Changeset 199


Ignore:
Timestamp:
Sep 7, 2009, 10:44:40 AM (11 years ago)
Author:
pvkouteren
Message:

Modified some files slightly for a small Logger issue.
Added setup_serializers script which generates serializers based on the database schema.
Modified setup_db to allow to run setup_serializers from there.
Modified SOAP related parts.

Files:
1 added
8 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • IbidasSOAP.py

    r185 r199  
    33from time import strftime
    44from wsgiref.simple_server import make_server
     5import config
     6from container import postgres
    57
    68class IbidasSOAPServer(SimpleWSGISoapApp, IbidasAtomicServices):
  • container/postgres.py

    r176 r199  
    6363   def __init__(self, *kargs, **kwargs):
    6464     psycopg2.extensions.cursor.__init__(self, *kargs, **kwargs)
    65      logger = Logger('ibidas_sql')
    66      logger.setLevel('INFO')
    67      self.sqllogger = logger.getInstance()
     65     self.sqllogger = Logger('ibidas_sql')
     66     self.sqllogger.setLevel('INFO')
     67     #self.sqllogger = logger.getInstance()
    6868       
    6969   def execute(self, sql, args=None, dontlog=None):
     
    229229   
    230230    def __init__(self, args):       
    231        il = IbidasLogger()
    232        setattr(self, 'logger', il.getInstance())
    233        self.logger.info("Ibidas session started")
     231       #il = IbidasLogger()
     232       #setattr(self, 'logger', il.getInstance())
     233       if not(hasattr(self, 'logger')):
     234           setattr(self, 'logger', IbidasLogger())
     235           self.logger.info("Ibidas session started")
    234236       psycopg2.extensions.connection.__init__(self, args)
    235237   
     
    249251          self.singleton_cursor = self.cursor()
    250252       return self.singleton_cursor
    251  
    252253
    253254    def getConSet(self,modifiable=False):
  • log/Logger.py

    r152 r199  
    88       _defaultLevel = { "ibidas.log_level": 'DEBUG' }
    99       self.logginglevel = config.getValue(configfile, _defaultLevel, "ibidas.log_level")
    10        #print "Logging level is " + logginglevel
    1110       
    12        logger = logging.getLogger(name)
     11       self.logger = logging.getLogger(name)
    1312       ''' Use os.getcwd() here because sys.path[0] is not guaranteed to be the right path '''
    1413       logdir = os.getcwd() + '/log/logs'
     
    1817       formatter = logging.Formatter(format)
    1918       handler.setFormatter(formatter)
    20        logger.addHandler(handler)
    21        logger.setLevel(logging._levelNames[self.logginglevel])
    22        self.logger = logger
    23        
    24     def getInstance(self):
    25         return self
     19       self.logger.addHandler(handler)
     20       self.logger.setLevel(logging._levelNames[self.logginglevel])
    2621   
    2722    def setLevel(self, lvl):
     
    3025        except:
    3126            pass
    32       
     27   
    3328    def log(self, message, level=None):
     29       level = None
     30       self.logger.log(50, "log " + message)
    3431       # if level is None, we take self.logginglevel to be the level
    35        #print "level: " + str(level)
    3632       if level is None:
    37            level = self.logger.level
    38        if level >= self.logger.level:
    39            self.logger.log(level, message)
     33           level = logging._levelNames[self.logginglevel]
     34       self.logger.log(level, message)
    4035
    4136    def debug(self, message):
     
    4338       
    4439    def info(self, message):
    45         self.log(message, logging._levelNames['INFO'])
     40        #self.log(message, logging._levelNames['INFO'])
     41        self.logger.log(logging._levelNames['INFO'], message)
    4642
    4743    def warning(self, message):
  • patricktest.py

    r179 r199  
    5252
    5353from soaplib.client import make_service_client
    54 from IbidasSOAP import IbidasSOAPService
    55 client = make_service_client('http://localhost:11001/service.wsdl', IbidasSOAPService())
     54from IbidasSOAP import IbidasSOAPServer
     55client = make_service_client('http://localhost:11001/service.wsdl', IbidasSOAPServer())
    5656
    5757ipshell = IPShellEmbed(banner='Welcome to the IBIDAS system',exit_msg='IBIDAS shutting down ...')
     
    197197    "database.password":            "ibidas",
    198198    "database.host":                "127.0.0.1",
    199     "database.port":                "5432",
    200 }
     199    "database.port":                "5432"
     200}
     201
    201202
    202203testconfig = config.loadConfig('ibidas.ini',_ConfigDefault)
  • setup_db.py

    r187 r199  
    1616class IbidasSetup:
    1717   
    18     def __init__(self, debug, override):
     18    def __init__(self, debug = False, override = False, nosoap = False):
    1919        self.debug = debug
    2020        self.override = override
     21        self.nosoap = nosoap
     22   
     23    def getPossibleVars(self):
     24        return {'debug': "For debug mode. It installs a unittest database and removes it.",
     25                'override': "If set, it will override the database specified if it already exists.",
     26                'nosoap': "Will prevent the system from regenerating IbidasSerializers."
     27        }
     28       
     29    def vars(self):
     30        print "debug: " + str(self.debug)
     31        print "override: " + str(self.override)
     32        print "nosoap: " + str(self.nosoap)
    2133   
    2234    def start(self):
     
    3648        else:
    3749            self._output("  * Override database if exists: NO")
     50        if self.nosoap:
     51            self._output("  * Generate IbidasSerializers: NO")
     52        else:
     53            if self.debug:
     54                append = " (These are NOT generated because of debug mode!)"
     55            else:
     56                append = ""
     57            self._output("  * Generate IbidasSerializers: YES" + append)
    3858               
    3959       
    4060    def _output(self, string, showtime=True):
     61        try:
     62            self.cd.logger.info(string)
     63        except:
     64            pass
    4165        if showtime:
    4266            print "["+ time.strftime("%H:%M:%S", time.localtime()) + "] " + string
     
    4771        self._loadConfig()
    4872        exists = self._testConnection()
    49         if (exists and not override):
     73        if (exists and not self.override):
    5074            self._output("The database you've specified in setup.ini already exists.")
    5175            self._output("If you want to override this database, please supply the argument 'override' "\
     
    6589        }
    6690        self.setupconfig = config.loadConfig('setup.ini', _ConfigDefault)
    67         if debug:
     91        if self.debug:
    6892            self.setupconfig['setup.db_name'] = "ibidas_unittest"
    6993            self.setupconfig['setup.setup_type'] = "new"
    7094        if not(self.setupconfig['setup.setup_type'] == "new"):
    71             self._output("Your setup.ini specifies that no new setup should be done.")
     95            self._output("SECURITY ERROR: Your setup.ini specifies that no new setup should be done.")
    7296            self._output("Current value: setup_type = " + self.setupconfig['setup.setup_type'])
    7397            self._output("If you want to install a new database, change this variable to 'new'")
     
    94118        self.cursor = self.cd.getSingletonCursor()
    95119        self._dropDatabase()
    96         if not(debug):
     120        if not(self.debug):
    97121            self._dropUser()
    98122            self._dropUserGroup()
     
    113137        self._executeIbidasSQL()
    114138        self._output("Tables created.")
    115         if not(debug):
     139        if not(self.debug):
    116140            self._createUser()
    117141            self._createUserGroup()
     
    120144        ''' Return to the normal isolation level '''
    121145        self.cd.set_isolation_level(il)
    122         if not(debug):
     146        if not(self.nosoap) and not(self.debug):
     147            # only create serializers when NOT in debug mode and when desired
     148            self._createSerializers()
     149        if not(self.debug):
    123150            self._writeInitConfig()
     151        self._closeConnection()
    124152        self._output("Setup_db script finished.")
    125153        self._output("We hope you'll enjoy using Ibidas. For support, please visit https://wiki.nbic.nl/index.php/Ibidas")
     
    130158        Defined access rights and created the configuration file.
    131159        '''
     160   
     161    def _createSerializers(self):
     162        try:
     163            from web.model.setup_serializers import SerializerGenerator
     164            import os
     165            folder = os.getcwd() + "/web/model"
     166            sg = SerializerGenerator(folder)
     167            self._output("Creating SOAP Serializers in folder " + folder)
     168            sg.generate(self.cursor, self.cd._getTables())
     169            self._output("Serializers created.")
     170        except:
     171            self._output("Could not create the SOAP Serializers. Please make sure the folder exists!")
     172            sys.exit()
    132173   
    133174    def _executeIbidasSQL(self):
     
    289330                sys.exit()
    290331        self._output("Created " + str(len(existing) + 1) + " views..")
    291        
     332
     333    def _closeConnection(self):
     334        ''' Close connections '''
     335           
     336        self.cursor.close()
     337        self.cd.close()   
     338   
    292339    def _writeInitConfig(self):
    293340        ''' Create the config file based on the authenticated_mode variable '''
     
    297344            self._output("Authenticated mode is ON. The " \
    298345                  "configuration file 'ibidas.ini' will contain the login credentials of the setup " \
    299                   "configuration file. Please create one or more users and change these credentials " \
     346                  "configuration file.")
     347            self._output("Please create one or more users and change these credentials " \
    300348                  "for your own system's security purposes!")
    301349            _dbConfigDefault = {
     
    333381            sys.exit()
    334382       
    335         ''' Close connections '''
    336            
    337         self.cursor.close()
    338         self.cd.close()
    339        
    340383        ''' Change the setup.ini setup_type variable '''
    341384        self._output("Resetting setup.ini variable 'setup_type' to prevent clearing this database next time.")
     
    345388
    346389''' cmd line pick up '''
    347 if len(sys.argv) == 3:
    348     if (sys.argv[1] == "debug" or sys.argv[2] == "debug"):
    349         debug = True
    350     else:
    351         debug = False
    352     if (sys.argv[1] == "override" or sys.argv[2] == "override"):
    353         override = True
    354     else:
    355         override = False
    356 elif len(sys.argv) == 2:
    357     if (sys.argv[1] == "debug"):
    358         debug = True
    359     else:
    360         debug = False
    361     if (sys.argv[1] == "override"):
    362         override = True
    363     else:
    364         override = False
    365 elif len(sys.argv) == 1:
    366     debug = False
    367     override = False
     390s = IbidasSetup()
     391vars_set = 0
     392pv = s.getPossibleVars()
     393args_to_vars1 = pv.keys()
     394for arg in range(1, len(sys.argv)):
     395    for i in range(0, len(args_to_vars1)):
     396        if sys.argv[arg] == args_to_vars1[i]:
     397            vars_set += 1
     398            setattr(s, args_to_vars1[i], True)
     399
     400if vars_set == (len(sys.argv) -1):
     401    s.start()
    368402else:
    369     print "Please supply the right number of arguments! (Help should be supplied here..)"
     403    print "You've made some errors in arguments."
     404    print "Possible arguments are:"
     405    for j in range(0, len(args_to_vars1)):
     406        print "  - " + args_to_vars1[j] + "\t -> \t" + pv[args_to_vars1[j]]
    370407    sys.exit()
    371 s = IbidasSetup(debug, override)
    372 s.start()
  • web/IbidasAtomicServicesTemp.py

    r185 r199  
    11''' SOAP specific '''
    22from soaplib.service import soapmethod
    3 from soaplib.serializers.primitive import String, Integer, Array
     3from soaplib.serializers.primitive import *
    44#from model.ibidasitem import IbidasItem
    5 from model.IbidasSerializers import IbidasItem
     5from model.IbidasSerializers import *
    66from IbidasMessage import IbidasMessage
    77import time
     
    1414    """
    1515    def __init__(self):
    16         pass
     16        _ConfigDefault = {
     17            "database.name":                "ibidas_test",
     18            "database.user":                "bla",
     19            "database.password":            "bla",
     20            "database.host":                "127.0.0.1",
     21            "database.port":                "5432",
     22        }
     23
     24        iconfig = config.loadConfig('ibidas.ini',_ConfigDefault)
     25        self.cd = postgres.openConnection(iconfig['database.host'],\
     26            iconfig['database.port'],iconfig['database.name'],\
     27            iconfig['database.user'],iconfig['database.password']).getConSet()
    1728
    1829    @soapmethod(_returns=String)
     
    3950    def returnTestItem(self):
    4051        """ Get a user-defined IbidasItem serializer """
    41         ii = IbidasItem(item_id = 1, source_id = 1, type_id = 1, display_name = "Test")
     52        ii = IbidasItem(1,1,"Test", 1)
    4253        return ii
     54   
     55    @soapmethod(_returns=IbidasTerm)
     56    def returnTestTerm(self):
     57        """ Get a user-defined IbidasTerm serializer """
     58        it = IbidasTerm(1,1,"Test","Test","Test")
     59        return it
    4360   
    4461    @soapmethod(_returns=IbidasMessage)
    4562    def returnTestMessage(self):
    4663        """ Get a user-defined IbidasMessage serializer """
    47         im = IbidasMessage()
    48         im.addIbidasItem(self.returnTestItem())
     64        item = self.returnTestItem()
     65        term = self.returnTestTerm()
     66        im = IbidasMessage(item, term)
    4967        return im
     68       
  • web/IbidasMessage.py

    r185 r199  
    1 from soaplib.serializers.primitive import String, Integer, Array
     1from soaplib.serializers.primitive import *
    22from soaplib.serializers.clazz import ClassSerializer
    33from model.IbidasSerializers import *
     
    99   
    1010    class types:
    11         items = Array(IbidasItem)
    12         links = Array(IbidasLink)
    13         terms = Array(IbidasTerm)
    14         sets = Array(IbidasSet)
    15         termlinks = Array(IbidasTermLink)
    16         setlinks = Array(IbidasSetLink)
    17    
    18     def __init__(self, items=[], links=[], terms=[], sets=[], termlinks=[], setlinks=[]):
    19         self.items = items
    20         self.links = links
    21         self.terms = terms
    22         self.sets = sets
    23         self.termlinks = termlinks
    24         self.setlinks = setlinks
    25    
    26     """
    27     def addBioConcept(self, bc_id, bc_name, ds_id, type_id):
    28         #FIXME: should check if bioconcept is unique
    29         bc = {
    30             'bioconcept_id': bc_id,
    31             'name': bc_name,
    32             'dataset_id': ds_id,
    33             'type_id': type_id
    34         }
    35         self.message.get('bioconcepts').append(bc)
    36     """   
    37        
    38     def addItem(self, i_id, i_name, s_id, t_id):
    39         """ @todo: should check if item is unique """
    40         item = IbidasItem(item_id=i_id, source_id = s_id, type_id = t_id, display_name=i_name, )
    41         print getattr(self, 'items')
    42         self.items.append(item)
    43        
    44     def addIbidasItem(self, item):
    45         self.addIbidasThing('items', item)
    46        
    47     def addIbidasThing(self, which, what):
    48         property = getattr(self, which)
    49         if property is not None:
    50             property.append(what)
     11        item = IbidasItem
     12        term = IbidasTerm
    5113
    52     """
    53     def addBioRelationship(self, br_id, source_bc_id, target_bc_id,
    54             directed, ds_id, type_id):
    55         '''Adds a biorelationship to the message.'''
    56         #FIXME: should check if biorelationship is unique
    57         br = {
    58             'biorelationship_id': br_id,
    59             'source_bioconcept_id': source_bc_id,
    60             'target_bioconcept_id': target_bc_id,
    61             'directed': directed,
    62             'dataset_id': ds_id,
    63             'type_id': type_id
    64         }
    65         self.message.get('biorelationships').append(br)
    66     """
    67 
    68     def addLink(self, l_id, s_i_id, t_i_id, d, ds_id, t_id):
    69         ''' Adds a link to the message. '''
    70         '''@todo: should check if link is unique '''
    71         link = IbidasLink(link_id = l_id, source_item_id = s_i_id, target_item_id = t_i_id,
    72                           directed = d, source_id = ds_id, type_id = t_id)
    73         self.get('links').append(link)
    74    
    75     """   
    76     def addDataset(self, ds_id, name, version, description, type_id):
    77         dataset = {
    78             'dataset_id': ds_id,
    79             'name': name,
    80             'version': version,
    81             'desciption': description,
    82             'type_id': type_id
    83         }
    84         self.message.get('datasets').append(dataset)
    85     """
    86        
    87     def addSet(self, ds_id, name, version, description, type_id):
    88         set = {
    89             'set_id': ds_id,
    90             'name': name,
    91             'version': version,
    92             'desciption': description,
    93             'type_id': type_id
    94         }
    95         self.message.get('sets').append(set)
    96 
    97     """
    98     def addDatasetRelationship(self, parent, child):
    99         ds_rel = {
    100             'parent' : parent,
    101             'child' : child
    102         }
    103         self.message.get('datasetrelationships').append(ds_rel)
    104     """
    105        
    106     def addSetLink(self, parent, child):
    107         setlink = {
    108             'parent' : parent,
    109             'child' : child
    110         }
    111         self.get('setlinks').append(setlink)
    112 
    113     """
    114     #def addTerm(self, term_id, name, description="", identifier="", dataset_id=""):
    115     def addTerm(self, term_id, name):
    116         term = {
    117             'term_id': term_id,
    118             'name': name,
    119         }
    120         self.message.get('terms').append(term)
    121     """
    122        
    123     def addTerm(self, term_id, name):
    124         term = {
    125             'term_id': term_id,
    126             'name': name,
    127         }
    128         self.get('terms').append(term)
    129 
    130     """
    131     def addTermRelationship(self, parent, child):
    132         term_rel = {
    133             'parent' : parent,
    134             'child' : child
    135         }
    136         self.message.get('termrelationships').append(term_rel)
    137     """ 
    138        
    139     def addTermLink(self, parent, child):
    140         termlink = {
    141             'parent' : parent,
    142             'child' : child
    143         }
    144         self.get('termlink').append(termlink)
     14    def __init__(self, item, term):
     15        self.item = item
     16        self.term = term
  • web/model/IbidasSerializers.py

    r185 r199  
    1 from soaplib.serializers.primitive import String, Integer, Array, Boolean
     1from soaplib.serializers.primitive import *
    22from soaplib.serializers.clazz import ClassSerializer
    3 
     3 
    44class IbidasSerializer(ClassSerializer):
    5    
    6     def __init__(self, **values):
    7         for name, value in values.items():
    8             setattr(self, name, value)   
     5 
     6        def __init__(self, container):
     7                for key,value in values:
     8                        setattr(self, key, value)
     9
     10class IbidasPropItem(IbidasSerializer):
     11 
     12        class types:
     13                source_id = Integer
     14                item_id = Integer
     15                prop_id = Integer
     16                type_id = Integer
     17
     18class IbidasSet(IbidasSerializer):
     19 
     20        class types:
     21                description = String
     22                type_id = Integer
     23                version = String
     24                source_id = Integer
     25                set_id = Integer
     26                name = String
     27
     28class IbidasTermPropDoublearray(IbidasSerializer):
     29 
     30        class types:
     31                source_id = Integer
     32                term_id = Integer
     33                prop_id = Integer
     34                value = Array(Float)
     35                type_id = Integer
     36
     37class IbidasTermChildLink(IbidasSerializer):
     38 
     39        class types:
     40                source_id = Integer
     41                parent_id = Integer
     42                child_id = Integer
     43                type_id = Integer
     44                term_link_id = Integer
     45
     46class IbidasItemPropDoublearray(IbidasSerializer):
     47 
     48        class types:
     49                source_id = Integer
     50                item_id = Integer
     51                prop_id = Integer
     52                value = Array(Float)
     53                type_id = Integer
     54
     55class IbidasSetChildLink(IbidasSerializer):
     56 
     57        class types:
     58                source_id = Integer
     59                parent_id = Integer
     60                child_id = Integer
     61                set_link_id = Integer
     62                type_id = Integer
     63
     64class IbidasTermLinkPropDoublearray(IbidasSerializer):
     65 
     66        class types:
     67                source_id = Integer
     68                prop_id = Integer
     69                value = Array(Float)
     70                type_id = Integer
     71
     72class IbidasPropTerm(IbidasSerializer):
     73 
     74        class types:
     75                source_id = Integer
     76                term_id = Integer
     77                prop_id = Integer
     78                type_id = Integer
     79
     80class IbidasSetRelationLink(IbidasSerializer):
     81 
     82        class types:
     83                source_id = Integer
     84                parent_id = Integer
     85                partner_id = Integer
     86                set_link_id = Integer
     87                type_id = Integer
     88
     89class IbidasSetPgGroup(IbidasSerializer):
     90 
     91        class types:
     92                source_id = Integer
     93                grosysid = Integer
     94                set_pg_group_id = Integer
     95
     96class IbidasSetPropTxt(IbidasSerializer):
     97 
     98        class types:
     99                source_id = Integer
     100                prop_id = Integer
     101                value = String
     102                set_id = Integer
     103                type_id = Integer
     104
     105class IbidasTermLinkPropDouble(IbidasSerializer):
     106 
     107        class types:
     108                source_id = Integer
     109                prop_id = Integer
     110                value = Float
     111                type_id = Integer
     112
     113class IbidasTermPropDouble(IbidasSerializer):
     114 
     115        class types:
     116                source_id = Integer
     117                term_id = Integer
     118                prop_id = Integer
     119                value = Float
     120                type_id = Integer
     121
     122class IbidasSetTree(IbidasSerializer):
     123 
     124        class types:
     125                description = String
     126                type_id = Integer
     127                parent_id = Integer
     128                version = String
     129                begin_pos = Integer
     130                source_id = Integer
     131                end_pos = Integer
     132                set_id = Integer
     133                name = String
     134
     135class IbidasItemLink(IbidasSerializer):
     136 
     137        class types:
     138                source_id = Integer
     139                parent_id = Integer
     140                item_link_id = Integer
     141                type_id = Integer
     142
     143class IbidasItemChildLink(IbidasSerializer):
     144 
     145        class types:
     146                source_id = Integer
     147                parent_id = Integer
     148                child_id = Integer
     149                item_link_id = Integer
     150                type_id = Integer
     151
     152class IbidasItemPropTxt(IbidasSerializer):
     153 
     154        class types:
     155                source_id = Integer
     156                item_id = Integer
     157                prop_id = Integer
     158                value = String
     159                type_id = Integer
     160
     161class IbidasTermLinkPropItem(IbidasSerializer):
     162 
     163        class types:
     164                source_id = Integer
     165                item_id = Integer
     166                prop_id = Integer
     167                type_id = Integer
     168
     169class IbidasItemPropTerm(IbidasSerializer):
     170 
     171        class types:
     172                source_id = Integer
     173                item_id = Integer
     174                prop_id = Integer
     175                term_id = Integer
     176                type_id = Integer
     177
     178class IbidasItemLinkPropTxt(IbidasSerializer):
     179 
     180        class types:
     181                source_id = Integer
     182                prop_id = Integer
     183                value = String
     184                type_id = Integer
     185
     186class IbidasPropAccession(IbidasSerializer):
     187 
     188        class types:
     189                source_id = Integer
     190                prop_id = Integer
     191                value = String
     192                type_id = Integer
     193
     194class IbidasItemTree(IbidasSerializer):
     195 
     196        class types:
     197                display_name = String
     198                parent_id = Integer
     199                type_id = Integer
     200                source_id = Integer
     201                begin_pos = Integer
     202                item_id = Integer
     203                end_pos = Integer
     204
     205class IbidasSetLink(IbidasSerializer):
     206 
     207        class types:
     208                source_id = Integer
     209                parent_id = Integer
     210                set_link_id = Integer
     211                type_id = Integer
     212
     213class IbidasItemLinkPropDouble(IbidasSerializer):
     214 
     215        class types:
     216                source_id = Integer
     217                prop_id = Integer
     218                value = Float
     219                type_id = Integer
     220
     221class IbidasPropTxt(IbidasSerializer):
     222 
     223        class types:
     224                source_id = Integer
     225                prop_id = Integer
     226                value = String
     227                type_id = Integer
     228
     229class IbidasSetReference(IbidasSerializer):
     230 
     231        class types:
     232                paper_type_id = Integer
     233                description = String
     234                type_id = Integer
     235                version = String
     236                paper_id = Integer
     237                source_id = Integer
     238                set_id = Integer
     239                name = String
     240
     241class IbidasProp(IbidasSerializer):
     242 
     243        class types:
     244                source_id = Integer
     245                prop_id = Integer
     246                type_id = Integer
     247
     248class IbidasTermFamilyLink(IbidasSerializer):
     249 
     250        class types:
     251                type_id = Integer
     252                term_link_id = Integer
     253                parent_id = Integer
     254                source_id = Integer
     255                child_id = Integer
     256                partner_id = Integer
     257
     258class IbidasItemPropSequence(IbidasSerializer):
     259 
     260        class types:
     261                moleculetype = Integer
     262                linear = Boolean
     263                type_id = Integer
     264                sequence = String
     265                item_id = Integer
     266                length = Integer
     267                source_id = Integer
     268                prop_id = Integer
     269                strand = Boolean
     270
     271class IbidasItemLinkPropItem(IbidasSerializer):
     272 
     273        class types:
     274                source_id = Integer
     275                item_id = Integer
     276                prop_id = Integer
     277                type_id = Integer
     278
     279class IbidasItemLinkPropSet(IbidasSerializer):
     280 
     281        class types:
     282                source_id = Integer
     283                prop_id = Integer
     284                set_id = Integer
     285                type_id = Integer
     286
     287class IbidasItemPropDouble(IbidasSerializer):
     288 
     289        class types:
     290                source_id = Integer
     291                item_id = Integer
     292                prop_id = Integer
     293                value = Float
     294                type_id = Integer
     295
     296class IbidasSetLinkPropDoublearray(IbidasSerializer):
     297 
     298        class types:
     299                source_id = Integer
     300                prop_id = Integer
     301                value = Array(Float)
     302                type_id = Integer
     303
     304class IbidasTermTree(IbidasSerializer):
     305 
     306        class types:
     307                end_pos = Integer
     308                name = String
     309                term_id = Integer
     310                parent_id = Integer
     311                begin_pos = Integer
     312                source_id = Integer
     313                identifier = String
     314                description = String
     315
     316class IbidasTermLinkPropSet(IbidasSerializer):
     317 
     318        class types:
     319                source_id = Integer
     320                prop_id = Integer
     321                set_id = Integer
     322                type_id = Integer
     323
     324class IbidasSetLinkPropDouble(IbidasSerializer):
     325 
     326        class types:
     327                source_id = Integer
     328                prop_id = Integer
     329                value = Float
     330                type_id = Integer
     331
     332class IbidasSetLinkPropItem(IbidasSerializer):
     333 
     334        class types:
     335                source_id = Integer
     336                item_id = Integer
     337                prop_id = Integer
     338                type_id = Integer
     339
     340class IbidasPropDoublearray(IbidasSerializer):
     341 
     342        class types:
     343                source_id = Integer
     344                prop_id = Integer
     345                value = Array(Float)
     346                type_id = Integer
     347
     348class IbidasItemProp(IbidasSerializer):
     349 
     350        class types:
     351                source_id = Integer
     352                item_id = Integer
     353                prop_id = Integer
     354                type_id = Integer
     355
     356class IbidasItemTreeLocation(IbidasSerializer):
     357 
     358        class types:
     359                display_name = String
     360                parent_id = Integer
     361                type_id = Integer
     362                source_id = Integer
     363                farleft_pos = Integer
     364                begin_pos = Integer
     365                item_id = Integer
     366                farright_pos = Integer
     367                end_pos = Integer
     368                strand = Boolean
     369                loctype = Integer
     370
     371class IbidasSetLinkPropTerm(IbidasSerializer):
     372 
     373        class types:
     374                source_id = Integer
     375                term_id = Integer
     376                prop_id = Integer
     377                type_id = Integer
     378
     379class IbidasTermPropTxt(IbidasSerializer):
     380 
     381        class types:
     382                source_id = Integer
     383                term_id = Integer
     384                prop_id = Integer
     385                value = String
     386                type_id = Integer
     387
     388class IbidasItemPropSet(IbidasSerializer):
     389 
     390        class types:
     391                source_id = Integer
     392                item_id = Integer
     393                prop_id = Integer
     394                set_id = Integer
     395                type_id = Integer
     396
     397class IbidasTermLinkPropTxt(IbidasSerializer):
     398 
     399        class types:
     400                source_id = Integer
     401                prop_id = Integer
     402                value = String
     403                type_id = Integer
     404
     405class IbidasItemLinkPropDoublearray(IbidasSerializer):
     406 
     407        class types:
     408                source_id = Integer
     409                prop_id = Integer
     410                value = Array(Float)
     411                type_id = Integer
     412
     413class IbidasTermPropItem(IbidasSerializer):
     414 
     415        class types:
     416                source_id = Integer
     417                term_id = Integer
     418                prop_id = Integer
     419                item_id = Integer
     420                type_id = Integer
     421
     422class IbidasSetPropItem(IbidasSerializer):
     423 
     424        class types:
     425                source_id = Integer
     426                item_id = Integer
     427                prop_id = Integer
     428                set_id = Integer
     429                type_id = Integer
     430
     431class IbidasSetFamilyLink(IbidasSerializer):
     432 
     433        class types:
     434                type_id = Integer
     435                parent_id = Integer
     436                set_link_id = Integer
     437                source_id = Integer
     438                child_id = Integer
     439                partner_id = Integer
     440
     441class IbidasTermPropSet(IbidasSerializer):
     442 
     443        class types:
     444                source_id = Integer
     445                term_id = Integer
     446                prop_id = Integer
     447                set_id = Integer
     448                type_id = Integer
     449
     450class IbidasSetLinkProp(IbidasSerializer):
     451 
     452        class types:
     453                source_id = Integer
     454                prop_id = Integer
     455                type_id = Integer
     456
     457class IbidasSetLinkPropTxt(IbidasSerializer):
     458 
     459        class types:
     460                source_id = Integer
     461                prop_id = Integer
     462                value = String
     463                type_id = Integer
     464
     465class IbidasItemLinkProp(IbidasSerializer):
     466 
     467        class types:
     468                source_id = Integer
     469                prop_id = Integer
     470                type_id = Integer
     471
     472class IbidasSetLinkPropSet(IbidasSerializer):
     473 
     474        class types:
     475                source_id = Integer
     476                prop_id = Integer
     477                set_id = Integer
     478                type_id = Integer
     479
     480class IbidasTermLink(IbidasSerializer):
     481 
     482        class types:
     483                source_id = Integer
     484                parent_id = Integer
     485                type_id = Integer
     486                term_link_id = Integer
     487
     488class IbidasTerm(IbidasSerializer):
     489 
     490        class types:
     491                source_id = Integer
     492                term_id = Integer
     493                identifier = String
     494                name = String
     495                description = String
     496
     497class IbidasPropSet(IbidasSerializer):
     498 
     499        class types:
     500                source_id = Integer
     501                prop_id = Integer
     502                set_id = Integer
     503                type_id = Integer
     504
     505class IbidasPropDouble(IbidasSerializer):
     506 
     507        class types:
     508                source_id = Integer
     509                prop_id = Integer
     510                value = Float
     511                type_id = Integer
     512
     513class IbidasSetProp(IbidasSerializer):
     514 
     515        class types:
     516                source_id = Integer
     517                prop_id = Integer
     518                set_id = Integer
     519                type_id = Integer
     520
     521class IbidasTermLinkProp(IbidasSerializer):
     522 
     523        class types:
     524                source_id = Integer
     525                prop_id = Integer
     526                type_id = Integer
     527
     528class IbidasTermRelationLink(IbidasSerializer):
     529 
     530        class types:
     531                source_id = Integer
     532                parent_id = Integer
     533                type_id = Integer
     534                partner_id = Integer
     535                term_link_id = Integer
     536
     537class IbidasSetPropDoublearray(IbidasSerializer):
     538 
     539        class types:
     540                source_id = Integer
     541                prop_id = Integer
     542                value = Array(Float)
     543                set_id = Integer
     544                type_id = Integer
     545
     546class IbidasSetPropDouble(IbidasSerializer):
     547 
     548        class types:
     549                source_id = Integer
     550                prop_id = Integer
     551                value = Float
     552                set_id = Integer
     553                type_id = Integer
    9554
    10555class IbidasItem(IbidasSerializer):
    11    
    12     class types:
    13         item_id = Integer
    14         source_id = Integer
    15         type_id = Integer
    16         display_name = String
    17            
    18 class IbidasLink(IbidasSerializer):
    19    
    20     class types:
    21         link_id = Integer
    22         source_item_id = Integer
    23         target_item_id = Integer
    24         directed = Boolean
    25         source_id = Integer
    26         type_id = Integer
    27 
    28 class IbidasSet(IbidasSerializer):
    29    
    30     class types:
    31         set_id = Integer
    32         type = Integer
    33         source = Integer
    34         version = String
    35         name = String
    36         description = String
    37        
    38 class IbidasSetLink(IbidasSerializer):
    39    
    40     class types:
    41         parent = Integer
    42         child = Integer
    43        
    44 class IbidasTerm(IbidasSerializer):
    45    
    46     class types:
    47         term_id = Integer
    48         name = String
    49        
    50 class IbidasTermLink(IbidasSerializer):
    51    
    52     class types:
    53         parent = Integer
    54         child = Integer
     556 
     557        class types:
     558                item_id = Integer
     559                source_id = Integer
     560                display_name = String
     561                type_id = Integer
     562
     563class IbidasTermTreeTaxon(IbidasSerializer):
     564 
     565        class types:
     566                division_id = Integer
     567                mito_genetic_code_id = Integer
     568                end_pos = Integer
     569                name = String
     570                term_id = Integer
     571                genetic_code_id = Integer
     572                parent_id = Integer
     573                ncbi_taxon_id = Integer
     574                begin_pos = Integer
     575                source_id = Integer
     576                taxon_rank_id = Integer
     577                identifier = String
     578                description = String
     579
     580class IbidasItemRelationLink(IbidasSerializer):
     581 
     582        class types:
     583                source_id = Integer
     584                parent_id = Integer
     585                partner_id = Integer
     586                item_link_id = Integer
     587                type_id = Integer
     588
     589class IbidasItemLinkPropTerm(IbidasSerializer):
     590 
     591        class types:
     592                source_id = Integer
     593                term_id = Integer
     594                prop_id = Integer
     595                type_id = Integer
     596
     597class IbidasTermLinkPropTerm(IbidasSerializer):
     598 
     599        class types:
     600                source_id = Integer
     601                term_id = Integer
     602                prop_id = Integer
     603                type_id = Integer
     604
     605class IbidasSetPropTerm(IbidasSerializer):
     606 
     607        class types:
     608                source_id = Integer
     609                term_id = Integer
     610                prop_id = Integer
     611                set_id = Integer
     612                type_id = Integer
     613
     614class IbidasItemFamilyLink(IbidasSerializer):
     615 
     616        class types:
     617                item_link_id = Integer
     618                type_id = Integer
     619                parent_id = Integer
     620                source_id = Integer
     621                child_id = Integer
     622                partner_id = Integer
     623
     624class IbidasTermProp(IbidasSerializer):
     625 
     626        class types:
     627                source_id = Integer
     628                term_id = Integer
     629                prop_id = Integer
     630                type_id = Integer
     631
     632class IbidasItemPropAccession(IbidasSerializer):
     633 
     634        class types:
     635                source_id = Integer
     636                item_id = Integer
     637                prop_id = Integer
     638                value = String
     639                type_id = Integer
     640
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.