source: trunk/pom.xml

Last change on this file was 1, checked in by robertkerkhoven, 10 years ago

standard directory structure

File size: 16.2 KB
RevLine 
[1]1<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
2<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/maven-v4_0_0.xsd">
3    <modelVersion>4.0.0</modelVersion>
4    <groupId>nl.uu.chem.bioinformatics</groupId>
5    <artifactId>PrideGui</artifactId>
6    <packaging>jar</packaging>
7    <version>1.0-SNAPSHOT</version>
8    <name>PrideGui</name>
9    <url>http://maven.apache.org</url>
10    <build>
11        <plugins>
12            <plugin>
13                <artifactId>maven-compiler-plugin</artifactId>
14                <version>2.0.2</version>
15                <configuration>
16                    <source>1.6</source>
17                    <target>1.6</target>
18                    <encoding>UTF-8</encoding>
19                </configuration>
20            </plugin>
21            <plugin>
22                <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
23                <artifactId>maven-jar-plugin</artifactId>
24                <version>2.2</version>
25                <configuration>
26                    <archive>
27                        <manifestEntries>
28                            <SVG-Handler-Class>nl.uu.chem.bioinformatics.svg.SVGHandler</SVG-Handler-Class>
29                        </manifestEntries>
30                    </archive>
31                </configuration>
32            </plugin>
33            <plugin>
34                <artifactId>maven-resources-plugin</artifactId>
35                <version>2.2</version>
36                <configuration>
37                    <encoding>UTF-8</encoding>
38                </configuration>
39            </plugin>
40        </plugins>
41    </build>
42    <profiles>
43        <profile>
44            <id>netbeans-public</id>
45            <activation>
46                <property>
47                    <name>netbeans.execution</name>
48                    <value>true</value>
49                </property>
50            </activation>
51            <build>
52                <plugins>
53                    <plugin>
54                        <artifactId>maven-jar-plugin</artifactId>
55                        <version>2.2</version>
56                        <configuration>
57                            <archive>
58                                <manifest>
59                                    <addClasspath>true</addClasspath>
60                                    <classpathPrefix>lib</classpathPrefix>
61                                    <mainClass>nl.uu.chem.bioinformatics.PrideGui.pridegui</mainClass>
62                                </manifest>
63                            </archive>
64                        </configuration>
65                    </plugin>
66                    <plugin>
67                        <artifactId>maven-assembly-plugin</artifactId>
68                        <version>2.1</version>
69                        <executions>
70                            <execution>
71                                <id>nb</id>
72                                <phase>package</phase>
73                                <goals>
74                                    <goal>directory</goal>
75                                </goals>
76                                <configuration>
77                                    <descriptor>${basedir}/src/main/assemblies/netbeans-run.xml</descriptor>
78                                    <finalName>executable</finalName>
79                                </configuration>
80                            </execution>
81                        </executions>
82                    </plugin>
83                </plugins>
84            </build>
85            <properties>
86                <database.platform>MySQL</database.platform>
87                <database.jdbc.level>2.0</database.jdbc.level>
88                <database.driver>com.mysql.jdbc.Driver</database.driver>
89                <database.protocol>jdbc</database.protocol>
90                <database.subprotocol>mysql</database.subprotocol>
91                <database.dbalias>//131.211.156.161:3306/pride</database.dbalias>
92                <database.user>pride</database.user>
93                <database.password>testpride</database.password>
94                <encryption.use.encryption>no</encryption.use.encryption>
95                <encryption.key.alias>pride_key</encryption.key.alias>
96                <encryption.keystore.password>KEYSTORE_PASSWORD</encryption.keystore.password>
97                <encryption.key.password>KEY_PASSWORD</encryption.key.password>
98                <encryption.keystore.path>/ebi/production/seqdb/sp/pride/.pride_prod_jdk15_keystore</encryption.keystore.path>
99                <logging.level.default>INFO</logging.level.default>
100                <logging.level.pride.core>INFO</logging.level.pride.core>
101                <logging.level.pride.web>INFO</logging.level.pride.web>
102                <logging.pride.core.max.file.size>2048KB</logging.pride.core.max.file.size>
103                <logging.pride.web.max.file.size>2048KB</logging.pride.web.max.file.size>
104                <logging.pride.core.file>c:/pride_core_log4j.log</logging.pride.core.file>
105                <logging.pride.web.file>c:/pride_web_log4j.log</logging.pride.web.file>
106                <logging.pride.hits.file>c:/pride_hit.log</logging.pride.hits.file>
107                <logging.pride.search.file>c:/pride_search_type.log</logging.pride.search.file>
108                <email.send.automatic.emails>false</email.send.automatic.emails>
109                <email.account.protocol>smtp</email.account.protocol>
110                <email.mailserver>smtp.ebi.ac.uk</email.mailserver>
111                <email.account.name>pride</email.account.name>
112                <email.administration.email.address>pride-admin@ebi.ac.uk</email.administration.email.address>
113                <email.support.email.address>pride-support@ebi.ac.uk</email.support.email.address>
114                <email.curation.account.email.address>pride-support@ebi.ac.uk</email.curation.account.email.address>
115                <email.curation.account.username>SOME_PRIDE_USERNAME</email.curation.account.username>
116                <email.curation.account.password>SOME_PRIDE_PASSWORD</email.curation.account.password>
117                <biomart.use.biomart>true</biomart.use.biomart>
118                <biomart.url>http://www.ebi.ac.uk/pride/biomart</biomart.url>
119                <ols.use.service>true</ols.use.service>
120                <ols.service.name>OntologyQuery</ols.service.name>
121                <ols.service.url>http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/services/OntologyQuery</ols.service.url>
122                <xml.caching.turned.on>false</xml.caching.turned.on>
123                <webapp.timeout>3000</webapp.timeout>
124                <temp.folder.path>c:/tmp</temp.folder.path>
125            </properties>
126        </profile>
127    </profiles>
128    <dependencies>
129        <dependency>
130            <groupId>junit</groupId>
131            <artifactId>junit</artifactId>
132            <version>3.8.1</version>
133            <scope>compile</scope>
134        </dependency>
135        <dependency>
136            <groupId>xerces</groupId>
137            <artifactId>xercesImpl</artifactId>
138            <version>2.8.1</version>
139            <scope>compile</scope>
140        </dependency>
141        <dependency>
142            <groupId>log4j</groupId>
143            <artifactId>log4j</artifactId>
144            <version>1.2.13</version>
145            <scope>compile</scope>
146        </dependency>
147        <dependency>
148            <groupId>xpp3</groupId>
149            <artifactId>xpp3</artifactId>
150            <version>1.1.3_8</version>
151            <scope>compile</scope>
152        </dependency>
153        <dependency>
154            <groupId>org.apache.axis</groupId>
155            <artifactId>axis-jaxrpc</artifactId>
156            <version>1.4</version>
157            <scope>compile</scope>
158        </dependency>
159        <dependency>
160            <groupId>org.apache.axis</groupId>
161            <artifactId>axis-saaj</artifactId>
162            <version>1.4</version>
163            <scope>compile</scope>
164        </dependency>
165        <dependency>
166            <groupId>org.apache.axis</groupId>
167            <artifactId>axis</artifactId>
168            <version>1.4</version>
169            <scope>compile</scope>
170        </dependency>
171        <dependency>
172            <groupId>uk.ac.ebi.pride</groupId>
173            <artifactId>ols-client</artifactId>
174            <version>1.14</version>
175            <scope>compile</scope>
176        </dependency>
177        <dependency>
178            <groupId>commons-discovery</groupId>
179            <artifactId>commons-discovery</artifactId>
180            <version>0.4</version>
181            <scope>compile</scope>
182        </dependency>
183        <dependency>
184            <groupId>commons-logging</groupId>
185            <artifactId>commons-logging</artifactId>
186            <version>1.1</version>
187            <scope>compile</scope>
188            <exclusions>
189                <exclusion>
190                    <artifactId>avalon-framework</artifactId>
191                    <groupId>avalon-framework</groupId>
192                </exclusion>
193                <exclusion>
194                    <artifactId>logkit</artifactId>
195                    <groupId>logkit</groupId>
196                </exclusion>
197                <exclusion>
198                    <artifactId>servlet-api</artifactId>
199                    <groupId>javax.servlet</groupId>
200                </exclusion>
201            </exclusions>
202        </dependency>
203        <dependency>
204            <groupId>wsdl4j</groupId>
205            <artifactId>wsdl4j</artifactId>
206            <version>1.6.1</version>
207            <scope>compile</scope>
208        </dependency>
209        <dependency>
210            <groupId>db-ojb</groupId>
211            <artifactId>db-ojb</artifactId>
212            <version>1.0.4</version>
213            <scope>compile</scope>
214        </dependency>
215        <dependency>
216            <groupId>commons-lang</groupId>
217            <artifactId>commons-lang</artifactId>
218            <version>2.0</version>
219            <scope>compile</scope>
220        </dependency>
221        <dependency>
222            <groupId>commons-pool</groupId>
223            <artifactId>commons-pool</artifactId>
224            <version>1.2</version>
225            <scope>compile</scope>
226        </dependency>
227        <dependency>
228            <groupId>commons-collections</groupId>
229            <artifactId>commons-collections</artifactId>
230            <version>3.1</version>
231            <scope>compile</scope>
232        </dependency>
233        <dependency>
234            <groupId>mysql</groupId>
235            <artifactId>mysql-connector-java</artifactId>
236            <version>5.1.5</version>
237            <scope>compile</scope>
238        </dependency>
239        <dependency>
240            <groupId>proteomics</groupId>
241            <artifactId>proteomics-common</artifactId>
242            <type>jar</type>
243            <version>1.5</version>
244            <scope>compile</scope>
245        </dependency>
246        <dependency>
247            <groupId>commons-io</groupId>
248            <artifactId>commons-io</artifactId>
249            <version>1.3.2</version>
250            <scope>compile</scope>
251        </dependency>
252        <dependency>
253            <groupId>batik</groupId>
254            <artifactId>batik-parser</artifactId>
255            <version>1.6-1</version>
256            <scope>compile</scope>
257        </dependency>
258        <dependency>
259            <groupId>batik</groupId>
260            <artifactId>batik-rasterizer</artifactId>
261            <version>1.6-1</version>
262            <scope>compile</scope>
263        </dependency>
264        <dependency>
265            <groupId>batik</groupId>
266            <artifactId>batik-gui-util</artifactId>
267            <version>1.6-1</version>
268            <scope>compile</scope>
269        </dependency>
270        <dependency>
271            <groupId>batik</groupId>
272            <artifactId>batik-swing</artifactId>
273            <version>1.6-1</version>
274            <scope>compile</scope>
275        </dependency>
276        <dependency>
277            <groupId>batik</groupId>
278            <artifactId>batik-ext</artifactId>
279            <version>1.6-1</version>
280            <scope>compile</scope>
281        </dependency>
282        <dependency>
283            <groupId>batik</groupId>
284            <artifactId>batik-util</artifactId>
285            <version>1.6-1</version>
286            <scope>compile</scope>
287        </dependency>
288        <dependency>
289            <groupId>batik</groupId>
290            <artifactId>batik-gvt</artifactId>
291            <version>1.6-1</version>
292            <scope>compile</scope>
293        </dependency>
294        <dependency>
295            <groupId>batik</groupId>
296            <artifactId>batik-dom</artifactId>
297            <version>1.6-1</version>
298            <scope>compile</scope>
299        </dependency>
300        <dependency>
301            <groupId>batik</groupId>
302            <artifactId>batik-css</artifactId>
303            <version>1.6-1</version>
304            <scope>compile</scope>
305        </dependency>
306        <dependency>
307            <groupId>batik</groupId>
308            <artifactId>batik-rasterizer-ext</artifactId>
309            <version>1.6-1</version>
310            <scope>compile</scope>
311        </dependency>
312        <dependency>
313            <groupId>batik</groupId>
314            <artifactId>batik-extension</artifactId>
315            <version>1.6-1</version>
316            <scope>compile</scope>
317        </dependency>
318        <dependency>
319            <groupId>batik</groupId>
320            <artifactId>batik-ttf2svg</artifactId>
321            <version>1.6-1</version>
322            <scope>compile</scope>
323        </dependency>
324        <dependency>
325            <groupId>batik</groupId>
326            <artifactId>batik-svg-dom</artifactId>
327            <version>1.6-1</version>
328            <scope>compile</scope>
329        </dependency>
330        <dependency>
331            <groupId>batik</groupId>
332            <artifactId>batik-svggen</artifactId>
333            <version>1.6-1</version>
334            <scope>compile</scope>
335        </dependency>
336        <dependency>
337            <groupId>batik</groupId>
338            <artifactId>batik-script</artifactId>
339            <version>1.6-1</version>
340            <scope>compile</scope>
341        </dependency>
342        <dependency>
343            <groupId>batik</groupId>
344            <artifactId>batik-transcoder</artifactId>
345            <version>1.6-1</version>
346            <scope>compile</scope>
347            <exclusions>
348                <exclusion>
349                    <artifactId>batik-1.5-fop</artifactId>
350                    <groupId>batik</groupId>
351                </exclusion>
352                <exclusion>
353                    <artifactId>batik-1.5-fop</artifactId>
354                    <groupId>batik</groupId>
355                </exclusion>
356            </exclusions>
357        </dependency>
358        <dependency>
359            <groupId>batik</groupId>
360            <artifactId>batik-svgpp</artifactId>
361            <version>1.6-1</version>
362            <scope>compile</scope>
363        </dependency>
364        <dependency>
365            <groupId>batik</groupId>
366            <artifactId>batik-awt-util</artifactId>
367            <version>1.6-1</version>
368            <scope>compile</scope>
369        </dependency>
370        <dependency>
371            <groupId>batik</groupId>
372            <artifactId>batik-bridge</artifactId>
373            <version>1.6-1</version>
374            <scope>compile</scope>
375        </dependency>
376        <dependency>
377            <groupId>uk.ac.ebi.pride</groupId>
378            <artifactId>pride-core</artifactId>
379            <version>2.5.5</version>
380            <exclusions>
381                <exclusion>
382                    <artifactId>db-ojb</artifactId>
383                    <groupId>ojb</groupId>
384                </exclusion>
385            </exclusions>
386        </dependency>
387        <dependency>
388            <groupId>batik</groupId>
389            <artifactId>batik-xml</artifactId>
390            <version>1.6-1</version>
391            <scope>compile</scope>
392        </dependency>
393        <dependency>
394            <groupId>nl.uu.chem.bioinformatics</groupId>
395            <artifactId>npclibrary</artifactId>
396            <version>0.1</version>
397        </dependency>
398       
399       
400    </dependencies>
401    <properties>
402        <netbeans.hint.useExternalMaven>true</netbeans.hint.useExternalMaven>
403    </properties>
404</project>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.