Changeset 455 for trunk/grails-app/conf

May 24, 2010, 11:48:40 PM (12 years ago)

Reverting Subject optimization as it breaks the study create wizard on adding Subjects, added help texts to Bootstrap and icons to study create wizard, added new text to home, added help texts to study create wizard pages

1 edited


  • trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy

    r454 r455  
    2222                // Ontologies must be connected to the templatefields in runtime
    2323                // because the Ontology.findByNcboId is not available otherwise
    24                 TemplateEntity.getField( Subject.domainFields, 'species' ).ontologies = [Ontology.findByNcboId(1132)]
     24                //TemplateEntity.getField( Subject.domainFields, 'species' ).ontologies = [Ontology.findByNcboId(1132)]
    2525                TemplateEntity.getField( Sample.domainFields, 'material' ).ontologies = [Ontology.findByNcboId(1005)]
    163163                        def genderField = new TemplateField(
    164164                                name: 'Gender',type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
    165                                 listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Male'),new TemplateFieldListItem(name: 'Female')])
     165                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Male'),new TemplateFieldListItem(name: 'Female'),new TemplateFieldListItem(name: 'Unknown')])
    166166                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    168168                        def ageField = new TemplateField(
    169                                 name: 'Age (years)',type: TemplateFieldType.INTEGER,unit: 'years')
     169                                name: 'Age',type: TemplateFieldType.INTEGER,unit: 'years',comment: 'Either include age at the start of the study or date of birth (if known)')
    170170                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    172172                        def genotypeField = new TemplateField(
    173                                 name: 'Genotype', type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM)
     173                                name: 'Genotype', type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM,
     174                                comment: 'If present, indicate the genetic variance of the subject (the gene knock-out/in or transgene)')
    174175                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    179180                                        new TemplateFieldListItem(name:'transgenic'),
    180181                                        new TemplateFieldListItem(name:'knock-out'),
    181                                         new TemplateFieldListItem(name:'knock-in')])
     182                                        new TemplateFieldListItem(name:'knock-in')],
     183                                comment: 'If a genotype was specified, please indicate here the type of the genotype') 
    182184                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    188190                        def studyTemplate = new Template(
    189191                                name: 'Academic study', entity: dbnp.studycapturing.Study)
    190                                 .addToFields(new TemplateField(name: 'Description',type: TemplateFieldType.TEXT))
    191                                 .addToFields(new TemplateField(name: 'Study code',type: TemplateFieldType.STRING, preferredIdentifier:true))
    192                                 .addToFields(new TemplateField(name: 'Objectives',type: TemplateFieldType.TEXT))
    193                                 .addToFields(new TemplateField(name: 'Consortium',type: TemplateFieldType.STRING))
    194                                 .addToFields(new TemplateField(name: 'Cohort name',type: TemplateFieldType.STRING))
    195                                 .addToFields(new TemplateField(name: 'Time zone',type: TemplateFieldType.STRING))
    196                                 .addToFields(new TemplateField(name: 'Responsible scientist',type: TemplateFieldType.STRING))
    197                                 .addToFields(new TemplateField(name: 'Lab id',type: TemplateFieldType.STRING))
    198                                 .addToFields(new TemplateField(name: 'Institute',type: TemplateFieldType.STRING))
     192                                .addToFields(new TemplateField(name: 'Description',type: TemplateFieldType.TEXT,comment:'Describe here the type of subjects and the treatment, challenges and sampling.'))
     193                                .addToFields(new TemplateField(
     194                                        name: 'Study code',
     195                                        type: TemplateFieldType.STRING,
     196                                        preferredIdentifier:true,
     197                                        comment: 'Fill out the code by which many people will recognize your study'))
     198                                .addToFields(new TemplateField(name: 'Objectives',type: TemplateFieldType.TEXT,comment:'Fill out the aim or questions of the study'))
     199                                .addToFields(new TemplateField(name: 'Consortium',type: TemplateFieldType.STRING,comment:'If the study was performed within a consortium (e.g. NMC, NuGO), you can indicate this here'))
     200                                .addToFields(new TemplateField(name: 'Cohort name',type: TemplateFieldType.STRING,comment:'If a cohort was used the name or code of the cohort can be define here (define a cohort template)'))
     201                                //.addToFields(new TemplateField(name: 'Time zone',type: TemplateFieldType.STRING,comment:'In the database the local time will be stored. This field is essential to be able to generalize time.'))
     202                                .addToFields(new TemplateField(name: 'Responsible scientist',type: TemplateFieldType.STRING,comment:'Fill out the project leader of principle investigator of the study. (soon to be replaced with persons input)'))
     203                                .addToFields(new TemplateField(name: 'Lab id',type: TemplateFieldType.STRING,comment:'In which lab was the study performed; indicate the roomnumber.'))
     204                                .addToFields(new TemplateField(name: 'Institute',type: TemplateFieldType.STRING,comment:'In which institute was the study performed; indicate the full address information (to be replaced by persons-affiliations?)'))
    199205                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    204210                                name: 'Mouse', entity: dbnp.studycapturing.Subject)
    205211                        .addToFields(new TemplateField(
    206                                 name: 'Strain', type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM))
     212                                name: 'Strain', type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM, ontologies: [nciOntology], comment: "This is an ontology term, if the right strain is not in the list please add it with 'add more'"))
    207213                        .addToFields(genotypeField)
    208214                        .addToFields(genotypeTypeField)
    209215                        .addToFields(genderField)
    210216                        .addToFields(new TemplateField(
    211                                 name: 'Age (weeks)', type: TemplateFieldType.INTEGER, unit: 'weeks'))
     217                                name: 'Age', type: TemplateFieldType.INTEGER, unit: 'weeks', comment: 'Age at start of study'))
    212218                        .addToFields(new TemplateField(
    213219                                name: 'Age type',type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
    214220                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'postnatal'),new TemplateFieldListItem(name:'embryonal')]))
    215221                        .addToFields(new TemplateField(
    216                                 name: 'Cage',type: TemplateFieldType.STRING))
    217                         .addToFields(new TemplateField(
    218                                 name: '#Mice in cage',type: TemplateFieldType.INTEGER))
    219                         .addToFields(new TemplateField(
    220                                 name: 'Litter size',type: TemplateFieldType.INTEGER))
    221                         .addToFields(new TemplateField(
    222                                 name: 'Weight (g)', type: TemplateFieldType.DOUBLE, unit: 'gram'))
     222                                name: 'Cage',type: TemplateFieldType.STRING,comment:'Indicate the cage used for housing (type and/or size)'))
     223                        .addToFields(new TemplateField(
     224                                name: '#Mice in cage',type: TemplateFieldType.INTEGER,comment:'If known, indicate the number of mice per cage'))
     225                        .addToFields(new TemplateField(
     226                                name: 'Litter size',type: TemplateFieldType.INTEGER,comment:'If known, indicate the litter size of the litter from which the subject originates'))
     227                        .addToFields(new TemplateField(
     228                                name: 'Weight', type: TemplateFieldType.DOUBLE, unit: 'gram',comment:'If known indicate the weight of the subject in grams at the start of the study'))
    223229                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    230236                        .addToFields(ageField)
    231237                        .addToFields(new TemplateField(
    232                                 name: 'DOB',type: TemplateFieldType.DATE))
     238                                name: 'DOB',type: TemplateFieldType.DATE,comment:'Date of birth'))
    233239                        .addToFields(new TemplateField(
    234240                                name: 'Height',type: TemplateFieldType.DOUBLE, unit: 'm'))
    235241                        .addToFields(new TemplateField(
    236                                 name: 'Weight (kg)',type: TemplateFieldType.DOUBLE, unit: 'kg'))
    237                         .addToFields(new TemplateField(
    238                                 name: 'BMI',type: TemplateFieldType.DOUBLE, unit: 'kg/m2'))
    239                         .addToFields(new TemplateField(
    240                                 name: 'Race',type: TemplateFieldType.STRING))
    241                         .addToFields(new TemplateField(
    242                                 name: 'Waist circumference',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'cm'))
    243                         .addToFields(new TemplateField(
    244                                 name: 'Hip circumference',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'cm'))
    245                         .addToFields(new TemplateField(
    246                                 name: 'Systolic blood pressure',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'mmHg'))
    247                         .addToFields(new TemplateField(
    248                                 name: 'Diastolic blood pressure',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'mmHg'))
    249                         .addToFields(new TemplateField(
    250                                 name: 'Heart rate',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'beats/min'))
    251                         .addToFields(new TemplateField(
    252                                 name: 'Run-in-food',type: TemplateFieldType.TEXT))
     242                                name: 'Weight',type: TemplateFieldType.DOUBLE, unit: 'kg'))
     243                        .addToFields(new TemplateField(
     244                                name: 'BMI',type: TemplateFieldType.DOUBLE, unit: 'kg/m2',comment:'Body-mass-index'))
     245                        .addToFields(new TemplateField(
     246                                name: 'Race',type: TemplateFieldType.STRING,comment:'If known and of interest the ethnic group can be indicated'))
     247                        .addToFields(new TemplateField(
     248                                name: 'Waist circumference',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'cm',comment:'The waist circumference is measured just above the hip bone. Indicate the measure at the start of the study.'))
     249                        .addToFields(new TemplateField(
     250                                name: 'Hip circumference',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'cm',comment:'The hip circumference is measured at the level of the two bony prominences front of the hips. Indicate the measure at the start of the study.'))
     251                        .addToFields(new TemplateField(
     252                                name: 'Systolic blood pressure',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'mmHg',comment:'Indicate the levels at the start of the study in mmHG'))
     253                        .addToFields(new TemplateField(
     254                                name: 'Diastolic blood pressure',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'mmHg',comment:'Indicate the levels at the start of the study in mmHG'))
     255                        .addToFields(new TemplateField(
     256                                name: 'Heart rate',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'beats/min',comment:'Indicate the heart rate at the start of in study in beats per minute'))
     257                        .addToFields(new TemplateField(
     258                                name: 'Run-in-food',type: TemplateFieldType.TEXT,comment:'If defined, give a short description of the food used before the measurements'))
    253259                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    545551                                        .setFieldValue("Gender", "Male")
    546552                                        .setFieldValue("Genotype", c57bl6Term)
    547                                         .setFieldValue("Age (weeks)", 17)
     553                                        .setFieldValue("Age", 17)
    548554                                        .setFieldValue("Cage", "" + (int)(x/2))
    549555                                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)}
    626632                                        .setFieldValue("Gender", (Math.random() > 0.5) ? "Male" : "Female")
    627633                                        .setFieldValue("DOB", new java.text.SimpleDateFormat("dd-mm-yy").parse("01-02-19" + (10 + (int) (Math.random() * 80))))
    628                                         .setFieldValue("Age (years)", 30)
     634                                        .setFieldValue("Age", 30)
    629635                                        .setFieldValue("Height", Math.random() * 2F)
    630                                         .setFieldValue("Weight (kg)", Math.random() * 150F)
     636                                        .setFieldValue("Weight", Math.random() * 150F)
    631637                                        .setFieldValue("BMI", 20 + Math.random() * 10F)
    632638                                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.