Changeset 493


Ignore:
Timestamp:
May 28, 2010, 11:55:56 AM (9 years ago)
Author:
keesvb
Message:

changed SamplingEvent? definitions in Bootstrap and coupled SamplingEvent? templates to target Sample templates

Location:
trunk/grails-app
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy

    r467 r493  
    255255
    256256
    257                         def sampleDescriptionField = new TemplateField(
    258                                 name: 'Description',type: TemplateFieldType.TEXT)
    259                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    260                         def sampleTypeField = new TemplateField(
    261                                 name: 'SampleType',type: TemplateFieldType.STRING)
    262                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    263                         def sampleProtocolField = new TemplateField(
    264                                 name: 'SampleProtocol',type: TemplateFieldType.STRING)
     257                        def sampleRemarksField = new TemplateField(
     258                                name: 'Remarks',type: TemplateFieldType.TEXT)
    265259                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    266260                        def sampleVialTextField = new TemplateField(
     
    268262                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    269263
    270                         // Human sample template
     264                        // Human tissue sample template
    271265                        println ".adding human sample template..."
    272266                        def humanSampleTemplate = new Template(
    273267                                name: 'Human tissue sample', entity: dbnp.studycapturing.Sample)
    274                         .addToFields(sampleDescriptionField)
    275                         .addToFields(sampleTypeField)
    276                         .addToFields(sampleProtocolField)
     268                        .addToFields(sampleRemarksField)
    277269                        .addToFields(sampleVialTextField)
    278                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     270            .addToFields(new TemplateField(
     271                name: 'Sample measured weight',
     272                unit: 'mg',
     273                type: TemplateFieldType.FLOAT))
     274                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     275
     276            // Human blood sample template
     277            println ".adding human sample template..."
     278            def humanBloodSampleTemplate = new Template(
     279                name: 'Human blood sample', entity: dbnp.studycapturing.Sample)
     280            .addToFields(sampleRemarksField)
     281            .addToFields(sampleVialTextField)
     282            .addToFields(new TemplateField(
     283                name: 'Sample measured volume',
     284                unit: 'ml',
     285                type: TemplateFieldType.FLOAT))
     286            .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    279287
    280288                        //Plant template
     
    324332                        def plantSampleTemplate = new Template(
    325333                                name: 'Plant sample', entity: dbnp.studycapturing.Sample)
    326                         .addToFields(sampleDescriptionField)
    327                         .addToFields(sampleTypeField)
    328                         .addToFields(sampleProtocolField)
     334                        .addToFields(sampleRemarksField)
    329335                        .addToFields(sampleVialTextField)
    330336                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    331337
    332 
    333                         // Event templates
    334338                        def dietTreatmentTemplate = new Template(
    335                                 name: 'Diet treatment', entity: dbnp.studycapturing.Event)
    336                         .addToFields(sampleDescriptionField)
     339                                name: 'Diet treatment HF45/LF10', entity: dbnp.studycapturing.Event)
    337340                        .addToFields(new TemplateField(
    338341                                name: 'Diet', type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
     
    341344
    342345                        def boostTreatmentTemplate = new Template(
    343                                 name: 'Boost treatment', entity: dbnp.studycapturing.Event)
    344                         .addToFields(sampleDescriptionField)
    345                         .addToFields(new TemplateField(
    346                                 name: 'Compound', type: TemplateFieldType.STRING,
     346                                name: 'Leptin treatment', entity: dbnp.studycapturing.Event)
     347                        .addToFields(new TemplateField(
     348                                name: 'Compound', type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
    347349                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Vehicle'),new TemplateFieldListItem(name: 'Leptin')]))
    348350                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    349351
    350352                        def fastingTreatment = new Template(
    351                                 name: 'Fasting treatment',
    352                                 description: 'Fasting Protocol NuGO PPSH',
    353                                 entity: dbnp.studycapturing.Event)
    354                         .addToFields(new TemplateField(
    355                                 name: 'Fasting period',
    356                                 type: TemplateFieldType.STRING))
     353                                name: 'Fasting treatment',
     354                                description: 'Fasting Protocol NuGO PPSH',
     355                                entity: dbnp.studycapturing.Event)
     356                        .addToFields(new TemplateField(
     357                                name: 'Fasting period',
     358                                type: TemplateFieldType.STRING))
    357359                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    358360
    359361                        // SamplingEvent templates
     362
     363                        def samplingProtocolField = new TemplateField(
     364                        name: 'SampleProtocol',type: TemplateFieldType.STRING)
     365                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    360366
    361367                        def liverSamplingEventTemplate = new Template(
    362368                                name: 'Liver extraction',
    363369                                description: 'Liver sampling for transcriptomics arrays',
    364                                 entity: dbnp.studycapturing.SamplingEvent)
     370                                entity: dbnp.studycapturing.SamplingEvent,
     371                                sampleTemplates: [humanSampleTemplate])
     372                        .addToFields(samplingProtocolField)
    365373                        .addToFields(new TemplateField(
    366374                                name: 'Sample weight',
     
    372380                                name: 'Blood extraction',
    373381                                description: 'Blood extraction targeted at lipid assays',
    374                                 entity: dbnp.studycapturing.SamplingEvent)
     382                                entity: dbnp.studycapturing.SamplingEvent,
     383                                 sampleTemplates: [humanBloodSampleTemplate])
     384                        .addToFields(samplingProtocolField)
    375385                        .addToFields(new TemplateField(
    376386                                name: 'Sample volume',
     
    536546                                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    537547
    538                                 // Add subjects and samples and compose EventGroups
     548                // Add subjects and samples and compose EventGroups
    539549                                def x=1
    540550                                20.times {
     
    640650                                              material: bloodTerm,
    641651                                              parentSubject: currentSubject,
    642                                               parentEvent: bloodSamplingEvent);
     652                                              parentEvent: bloodSamplingEvent,
     653                          template: humanBloodSampleTemplate);
    643654
    644655                                        humanStudy.addToSubjects(currentSubject).addToSamples(currentSample).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/Template.groovy

    r421 r493  
    1717        //nimble.User owner
    1818        List fields
    19         static hasMany = [fields: TemplateField]
     19        static hasMany = [fields: TemplateField,
     20        sampleTemplates: Template] // only applicable when entity=SamplingEvent,
     21        // for storing which Sample (template)s result from a SamplingEvent (template)
    2022
    2123        static constraints = {
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.