Changeset 573


Ignore:
Timestamp:
Jun 16, 2010, 4:17:36 PM (9 years ago)
Author:
duh
Message:
  • fixed issue with auto-creating ontologies when an ontology does not yet exist for a given term
File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/TermEditorController.groovy

    r565 r573  
    6767
    6868                                        // use the NCBO REST service to fetch ontology information
    69                                         def url = "http://rest.bioontology.org/bioportal/ontologies/" + params.get('term-ontology_id')
    70                                         def xml = new URL( url ).getText()
    71                                         def data = new XmlParser().parseText( xml )
    72                                         def bean = data.data.ontologyBean
     69                                        try {
     70                                                def url = "http://rest.bioontology.org/bioportal/ontologies/" + params.get('term-ontology_id')
     71                                                def xml = new URL( url ).getText()
     72                                                def data = new XmlParser().parseText( xml )
     73                                                def bean = data.data.ontologyBean
    7374
    74                                         // instantiate Ontology with the proper values
    75                                         ontology = Ontology.getBioPortalOntologyByVersionedId( params.get('term-ontology_id') ).save(flush:true)
    76                                         println ontology
     75                                                // instantiate Ontology with the proper values
     76                                                ontology = Ontology.getBioPortalOntologyByVersionedId( params.get('term-ontology_id') ).save(flush:true)
     77                                                println ontology
    7778
    78                                         if (ontology.validate()) {
    79                                                 ontology.save(flush:true)
     79                                                if (ontology.validate()) {
     80                                                        ontology.save(flush:true)
     81                                                }
     82                                        } catch (Exception e) {
     83                                                // something went wrong, probably the
     84                                                // ontology-id is invalid (hence, the term
     85                                                // is invalid)
    8086                                        }
    81                                         println ontology
    8287                                }
    8388
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.