Ignore:
Timestamp:
Aug 27, 2010, 3:17:46 PM (9 years ago)
Author:
duh
Message:
  • flushing seems to work, modified all bootstrapping to implement flushing
File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrapStudies.groovy

    r845 r850  
    170170                        startDate: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-02'),
    171171                        owner: owner
    172                 ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     172                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)}
    173173
    174174                mouseStudy.setFieldValue('Description', "C57Bl/6 mice were fed a high fat (45 en%) or low fat (10 en%) diet after a four week run-in on low fat diet.");// After 1 week 10 mice that received a low fat diet were given an IP leptin challenge and 10 mice of the low-fat group received placebo injections. The same procedure was performed with mice that were fed the high-fat diet. After 4 weeks the procedure was repeated. In total 80 mice were culled." )
    175                 mouseStudy.save()
     175                mouseStudy.save(flush:true)
    176176
    177177                def evLF = new Event(
     
    255255                .addToSamplingEvents(evS)
    256256                .addToSamplingEvents(evS4)
    257                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     257                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)}
    258258
    259259                // Extra check if the SamplingEvents are saved correctly
    260                 evS.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    261                 evS4.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     260                evS.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)}
     261                evS4.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)}
    262262
    263263                def LFBV1 = new EventGroup(name:"10% fat + vehicle for 1 week")
     
    317317                        // (this is possibly a Grails or Hibernate bug)
    318318                        mouseStudy.addToSubjects(currentSubject)
    319                         currentSubject.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     319                        currentSubject.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)}
    320320
    321321                        // Add subject to appropriate EventGroup
    322                         if (x > 70) { HFBL4.addToSubjects(currentSubject).save() }
    323                         else if (x > 60) { HFBV4.addToSubjects(currentSubject).save() }
    324                         else if (x > 50) { LFBL4.addToSubjects(currentSubject).save() }
    325                         else if (x > 40) { LFBV4.addToSubjects(currentSubject).save() }
    326                         else if (x > 30) { HFBL1.addToSubjects(currentSubject).save() }
    327                         else if (x > 20) { HFBV1.addToSubjects(currentSubject).save() }
    328                         else if (x > 10) { LFBL1.addToSubjects(currentSubject).save() }
    329                         else             { LFBV1.addToSubjects(currentSubject).save() }
     322                        if (x > 70) { HFBL4.addToSubjects(currentSubject).save(flush:true) }
     323                        else if (x > 60) { HFBV4.addToSubjects(currentSubject).save(flush:true) }
     324                        else if (x > 50) { LFBL4.addToSubjects(currentSubject).save(flush:true) }
     325                        else if (x > 40) { LFBV4.addToSubjects(currentSubject).save(flush:true) }
     326                        else if (x > 30) { HFBL1.addToSubjects(currentSubject).save(flush:true) }
     327                        else if (x > 20) { HFBV1.addToSubjects(currentSubject).save(flush:true) }
     328                        else if (x > 10) { LFBL1.addToSubjects(currentSubject).save(flush:true) }
     329                        else             { LFBV1.addToSubjects(currentSubject).save(flush:true) }
    330330
    331331                        // Create sample
     
    338338                        );
    339339                        mouseStudy.addToSamples(currentSample)
    340                         currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     340                        currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)}
    341341                        currentSample.setFieldValue( "Text on vial", "T" + (Math.random() * 100L) )
    342342                }
     
    352352                .addToEventGroups(HFBV4)
    353353                .addToEventGroups(HFBL4)
    354                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     354                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)}
    355355
    356356                // Add persons and publications to study
     
    363363        .addToPublications( publication1 )
    364364        .addToPublications( publication2 )
    365                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     365                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)}
    366366
    367367                // Add example human study
     
    379379                )
    380380                .setFieldValue( 'Description', "Human study performed at RRI; centres involved: RRI, IFR, TUM, Maastricht U." )
    381                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     381                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)}
    382382
    383383                def rootGroup = new EventGroup(name: 'Root group');
     
    404404                rootGroup.addToSamplingEvents bloodSamplingEventBefore
    405405                rootGroup.addToSamplingEvents bloodSamplingEventAfter
    406                 rootGroup.save()
     406                rootGroup.save(flush:true)
    407407
    408408                def y = 1
     
    421421
    422422                        humanStudy.addToSubjects(currentSubject)
    423                         currentSubject.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     423                        currentSubject.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)}
    424424
    425425                        rootGroup.addToSubjects currentSubject
    426                         rootGroup.save()
     426                        rootGroup.save(flush:true)
    427427
    428428                        def currentSample = new Sample(
     
    435435
    436436                        humanStudy.addToSamples(currentSample)
    437                         currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     437                        currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)}
    438438                        currentSample.setFieldValue( "Text on vial", "T" + (Math.random() * 100L) )
    439439
     
    447447
    448448                        humanStudy.addToSamples(currentSample)
    449                         currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     449                        currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)}
    450450                        currentSample.setFieldValue( "Text on vial", "T" + (Math.random() * 100L) )
    451451                }
     
    462462                .addToPersons( studyperson3 )
    463463                .addToPublications( publication2 )
    464                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     464                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)}
    465465
    466466                println ".adding assay references to mouse example study..."
     
    471471                        platform: 'clinical measurements',
    472472                        url: 'http://sam.nmcdsp.org'
    473                 ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     473                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)}
    474474
    475475                // Add metabolomics assay reference
     
    478478                        platform: 'GCMS/LCMS',
    479479                        url: 'http://nmcdsp.nmcdsp.org'
    480                 ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     480                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)}
    481481
    482482                def lipidAssayRef = new Assay(
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.