Changeset 425


Ignore:
Timestamp:
May 18, 2010, 8:39:30 AM (9 years ago)
Author:
keesvb
Message:

refactored Ontology tests, added Ontocat example as a test

Location:
trunk
Files:
2 added
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/test/integration/gscf/OntologyTests.groovy

    r398 r425  
    33import grails.test.*
    44import dbnp.data.*
     5
    56
    67/**
     
    3132        protected void setUp() {
    3233                super.setUp()
    33         }
    34 
    35         protected void tearDown() {
    36                 super.tearDown()
    37         }
    38 
    39         /**
    40          * Test creation and saving of ontologies and terms
    41          * and giveTerms and giveTermByName methods
    42          */
    43         void testAll () {
    44 
    45                 // === TEST Ontology
    4634
    4735                def ontology = new Ontology(
     
    5745                assert ontology.validate()
    5846                assert ontology.save(flush:true)
     47        }
     48
     49        protected void tearDown() {
     50                super.tearDown()
     51        }
     52
     53        /**
     54         * Test if ontology was properly saved
     55         */
     56        void testSave () {
    5957
    6058                // Try to retrieve the ontology and make sure it's the same
     
    6866                assert ontologyDB.ncboVersionedId.equals(testOntologyNcboVersionedId)
    6967
    70                 // Apparently, the saved ontology is not persisted between test methods :-(
    71                 // Otherwise, we could separate these parts into different tests
     68        }
    7269
    73                 // === TEST Term and giveTermByName
     70
     71        /**
     72        * Test saving and retrieving a term within the ontology and test giveTermByName(name)
     73        */
     74        void testTermSave() {
    7475
    7576                // Find created ontology
     
    9293                assert termDB.accession.equals(testAccession)
    9394                assert termDB.ontology == testOntology
     95        }
    9496
    95                 // === TEST giveTerms
    96                
     97
     98        /**
     99        * Test giveTerms() method
     100        */
     101        void testGiveTerms() {
     102
     103                // Find created ontology
     104                def testOntology = Ontology.findByName(testOntologyName)
     105                assert testOntology
     106
    97107                def terms = testOntology.giveTerms()
    98108                assert terms
    99109                assert terms.size() == 1
    100110                assert terms.asList().first().name.equals(testTermName)
     111        }
    101112
     113
     114        /**
     115        * Ontocat test (Ontocat example 1)
     116        *
     117        * Shows how to list all the available ontologies in OLS
     118        *
     119        */
     120        void testOntocat() {
     121                // Instantiate OLS service
     122                uk.ac.ebi.ontocat.OntologyService os = new uk.ac.ebi.ontocat.bioportal.BioportalOntologyService()
     123                // For all ontologies in OLS print their
     124                // full label and abbreviation
     125                uk.ac.ebi.ontocat.Ontology o = os.getOntology("1005")
     126                        StringBuilder sb = new StringBuilder();
     127                        sb.append(o.getAbbreviation());
     128                        sb.append("\t");
     129                        sb.append(o.getLabel());
     130                        sb.append("\t");
     131                        sb.append(o.getOntologyAccession());
     132                        sb.append("\t");
     133                        o.getVersionNumber() + o.getMetaPropertyValues().each {
     134                                sb.append(it.dump())
     135                        }
     136                        System.out.println(sb.toString());
     137               
    102138        }
     139
    103140}
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.