Changeset 850

Show
Ignore:
Timestamp:
27-08-10 15:17:46 (4 years ago)
Author:
duh
Message:

- flushing seems to work, modified all bootstrapping to implement flushing

Location:
trunk/grails-app/conf
Files:
3 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy

    r848 r850  
    130130                                                ontology: speciesOntology, 
    131131                                                accession: '10090' 
    132                                         ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     132                                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    133133 
    134134                                        def humanTerm = new Term( 
     
    136136                                                ontology: speciesOntology, 
    137137                                                accession: '9606' 
    138                                         ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     138                                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    139139                                } else { 
    140140                                        // general study boostrapping 
  • trunk/grails-app/conf/BootStrapStudies.groovy

    r845 r850  
    170170                        startDate: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-02'), 
    171171                        owner: owner 
    172                 ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     172                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    173173 
    174174                mouseStudy.setFieldValue('Description', "C57Bl/6 mice were fed a high fat (45 en%) or low fat (10 en%) diet after a four week run-in on low fat diet.");// After 1 week 10 mice that received a low fat diet were given an IP leptin challenge and 10 mice of the low-fat group received placebo injections. The same procedure was performed with mice that were fed the high-fat diet. After 4 weeks the procedure was repeated. In total 80 mice were culled." ) 
    175                 mouseStudy.save() 
     175                mouseStudy.save(flush:true) 
    176176 
    177177                def evLF = new Event( 
     
    255255                .addToSamplingEvents(evS) 
    256256                .addToSamplingEvents(evS4) 
    257                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     257                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    258258 
    259259                // Extra check if the SamplingEvents are saved correctly 
    260                 evS.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    261                 evS4.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     260                evS.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
     261                evS4.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    262262 
    263263                def LFBV1 = new EventGroup(name:"10% fat + vehicle for 1 week") 
     
    317317                        // (this is possibly a Grails or Hibernate bug) 
    318318                        mouseStudy.addToSubjects(currentSubject) 
    319                         currentSubject.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     319                        currentSubject.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    320320 
    321321                        // Add subject to appropriate EventGroup 
    322                         if (x > 70) { HFBL4.addToSubjects(currentSubject).save() } 
    323                         else if (x > 60) { HFBV4.addToSubjects(currentSubject).save() } 
    324                         else if (x > 50) { LFBL4.addToSubjects(currentSubject).save() } 
    325                         else if (x > 40) { LFBV4.addToSubjects(currentSubject).save() } 
    326                         else if (x > 30) { HFBL1.addToSubjects(currentSubject).save() } 
    327                         else if (x > 20) { HFBV1.addToSubjects(currentSubject).save() } 
    328                         else if (x > 10) { LFBL1.addToSubjects(currentSubject).save() } 
    329                         else             { LFBV1.addToSubjects(currentSubject).save() } 
     322                        if (x > 70) { HFBL4.addToSubjects(currentSubject).save(flush:true) } 
     323                        else if (x > 60) { HFBV4.addToSubjects(currentSubject).save(flush:true) } 
     324                        else if (x > 50) { LFBL4.addToSubjects(currentSubject).save(flush:true) } 
     325                        else if (x > 40) { LFBV4.addToSubjects(currentSubject).save(flush:true) } 
     326                        else if (x > 30) { HFBL1.addToSubjects(currentSubject).save(flush:true) } 
     327                        else if (x > 20) { HFBV1.addToSubjects(currentSubject).save(flush:true) } 
     328                        else if (x > 10) { LFBL1.addToSubjects(currentSubject).save(flush:true) } 
     329                        else             { LFBV1.addToSubjects(currentSubject).save(flush:true) } 
    330330 
    331331                        // Create sample 
     
    338338                        ); 
    339339                        mouseStudy.addToSamples(currentSample) 
    340                         currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     340                        currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    341341                        currentSample.setFieldValue( "Text on vial", "T" + (Math.random() * 100L) ) 
    342342                } 
     
    352352                .addToEventGroups(HFBV4) 
    353353                .addToEventGroups(HFBL4) 
    354                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     354                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    355355 
    356356                // Add persons and publications to study 
     
    363363        .addToPublications( publication1 ) 
    364364        .addToPublications( publication2 ) 
    365                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     365                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    366366 
    367367                // Add example human study 
     
    379379                ) 
    380380                .setFieldValue( 'Description', "Human study performed at RRI; centres involved: RRI, IFR, TUM, Maastricht U." ) 
    381                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     381                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    382382 
    383383                def rootGroup = new EventGroup(name: 'Root group'); 
     
    404404                rootGroup.addToSamplingEvents bloodSamplingEventBefore 
    405405                rootGroup.addToSamplingEvents bloodSamplingEventAfter 
    406                 rootGroup.save() 
     406                rootGroup.save(flush:true) 
    407407 
    408408                def y = 1 
     
    421421 
    422422                        humanStudy.addToSubjects(currentSubject) 
    423                         currentSubject.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     423                        currentSubject.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    424424 
    425425                        rootGroup.addToSubjects currentSubject 
    426                         rootGroup.save() 
     426                        rootGroup.save(flush:true) 
    427427 
    428428                        def currentSample = new Sample( 
     
    435435 
    436436                        humanStudy.addToSamples(currentSample) 
    437                         currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     437                        currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    438438                        currentSample.setFieldValue( "Text on vial", "T" + (Math.random() * 100L) ) 
    439439 
     
    447447 
    448448                        humanStudy.addToSamples(currentSample) 
    449                         currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     449                        currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    450450                        currentSample.setFieldValue( "Text on vial", "T" + (Math.random() * 100L) ) 
    451451                } 
     
    462462                .addToPersons( studyperson3 ) 
    463463                .addToPublications( publication2 ) 
    464                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     464                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    465465 
    466466                println ".adding assay references to mouse example study..." 
     
    471471                        platform: 'clinical measurements', 
    472472                        url: 'http://sam.nmcdsp.org' 
    473                 ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     473                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    474474 
    475475                // Add metabolomics assay reference 
     
    478478                        platform: 'GCMS/LCMS', 
    479479                        url: 'http://nmcdsp.nmcdsp.org' 
    480                 ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     480                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    481481 
    482482                def lipidAssayRef = new Assay( 
  • trunk/grails-app/conf/BootStrapTemplates.groovy

    r849 r850  
    3030                        ncboId: '1132', 
    3131                        ncboVersionedId: '38802' 
    32                 ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     32                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    3333 
    3434                // add Sample>material ontology 
     
    4141                        ncboId: '1005', 
    4242                        ncboVersionedId: '40643' 
    43                 ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     43                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    4444 
    4545                // add NCI ontology which is used in Mouse genotype template field 
     
    5151                        ncboId: '1032', 
    5252                        ncboVersionedId: '42693' 
    53                 ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     53                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    5454 
    5555                // add CHEBI ontology which is used in Mouse genotype template field 
     
    6161                        ncboId: '1007', 
    6262                        ncboVersionedId: '42878' 
    63                 ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     63                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    6464                 
    6565        } 
     
    7676                        name: 'Gender',type: TemplateFieldType.STRINGLIST, entity: Subject, 
    7777                        listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Male'),new TemplateFieldListItem(name: 'Female'),new TemplateFieldListItem(name: 'Unknown')]) 
    78                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     78                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    7979 
    8080                def ageField = new TemplateField( 
    8181                        name: 'Age',type: TemplateFieldType.INTEGER,entity: Subject,unit: 'years',comment: 'Either include age at the start of the study or date of birth (if known)') 
    82                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     82                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    8383 
    8484                def genotypeField = new TemplateField( 
    8585                        name: 'Genotype', type: TemplateFieldType.STRING,entity: Subject, 
    8686                        comment: 'If present, indicate the genetic variance of the subject (e.g., mutagenized populations,knock-out/in,transgene etc)') 
    87                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     87                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    8888 
    8989                 def genotypeTypeField = new TemplateField( 
     
    9494                                new TemplateFieldListItem(name:'knock-in')], 
    9595                        comment: 'If a genotype was specified, please indicate here the type of the genotype') 
    96                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     96                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    9797 
    9898                def varietyField = new TemplateField( 
    9999                        name: 'Variety', type: TemplateFieldType.STRING,entity: Subject, 
    100100                        comment: 'taxonomic category consisting of members of a species that differ from others of the same species in minor but heritable characteristics') 
    101                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     101                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    102102 
    103103                def ecotypeField = new TemplateField( 
     
    105105                         comment: 'a type or subspecies of life that is especially well adapted to a certain environment' 
    106106                ) 
    107                  .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     107                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    108108 
    109109 
     
    121121                .addToFields(new TemplateField(name: 'Institute',type: TemplateFieldType.STRING,entity: Study,comment:'In which institute was the study performed; indicate the full address information (to be replaced by persons-affiliations?)')) 
    122122                .addToFields(new TemplateField(name: 'Study protocol',type: TemplateFieldType.FILE,entity: Study,comment:'Optionally attach a file in which the protocol in the study is described')) 
    123                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     123                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    124124 
    125125                // Mouse template 
     
    145145                .addToFields(new TemplateField( 
    146146                        name: 'Weight', type: TemplateFieldType.DOUBLE, unit: 'gram',entity: Subject,comment:'If known indicate the weight of the subject in grams at the start of the study')) 
    147                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     147                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    148148 
    149149                // Human template 
     
    175175                .addToFields(new TemplateField( 
    176176                        name: 'Run-in-food',type: TemplateFieldType.TEXT,entity: Subject, comment:'If defined, give a short description of the food used before the measurements')) 
    177                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     177                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    178178 
    179179                println ".adding sample remarks field" 
     
    183183                    entity: Sample 
    184184                ) 
    185                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     185                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    186186 
    187187                println ".adding sample vial textfield" 
     
    191191                    entity: Sample 
    192192                ) 
    193                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     193                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    194194 
    195195                // Human tissue sample template 
     
    209209                        ) 
    210210                ) 
    211                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     211                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    212212 
    213213                // Human blood sample template 
     
    227227                        ) 
    228228                ) 
    229                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     229                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    230230 
    231231                /* 
     
    242242                .addToFields(new TemplateField(name: 'Light Intensity',type: TemplateFieldType.STRING)) 
    243243                .addToFields(new TemplateField(name: 'Harvest Delay',type: TemplateFieldType.STRING)) 
    244                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     244                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    245245                 */ 
    246246 
     
    316316                .addToFields(new TemplateField( 
    317317                        name: 'Additional info', entity: Subject, type: TemplateFieldType.TEXT)) 
    318                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     318                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    319319 
    320320                println ".adding open-field plant template..." 
     
    337337                .addToFields(new TemplateField( 
    338338                        name: 'Harvest delay', entity: Subject, type: TemplateFieldType.TEXT)) 
    339                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     339                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    340340 
    341341                //Plant template 
     
    392392                .addToFields(new TemplateField( 
    393393                        name: 'Harvest delay', type: TemplateFieldType.TEXT, entity: Subject)) 
    394                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     394                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    395395 
    396396                println ".adding plant sample template..." 
     
    401401                .addToFields(sampleRemarksField) 
    402402                .addToFields(sampleVialTextField) 
    403                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     403                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    404404 
    405405                println ".adding material prep template" 
     
    441441                        ) 
    442442                ) 
    443                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     443                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    444444 
    445445                def protocolField = new TemplateField( 
     
    449449                        comment: 'You can upload a protocol here which describes the procedure which was used when carrying out the event' 
    450450                ) 
    451                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     451                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)} 
    452452 
    453453                // diet treatment template 
     
    493493                ) 
    494494                .addToFields(protocolField) 
    495                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     495                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)()} 
    496496 
    497497                // fasting treatment template 
     
    509509                        ) 
    510510                ) 
    511                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     511                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)()} 
    512512 
    513513                // SamplingEvent templates 
     
    519519                        comment: 'You can upload a protocol here which describes the procedure which was used when carrying out the sampling event' 
    520520                ) 
    521                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     521                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)()} 
    522522 
    523523                // liver sampling event template 
     
    537537                        ) 
    538538                ) 
    539                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     539                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)()} 
    540540 
    541541                // blood sampling 
     
    555555                        ) 
    556556                ) 
    557                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     557                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)()} 
    558558 
    559559                // plant sample extraction event template 
     
    586586                        ) 
    587587                ) 
    588                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     588                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)()} 
    589589 
    590590                // plant sampling event template 
     
    627627                        ) 
    628628                ) 
    629                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     629                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)()} 
    630630 
    631631 
     
    638638                                type: TemplateFieldType.STRING 
    639639                ); 
    640                 assayDescriptionField.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     640                assayDescriptionField.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)()} 
    641641 
    642642                println ".adding clinical chemistry assay template" 
     
    647647                ) 
    648648                .addToFields(assayDescriptionField) 
    649                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     649                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)()} 
    650650 
    651651                println ".adding metabolomics assay template" 
     
    669669                            ]) 
    670670                ) 
    671                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     671                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)()} 
    672672        } 
    673673