Changeset 83

Show
Ignore:
Timestamp:
11-01-10 14:44:03 (4 years ago)
Author:
ademcan
Message:

modification of some magetab domain classes

Location:
trunk
Files:
2 added
1 removed
5 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/controllers/LoadController.groovy

    r74 r83  
    3535        def investigationDesign = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.InvestigationDesign(); 
    3636        def person = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.Person(); 
    37         def protocol = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.MAGEProtocol(); 
     37        def protocol = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.MAGEProtocol();l 
    3838        def publication = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.Publication(); 
    3939        def normalization = new dbnp.transcriptomics.magetab.sdrf.Normalization(); 
     
    4141        def comment = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.Comment(); 
    4242        def experimentalInfo = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.ExperimentalInfo(); 
     43        def factor = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.Factor(); 
    4344 
    4445        //ArrayList rows = new ArrayList(); 
    4546 
    4647        for (i in fileReader.readLines()){ 
    47             render(i); 
     48            //render(i); 
    4849            String line = i.toString() ; 
    4950            ArrayList tmp_list = new ArrayList(); 
     
    8384                    String value = get_string(tmp_list); 
    8485                    experimentalInfo.design_term_source_ref = value; 
    85                     render("value : " + value ); 
     86                    //render("value : " + value ); 
    8687                    println("value : "+value); 
    8788                } 
     
    9192                        factor_name = factor_name + " , " +tmp_list[a]; 
    9293                    } 
    93                     experimentalInfo.factor_name = factor_name; 
    94                 } 
    95                 else if (tmp_list[0]=="Experimental Factor Type") { 
    96                     String factor_type = tmp_list[1]; 
    97                     for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
    98                         factor_type = factor_type + " , " +tmp_list[a]; 
    99                     } 
    100                     experimentalInfo.factor_type = factor_type; 
    101                 } 
     94                    factor.name = factor_name; 
     95                } 
     96                //else if (tmp_list[0]=="Experimental Factor Type") { 
     97//                    String factor_type = tmp_list[1]; 
     98//                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
     99//                        factor_type = factor_type + " , " +tmp_list[a]; 
     100//                    } 
     101//                    factor.type = factor_type; 
     102                //} 
    102103                else if (tmp_list[0]=="Experimental Factor Term Source REF") { 
    103104                    String exp_ref  = tmp_list[1]; 
     
    108109                } 
    109110                else if (tmp_list[0]=="Person Last Name") { 
    110                     person.lastName = tmp_list[1]; 
     111                    String last_name = tmp_list[1]; 
     112                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
     113                        last_name = last_name  + " , " +tmp_list[a]; 
     114                    } 
     115                    person.lastName = last_name; 
    111116                } 
    112117                else if (tmp_list[0]=="Person First Name") { 
    113                     person.firstName = tmp_list[1]; 
     118                    String first_name = tmp_list[1]; 
     119                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
     120                        first_name = first_name  + " , " +tmp_list[a]; 
     121                    } 
     122                    person.firstName = first_name; 
    114123                } 
    115124                else if (tmp_list[0]=="Person Mid Initials") { 
    116                     person.midInitials = tmp_list[1]; 
     125                    String mid_initials = tmp_list[1]; 
     126                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
     127                        mid_initials = mid_initials  + " , " +tmp_list[a]; 
     128                    } 
     129                    person.midInitials = mid_initials; 
    117130                } 
    118131                else if (tmp_list[0]=="Person Email") { 
    119                     person.email = tmp_list[1]; 
     132                    String pemail = tmp_list[1]; 
     133                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
     134                        pemail = pemail + " , " +tmp_list[a]; 
     135                    } 
     136                    person.email = pemail; 
    120137                } 
    121138                else if (tmp_list[0]=="Person Phone") { 
    122                     person.phone = tmp_list[1]; 
     139                    String pphone = tmp_list[1]; 
     140                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
     141                        pphone = pphone + " , " +tmp_list[a]; 
     142                    } 
     143                    person.phone = pphone; 
    123144                } 
    124145                else if (tmp_list[0]=="Person Fax") { 
    125                     person.fax = tmp_list[1]; 
     146                    String pfax = tmp_list[1]; 
     147                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
     148                        pfax = pfax + " , " +tmp_list[a]; 
     149                    } 
     150                    person.fax = pfax; 
    126151                } 
    127152                else if (tmp_list[0]=="Person Address") { 
    128                     person.address = tmp_list[1]; 
     153                    String paddress = tmp_list[1]; 
     154                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
     155                        paddress = paddress + " , " +tmp_list[a]; 
     156                    } 
     157                    person.address = paddress; 
    129158                } 
    130159                else if (tmp_list[0]=="Person Affiliation") { 
    131                     person.affiliation = tmp_list[1]; 
     160                    String paffiliation = tmp_list[1]; 
     161                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
     162                        paffiliation = paffiliation + " , " +tmp_list[a]; 
     163                    } 
     164                    person.affiliation = paffiliation; 
    132165                } 
    133166                else if (tmp_list[0]=="Person Roles") { 
    134                     person.roles = tmp_list[1]; 
     167                    String proles = tmp_list[1]; 
     168                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
     169                        proles = proles + " , " +tmp_list[a]; 
     170                    } 
     171                    person.roles = proles; 
    135172                } 
    136173                else if (tmp_list[0]=="Person Roles Term Source REF") { 
     
    165202                } 
    166203                else if (tmp_list[0]=="Publication DOI") { 
    167                     publication.DOI = tmp_list[1]; 
     204                    String doi = tmp_list[1]; 
     205                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
     206                        doi = doi + " , " +tmp_list[a]; 
     207                    } 
     208                    publication.DOI = doi; 
    168209                } 
    169210                else if (tmp_list[0]=="Publication Author List") { 
     
    171212                } 
    172213                else if (tmp_list[0]=="Publication Title") { 
    173                     publication.title = tmp_list[1]; 
     214                    String pubTitle = tmp_list[1]; 
     215                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
     216                        pubTitle = pubTitle + " , " +tmp_list[a]; 
     217                    } 
     218                    publication.title = pubTitle; 
    174219                } 
    175220                else if (tmp_list[0]=="Publication Status") { 
     
    216261                } 
    217262                else if (tmp_list[0]=="Protocol Hardware") { 
    218                     protocol.hardware = tmp_list[1]; 
     263                    String phardware = tmp_list[1]; 
     264                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
     265                        phardware = phardware + " , " +tmp_list[a]; 
     266                    } 
     267                    protocol.hardware = phardware; 
    219268                } 
    220269                else if (tmp_list[0]=="Protocol Software") { 
    221                     protocol.software = tmp_list[1]; 
     270                    String psoftware = tmp_list[1]; 
     271                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
     272                        psoftware = psoftware + " , " +tmp_list[a]; 
     273                    } 
     274                    protocol.software = psoftware; 
    222275                } 
    223276                else if (tmp_list[0]=="Protocol Contact") { 
    224                     protocol.contact = tmp_list[1]; 
     277                    String pcontact = tmp_list[1]; 
     278                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
     279                        pcontact = pcontact + " , " +tmp_list[a]; 
     280                    } 
     281                    protocol.contact = pcontact; 
    225282                } 
    226283                else if (tmp_list[0]=="Protocol Term Source REF") { 
     
    228285                } 
    229286                else if (tmp_list[0]=="SDRF File") { 
    230                     investigationDesign.sdrf_file = tmp_list[1]; 
     287                    String sdrf = tmp_list[1]; 
     288                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
     289                        sdrf = sdrf + " , " +tmp_list[a]; 
     290                    } 
     291                    investigationDesign.sdrf_file = sdrf; 
    231292                } 
    232293                else if (tmp_list[0]=="Term Source Name") { 
     
    248309            comment.save(); 
    249310            experimentalInfo.save(); 
     311            //factor.save(); 
    250312            //termSource.save(); 
    251  
    252313        } 
    253  
    254314    } 
    255  
    256315} 
    257316 
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/transcriptomics/magetab/idf/Factor.groovy

    r70 r83  
    77 
    88    static constraints = { 
    9  
    10         type(nullable: true) 
    11          
     9        name(nullable:true,blank:true) 
     10        type(nullable: true, blank:true) 
    1211    } 
    1312} 
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/transcriptomics/magetab/idf/InvestigationDesign.groovy

    r70 r83  
    77    String dateOfExperiment 
    88    String publicReleaseDate 
     9    String sdrf_file; 
     10 
     11    static mapping = { 
     12       experimentDescription type: 'text' 
     13    } 
    914 
    1015    static hasMany = [ 
     
    2732        dateOfExperiment(nullable:true,blank:true) 
    2833        publicReleaseDate(nullable:true,blank:true) 
     34        sdrf_file(nullable:true,blank:true) 
    2935    } 
    3036} 
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/transcriptomics/magetab/idf/MAGEProtocol.groovy

    r70 r83  
    1616    ] 
    1717 
     18    static mapping = { 
     19       description type: 'text' 
     20    } 
     21 
    1822    static constraints = { 
    1923        type(nullable: true,blank:true) 
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/transcriptomics/magetab/idf/Publication.groovy

    r70 r83  
    2020        DOI(nullable:true,blank:true) 
    2121        authors_list(nullable:true,blank:true) 
     22        status_term_source_ref(nullable:true,blank:true) 
    2223    } 
    2324}