Changeset 72

Show
Ignore:
Timestamp:
05-01-10 11:21:31 (4 years ago)
Author:
ademcan
Message:

modification of domain classes organization

Location:
trunk
Files:
6 added
2 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/application.properties

    r70 r72  
     1 
    12#Grails Metadata file 
    23#Tue Dec 29 14:59:12 CET 2009 
  • trunk/grails-app/controllers/LoadController.groovy

    r70 r72  
    1616    def index = {} 
    1717 
     18    def get_string(ArrayList tmp_list) { 
     19        String value = tmp_list[1]; 
     20        for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
     21            value = value + " , " +tmp_list[a]; 
     22        } 
     23        return value; 
     24    } 
     25 
    1826    def load = { 
    1927 
    2028        //ArrayList attributes = new ArrayList(); 
    2129 
    22         render("Loading ...\n"); 
     30        render("Loading ...<br>"); 
    2331 
    2432        InputStream inputStream = request.getFile("uploadfile").inputStream; 
     
    3745 
    3846        for (i in fileReader.readLines()){ 
     47            render(i); 
    3948            String line = i.toString() ; 
    4049            ArrayList tmp_list = new ArrayList(); 
     
    7281                } 
    7382                else if (tmp_list[0]=="Experimental Design Term Source REF") { 
    74                     String term_ref = tmp_list[1]; 
    75                     for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
    76                         term_ref = term_ref + " , " +tmp_list[a]; 
    77                     } 
    78                     experimentalInfo.design_term_source_ref = term_ref; 
     83                    String value = get_string(tmp_list); 
     84                    experimentalInfo.design_term_source_ref = value; 
     85                    render("value : " + value ); 
     86                    println("value : "+value); 
    7987                } 
    8088                else if (tmp_list[0]=="Experimental Factor Name") { 
     
    93101                } 
    94102                else if (tmp_list[0]=="Experimental Factor Term Source REF") { 
    95                     experimentalInfo.factor_term_source_ref = tmp_list[1]; 
     103                    String exp_ref  = tmp_list[1]; 
     104                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
     105                        exp_ref = exp_ref + " , " +tmp_list[a]; 
     106                    } 
     107                    experimentalInfo.factor_term_source_ref = exp_ref; 
    96108                } 
    97109                else if (tmp_list[0]=="Person Last Name") { 
     
    174186                } 
    175187                else if (tmp_list[0]=="Protocol Name") { 
    176                     protocol.name = tmp_list[1]; 
    177                 } 
     188                    String protocol_name = tmp_list[1]; 
     189                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
     190                        protocol_name = protocol_name + " , " +tmp_list[a]; 
     191                    } 
     192                    protocol.name = protocol_name; 
     193                } 
     194                //todo list of type 
    178195                else if (tmp_list[0]=="Protocol Type") { 
    179196                    def type = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.OntologyTerm(); 
     
    185202                } 
    186203                else if (tmp_list[0]=="Protocol Description") { 
    187                     protocol.description = tmp_list[1]; 
     204                    String protocol_description = tmp_list[1]; 
     205                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
     206                        protocol_description = protocol_description + " , " +tmp_list[a]; 
     207                    } 
     208                    protocol.description = protocol_description; 
    188209                } 
    189210                else if (tmp_list[0]=="Protocol Parameters") { 
    190                     protocol.parameters = tmp_list[1]; 
     211                    String protocol_parameters = tmp_list[1]; 
     212                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){ 
     213                        protocol_parameters = protocol_parameters + " , " +tmp_list[a]; 
     214                    } 
     215                    protocol.parameters = protocol_parameters; 
    191216                } 
    192217                else if (tmp_list[0]=="Protocol Hardware") { 
     
    203228                } 
    204229                else if (tmp_list[0]=="SDRF File") { 
    205  
     230                    investigationDesign.sdrf_file = tmp_list[1]; 
    206231                } 
    207232                else if (tmp_list[0]=="Term Source Name") {