Changeset 530


Ignore:
Timestamp:
Jun 4, 2010, 2:04:07 PM (9 years ago)
Author:
gajula
Message:

plant templates-prasad

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy

    r525 r530  
    6969                                accession: '9606'
    7070                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    71                         def arabTerm = new Term(
     71
     72                        def arabTerm = new Term(
    7273                                name: 'Arabidopsis thaliana',
    7374                                ontology: speciesOntology,
    7475                                accession: '3702'
    7576                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     77
     78                        def tomatoTerm = new Term(
     79                                name: 'Solanum lycopersicum',
     80                                ontology: speciesOntology,
     81                                accession: '4081'
     82                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     83
     84                        def potatoTerm = new Term(
     85                                name: 'Solanum tuberosum',
     86                                ontology: speciesOntology,
     87                                accession: '0000'
     88                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     89
    7690
    7791                        def bloodTerm = new Term(
     
    167181                        def genotypeField = new TemplateField(
    168182                                name: 'Genotype', type: TemplateFieldType.STRING,
    169                                 comment: 'If present, indicate the genetic variance of the subject (the gene knock-out/in or transgene)')
    170                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    171 
    172                         def genotypeTypeField = new TemplateField(
     183                                comment: 'If present, indicate the genetic variance of the subject (e.g., mutagenized populations,knock-out/in,transgene etc)')
     184                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     185
     186                        def genotypeTypeField = new TemplateField(
    173187                                name: 'Genotype type',type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
    174188                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'wildtype'),
     
    179193                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    180194
    181 
    182                         // Nutritional study template
     195                        def varietyField = new TemplateField(
     196                                name: 'Variety', type: TemplateFieldType.STRING,
     197                                comment: 'taxonomic category consisting of members of a species that differ from others of the same species in minor but heritable characteristics')
     198                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     199
     200                        def ecotypeField = new TemplateField(
     201                                name: 'Ecotype', type: TemplateFieldType.STRING,
     202                                comment: 'a type or subspecies of life that is especially well adapted to a certain environment')
     203                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     204
     205
     206                        // Nutritional study template
    183207
    184208                        println ".adding academic study template..."
     
    287311            .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    288312
    289                         //Plant template
     313        /*
     314            def GrowthTreatmentTemplate = new Template(
     315                                name: 'Growth treatment', entity: dbnp.studycapturing.Event)
     316                //      .addToFields(sampleDescriptionField)
     317                        .addToFields(new TemplateField(name: 'position X',type: TemplateFieldType.STRING))
     318                        .addToFields(new TemplateField(name: 'position Y',type: TemplateFieldType.STRING))
     319                        .addToFields(new TemplateField(name: 'Block',type: TemplateFieldType.STRING))
     320                        .addToFields(new TemplateField(name: 'Temparature Day',type: TemplateFieldType.STRING))
     321                        .addToFields(new TemplateField(name: 'Temparature Night',type: TemplateFieldType.STRING))
     322                        .addToFields(new TemplateField(name: 'Light Intensity',type: TemplateFieldType.STRING))
     323                        .addToFields(new TemplateField(name: 'Harvest Delay',type: TemplateFieldType.STRING))
     324                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     325         */
     326
     327                //Plant template
    290328                        println ".adding plant template..."
    291                         def plantTemplate = new Template(
    292                                 name: 'Plant template', entity: dbnp.studycapturing.Subject)
    293                         .addToFields(new TemplateField(
    294                                 name: 'Variety', type: TemplateFieldType.STRING))
    295                         .addToFields(new TemplateField(
    296                                 name: 'Ecotype', type: TemplateFieldType.STRING))
     329                        def greenHouseTemplate = new Template(
     330                                name: 'Plant-green house ', entity: dbnp.studycapturing.Subject)
     331                       
     332                        .addToFields(varietyField)
     333                        .addToFields(ecotypeField)
     334                        .addToFields(genotypeField)
     335                       
     336        //              .addToFields(genotypeTypeField)
     337        //              .addToFields(new TemplateField(
     338        //                      name: 'Growth location', type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
     339        //                      listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Greenhouse'),new TemplateFieldListItem(name: 'Field')]))
     340        //              .addToFields(new TemplateField(
     341        //                      name: 'Room', type: TemplateFieldType.STRING,
     342        //                      comment: 'Chamber number in case of Greenhouse'))
     343
     344                        .addToFields(new TemplateField(
     345                                name: 'Chamber no.', type: TemplateFieldType.STRING,
     346                                comment: 'Chamber number in the Greenhouse'))
     347                        .addToFields(new TemplateField(
     348                                name: 'Growth type', type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
     349                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Standard'),
     350                                              new TemplateFieldListItem(name: 'Experimental'),
     351                                              new TemplateFieldListItem(name: 'Unknown')]))
     352                        .addToFields(new TemplateField(
     353                                name: 'Growth protocol', type: TemplateFieldType.TEXT))
     354                        .addToFields(new TemplateField(
     355                                name: 'Position X', type: TemplateFieldType.FLOAT))
     356                        .addToFields(new TemplateField(
     357                                name: 'Position Y', type: TemplateFieldType.FLOAT))
     358                        .addToFields(new TemplateField(
     359                                name: 'Block', type: TemplateFieldType.STRING))
     360                        .addToFields(new TemplateField(
     361                                name: 'Temperature at day', type: TemplateFieldType.FLOAT))
     362                        .addToFields(new TemplateField(
     363                                name: 'Temperature at night', type: TemplateFieldType.FLOAT))
     364                        .addToFields(new TemplateField(
     365                                name: 'Photo period', type: TemplateFieldType.STRING))
     366                        .addToFields(new TemplateField(
     367                                name: 'Light intensity', type: TemplateFieldType.STRING))
     368                        .addToFields(new TemplateField(
     369                                name: 'Start date', type: TemplateFieldType.DATE))
     370                        .addToFields(new TemplateField(
     371                                name: 'Harvest date', type: TemplateFieldType.DATE))
     372                        .addToFields(new TemplateField(
     373                                name: 'Harvest delay', type: TemplateFieldType.TEXT))
     374                        .addToFields(new TemplateField(
     375                                name: 'Additional info', type: TemplateFieldType.TEXT))
     376                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     377
     378                        println ".adding plant template..."
     379                        def FieldTemplate = new Template(
     380                                name: 'Plant-open field', entity: dbnp.studycapturing.Subject)
     381                        .addToFields(varietyField)
     382                        .addToFields(ecotypeField)
    297383                        .addToFields(genotypeField)
    298                         .addToFields(genotypeTypeField)
    299                         .addToFields(new TemplateField(
    300                                 name: 'Growth location', type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
    301                                 listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Greenhouse'),new TemplateFieldListItem(name: 'Field')]))
    302                         .addToFields(new TemplateField(
    303                                 name: 'Room', type: TemplateFieldType.STRING,
    304                                 comment: 'Chamber number in case of Greenhouse'))
    305                         .addToFields(new TemplateField(
    306                                 name: 'Position X', type: TemplateFieldType.FLOAT))
    307                         .addToFields(new TemplateField(
    308                                 name: 'Position Y', type: TemplateFieldType.FLOAT))
    309                         .addToFields(new TemplateField(
    310                                 name: 'Block', type: TemplateFieldType.STRING))
    311                         .addToFields(new TemplateField(
    312                                 name: 'Temperature at day', type: TemplateFieldType.FLOAT))
    313                         .addToFields(new TemplateField(
    314                                 name: 'Temperature at night', type: TemplateFieldType.FLOAT))
    315                         .addToFields(new TemplateField(
    316                                 name: 'Photo period', type: TemplateFieldType.STRING))
    317                         .addToFields(new TemplateField(
    318                                 name: 'Light intensity', type: TemplateFieldType.STRING))
    319                         .addToFields(new TemplateField(
     384
     385                        .addToFields(new TemplateField(
    320386                                name: 'Start date', type: TemplateFieldType.DATE))
    321387                        .addToFields(new TemplateField(
     
    328394                        .addToFields(new TemplateField(
    329395                                name: 'Harvest delay', type: TemplateFieldType.TEXT))
    330                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     396                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     397
     398                        //Plant template
     399                        println ".adding plant template..."
     400                        def chamberTemplate = new Template(
     401                                name: 'Plant-chamber', entity: dbnp.studycapturing.Subject)
     402                       
     403                        .addToFields(varietyField)
     404                        .addToFields(ecotypeField)
     405                        .addToFields(genotypeField)
     406
     407        //              .addToFields(genotypeTypeField)
     408        //              .addToFields(new TemplateField(
     409        //                      name: 'Growth location', type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
     410        //                      listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Greenhouse'),new TemplateFieldListItem(name: 'Field')]))
     411                        .addToFields(new TemplateField(
     412                                name: 'Room', type: TemplateFieldType.STRING,
     413                                comment: 'room number'))
     414
     415                        .addToFields(new TemplateField(
     416                                name: 'Chamber no.', type: TemplateFieldType.STRING,
     417                                comment: 'Chamber number'))
     418
     419                        .addToFields(new TemplateField(
     420                                name: 'Block', type: TemplateFieldType.STRING))
     421
     422                        .addToFields(new TemplateField(
     423                                name: 'Position X', type: TemplateFieldType.FLOAT))
     424                        .addToFields(new TemplateField(
     425                                name: 'Position Y', type: TemplateFieldType.FLOAT))
     426                       
     427                        .addToFields(new TemplateField(
     428                                name: 'Temperature at day', type: TemplateFieldType.FLOAT))
     429                        .addToFields(new TemplateField(
     430                                name: 'Temperature at night', type: TemplateFieldType.FLOAT))
     431                        .addToFields(new TemplateField(
     432                                name: 'Photo period', type: TemplateFieldType.STRING))
     433                        .addToFields(new TemplateField(
     434                                name: 'Light intensity', type: TemplateFieldType.STRING))
     435                        .addToFields(new TemplateField(
     436                                name: 'Start date', type: TemplateFieldType.DATE))
     437                        .addToFields(new TemplateField(
     438                                name: 'Harvest date', type: TemplateFieldType.DATE))
     439                        .addToFields(new TemplateField(
     440                                name: 'Growth type', type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
     441                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Standard'),new TemplateFieldListItem(name: 'Experimental')]))
     442                        .addToFields(new TemplateField(
     443                                name: 'Growth protocol', type: TemplateFieldType.TEXT))
     444                        .addToFields(new TemplateField(
     445                                name: 'Harvest delay', type: TemplateFieldType.TEXT))
     446                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     447
    331448
    332449                        println ".adding plant sample template..."
     
    337454                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    338455
    339                         def dietTreatmentTemplate = new Template(
     456
     457                        def meterialPrepTemplate = new Template(
     458                                name: 'Plant-material preparation',
     459                                description: 'material preparation',
     460                                entity: dbnp.studycapturing.Event)
     461                        .addToFields(new TemplateField(
     462                         name: 'Tissue', type: TemplateFieldType.STRING,
     463                         comment: 'organ/ fraction of culture/ plant part'))
     464                       
     465                         .addToFields(new TemplateField(
     466                         name: 'Grinding', type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
     467                         listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'yes'),
     468                                       new TemplateFieldListItem(name: 'no'),
     469                                       new TemplateFieldListItem(name: 'unknown')]))
     470
     471                         .addToFields(new TemplateField(
     472                         name: 'Storage location', type: TemplateFieldType.STRING))
     473
     474                         .addToFields(new TemplateField(
     475                         name: 'protocol reference', type: TemplateFieldType.STRING))
     476
     477                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     478
     479
     480
     481                        def dietTreatmentTemplate = new Template(
    340482                                name: 'Diet treatment HF45/LF10', entity: dbnp.studycapturing.Event)
    341483                        .addToFields(new TemplateField(
     
    393535                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    394536
     537                        def plantSamplingextractEventTemplate = new Template(
     538                                name: 'Plant -sample extraction',
     539                                description: 'sample extraction',
     540                                entity: dbnp.studycapturing.SamplingEvent,
     541                                sampleTemplates: [plantSampleTemplate])
     542                        .addToFields(samplingProtocolField)
     543                        .addToFields(new TemplateField(
     544                                name: 'Sample weight',
     545                                unit: 'ul',
     546                                type: TemplateFieldType.FLOAT))
     547
     548                         .addToFields(new TemplateField(
     549                         name: 'Sample when measured', type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
     550                         listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Dried'),
     551                                       new TemplateFieldListItem(name: 'Fresh'),
     552                                       new TemplateFieldListItem(name: 'Unknown')]))
     553
     554                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     555
     556                        def plantSamplingEventTemplate = new Template(
     557                                name: 'Plant-sample ',
     558                                description: 'plant sample ',
     559                                entity: dbnp.studycapturing.SamplingEvent,
     560                                sampleTemplates: [plantSampleTemplate])
     561              //          .addToFields(samplingProtocolField)
     562                        .addToFields(new TemplateField(
     563                                name: 'material',
     564                                comment: 'physical charecteristic. e.g, grounded powder of tomato seed or liquid',
     565                                type: TemplateFieldType.STRING))
     566                        .addToFields(new TemplateField(
     567                                name: 'Desription',
     568                                type: TemplateFieldType.STRING))
     569                        .addToFields(new TemplateField(
     570                                name: 'extracted material',
     571                                comment: 'substance to be extracted. e.g., lipids, volatiles, primary metabolites etc',
     572                                type: TemplateFieldType.STRING))
     573                        .addToFields(new TemplateField(
     574                                name: 'Text on vial',
     575                                type: TemplateFieldType.STRING))
     576                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    395577
    396578                        // Add example studies
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.