Changeset 102

Show
Ignore:
Timestamp:
07-06-12 16:28:29 (23 months ago)
Author:
b.hoekman@…
Message:
 
Files:
1 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/msCompare/src/runProgram/programParts/openMS/RunOpenMSV17.java

    r80 r102  
    312312                         
    313313                        String outputFileName = param.getInputFiles().getOutputFileForInputFile(input); 
    314                         fileName = (new File(outputFileName)).getName(); 
     314//                      fileName = (new File(outputFileName)).getName(); 
    315315//                      String outputMZDataFileName = fileName.replaceFirst("mzXML", "mzData"); 
    316316                        String outputMZDataFileName = "temp.mzML"; 
     317                         
     318                        //Make a copy!! 
     319                        FileUtils.copyFile(new File(input), new File(tmpDir+File.separator+mzDataFileName)); 
    317320                         
    318321                        String[] commands = null; 
     
    364367                        trErr.join(10000); 
    365368                         
    366                         FileUtils.copyFile(new File(mzDataFileName), new File(outputFileName)); 
     369                        FileUtils.copyFile(new File(outputMZDataFileName), new File(outputFileName)); 
    367370                }                
    368371        }