Ticket #353 (closed enhancement: fixed)

Opened 3 years ago

Last modified 3 years ago

Subject species shouldn't be required

Reported by: robert@… Owned by: business@…
Priority: major Milestone: Must have
Component: Unknown Version: 0.6.6
Keywords: Cc: janneke@…
Product: Operating system:
URL: Hardware:

Description

Sometimes sequencing studies are done using product samples or air samples. The subject for these samples is a product, or 'air'. These subjects don't seem to have a correct species in the ontology field, so it should be possible to have the species field empty.

Change History

Changed 3 years ago by work@…

  • version changed from 0.6.3 to 0.6.6
  • type changed from defect to enhancement

That is an interesting one... GSCF currently is a biological study tool which means a subject is a biological entity. This feature request is a fundamental change in what GSCF actually is, and I am not sure if this is the proper way to go, or the right approach altogether...

Changed 3 years ago by work@…

Just for information, the Environmental Ontology could be used to captured such information (it contains different types of soil, water, etcetera):

 http://bioportal.bioontology.org/ontologies/45030

Ontology: 1068

(e.g.:  http://localhost:8080/gscf/termEditor/pages?ontologies=1069 )

Changed 3 years ago by work@…

related to #356

Changed 3 years ago by business@…

A biological study can still have 'soil' as a sample, with many species in there. Is #356 a solution for this? (Add listEntries: ["unknown","none"] to the template field definition in the Subject domain class).

Changed 3 years ago by business@…

  • milestone set to 0.7.0

Changed 3 years ago by work@…

copy/paste from the email:

We hebben vanochtend gesproken over mogelijke oplossingen voor het issue met de subject species die verplicht zijn (zie ook #356). We hebben verschillende opties op een rijtje gezet (incl. voor- en nadelen). Volgens ons is het van belang om deze oplossingen ook met de PI's te bespreken, omdat het voor hen ook gevolgen heeft. De opties die wij hebben bedacht zijn:

* species veld niet-verplicht maken

+ flexibiliteit voor verschillende doelgroepen
+ eenvoudig te implementeren

  • het invullen van het species-veld kan soms overgeslagen worden en moet organisatorisch worden afgedwongen (als dat nodig is)

* species veld niet meer als domeinveld maar als templateveld maken.

+ flexibiliteit voor verschillende doelgroepen
+ eenvoudig te implementeren
+ (t.o.v. vorige oplossing) species veld kan verplicht worden gemaakt in een template.

  • het invullen van het species-veld kan soms overgeslagen worden en moet organisatorisch worden afgedwongen (als dat nodig is). Hierbij is het wel makkelijker dan bij de vorige oplossing, omdat je slechts het gebruik van bepaalde templates hoeft af te dwingen
  • in bepaalde gevallen zou dit een performance issue kunnen opleveren, omdat domeinvelden eenvoudiger kunnen worden doorzocht. In de praktijk lijkt het nu echter nog niet voor te komen

* species veld uitbreiden met unknown/none opties

+ species veld wordt altijd ingevuld
+ deze oplossing (i.e. ontologyvelden uitbreiden met stringlist opties) is breder toepasbaar, bv. bij placebo velden

  • het invullen van het species-veld kan soms overgeslagen worden (door 'unknown' te kiezen) en moet organisatorisch worden afgedwongen (als dat nodig is)

* samples krijgen naast een parentSubject ook een parentOrigin, en een van beide is verplicht

+ je hebt altijd informatie over de oorsprong van de sample

  • complex om te implementeren
  • verplichting kan zorgen voor weerstand/frustratie bij het invullen
  • mogelijk blijkt dit op termijn toch niet voldoende te zijn voor alle usecases

* species kunnen worden gekozen uit meer ontologies dan nu het geval is (bv. ook uit 1069)

+ je hebt altijd informatie over de oorsprong van de sample, ook 'soil' en 'air' kunnen worden gekozen
+ eenvoudig te implementeren

  • mogelijk blijkt dit op termijn toch niet voldoende te zijn voor alle usecases (bv. fabrieken)
  • naam species dekt de lading niet echt meer

Uit de discussie hier kwam een voorkeur voor de tweede oplossing. Daarbij zou het handig zijn om bij het maken van een nieuwe subject template, altijd standaard het veld 'species' toe te voegen. De gebruiker moet dan expliciet aangeven dat hij het veld niet wil. Dat zorgt ervoor dat zoveel mogelijk templates toch het veld species hebben.

Ik ben benieuwd naar jouw reactie en naar die van de PI's. Mocht je vragen hebben, dan hoor ik het graag.

Changed 3 years ago by work@…

  • milestone changed from 0.7.0 to 0.7.1

I also talked about this with Jildau, and the options above. During initial discussions internally, it appears specifies is such a fundamental thing it should not be removed, nor being able to be extended with non-ontology terms. However, the PI discussions should still commence...

moving to 0.7.1

Changed 3 years ago by robert@…

Still, there should be a possibility to enter e.g. a factory or soil as a subject, and it doesn't have a proper value for species.

Changed 3 years ago by work@…

yes I understand, but apparently the question has now become if such a sollution should be in the GSCF trunk, or in a branch / fork instead... later more

Changed 3 years ago by robert@…

If the species field could also be selected from the ENVO ontology (1069), it seems to be working OK for air, soil and factory subjects.

Changed 3 years ago by jannekevdp@…

  • milestone changed from 0.7.1 to Must have

Changed 3 years ago by robert@…

  • status changed from new to assigned

Environmental Ontology was added in r1786. Would you test whether it works OK?

Changed 3 years ago by janneke@…

  • status changed from assigned to closed
  • cc janneke@… added
  • resolution set to fixed
Note: See TracTickets for help on using tickets.