Changeset 439


Ignore:
Timestamp:
May 19, 2010, 4:36:21 PM (9 years ago)
Author:
keesvb
Message:

updated Ontology tests

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/test/integration/gscf/OntologyTests.groovy

    r425 r439  
    44import dbnp.data.*
    55
     6import uk.ac.ebi.ontocat.*
    67
    78/**
     
    6869        }
    6970
    70 
    7171        /**
    72         * Test saving and retrieving a term within the ontology and test giveTermByName(name)
     72        * Test saving and retrieving a term within the ontology and test giveTermByName(name) and giveTerms()
    7373        */
    7474        void testTermSave() {
     
    9393                assert termDB.accession.equals(testAccession)
    9494                assert termDB.ontology == testOntology
    95         }
    9695
    97 
    98         /**
    99         * Test giveTerms() method
    100         */
    101         void testGiveTerms() {
    102 
    103                 // Find created ontology
    104                 def testOntology = Ontology.findByName(testOntologyName)
    105                 assert testOntology
    106 
     96                // Test giveTerms() and make sure the term is in there
    10797                def terms = testOntology.giveTerms()
    10898                assert terms
     
    111101        }
    112102
     103        /**
     104        * Ontocat test for debug purposes: show all properties of a certain ontology
     105        */
     106        private void testOntocatBioPortalDebug() {
     107                // Instantiate OLS service
     108                uk.ac.ebi.ontocat.OntologyService os = new uk.ac.ebi.ontocat.bioportal.BioportalOntologyService()
     109
     110                // Find ontology by ncboId
     111                uk.ac.ebi.ontocat.Ontology o = os.getOntology("1005")
     112                StringBuilder sb = new StringBuilder();
     113                def bean = os.getOntologyBean()
     114                String codingScheme = bean.codingScheme
     115                sb.append("OntologyBean:\n")
     116                sb.append("property codingScheme="+codingScheme+"\n")
     117                sb.append("Bean.properties:\n")
     118                bean.properties.each {
     119                        sb.append(it.key + "=" + it.value+"\n")
     120                }
     121                sb.append "Bean:\t" + bean.dump()
     122                sb.append(bean.properties['codingScheme'])
     123                sb.append("\t");
     124                sb.append(o.getAbbreviation());
     125                sb.append("\t");
     126                sb.append(o.getLabel());
     127                sb.append("\t");
     128                sb.append(o.getOntologyAccession());
     129                sb.append("\t");
     130                sb.append("Ontology meta properties:\n")
     131                o.getVersionNumber() + o.getMetaPropertyValues().each {
     132                        sb.append(it.name + "=" + it.value+"\n")
     133                }
     134                sb.append("Ontology properties:\n");
     135                o.getProperties().each {
     136                        sb.append(it.key + "=" + it.value+"\n")
     137                }
     138                sb.append("Ontology root terms:\n");
     139                os.getRootTerms(o).each {
     140                        sb.append("Term ${os.makeLookupHyperlink(it.properties.get('accession'))} properties:\n")
     141                        it.properties.each {
     142                                sb.append it.key + "=" + it.value + "\n"
     143                        }
     144                }
     145                System.out.println(sb.toString());
     146        }
    113147
    114148        /**
    115         * Ontocat test (Ontocat example 1)
    116         *
    117         * Shows how to list all the available ontologies in OLS
    118         *
    119         */
    120         void testOntocat() {
    121                 // Instantiate OLS service
    122                 uk.ac.ebi.ontocat.OntologyService os = new uk.ac.ebi.ontocat.bioportal.BioportalOntologyService()
    123                 // For all ontologies in OLS print their
    124                 // full label and abbreviation
    125                 uk.ac.ebi.ontocat.Ontology o = os.getOntology("1005")
    126                         StringBuilder sb = new StringBuilder();
    127                         sb.append(o.getAbbreviation());
    128                         sb.append("\t");
    129                         sb.append(o.getLabel());
    130                         sb.append("\t");
    131                         sb.append(o.getOntologyAccession());
    132                         sb.append("\t");
    133                         o.getVersionNumber() + o.getMetaPropertyValues().each {
    134                                 sb.append(it.dump())
    135                         }
    136                         System.out.println(sb.toString());
    137                
     149         * Add all OLS ontologies to the database via the Ontocat framework
     150         */
     151        void testOntocatOLSOntologies() {
     152                // Instantiate EBI OLS service
     153                uk.ac.ebi.ontocat.OntologyService os = new uk.ac.ebi.ontocat.ols.OlsOntologyService()
     154                addOntologies(os)
    138155        }
    139156
     157        /**
     158         * Add all BioPortal ontologies to the database via the Ontocat framework
     159         */
     160        void testOntocatBioPortalOntologies() {
     161                // Instantiate BioPortal service
     162                uk.ac.ebi.ontocat.OntologyService os = new uk.ac.ebi.ontocat.bioportal.BioportalOntologyService()
     163                addOntologies(os)
     164        }
     165
     166        private void addOntologies(uk.ac.ebi.ontocat.OntologyService os) {
     167
     168                // Iterate over all ontologies in OLS
     169                os.getOntologies().each {
     170
     171                        // Get bean and extract versionedId
     172                        def bean = os.ontologyBean
     173                        def matcher = bean.codingScheme =~ "/(\\d{5})/"
     174                        assert matcher
     175                        assert matcher.size() == 1
     176                        assert matcher[0].size() == 2
     177                        def versionedId = matcher[0][1]
     178
     179                        // Instantiate ontology
     180                        def ontology = new Ontology(
     181                                        name: o.label,
     182                                        description: o.description,
     183                                        url: bean.properties['homepage'],
     184                                        //url: 'http://bioportal.bioontology.org/ontologies/' + versionedId,
     185                                        versionNumber: o.versionNumber,
     186                                        ncboId: o.ontologyAccession,
     187                                        ncboVersionedId: versionedId
     188                        );
     189
     190                        // Validate and save ontology
     191                        assert ontology.validate()
     192                        assert ontology.save(flush:true)
     193
     194                        //println ontology.dump()
     195                        }
     196                }
     197        }
    140198}
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.