Changeset 525

Show
Ignore:
Timestamp:
04-06-10 11:20:48 (4 years ago)
Author:
duh
Message:

- fixed some indentation

Files:
1 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy

    r524 r525  
    352352 
    353353                        def fastingTreatment = new Template( 
    354                                 name: 'Fasting treatment', 
    355                                 description: 'Fasting Protocol NuGO PPSH', 
    356                                 entity: dbnp.studycapturing.Event) 
    357                         .addToFields(new TemplateField( 
    358                                 name: 'Fasting period', 
    359                                 type: TemplateFieldType.STRING)) 
    360                          .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     354                                name: 'Fasting treatment', 
     355                                description: 'Fasting Protocol NuGO PPSH', 
     356                                entity: dbnp.studycapturing.Event 
     357                        ) 
     358            .addToFields( 
     359                                new TemplateField( 
     360                                        name: 'Fasting period', 
     361                                        type: TemplateFieldType.STRING 
     362                                ) 
     363                        ) 
     364                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    361365 
    362366                        // SamplingEvent templates 
    363  
    364                         def samplingProtocolField = new TemplateField( 
    365                         name: 'Sample Protocol',type: TemplateFieldType.STRING) 
    366                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     367            def samplingProtocolField = new TemplateField( 
     368                name: 'Sample Protocol', 
     369                                type: TemplateFieldType.STRING 
     370                        ) 
     371            .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    367372 
    368373                        def liverSamplingEventTemplate = new Template( 
     
    593598                                .addToPersons( studyperson1 ) 
    594599                                .addToPersons( studyperson2 ) 
    595                                 .addToPublications( publication1 ) 
    596                                 .addToPublications( publication2 ) 
     600                .addToPublications( publication1 ) 
     601                .addToPublications( publication2 ) 
    597602                                .save() 
    598603 
     
    633638                                def y = 1 
    634639                                11.times { 
    635                                         def currentSubject = new Subject( 
    636                                               name: "" + y++, 
    637                                               species: humanTerm, 
    638                                               template: humanTemplate) 
     640                                        def currentSubject = new Subject( 
     641                                                name: "" + y++, 
     642                                                species: humanTerm, 
     643                                                template: humanTemplate 
     644                                        ) 
    639645                                        .setFieldValue("Gender", (Math.random() > 0.5) ? "Male" : "Female") 
    640646                                        .setFieldValue("DOB", new java.text.SimpleDateFormat("dd-mm-yy").parse("01-02-19" + (10 + (int) (Math.random() * 80)))) 
     
    645651                                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    646652 
    647                                         rootGroup.addToSubjects currentSubject 
    648                                         rootGroup.save() 
    649  
    650                                         def currentSample = new Sample( 
    651                                               name: currentSubject.name + '_B', 
    652                                               material: bloodTerm, 
    653                                               parentSubject: currentSubject, 
    654                                               parentEvent: bloodSamplingEvent); 
    655  
    656                                         humanStudy.addToSubjects(currentSubject).addToSamples(currentSample).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     653                                        rootGroup.addToSubjects currentSubject 
     654                                        rootGroup.save() 
     655 
     656                                        def currentSample = new Sample( 
     657                                                name: currentSubject.name + '_B', 
     658                                                material: bloodTerm, 
     659                                                parentSubject: currentSubject, 
     660                                                parentEvent: bloodSamplingEvent 
     661                                        ); 
     662 
     663                                        humanStudy.addToSubjects(currentSubject).addToSamples(currentSample).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    657664                                } 
    658665 
     
    742749                                humanStudy.save() 
    743750 
    744                                 mouseStudy.addToAssays(lipidAssayRef); 
     751                        mouseStudy.addToAssays(lipidAssayRef); 
    745752                                mouseStudy.save() 
    746753 
     
    749756 
    750757                // Ontologies must be connected to the templatefields in runtime 
    751                 // because the Ontology.findByNcboId is not available otherwise 
    752                 TemplateEntity.getField( Subject.domainFields, 'species' ).ontologies = [Ontology.findByNcboId(1132)] 
    753                 TemplateEntity.getField( Sample.domainFields, 'material' ).ontologies = [Ontology.findByNcboId(1005)] 
     758                // because the Ontology.findByNcboId is not available otherwise 
     759                TemplateEntity.getField(Subject.domainFields, 'species').ontologies = [Ontology.findByNcboId(1132)] 
     760                TemplateEntity.getField(Sample.domainFields, 'material').ontologies = [Ontology.findByNcboId(1005)] 
    754761 
    755762        }