Changeset 835 for trunk/grails-app/conf


Ignore:
Timestamp:
Aug 24, 2010, 5:26:25 PM (10 years ago)
Author:
keesvb
Message:

added metabolomics assay examples, cleaned up RestController?, changed assay show link for SAM

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrapStudies.groovy

    r834 r835  
    388388                .setFieldValue('Fasting period','8h');
    389389
    390 
    391                 def bloodSamplingEvent = new SamplingEvent(
     390                def bloodSamplingEventBefore = new SamplingEvent(
     391                        startTime: 0,
     392                        template: bloodSamplingEventTemplate,
     393                        sampleTemplate: humanBloodSampleTemplate)
     394                .setFieldValue('Sample volume',4.5F);
     395
     396                def bloodSamplingEventAfter = new SamplingEvent(
    392397                        startTime: 3 * 24 * 3600 + 30 * 3600,
    393398                        template: bloodSamplingEventTemplate,
     
    396401
    397402                rootGroup.addToEvents fastingEvent
    398                 rootGroup.addToSamplingEvents bloodSamplingEvent
     403                rootGroup.addToSamplingEvents bloodSamplingEventBefore
     404                rootGroup.addToSamplingEvents bloodSamplingEventAfter
    399405                rootGroup.save()
    400406
     
    424430                                template: humanBloodSampleTemplate,
    425431                                parentSubject: currentSubject,
    426                                 parentEvent: bloodSamplingEvent
     432                                parentEvent: bloodSamplingEventBefore
     433                        );
     434
     435                        humanStudy.addToSamples(currentSample)
     436                        currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     437                        currentSample.setFieldValue( "Text on vial", "T" + (Math.random() * 100L) )
     438
     439                        currentSample = new Sample(
     440                                name: currentSubject.name + '_A',
     441                                material: bloodTerm,
     442                                template: humanBloodSampleTemplate,
     443                                parentSubject: currentSubject,
     444                                parentEvent: bloodSamplingEventAfter
    427445                        );
    428446
     
    433451
    434452                humanStudy.addToEvents(fastingEvent)
    435                 humanStudy.addToSamplingEvents(bloodSamplingEvent)
     453                humanStudy.addToSamplingEvents(bloodSamplingEventBefore)
     454                humanStudy.addToSamplingEvents(bloodSamplingEventAfter)
    436455                humanStudy.addToEventGroups rootGroup
    437456
     
    446465                println ".adding assay references to mouse example study..."
    447466
    448                 // Add SAM assay references
     467                // Add SAM assay reference
    449468                def clinicalModule = new AssayModule(
    450469                        name: 'SAM module for clinical data',
     
    453472                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    454473
     474                // Add metabolomics assay reference
     475                def metabolomicsModule = new AssayModule(
     476                        name: 'Metabolomics module',
     477                        platform: 'GCMS/LCMS',
     478                        url: 'http://localhost:8080/nmcdsp'
     479                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     480
    455481                def lipidAssayRef = new Assay(
    456482                        name: 'Lipid profiling',
     
    459485                )
    460486
     487                def metAssayRef = new Assay(
     488                        name: 'Lipidomics profile',
     489                        module: metabolomicsModule,
     490                        externalAssayID: 'PPS3_Lipidomics'
     491                )
     492
    461493                mouseStudy.samples*.each {
    462494                        lipidAssayRef.addToSamples(it)
     495                        metAssayRef.addToSamples(it)
    463496                }
    464497
    465498                mouseStudy.addToAssays(lipidAssayRef);
    466                 mouseStudy.save()
    467 
    468                 //lipidAssayRef.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     499                mouseStudy.addToAssays(metAssayRef);
     500                mouseStudy.save(flush:true)
    469501
    470502                println ".adding assay references to human example study..."
    471503
    472                 def  glucoseAssay2Ref = new Assay(
    473                         name: 'Glucose assay 2',
     504                def  glucoseAssayBRef = new Assay(
     505                        name: 'Glucose assay before',
    474506                        module: clinicalModule,
    475                         externalAssayID: 'PPSH-2'
    476                 )
    477 
    478                 def  glucoseAssay3Ref = new Assay(
    479                         name: 'Glucose assay 3',
     507                        externalAssayID: 'PPSH-Glu-B'
     508                )
     509
     510                def  glucoseAssayARef = new Assay(
     511                        name: 'Glucose assay after',
    480512                        module: clinicalModule,
    481                         externalAssayID: 'PPSH-3'
    482                 )
    483 
     513                        externalAssayID: 'PPSH-Glu-A'
     514                )
     515
     516                def metAssayRefB = new Assay(
     517                        name: 'Lipidomics profile before',
     518                        module: metabolomicsModule,
     519                        externalAssayID: 'PPSH_Lipidomics_start'
     520                )
     521
     522                def metAssayRefA = new Assay(
     523                        name: 'Lipidomics profile after',
     524                        module: metabolomicsModule,
     525                        externalAssayID: 'PPSH_Lipidomics_end'
     526                )
    484527                humanStudy.samples*.each {
    485                         glucoseAssay2Ref.addToSamples(it)
    486                         glucoseAssay3Ref.addToSamples(it)
     528                        if (it.parentEvent.startTime == 0) {
     529                                glucoseAssayBRef.addToSamples(it)
     530                                metAssayRefB.addToSamples(it)
     531                        }
     532                        else {
     533                                glucoseAssayARef.addToSamples(it)
     534                                metAssayRefA.addToSamples(it)
     535                        }
    487536                }
    488537
    489538
    490                 humanStudy.addToAssays(glucoseAssay2Ref)
    491                 humanStudy.addToAssays(glucoseAssay3Ref)
    492                 humanStudy.save()
    493                
    494                 //glucoseAssay2Ref.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    495                 //glucoseAssay3Ref.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     539                humanStudy.addToAssays(glucoseAssayARef)
     540                humanStudy.addToAssays(glucoseAssayBRef)
     541                humanStudy.addToAssays(metAssayRefA)
     542                humanStudy.addToAssays(metAssayRefB)
     543                humanStudy.save(flush:true)
    496544
    497545        }
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.