Changeset 440

Show
Ignore:
Timestamp:
19-05-10 16:39:48 (4 years ago)
Author:
keesvb
Message:

sorry, forgot to delete an accolade

Files:
1 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/test/integration/gscf/OntologyTests.groovy

    r439 r440  
    3535 
    3636                def ontology = new Ontology( 
    37                                 name: testOntologyName, 
    38                                 description: testOntologyDescription, 
    39                                 url: testOntologyUrl, 
    40                                 versionNumber: testOntologyVersionNumber, 
    41                                 ncboId: testOntologyNcboId, 
    42                                 ncboVersionedId: testOntologyNcboVersionedId 
     37                    name: testOntologyName, 
     38                    description: testOntologyDescription, 
     39                    url: testOntologyUrl, 
     40                    versionNumber: testOntologyVersionNumber, 
     41                    ncboId: testOntologyNcboId, 
     42                    ncboVersionedId: testOntologyNcboVersionedId 
    4343                ); 
    4444 
    4545                // Validate and save ontology 
    4646                assert ontology.validate() 
    47                 assert ontology.save(flush:true) 
     47                assert ontology.save(flush: true) 
    4848        } 
    4949 
     
    5555         * Test if ontology was properly saved 
    5656         */ 
    57         void testSave () { 
     57        void testSave() { 
    5858 
    5959                // Try to retrieve the ontology and make sure it's the same 
     
    7070 
    7171        /** 
    72         * Test saving and retrieving a term within the ontology and test giveTermByName(name) and giveTerms() 
    73         */ 
     72         * Test saving and retrieving a term within the ontology and test giveTermByName(name) and giveTerms() 
     73         */ 
    7474        void testTermSave() { 
    7575 
     
    8080                // Create a new term 
    8181                def term = new Term( 
    82                         name: testTermName, 
    83                         accession: testAccession, 
    84                         ontology: testOntology 
     82                    name: testTermName, 
     83                    accession: testAccession, 
     84                    ontology: testOntology 
    8585                ) 
    8686 
    8787                assert term.validate() 
    88                 assert term.save(flush:true) 
     88                assert term.save(flush: true) 
    8989 
    9090                // Try to retrieve the term from the ontology and make sure it's the same 
     
    102102 
    103103        /** 
    104         * Ontocat test for debug purposes: show all properties of a certain ontology 
    105         */ 
     104         * Ontocat test for debug purposes: show all properties of a certain ontology 
     105         */ 
    106106        private void testOntocatBioPortalDebug() { 
    107107                // Instantiate OLS service 
     
    114114                String codingScheme = bean.codingScheme 
    115115                sb.append("OntologyBean:\n") 
    116                 sb.append("property codingScheme="+codingScheme+"\n") 
     116                sb.append("property codingScheme=" + codingScheme + "\n") 
    117117                sb.append("Bean.properties:\n") 
    118118                bean.properties.each { 
    119                         sb.append(it.key + "=" + it.value+"\n") 
     119                        sb.append(it.key + "=" + it.value + "\n") 
    120120                } 
    121121                sb.append "Bean:\t" + bean.dump() 
     
    130130                sb.append("Ontology meta properties:\n") 
    131131                o.getVersionNumber() + o.getMetaPropertyValues().each { 
    132                         sb.append(it.name + "=" + it.value+"\n") 
     132                        sb.append(it.name + "=" + it.value + "\n") 
    133133                } 
    134134                sb.append("Ontology properties:\n"); 
    135135                o.getProperties().each { 
    136                         sb.append(it.key + "=" + it.value+"\n") 
     136                        sb.append(it.key + "=" + it.value + "\n") 
    137137                } 
    138138                sb.append("Ontology root terms:\n"); 
     
    179179                        // Instantiate ontology 
    180180                        def ontology = new Ontology( 
    181                                         name: o.label, 
    182                                         description: o.description, 
    183                                         url: bean.properties['homepage'], 
    184                                         //url: 'http://bioportal.bioontology.org/ontologies/' + versionedId, 
    185                                         versionNumber: o.versionNumber, 
    186                                         ncboId: o.ontologyAccession, 
    187                                         ncboVersionedId: versionedId 
     181                            name: o.label, 
     182                            description: o.description, 
     183                            url: bean.properties['homepage'], 
     184                            //url: 'http://bioportal.bioontology.org/ontologies/' + versionedId, 
     185                            versionNumber: o.versionNumber, 
     186                            ncboId: o.ontologyAccession, 
     187                            ncboVersionedId: versionedId 
    188188                        ); 
    189189 
    190190                        // Validate and save ontology 
    191191                        assert ontology.validate() 
    192                         assert ontology.save(flush:true) 
     192                        assert ontology.save(flush: true) 
    193193 
    194194                        //println ontology.dump() 
    195                         } 
    196195                } 
    197196        }