Changeset 816


Ignore:
Timestamp:
Aug 17, 2010, 12:09:35 PM (8 years ago)
Author:
duh
Message:
  • extended bootstrapping to ignore study bootrstrapping when a special file is present
File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy

    r812 r816  
    3838                        // If in development mode and no studies are present, add example studies
    3939                        if (Study.count() == 0 && grails.util.GrailsUtil.environment == GrailsApplication.ENV_DEVELOPMENT) {
    40                                 BootStrapStudies.addExampleStudies()
     40                                // check if special file is present in project directory
     41                                if ((new File(System.properties['user.dir']+"/.skip-studies").exists())) {
     42                                        // yes it is, skip study bootstrapping
     43                                        println ".skipping study bootstrapping"
     44
     45                                        // get species ontology
     46                                        def speciesOntology = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1132)
     47
     48                                        // add terms
     49                                        def mouseTerm = new Term(
     50                                                name: 'Mus musculus',
     51                                                ontology: speciesOntology,
     52                                                accession: '10090'
     53                                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     54
     55                                        def humanTerm = new Term(
     56                                                name: 'Homo sapiens',
     57                                                ontology: speciesOntology,
     58                                                accession: '9606'
     59                                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     60                                } else {
     61                                        // general study boostrapping
     62                                        BootStrapStudies.addExampleStudies()
     63                                }
    4164                        }
    4265
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.