Changeset 525


Ignore:
Timestamp:
Jun 4, 2010, 11:20:48 AM (7 years ago)
Author:
duh
Message:
  • fixed some indentation
File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy

    r524 r525  
    352352
    353353                        def fastingTreatment = new Template(
    354                                 name: 'Fasting treatment',
    355                                 description: 'Fasting Protocol NuGO PPSH',
    356                                 entity: dbnp.studycapturing.Event)
    357                         .addToFields(new TemplateField(
    358                                 name: 'Fasting period',
    359                                 type: TemplateFieldType.STRING))
    360                          .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     354                                name: 'Fasting treatment',
     355                                description: 'Fasting Protocol NuGO PPSH',
     356                                entity: dbnp.studycapturing.Event
     357                        )
     358            .addToFields(
     359                                new TemplateField(
     360                                        name: 'Fasting period',
     361                                        type: TemplateFieldType.STRING
     362                                )
     363                        )
     364                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    361365
    362366                        // SamplingEvent templates
    363 
    364                         def samplingProtocolField = new TemplateField(
    365                         name: 'Sample Protocol',type: TemplateFieldType.STRING)
    366                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     367            def samplingProtocolField = new TemplateField(
     368                name: 'Sample Protocol',
     369                                type: TemplateFieldType.STRING
     370                        )
     371            .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    367372
    368373                        def liverSamplingEventTemplate = new Template(
     
    593598                                .addToPersons( studyperson1 )
    594599                                .addToPersons( studyperson2 )
    595                                 .addToPublications( publication1 )
    596                                 .addToPublications( publication2 )
     600                .addToPublications( publication1 )
     601                .addToPublications( publication2 )
    597602                                .save()
    598603
     
    633638                                def y = 1
    634639                                11.times {
    635                                         def currentSubject = new Subject(
    636                                               name: "" + y++,
    637                                               species: humanTerm,
    638                                               template: humanTemplate)
     640                                        def currentSubject = new Subject(
     641                                                name: "" + y++,
     642                                                species: humanTerm,
     643                                                template: humanTemplate
     644                                        )
    639645                                        .setFieldValue("Gender", (Math.random() > 0.5) ? "Male" : "Female")
    640646                                        .setFieldValue("DOB", new java.text.SimpleDateFormat("dd-mm-yy").parse("01-02-19" + (10 + (int) (Math.random() * 80))))
     
    645651                                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    646652
    647                                         rootGroup.addToSubjects currentSubject
    648                                         rootGroup.save()
    649 
    650                                         def currentSample = new Sample(
    651                                               name: currentSubject.name + '_B',
    652                                               material: bloodTerm,
    653                                               parentSubject: currentSubject,
    654                                               parentEvent: bloodSamplingEvent);
    655 
    656                                         humanStudy.addToSubjects(currentSubject).addToSamples(currentSample).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     653                                        rootGroup.addToSubjects currentSubject
     654                                        rootGroup.save()
     655
     656                                        def currentSample = new Sample(
     657                                                name: currentSubject.name + '_B',
     658                                                material: bloodTerm,
     659                                                parentSubject: currentSubject,
     660                                                parentEvent: bloodSamplingEvent
     661                                        );
     662
     663                                        humanStudy.addToSubjects(currentSubject).addToSamples(currentSample).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    657664                                }
    658665
     
    742749                                humanStudy.save()
    743750
    744                                 mouseStudy.addToAssays(lipidAssayRef);
     751                        mouseStudy.addToAssays(lipidAssayRef);
    745752                                mouseStudy.save()
    746753
     
    749756
    750757                // Ontologies must be connected to the templatefields in runtime
    751                 // because the Ontology.findByNcboId is not available otherwise
    752                 TemplateEntity.getField( Subject.domainFields, 'species' ).ontologies = [Ontology.findByNcboId(1132)]
    753                 TemplateEntity.getField( Sample.domainFields, 'material' ).ontologies = [Ontology.findByNcboId(1005)]
     758                // because the Ontology.findByNcboId is not available otherwise
     759                TemplateEntity.getField(Subject.domainFields, 'species').ontologies = [Ontology.findByNcboId(1132)]
     760                TemplateEntity.getField(Sample.domainFields, 'material').ontologies = [Ontology.findByNcboId(1005)]
    754761
    755762        }
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.