Ignore:
Timestamp:
Aug 25, 2010, 9:44:58 AM (12 years ago)
Author:
keesvb
Message:

added some example assay templates, started with implementation of assay and assay group steps in wizard

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrapStudies.groovy

    r835 r836  
    3838                def humanTissueSampleTemplate = Template.findByName("Human tissue sample")
    3939                def humanBloodSampleTemplate = Template.findByName("Human blood sample")
    40                
     40                def ccAssayTemplate = Template.findByName("Clinical chemistry assay")
     41                def metAssayTemplate = Template.findByName("Metabolomics assay")
    4142
    4243                // Add terms manually, to avoid having to do many HTTP requests to the BioPortal website
     
    481482                def lipidAssayRef = new Assay(
    482483                        name: 'Lipid profiling',
     484                        template: ccAssayTemplate,
    483485                        module: clinicalModule,
    484486                        externalAssayID: 'PPS3_SAM'
     
    487489                def metAssayRef = new Assay(
    488490                        name: 'Lipidomics profile',
     491                        template: metAssayTemplate,
    489492                        module: metabolomicsModule,
    490493                        externalAssayID: 'PPS3_Lipidomics'
    491494                )
     495                .setFieldValue('Spectrometry technique','LC/MS')
    492496
    493497                mouseStudy.samples*.each {
     
    504508                def  glucoseAssayBRef = new Assay(
    505509                        name: 'Glucose assay before',
     510                        template: ccAssayTemplate,
    506511                        module: clinicalModule,
    507512                        externalAssayID: 'PPSH-Glu-B'
     
    510515                def  glucoseAssayARef = new Assay(
    511516                        name: 'Glucose assay after',
     517                        template: ccAssayTemplate,
    512518                        module: clinicalModule,
    513519                        externalAssayID: 'PPSH-Glu-A'
     
    516522                def metAssayRefB = new Assay(
    517523                        name: 'Lipidomics profile before',
     524                        template: metAssayTemplate,
    518525                        module: metabolomicsModule,
    519526                        externalAssayID: 'PPSH_Lipidomics_start'
    520527                )
     528                .setFieldValue('Spectrometry technique','GC/MS')
    521529
    522530                def metAssayRefA = new Assay(
    523531                        name: 'Lipidomics profile after',
     532                        template: metAssayTemplate,
    524533                        module: metabolomicsModule,
    525534                        externalAssayID: 'PPSH_Lipidomics_end'
    526535                )
     536                .setFieldValue('Spectrometry technique','GC/MS')
     537
    527538                humanStudy.samples*.each {
    528539                        if (it.parentEvent.startTime == 0) {
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.