324                          
     315                        Iterator<ParamGroup> itPG = lPG.iterator(); 
     316                        while(itPG.hasNext()) { 
     317                         
     318                                ParamGroup pg = itPG.next(); 
     319                                 
     320                                Iterator<CVParam> itCVP = pg.getCvParam().iterator(); 
     321                                 
     322                                while(itCVP.hasNext()) { 
     323                                        CVParam cvp = itCVP.next(); 
     324                                         
     325                                        if(cvp.getAccession().equalsIgnoreCase(cvChargeState)) { 
     326                                                result = Integer.parseInt(cvp.getValue()); 
     327                                        } 
     328                                } 
     329                        } 
    325330                } 
    326331