Changeset 80


Ignore:
Timestamp:
Mar 8, 2012, 6:31:51 PM (7 years ago)
Author:
b.hoekman@…
Message:

Fixed issue with creating fileSets in galaxy.

Location:
trunk/msCompare/src/runProgram
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/msCompare/src/runProgram/miscTools/generateGalaxyStuff/RunGalaxyTool.java

    r78 r80  
    508508
    509509                                if (arp.getOutputFileType(param.getMethodName()) instanceof PeakListGeneralFileType
    510                                                 && (rNode.getFileType() instanceof mzMLFileType || rNode.getFileType() instanceof mzXMLFileType))  {
     510                                                && (rNode.getFileType() instanceof mzMLFileType
     511                                                   || rNode.getFileType() instanceof mzXMLFileType
     512                                                   || rNode.getFileType() instanceof UnknownType))  {
    511513
    512514                                        // System.err.println("Rewriting PeakGeneralList");
     
    619621                                if (arp.getOutputFileType(param.getMethodName()) instanceof PeakListGeneralFileType
    620622                                                && (param.getInputFiles().getFileTypeForInputFile(input) instanceof mzMLFileType
    621                                                         || param.getInputFiles().getFileTypeForInputFile(input) instanceof mzXMLFileType)) {
     623                                                        || param.getInputFiles().getFileTypeForInputFile(input) instanceof mzXMLFileType
     624                                                        || param.getInputFiles().getFileTypeForInputFile(input) instanceof UnknownType)) {
    622625
    623626                                        // System.err.println("Rewriting PeakGeneralList");
  • trunk/msCompare/src/runProgram/programParts/openMS/RunOpenMSV17.java

    r48 r80  
    1818import dataStructures.misc.parameters.helpers.parameterTypes.PeakListGeneralFileType;
    1919import dataStructures.misc.parameters.helpers.parameterTypes.PeakMatrixFileType;
    20 import dataStructures.misc.parameters.helpers.parameterTypes.UnknownType;
    21 import dataStructures.misc.parameters.helpers.parameterTypes.mzXMLFileType;
     20import dataStructures.misc.parameters.helpers.parameterTypes.mzMLFileType;
    2221
    2322/**
     
    122121                        result = new PeakMatrixFileType();
    123122                } else if(methodName.equalsIgnoreCase(programNoiseFilter)) {
    124                         result = new mzXMLFileType();
     123                        result = new mzMLFileType();
    125124                } else if(methodName.equalsIgnoreCase(programBaseLineFilter)) {
    126                         result = new mzXMLFileType();
     125                        result = new mzMLFileType();
    127126                } else if (methodName.equalsIgnoreCase(programFileFilter)) {
    128                         result = new mzXMLFileType();
     127                        result = new mzMLFileType();
    129128                }  else if (methodName.equalsIgnoreCase(programPeakPicker)) {
    130                         result = new mzXMLFileType();
     129                        result = new mzMLFileType();
    131130                } else if (methodName.equalsIgnoreCase(programFileFormatConverter)) {
    132                         result = new UnknownType();
     131                        result = new mzMLFileType();
    133132                } else if (methodName.equalsIgnoreCase(programAlignment)) {
    134133                        result = new PeakListGeneralFileType();
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.