Changeset 531


Ignore:
Timestamp:
Jun 4, 2010, 2:38:55 PM (9 years ago)
Author:
duh
Message:
  • fixed some of the indentation bootstrap hell... c'mon people make sure you set your IDE's indentation configuration properly! how hard is it really?!
  • added missing comments
  • added missing println debug lines
File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy

    r530 r531  
    7070                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    7171
    72                         def arabTerm = new Term(
     72                def arabTerm = new Term(
    7373                                name: 'Arabidopsis thaliana',
    7474                                ontology: speciesOntology,
     
    7676                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    7777
    78                         def tomatoTerm = new Term(
     78                def tomatoTerm = new Term(
    7979                                name: 'Solanum lycopersicum',
    8080                                ontology: speciesOntology,
     
    8282                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    8383
    84                         def potatoTerm = new Term(
     84                def potatoTerm = new Term(
    8585                                name: 'Solanum tuberosum',
    8686                                ontology: speciesOntology,
     
    105105                        def affiliation1 = new PersonAffiliation(
    106106                            institute: "Science Institute NYC",
    107                             department: "Department of Mathematics"
     107                        department: "Department of Mathematics"
    108108                        ).save();
    109109                        def affiliation2 = new PersonAffiliation(
    110110                            institute: "InfoStats GmbH, Hamburg",
    111                             department: "Life Sciences"
     111                        department: "Life Sciences"
    112112                        ).save();
    113113                        def role1 = new PersonRole(
     
    151151                        println ".adding publications"
    152152                        def publication1 = new Publication(
    153                             title: "Postnatal development of hypothalamic leptin receptors",
     153                        title: "Postnatal development of hypothalamic leptin receptors",
    154154                            authorsList: "Cottrell EC, Mercer JG, Ozanne SE.",
    155155                            pubMedID: "20472140",
     
    160160
    161161                        def publication2 = new Publication(
    162                             title: "Induction of regulatory T cells decreases adipose inflammation and alleviates insulin resistance in ob/ob mice",
     162                        title: "Induction of regulatory T cells decreases adipose inflammation and alleviates insulin resistance in ob/ob mice",
    163163                            authorsList: "Ilan Y, Maron R, Tukpah AM, Maioli TU, Murugaiyan G, Yang K, Wu HY, Weiner HL.",
    164164                            pubMedID: "20445103",
     
    184184                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    185185
    186                         def genotypeTypeField = new TemplateField(
     186                def genotypeTypeField = new TemplateField(
    187187                                name: 'Genotype type',type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
    188188                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'wildtype'),
     
    193193                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    194194
    195                         def varietyField = new TemplateField(
    196                                 name: 'Variety', type: TemplateFieldType.STRING,
    197                                 comment: 'taxonomic category consisting of members of a species that differ from others of the same species in minor but heritable characteristics')
     195                def varietyField = new TemplateField(
     196                                name: 'Variety', type: TemplateFieldType.STRING,
     197                        comment: 'taxonomic category consisting of members of a species that differ from others of the same species in minor but heritable characteristics')
    198198                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    199199
    200200                        def ecotypeField = new TemplateField(
    201                                 name: 'Ecotype', type: TemplateFieldType.STRING,
    202                                 comment: 'a type or subspecies of life that is especially well adapted to a certain environment')
    203                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    204 
    205 
    206                         // Nutritional study template
    207 
     201                        name: 'Ecotype', type: TemplateFieldType.STRING,
     202                        comment: 'a type or subspecies of life that is especially well adapted to a certain environment'
     203                        )
     204                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     205
     206
     207                // Nutritional study template
    208208                        println ".adding academic study template..."
    209209                        def studyTemplate = new Template(
    210                                 name: 'Academic study', entity: dbnp.studycapturing.Study)
    211                                 .addToFields(new TemplateField(name: 'Description',type: TemplateFieldType.TEXT,comment:'Describe here the type of subjects and the treatment, challenges and sampling.'))
    212                                 .addToFields(new TemplateField(
    213                                         name: 'Study code',
    214                                         type: TemplateFieldType.STRING,
    215                                         preferredIdentifier:true,
    216                                         comment: 'Fill out the code by which many people will recognize your study'))
    217                                 .addToFields(new TemplateField(name: 'Objectives',type: TemplateFieldType.TEXT,comment:'Fill out the aim or questions of the study'))
    218                                 .addToFields(new TemplateField(name: 'Consortium',type: TemplateFieldType.STRING,comment:'If the study was performed within a consortium (e.g. NMC, NuGO), you can indicate this here'))
    219                                 .addToFields(new TemplateField(name: 'Cohort name',type: TemplateFieldType.STRING,comment:'If a cohort was used the name or code of the cohort can be define here (define a cohort template)'))
    220                                 //.addToFields(new TemplateField(name: 'Time zone',type: TemplateFieldType.STRING,comment:'In the database the local time will be stored. This field is essential to be able to generalize time.'))
    221                                 .addToFields(new TemplateField(name: 'Responsible scientist',type: TemplateFieldType.STRING,comment:'Fill out the project leader of principle investigator of the study. (soon to be replaced with persons input)'))
    222                                 .addToFields(new TemplateField(name: 'Lab id',type: TemplateFieldType.STRING,comment:'In which lab was the study performed; indicate the roomnumber.'))
    223                                 .addToFields(new TemplateField(name: 'Institute',type: TemplateFieldType.STRING,comment:'In which institute was the study performed; indicate the full address information (to be replaced by persons-affiliations?)'))
    224                                 //commented out because of bug #84:.addToFields(new TemplateField(name: 'Study protocol',type: TemplateFieldType.FILE,comment:'Optionally attach a file in which the protocol in the study is described'))
     210                                name: 'Academic study',
     211                                entity: dbnp.studycapturing.Study
     212                        )
     213                        .addToFields(new TemplateField(name: 'Description',type: TemplateFieldType.TEXT,comment:'Describe here the type of subjects and the treatment, challenges and sampling.'))
     214                        .addToFields(new TemplateField(
     215                                name: 'Study code',
     216                                type: TemplateFieldType.STRING,
     217                                preferredIdentifier:true,
     218                                comment: 'Fill out the code by which many people will recognize your study')
     219                        )
     220                        .addToFields(new TemplateField(name: 'Objectives',type: TemplateFieldType.TEXT,comment:'Fill out the aim or questions of the study'))
     221                        .addToFields(new TemplateField(name: 'Consortium',type: TemplateFieldType.STRING,comment:'If the study was performed within a consortium (e.g. NMC, NuGO), you can indicate this here'))
     222                        .addToFields(new TemplateField(name: 'Cohort name',type: TemplateFieldType.STRING,comment:'If a cohort was used the name or code of the cohort can be define here (define a cohort template)'))
     223                        //.addToFields(new TemplateField(name: 'Time zone',type: TemplateFieldType.STRING,comment:'In the database the local time will be stored. This field is essential to be able to generalize time.'))
     224                        .addToFields(new TemplateField(name: 'Responsible scientist',type: TemplateFieldType.STRING,comment:'Fill out the project leader of principle investigator of the study. (soon to be replaced with persons input)'))
     225                        .addToFields(new TemplateField(name: 'Lab id',type: TemplateFieldType.STRING,comment:'In which lab was the study performed; indicate the roomnumber.'))
     226                        .addToFields(new TemplateField(name: 'Institute',type: TemplateFieldType.STRING,comment:'In which institute was the study performed; indicate the full address information (to be replaced by persons-affiliations?)'))
     227                        //commented out because of bug #84:.addToFields(new TemplateField(name: 'Study protocol',type: TemplateFieldType.FILE,comment:'Optionally attach a file in which the protocol in the study is described'))
    225228                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    226229
     
    279282                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    280283
    281 
     284                        println ".adding sample remarks field"
    282285                        def sampleRemarksField = new TemplateField(
    283                                 name: 'Remarks',type: TemplateFieldType.TEXT)
    284                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     286                                name: 'Remarks',
     287                                type: TemplateFieldType.TEXT
     288                        )
     289                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     290
     291                        println ".adding sample vial textfield"
    285292                        def sampleVialTextField = new TemplateField(
    286                                 name: 'Text on vial',type: TemplateFieldType.STRING)
     293                                name: 'Text on vial',
     294                                type: TemplateFieldType.STRING
     295                        )
    287296                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    288297
     
    290299                        println ".adding human sample template..."
    291300                        def humanSampleTemplate = new Template(
    292                                 name: 'Human tissue sample', entity: dbnp.studycapturing.Sample)
     301                                name: 'Human tissue sample',
     302                                entity: dbnp.studycapturing.Sample
     303                        )
    293304                        .addToFields(sampleRemarksField)
    294305                        .addToFields(sampleVialTextField)
    295             .addToFields(new TemplateField(
    296                 name: 'Sample measured weight',
    297                 unit: 'mg',
    298                 type: TemplateFieldType.FLOAT))
     306            .addToFields(
     307                                new TemplateField(
     308                        name: 'Sample measured weight',
     309                        unit: 'mg',
     310                        type: TemplateFieldType.FLOAT
     311                                )
     312                        )
    299313                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    300314
     
    302316            println ".adding human sample template..."
    303317            def humanBloodSampleTemplate = new Template(
    304                 name: 'Human blood sample', entity: dbnp.studycapturing.Sample)
     318                name: 'Human blood sample',
     319                                entity: dbnp.studycapturing.Sample
     320                        )
    305321            .addToFields(sampleRemarksField)
    306322            .addToFields(sampleVialTextField)
    307             .addToFields(new TemplateField(
    308                 name: 'Sample measured volume',
    309                 unit: 'ml',
    310                 type: TemplateFieldType.FLOAT))
     323            .addToFields(
     324                                new TemplateField(
     325                        name: 'Sample measured volume',
     326                        unit: 'ml',
     327                        type: TemplateFieldType.FLOAT
     328                                )
     329                        )
    311330            .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    312331
    313         /*
     332                /*
    314333            def GrowthTreatmentTemplate = new Template(
    315                                 name: 'Growth treatment', entity: dbnp.studycapturing.Event)
    316                 //      .addToFields(sampleDescriptionField)
     334                                name: 'Growth treatment',
     335                                entity: dbnp.studycapturing.Event
     336                        )
     337                        .addToFields(sampleDescriptionField)
    317338                        .addToFields(new TemplateField(name: 'position X',type: TemplateFieldType.STRING))
    318                         .addToFields(new TemplateField(name: 'position Y',type: TemplateFieldType.STRING))
    319                         .addToFields(new TemplateField(name: 'Block',type: TemplateFieldType.STRING))
    320                         .addToFields(new TemplateField(name: 'Temparature Day',type: TemplateFieldType.STRING))
    321                         .addToFields(new TemplateField(name: 'Temparature Night',type: TemplateFieldType.STRING))
    322                         .addToFields(new TemplateField(name: 'Light Intensity',type: TemplateFieldType.STRING))
    323                         .addToFields(new TemplateField(name: 'Harvest Delay',type: TemplateFieldType.STRING))
    324                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    325          */
    326 
    327                 //Plant template
    328                         println ".adding plant template..."
     339            .addToFields(new TemplateField(name: 'position Y',type: TemplateFieldType.STRING))
     340            .addToFields(new TemplateField(name: 'Block',type: TemplateFieldType.STRING))
     341            .addToFields(new TemplateField(name: 'Temparature Day',type: TemplateFieldType.STRING))
     342            .addToFields(new TemplateField(name: 'Temparature Night',type: TemplateFieldType.STRING))
     343            .addToFields(new TemplateField(name: 'Light Intensity',type: TemplateFieldType.STRING))
     344            .addToFields(new TemplateField(name: 'Harvest Delay',type: TemplateFieldType.STRING))
     345            .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     346                */
     347
     348                        //Plant template
     349                        println ".adding geenhouse plant template..."
    329350                        def greenHouseTemplate = new Template(
    330                                 name: 'Plant-green house ', entity: dbnp.studycapturing.Subject)
    331                        
     351                                name: 'Plant-green house ',
     352                                entity: dbnp.studycapturing.Subject
     353                        )
    332354                        .addToFields(varietyField)
    333                         .addToFields(ecotypeField)
    334                         .addToFields(genotypeField)
    335                        
    336         //              .addToFields(genotypeTypeField)
    337         //              .addToFields(new TemplateField(
    338         //                      name: 'Growth location', type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
    339         //                      listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Greenhouse'),new TemplateFieldListItem(name: 'Field')]))
    340         //              .addToFields(new TemplateField(
    341         //                      name: 'Room', type: TemplateFieldType.STRING,
    342         //                      comment: 'Chamber number in case of Greenhouse'))
    343 
    344                         .addToFields(new TemplateField(
    345                                 name: 'Chamber no.', type: TemplateFieldType.STRING,
    346                                 comment: 'Chamber number in the Greenhouse'))
    347                         .addToFields(new TemplateField(
    348                                 name: 'Growth type', type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
    349                                 listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Standard'),
    350                                               new TemplateFieldListItem(name: 'Experimental'),
    351                                               new TemplateFieldListItem(name: 'Unknown')]))
     355                .addToFields(ecotypeField)
     356                .addToFields(genotypeField)
     357            /*
     358                        .addToFields(genotypeTypeField)
     359                        .addToFields(
     360                                new TemplateField(
     361                                        name: 'Growth location', type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
     362                                        listEntries: [
     363                                                new TemplateFieldListItem(name:'Greenhouse'),
     364                                                new TemplateFieldListItem(name: 'Field')
     365                                        ]
     366                                )
     367                        )
     368                        .addToFields(
     369                                new TemplateField(
     370                                        name: 'Room', type: TemplateFieldType.STRING,
     371                                        comment: 'Chamber number in case of Greenhouse'
     372                                )
     373                        )
     374            */
     375                .addToFields(
     376                                new TemplateField(
     377                                        name: 'Chamber no.',
     378                                        type: TemplateFieldType.STRING,
     379                                        comment: 'Chamber number in the Greenhouse'
     380                                )
     381                        )
     382                .addToFields(
     383                                new TemplateField(
     384                                        name: 'Growth type',
     385                                        type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
     386                                        listEntries: [
     387                                                new TemplateFieldListItem(name:'Standard'),
     388                        new TemplateFieldListItem(name: 'Experimental'),
     389                        new TemplateFieldListItem(name: 'Unknown')
     390                                        ]
     391                                )
     392                        )
    352393                        .addToFields(new TemplateField(
    353394                                name: 'Growth protocol', type: TemplateFieldType.TEXT))
    354                         .addToFields(new TemplateField(
     395                .addToFields(new TemplateField(
    355396                                name: 'Position X', type: TemplateFieldType.FLOAT))
    356397                        .addToFields(new TemplateField(
     
    372413                        .addToFields(new TemplateField(
    373414                                name: 'Harvest delay', type: TemplateFieldType.TEXT))
    374                         .addToFields(new TemplateField(
     415                        .addToFields(new TemplateField(
    375416                                name: 'Additional info', type: TemplateFieldType.TEXT))
    376                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    377 
    378                         println ".adding plant template..."
     417                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     418
     419            println ".adding open-field plant template..."
    379420                        def FieldTemplate = new Template(
    380                                 name: 'Plant-open field', entity: dbnp.studycapturing.Subject)
     421                                name: 'Plant-open field',
     422                                entity: dbnp.studycapturing.Subject
     423                        )
    381424                        .addToFields(varietyField)
    382425                        .addToFields(ecotypeField)
    383426                        .addToFields(genotypeField)
    384 
    385                         .addToFields(new TemplateField(
     427            .addToFields(new TemplateField(
    386428                                name: 'Start date', type: TemplateFieldType.DATE))
    387429                        .addToFields(new TemplateField(
     
    394436                        .addToFields(new TemplateField(
    395437                                name: 'Harvest delay', type: TemplateFieldType.TEXT))
    396                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    397 
    398                         //Plant template
    399                         println ".adding plant template..."
     438                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     439
     440            //Plant template
     441                        println ".adding chamber plant template..."
    400442                        def chamberTemplate = new Template(
    401                                 name: 'Plant-chamber', entity: dbnp.studycapturing.Subject)
    402                        
     443                                name: 'Plant-chamber',
     444                                entity: dbnp.studycapturing.Subject
     445                        )
    403446                        .addToFields(varietyField)
    404                         .addToFields(ecotypeField)
    405                         .addToFields(genotypeField)
    406 
    407         //              .addToFields(genotypeTypeField)
    408         //              .addToFields(new TemplateField(
    409         //                      name: 'Growth location', type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
    410         //                      listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Greenhouse'),new TemplateFieldListItem(name: 'Field')]))
     447            .addToFields(ecotypeField)
     448            .addToFields(genotypeField)
     449                        /*
     450                        .addToFields(genotypeTypeField)
     451                        .addToFields(
     452                                new TemplateField(
     453                                        name: 'Growth location',
     454                                        type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
     455                                        listEntries: [
     456                                                new TemplateFieldListItem(name:'Greenhouse'),
     457                                                new TemplateFieldListItem(name: 'Field')
     458                                        ]
     459                                )
     460                        )
     461                        */
    411462                        .addToFields(new TemplateField(
    412463                                name: 'Room', type: TemplateFieldType.STRING,
    413464                                comment: 'room number'))
    414 
    415                         .addToFields(new TemplateField(
     465                        .addToFields(new TemplateField(
    416466                                name: 'Chamber no.', type: TemplateFieldType.STRING,
    417467                                comment: 'Chamber number'))
    418 
    419                         .addToFields(new TemplateField(
     468                        .addToFields(new TemplateField(
    420469                                name: 'Block', type: TemplateFieldType.STRING))
    421 
    422                         .addToFields(new TemplateField(
     470                        .addToFields(new TemplateField(
    423471                                name: 'Position X', type: TemplateFieldType.FLOAT))
    424472                        .addToFields(new TemplateField(
    425473                                name: 'Position Y', type: TemplateFieldType.FLOAT))
    426                        
    427474                        .addToFields(new TemplateField(
    428475                                name: 'Temperature at day', type: TemplateFieldType.FLOAT))
     
    444491                        .addToFields(new TemplateField(
    445492                                name: 'Harvest delay', type: TemplateFieldType.TEXT))
    446                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    447 
     493                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    448494
    449495                        println ".adding plant sample template..."
    450496                        def plantSampleTemplate = new Template(
    451                                 name: 'Plant sample', entity: dbnp.studycapturing.Sample)
     497                                name: 'Plant sample',
     498                                entity: dbnp.studycapturing.Sample
     499                        )
    452500                        .addToFields(sampleRemarksField)
    453501                        .addToFields(sampleVialTextField)
    454502                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    455503
    456 
    457                         def meterialPrepTemplate = new Template(
     504                        println ".adding material prep template"
     505                        def materialPrepTemplate = new Template(
    458506                                name: 'Plant-material preparation',
    459                                 description: 'material preparation',
    460                                 entity: dbnp.studycapturing.Event)
    461                         .addToFields(new TemplateField(
    462                          name: 'Tissue', type: TemplateFieldType.STRING,
    463                          comment: 'organ/ fraction of culture/ plant part'))
    464                        
    465                          .addToFields(new TemplateField(
    466                          name: 'Grinding', type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
    467                          listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'yes'),
    468                                        new TemplateFieldListItem(name: 'no'),
    469                                        new TemplateFieldListItem(name: 'unknown')]))
    470 
    471                          .addToFields(new TemplateField(
    472                          name: 'Storage location', type: TemplateFieldType.STRING))
    473 
    474                          .addToFields(new TemplateField(
    475                          name: 'protocol reference', type: TemplateFieldType.STRING))
    476 
    477                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    478 
    479 
    480 
    481                         def dietTreatmentTemplate = new Template(
    482                                 name: 'Diet treatment HF45/LF10', entity: dbnp.studycapturing.Event)
    483                         .addToFields(new TemplateField(
    484                                 name: 'Diet', type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
    485                                 listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'10% fat (palm oil)'),new TemplateFieldListItem(name: '45% fat (palm oil)')]))
    486                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    487 
     507                description: 'material preparation',
     508                entity: dbnp.studycapturing.Event
     509                        )
     510                        .addToFields(new TemplateField(
     511                                name: 'Tissue',
     512                                type: TemplateFieldType.STRING,
     513                comment: 'organ/ fraction of culture/ plant part')
     514                        )
     515            .addToFields(
     516                                new TemplateField(
     517                                        name: 'Grinding',
     518                                        type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
     519                        listEntries: [
     520                                                new TemplateFieldListItem(name:'yes'),
     521                            new TemplateFieldListItem(name: 'no'),
     522                            new TemplateFieldListItem(name: 'unknown')
     523                                        ]
     524                                )
     525                        )
     526                        .addToFields(
     527                                new TemplateField(
     528                                        name: 'Storage location',
     529                                        type: TemplateFieldType.STRING
     530                                )
     531                        )
     532                        .addToFields(
     533                                new TemplateField(
     534                                        name: 'protocol reference',
     535                                        type: TemplateFieldType.STRING
     536                                )
     537                        )
     538                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     539
     540                        // diet treatment template
     541                        println ".adding diet treatement template"
     542                        def dietTreatmentTemplate = new Template(
     543                                name: 'Diet treatment HF45/LF10',
     544                                entity: dbnp.studycapturing.Event
     545                        )
     546                        .addToFields(
     547                                new TemplateField(
     548                                        name: 'Diet',
     549                                        type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
     550                                        listEntries: [
     551                                                new TemplateFieldListItem(name:'10% fat (palm oil)'),
     552                                                new TemplateFieldListItem(name: '45% fat (palm oil)')
     553                                        ]
     554                                )
     555                        )
     556                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     557
     558                        // boost treatment template
     559                        println ".adding boost treatment template"
    488560                        def boostTreatmentTemplate = new Template(
    489                                 name: 'Leptin treatment', entity: dbnp.studycapturing.Event)
    490                         .addToFields(new TemplateField(
    491                                 name: 'Compound', type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
    492                                 listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Vehicle'),new TemplateFieldListItem(name: 'Leptin')]))
    493                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    494 
     561                                name: 'Leptin treatment',
     562                                entity: dbnp.studycapturing.Event
     563                        )
     564                        .addToFields(
     565                                new TemplateField(
     566                                        name: 'Compound',
     567                                        type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
     568                                        listEntries: [
     569                                                new TemplateFieldListItem(name:'Vehicle'),
     570                                                new TemplateFieldListItem(name: 'Leptin')
     571                                        ]
     572                                )
     573                        )
     574                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     575
     576                        // fasting treatment template
     577                        println ".adding fasting treatment template"
    495578                        def fastingTreatment = new Template(
    496579                                name: 'Fasting treatment',
     
    507590
    508591                        // SamplingEvent templates
     592                        println ".adding sampling protocol template field"
    509593            def samplingProtocolField = new TemplateField(
    510594                name: 'Sample Protocol',
     
    513597            .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    514598
     599                        // liver sampling event template
     600                        println ".adding liver sampling event template"
    515601                        def liverSamplingEventTemplate = new Template(
    516602                                name: 'Liver extraction',
    517603                                description: 'Liver sampling for transcriptomics arrays',
    518                                 entity: dbnp.studycapturing.SamplingEvent)
    519                         .addToFields(samplingProtocolField)
    520                         .addToFields(new TemplateField(
    521                                 name: 'Sample weight',
    522                                 unit: 'mg',
    523                                 type: TemplateFieldType.FLOAT))
    524                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    525 
     604                                entity: dbnp.studycapturing.SamplingEvent
     605                        )
     606                        .addToFields(samplingProtocolField)
     607                        .addToFields(
     608                                new TemplateField(
     609                                        name: 'Sample weight',
     610                                        unit: 'mg',
     611                                        type: TemplateFieldType.FLOAT
     612                                )
     613                        )
     614                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     615
     616                        // blood sampling
     617                        println ".adding blood sampling event template"
    526618                        def bloodSamplingEventTemplate = new Template(
    527619                                name: 'Blood extraction',
    528620                                description: 'Blood extraction targeted at lipid assays',
    529                                 entity: dbnp.studycapturing.SamplingEvent)
    530                         .addToFields(samplingProtocolField)
    531                         .addToFields(new TemplateField(
    532                                 name: 'Sample volume',
    533                                 unit: 'ml',
    534                                 type: TemplateFieldType.FLOAT))
    535                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    536 
    537                         def plantSamplingextractEventTemplate = new Template(
    538                                 name: 'Plant -sample extraction',
     621                        entity: dbnp.studycapturing.SamplingEvent
     622                        )
     623            .addToFields(samplingProtocolField)
     624                        .addToFields(
     625                                new TemplateField(
     626                                        name: 'Sample volume',
     627                                        unit: 'ml',
     628                                        type: TemplateFieldType.FLOAT
     629                                )
     630                        )
     631                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     632
     633                        // plant sample extraction event template
     634                        println ".adding plant sample extraction event template"
     635                        def plantSamplingExtractEventTemplate = new Template(
     636                                name: 'Plant sample extraction',
    539637                                description: 'sample extraction',
    540638                                entity: dbnp.studycapturing.SamplingEvent,
    541                                 sampleTemplates: [plantSampleTemplate])
    542                         .addToFields(samplingProtocolField)
    543                         .addToFields(new TemplateField(
    544                                 name: 'Sample weight',
    545                                 unit: 'ul',
    546                                 type: TemplateFieldType.FLOAT))
    547 
    548                          .addToFields(new TemplateField(
    549                          name: 'Sample when measured', type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
    550                          listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Dried'),
    551                                        new TemplateFieldListItem(name: 'Fresh'),
    552                                        new TemplateFieldListItem(name: 'Unknown')]))
    553 
    554                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    555 
    556                         def plantSamplingEventTemplate = new Template(
     639                sampleTemplates: [plantSampleTemplate]
     640                        )
     641            .addToFields(samplingProtocolField)
     642                        .addToFields(
     643                                new TemplateField(
     644                                        name: 'Sample weight',
     645                                        unit: 'ul',
     646                                        type: TemplateFieldType.FLOAT
     647                                )
     648                        )
     649                        .addToFields(
     650                                new TemplateField(
     651                                        name: 'Sample when measured',
     652                                        type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
     653                        listEntries: [
     654                                                 new TemplateFieldListItem(name:'Dried'),
     655                         new TemplateFieldListItem(name: 'Fresh'),
     656                         new TemplateFieldListItem(name: 'Unknown')
     657                                         ]
     658                                )
     659                        )
     660                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     661
     662                        // plant sampling event template
     663                        println ".adding plant sampling event template"
     664            def plantSamplingEventTemplate = new Template(
    557665                                name: 'Plant-sample ',
    558666                                description: 'plant sample ',
    559667                                entity: dbnp.studycapturing.SamplingEvent,
    560                                 sampleTemplates: [plantSampleTemplate])
    561               //          .addToFields(samplingProtocolField)
    562                         .addToFields(new TemplateField(
    563                                 name: 'material',
    564                                 comment: 'physical charecteristic. e.g, grounded powder of tomato seed or liquid',
    565                                 type: TemplateFieldType.STRING))
    566                         .addToFields(new TemplateField(
    567                                 name: 'Desription',
    568                                 type: TemplateFieldType.STRING))
    569                         .addToFields(new TemplateField(
    570                                 name: 'extracted material',
    571                                 comment: 'substance to be extracted. e.g., lipids, volatiles, primary metabolites etc',
    572                                 type: TemplateFieldType.STRING))
    573                         .addToFields(new TemplateField(
    574                                 name: 'Text on vial',
    575                                 type: TemplateFieldType.STRING))
     668                sampleTemplates: [plantSampleTemplate]
     669                        )
     670            //.addToFields(samplingProtocolField)
     671                        .addToFields(
     672                                new TemplateField(
     673                                        name: 'material',
     674                        comment: 'physical charecteristic. e.g, grounded powder of tomato seed or liquid',
     675                                        type: TemplateFieldType.STRING
     676                                )
     677                        )
     678            .addToFields(
     679                                new TemplateField(
     680                                        name: 'Desription',
     681                                        type: TemplateFieldType.STRING
     682                                )
     683                        )
     684            .addToFields(
     685                                new TemplateField(
     686                                        name: 'extracted material',
     687                                        comment: 'substance to be extracted. e.g., lipids, volatiles, primary metabolites etc',
     688                                        type: TemplateFieldType.STRING
     689                                )
     690                        )
     691            .addToFields(
     692                                new TemplateField(
     693                                        name: 'Text on vial',
     694                                        type: TemplateFieldType.STRING
     695                                )
     696                        )
    576697                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    577698
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.