Changeset 836 for trunk/grails-app/conf


Ignore:
Timestamp:
Aug 25, 2010, 9:44:58 AM (10 years ago)
Author:
keesvb
Message:

added some example assay templates, started with implementation of assay and assay group steps in wizard

Location:
trunk/grails-app/conf
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrapStudies.groovy

    r835 r836  
    3838                def humanTissueSampleTemplate = Template.findByName("Human tissue sample")
    3939                def humanBloodSampleTemplate = Template.findByName("Human blood sample")
    40                
     40                def ccAssayTemplate = Template.findByName("Clinical chemistry assay")
     41                def metAssayTemplate = Template.findByName("Metabolomics assay")
    4142
    4243                // Add terms manually, to avoid having to do many HTTP requests to the BioPortal website
     
    481482                def lipidAssayRef = new Assay(
    482483                        name: 'Lipid profiling',
     484                        template: ccAssayTemplate,
    483485                        module: clinicalModule,
    484486                        externalAssayID: 'PPS3_SAM'
     
    487489                def metAssayRef = new Assay(
    488490                        name: 'Lipidomics profile',
     491                        template: metAssayTemplate,
    489492                        module: metabolomicsModule,
    490493                        externalAssayID: 'PPS3_Lipidomics'
    491494                )
     495                .setFieldValue('Spectrometry technique','LC/MS')
    492496
    493497                mouseStudy.samples*.each {
     
    504508                def  glucoseAssayBRef = new Assay(
    505509                        name: 'Glucose assay before',
     510                        template: ccAssayTemplate,
    506511                        module: clinicalModule,
    507512                        externalAssayID: 'PPSH-Glu-B'
     
    510515                def  glucoseAssayARef = new Assay(
    511516                        name: 'Glucose assay after',
     517                        template: ccAssayTemplate,
    512518                        module: clinicalModule,
    513519                        externalAssayID: 'PPSH-Glu-A'
     
    516522                def metAssayRefB = new Assay(
    517523                        name: 'Lipidomics profile before',
     524                        template: metAssayTemplate,
    518525                        module: metabolomicsModule,
    519526                        externalAssayID: 'PPSH_Lipidomics_start'
    520527                )
     528                .setFieldValue('Spectrometry technique','GC/MS')
    521529
    522530                def metAssayRefA = new Assay(
    523531                        name: 'Lipidomics profile after',
     532                        template: metAssayTemplate,
    524533                        module: metabolomicsModule,
    525534                        externalAssayID: 'PPSH_Lipidomics_end'
    526535                )
     536                .setFieldValue('Spectrometry technique','GC/MS')
     537
    527538                humanStudy.samples*.each {
    528539                        if (it.parentEvent.startTime == 0) {
  • trunk/grails-app/conf/BootStrapTemplates.groovy

    r776 r836  
    591591                println ".adding plant sampling event template"
    592592                def plantSamplingEventTemplate = new Template(
    593                         name: 'Plant-sample ',
     593                        name: 'Plant-sample',
    594594                        description: 'plant sample ',
    595595                        entity: dbnp.studycapturing.SamplingEvent,
     
    629629                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    630630
     631
     632                // assay templates
     633
     634                def assayDescriptionField = new TemplateField(
     635                                name: 'Description',
     636                            comment: 'add general assay information here',
     637                                entity: Assay,
     638                                type: TemplateFieldType.STRING
     639                );
     640                assayDescriptionField.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     641
     642                println ".adding clinical chemistry assay template"
     643                def ccAssayTemplate = new Template(
     644                        name: 'Clinical chemistry assay',
     645                        description: 'Clinical chemistry assay stored in a SAM module',
     646                        entity: dbnp.studycapturing.Assay
     647                )
     648                .addToFields(assayDescriptionField)
     649                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     650
     651                println ".adding metabolomics assay template"
     652                def metAssayTemplate = new Template(
     653                        name: 'Metabolomics assay',
     654                        description: 'Metabolomics assay stored in a metabolomics module',
     655                        entity: dbnp.studycapturing.Assay
     656                )
     657                .addToFields(assayDescriptionField)
     658                .addToFields(
     659                        new TemplateField(
     660                                name: 'Spectrometry technique',
     661                            comment: 'Select the used metabolomics technique',
     662                                entity: Assay,
     663                                type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
     664                            listEntries: [
     665                                        new TemplateFieldListItem(name: 'GC/MS'),
     666                                new TemplateFieldListItem(name: 'LC/MS'),
     667                                new TemplateFieldListItem(name: 'NMR'),
     668                                new TemplateFieldListItem(name: 'HPLC')
     669                            ])
     670                )
     671                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    631672        }
    632673
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.