Changeset 397


Ignore:
Timestamp:
May 7, 2010, 2:53:11 PM (9 years ago)
Author:
duh
Message:
  • reformatted source code
  • added mega huge big ASCII comments to UNDOCUMMENTED of not properly DOCUMENTED classess... we have agreed many many MANY times that everyone should document their code according to JavaDoc? style... but why does nobody do it, or just keep SLACKING! /annoyed modus
Location:
trunk/grails-app
Files:
29 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/controllers/LoadController.groovy

    r359 r397  
    11/**
    2  *
    3  * @author ademcan
     2 * 888       888 888    888 8888888888 8888888b.  8888888888
     3 * 888   o   888 888    888 888        888   Y88b 888
     4 * 888  d8b  888 888    888 888        888    888 888
     5 * 888 d888b 888 8888888888 8888888    888   d88P 8888888
     6 * 888d88888b888 888    888 888        8888888P"  888
     7 * 88888P Y88888 888    888 888        888 T88b   888
     8 * 8888P   Y8888 888    888 888        888  T88b  888
     9 * 888P     Y888 888    888 8888888888 888   T88b 8888888888
     10 *
     11 * 8888888 .d8888b.     88888888888 888    888 8888888888
     12 *   888  d88P  Y88b        888     888    888 888
     13 *   888  Y88b.             888     888    888 888
     14 *   888   "Y888b.          888     8888888888 8888888
     15 *   888      "Y88b.        888     888    888 888
     16 *   888        "888        888     888    888 888
     17 *   888  Y88b  d88P        888     888    888 888
     18 * 8888888 "Y8888P"         888     888    888 8888888888
     19 *
     20 *   888888        d8888 888     888     d8888 8888888b.   .d88888b.   .d8888b.
     21 *     "88b       d88888 888     888    d88888 888  "Y88b d88P" "Y88b d88P  Y88b
     22 *      888      d88P888 888     888   d88P888 888    888 888     888 888    888
     23 *      888     d88P 888 Y88b   d88P  d88P 888 888    888 888     888 888
     24 *      888    d88P  888  Y88b d88P  d88P  888 888    888 888     888 888
     25 *      888   d88P   888   Y88o88P  d88P   888 888    888 888     888 888    888
     26 *      88P  d8888888888    Y888P  d8888888888 888  .d88P Y88b. .d88P Y88b  d88P
     27 *      888 d88P     888     Y8P  d88P     888 8888888P"   "Y88888P"   "Y8888P"
     28 *    .d88P
     29 *  .d88P"
     30 * 888P"
     31 *
     32 *  .d8888b.  888  .d8888b.  888  .d8888b.  888
     33 * d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888
     34 *      .d88P 888      .d88P 888      .d88P 888
     35 *    .d88P"  888    .d88P"  888    .d88P"  888
     36 *    888"    888    888"    888    888"    888
     37 *    888     Y8P    888     Y8P    888     Y8P
     38 *             "              "              "
     39 *    888     888    888     888    888     888
     40 *
     41 *
     42 * TODO: add PROPER class and method documentation, just like have
     43 *       agreed upon hundreds of times!!!!
    444 */
    545
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/data/OntologyController.groovy

    r359 r397  
    11package dbnp.data
    2 
     2/**
     3 * 888       888 888    888 8888888888 8888888b.  8888888888
     4 * 888   o   888 888    888 888        888   Y88b 888
     5 * 888  d8b  888 888    888 888        888    888 888
     6 * 888 d888b 888 8888888888 8888888    888   d88P 8888888
     7 * 888d88888b888 888    888 888        8888888P"  888
     8 * 88888P Y88888 888    888 888        888 T88b   888
     9 * 8888P   Y8888 888    888 888        888  T88b  888
     10 * 888P     Y888 888    888 8888888888 888   T88b 8888888888
     11 *
     12 * 8888888 .d8888b.     88888888888 888    888 8888888888
     13 *   888  d88P  Y88b        888     888    888 888
     14 *   888  Y88b.             888     888    888 888
     15 *   888   "Y888b.          888     8888888888 8888888
     16 *   888      "Y88b.        888     888    888 888
     17 *   888        "888        888     888    888 888
     18 *   888  Y88b  d88P        888     888    888 888
     19 * 8888888 "Y8888P"         888     888    888 8888888888
     20 *
     21 *   888888        d8888 888     888     d8888 8888888b.   .d88888b.   .d8888b.
     22 *     "88b       d88888 888     888    d88888 888  "Y88b d88P" "Y88b d88P  Y88b
     23 *      888      d88P888 888     888   d88P888 888    888 888     888 888    888
     24 *      888     d88P 888 Y88b   d88P  d88P 888 888    888 888     888 888
     25 *      888    d88P  888  Y88b d88P  d88P  888 888    888 888     888 888
     26 *      888   d88P   888   Y88o88P  d88P   888 888    888 888     888 888    888
     27 *      88P  d8888888888    Y888P  d8888888888 888  .d88P Y88b. .d88P Y88b  d88P
     28 *      888 d88P     888     Y8P  d88P     888 8888888P"   "Y88888P"   "Y8888P"
     29 *    .d88P
     30 *  .d88P"
     31 * 888P"
     32 *
     33 *  .d8888b.  888  .d8888b.  888  .d8888b.  888
     34 * d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888
     35 *      .d88P 888      .d88P 888      .d88P 888
     36 *    .d88P"  888    .d88P"  888    .d88P"  888
     37 *    888"    888    888"    888    888"    888
     38 *    888     Y8P    888     Y8P    888     Y8P
     39 *             "              "              "
     40 *    888     888    888     888    888     888
     41 *
     42 *
     43 * TODO: add PROPER class and method documentation, just like have
     44 *       agreed upon hundreds of times!!!!
     45 */
    346class OntologyController {
    447
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/data/TermController.groovy

    r359 r397  
    11package dbnp.data
    2 
     2/**
     3 * 888       888 888    888 8888888888 8888888b.  8888888888
     4 * 888   o   888 888    888 888        888   Y88b 888
     5 * 888  d8b  888 888    888 888        888    888 888
     6 * 888 d888b 888 8888888888 8888888    888   d88P 8888888
     7 * 888d88888b888 888    888 888        8888888P"  888
     8 * 88888P Y88888 888    888 888        888 T88b   888
     9 * 8888P   Y8888 888    888 888        888  T88b  888
     10 * 888P     Y888 888    888 8888888888 888   T88b 8888888888
     11 *
     12 * 8888888 .d8888b.     88888888888 888    888 8888888888
     13 *   888  d88P  Y88b        888     888    888 888
     14 *   888  Y88b.             888     888    888 888
     15 *   888   "Y888b.          888     8888888888 8888888
     16 *   888      "Y88b.        888     888    888 888
     17 *   888        "888        888     888    888 888
     18 *   888  Y88b  d88P        888     888    888 888
     19 * 8888888 "Y8888P"         888     888    888 8888888888
     20 *
     21 *   888888        d8888 888     888     d8888 8888888b.   .d88888b.   .d8888b.
     22 *     "88b       d88888 888     888    d88888 888  "Y88b d88P" "Y88b d88P  Y88b
     23 *      888      d88P888 888     888   d88P888 888    888 888     888 888    888
     24 *      888     d88P 888 Y88b   d88P  d88P 888 888    888 888     888 888
     25 *      888    d88P  888  Y88b d88P  d88P  888 888    888 888     888 888
     26 *      888   d88P   888   Y88o88P  d88P   888 888    888 888     888 888    888
     27 *      88P  d8888888888    Y888P  d8888888888 888  .d88P Y88b. .d88P Y88b  d88P
     28 *      888 d88P     888     Y8P  d88P     888 8888888P"   "Y88888P"   "Y8888P"
     29 *    .d88P
     30 *  .d88P"
     31 * 888P"
     32 *
     33 *  .d8888b.  888  .d8888b.  888  .d8888b.  888
     34 * d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888
     35 *      .d88P 888      .d88P 888      .d88P 888
     36 *    .d88P"  888    .d88P"  888    .d88P"  888
     37 *    888"    888    888"    888    888"    888
     38 *    888     Y8P    888     Y8P    888     Y8P
     39 *             "              "              "
     40 *    888     888    888     888    888     888
     41 *
     42 *
     43 * TODO: add PROPER class and method documentation, just like have
     44 *       agreed upon hundreds of times!!!!
     45 */
    346class TermController {
    447
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/EventController.groovy

    r359 r397  
    33import dbnp.data.Term
    44import dbnp.data.Ontology
    5 
     5/**
     6 * 888       888 888    888 8888888888 8888888b.  8888888888
     7 * 888   o   888 888    888 888        888   Y88b 888
     8 * 888  d8b  888 888    888 888        888    888 888
     9 * 888 d888b 888 8888888888 8888888    888   d88P 8888888
     10 * 888d88888b888 888    888 888        8888888P"  888
     11 * 88888P Y88888 888    888 888        888 T88b   888
     12 * 8888P   Y8888 888    888 888        888  T88b  888
     13 * 888P     Y888 888    888 8888888888 888   T88b 8888888888
     14 *
     15 * 8888888 .d8888b.     88888888888 888    888 8888888888
     16 *   888  d88P  Y88b        888     888    888 888
     17 *   888  Y88b.             888     888    888 888
     18 *   888   "Y888b.          888     8888888888 8888888
     19 *   888      "Y88b.        888     888    888 888
     20 *   888        "888        888     888    888 888
     21 *   888  Y88b  d88P        888     888    888 888
     22 * 8888888 "Y8888P"         888     888    888 8888888888
     23 *
     24 *   888888        d8888 888     888     d8888 8888888b.   .d88888b.   .d8888b.
     25 *     "88b       d88888 888     888    d88888 888  "Y88b d88P" "Y88b d88P  Y88b
     26 *      888      d88P888 888     888   d88P888 888    888 888     888 888    888
     27 *      888     d88P 888 Y88b   d88P  d88P 888 888    888 888     888 888
     28 *      888    d88P  888  Y88b d88P  d88P  888 888    888 888     888 888
     29 *      888   d88P   888   Y88o88P  d88P   888 888    888 888     888 888    888
     30 *      88P  d8888888888    Y888P  d8888888888 888  .d88P Y88b. .d88P Y88b  d88P
     31 *      888 d88P     888     Y8P  d88P     888 8888888P"   "Y88888P"   "Y8888P"
     32 *    .d88P
     33 *  .d88P"
     34 * 888P"
     35 *
     36 *  .d8888b.  888  .d8888b.  888  .d8888b.  888
     37 * d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888
     38 *      .d88P 888      .d88P 888      .d88P 888
     39 *    .d88P"  888    .d88P"  888    .d88P"  888
     40 *    888"    888    888"    888    888"    888
     41 *    888     Y8P    888     Y8P    888     Y8P
     42 *             "              "              "
     43 *    888     888    888     888    888     888
     44 *
     45 *
     46 * TODO: add PROPER class and method documentation, just like have
     47 *       agreed upon hundreds of times!!!!
     48 */
    649class EventController {
    750
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/PersonAffiliationController.groovy

    r361 r397  
    11package dbnp.studycapturing
    2 
     2/**
     3 * 888       888 888    888 8888888888 8888888b.  8888888888
     4 * 888   o   888 888    888 888        888   Y88b 888
     5 * 888  d8b  888 888    888 888        888    888 888
     6 * 888 d888b 888 8888888888 8888888    888   d88P 8888888
     7 * 888d88888b888 888    888 888        8888888P"  888
     8 * 88888P Y88888 888    888 888        888 T88b   888
     9 * 8888P   Y8888 888    888 888        888  T88b  888
     10 * 888P     Y888 888    888 8888888888 888   T88b 8888888888
     11 *
     12 * 8888888 .d8888b.     88888888888 888    888 8888888888
     13 *   888  d88P  Y88b        888     888    888 888
     14 *   888  Y88b.             888     888    888 888
     15 *   888   "Y888b.          888     8888888888 8888888
     16 *   888      "Y88b.        888     888    888 888
     17 *   888        "888        888     888    888 888
     18 *   888  Y88b  d88P        888     888    888 888
     19 * 8888888 "Y8888P"         888     888    888 8888888888
     20 *
     21 *   888888        d8888 888     888     d8888 8888888b.   .d88888b.   .d8888b.
     22 *     "88b       d88888 888     888    d88888 888  "Y88b d88P" "Y88b d88P  Y88b
     23 *      888      d88P888 888     888   d88P888 888    888 888     888 888    888
     24 *      888     d88P 888 Y88b   d88P  d88P 888 888    888 888     888 888
     25 *      888    d88P  888  Y88b d88P  d88P  888 888    888 888     888 888
     26 *      888   d88P   888   Y88o88P  d88P   888 888    888 888     888 888    888
     27 *      88P  d8888888888    Y888P  d8888888888 888  .d88P Y88b. .d88P Y88b  d88P
     28 *      888 d88P     888     Y8P  d88P     888 8888888P"   "Y88888P"   "Y8888P"
     29 *    .d88P
     30 *  .d88P"
     31 * 888P"
     32 *
     33 *  .d8888b.  888  .d8888b.  888  .d8888b.  888
     34 * d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888
     35 *      .d88P 888      .d88P 888      .d88P 888
     36 *    .d88P"  888    .d88P"  888    .d88P"  888
     37 *    888"    888    888"    888    888"    888
     38 *    888     Y8P    888     Y8P    888     Y8P
     39 *             "              "              "
     40 *    888     888    888     888    888     888
     41 *
     42 *
     43 * TODO: add PROPER class and method documentation, just like have
     44 *       agreed upon hundreds of times!!!!
     45 */
    346class PersonAffiliationController {
    447
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/PersonController.groovy

    r382 r397  
    11package dbnp.studycapturing
    2 
     2/**
     3 * 888       888 888    888 8888888888 8888888b.  8888888888
     4 * 888   o   888 888    888 888        888   Y88b 888
     5 * 888  d8b  888 888    888 888        888    888 888
     6 * 888 d888b 888 8888888888 8888888    888   d88P 8888888
     7 * 888d88888b888 888    888 888        8888888P"  888
     8 * 88888P Y88888 888    888 888        888 T88b   888
     9 * 8888P   Y8888 888    888 888        888  T88b  888
     10 * 888P     Y888 888    888 8888888888 888   T88b 8888888888
     11 *
     12 * 8888888 .d8888b.     88888888888 888    888 8888888888
     13 *   888  d88P  Y88b        888     888    888 888
     14 *   888  Y88b.             888     888    888 888
     15 *   888   "Y888b.          888     8888888888 8888888
     16 *   888      "Y88b.        888     888    888 888
     17 *   888        "888        888     888    888 888
     18 *   888  Y88b  d88P        888     888    888 888
     19 * 8888888 "Y8888P"         888     888    888 8888888888
     20 *
     21 *   888888        d8888 888     888     d8888 8888888b.   .d88888b.   .d8888b.
     22 *     "88b       d88888 888     888    d88888 888  "Y88b d88P" "Y88b d88P  Y88b
     23 *      888      d88P888 888     888   d88P888 888    888 888     888 888    888
     24 *      888     d88P 888 Y88b   d88P  d88P 888 888    888 888     888 888
     25 *      888    d88P  888  Y88b d88P  d88P  888 888    888 888     888 888
     26 *      888   d88P   888   Y88o88P  d88P   888 888    888 888     888 888    888
     27 *      88P  d8888888888    Y888P  d8888888888 888  .d88P Y88b. .d88P Y88b  d88P
     28 *      888 d88P     888     Y8P  d88P     888 8888888P"   "Y88888P"   "Y8888P"
     29 *    .d88P
     30 *  .d88P"
     31 * 888P"
     32 *
     33 *  .d8888b.  888  .d8888b.  888  .d8888b.  888
     34 * d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888
     35 *      .d88P 888      .d88P 888      .d88P 888
     36 *    .d88P"  888    .d88P"  888    .d88P"  888
     37 *    888"    888    888"    888    888"    888
     38 *    888     Y8P    888     Y8P    888     Y8P
     39 *             "              "              "
     40 *    888     888    888     888    888     888
     41 *
     42 *
     43 * TODO: add PROPER class and method documentation, just like have
     44 *       agreed upon hundreds of times!!!!
     45 */
    346class PersonController {
    447
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/PersonRoleController.groovy

    r379 r397  
    11package dbnp.studycapturing
    2 
     2/**
     3 * 888       888 888    888 8888888888 8888888b.  8888888888
     4 * 888   o   888 888    888 888        888   Y88b 888
     5 * 888  d8b  888 888    888 888        888    888 888
     6 * 888 d888b 888 8888888888 8888888    888   d88P 8888888
     7 * 888d88888b888 888    888 888        8888888P"  888
     8 * 88888P Y88888 888    888 888        888 T88b   888
     9 * 8888P   Y8888 888    888 888        888  T88b  888
     10 * 888P     Y888 888    888 8888888888 888   T88b 8888888888
     11 *
     12 * 8888888 .d8888b.     88888888888 888    888 8888888888
     13 *   888  d88P  Y88b        888     888    888 888
     14 *   888  Y88b.             888     888    888 888
     15 *   888   "Y888b.          888     8888888888 8888888
     16 *   888      "Y88b.        888     888    888 888
     17 *   888        "888        888     888    888 888
     18 *   888  Y88b  d88P        888     888    888 888
     19 * 8888888 "Y8888P"         888     888    888 8888888888
     20 *
     21 *   888888        d8888 888     888     d8888 8888888b.   .d88888b.   .d8888b.
     22 *     "88b       d88888 888     888    d88888 888  "Y88b d88P" "Y88b d88P  Y88b
     23 *      888      d88P888 888     888   d88P888 888    888 888     888 888    888
     24 *      888     d88P 888 Y88b   d88P  d88P 888 888    888 888     888 888
     25 *      888    d88P  888  Y88b d88P  d88P  888 888    888 888     888 888
     26 *      888   d88P   888   Y88o88P  d88P   888 888    888 888     888 888    888
     27 *      88P  d8888888888    Y888P  d8888888888 888  .d88P Y88b. .d88P Y88b  d88P
     28 *      888 d88P     888     Y8P  d88P     888 8888888P"   "Y88888P"   "Y8888P"
     29 *    .d88P
     30 *  .d88P"
     31 * 888P"
     32 *
     33 *  .d8888b.  888  .d8888b.  888  .d8888b.  888
     34 * d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888
     35 *      .d88P 888      .d88P 888      .d88P 888
     36 *    .d88P"  888    .d88P"  888    .d88P"  888
     37 *    888"    888    888"    888    888"    888
     38 *    888     Y8P    888     Y8P    888     Y8P
     39 *             "              "              "
     40 *    888     888    888     888    888     888
     41 *
     42 *
     43 * TODO: add PROPER class and method documentation, just like have
     44 *       agreed upon hundreds of times!!!!
     45 */
    346class PersonRoleController {
    447
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/StudyController.groovy

    r359 r397  
    11package dbnp.studycapturing
    2 
     2/**
     3 * 888       888 888    888 8888888888 8888888b.  8888888888
     4 * 888   o   888 888    888 888        888   Y88b 888
     5 * 888  d8b  888 888    888 888        888    888 888
     6 * 888 d888b 888 8888888888 8888888    888   d88P 8888888
     7 * 888d88888b888 888    888 888        8888888P"  888
     8 * 88888P Y88888 888    888 888        888 T88b   888
     9 * 8888P   Y8888 888    888 888        888  T88b  888
     10 * 888P     Y888 888    888 8888888888 888   T88b 8888888888
     11 *
     12 * 8888888 .d8888b.     88888888888 888    888 8888888888
     13 *   888  d88P  Y88b        888     888    888 888
     14 *   888  Y88b.             888     888    888 888
     15 *   888   "Y888b.          888     8888888888 8888888
     16 *   888      "Y88b.        888     888    888 888
     17 *   888        "888        888     888    888 888
     18 *   888  Y88b  d88P        888     888    888 888
     19 * 8888888 "Y8888P"         888     888    888 8888888888
     20 *
     21 *   888888        d8888 888     888     d8888 8888888b.   .d88888b.   .d8888b.
     22 *     "88b       d88888 888     888    d88888 888  "Y88b d88P" "Y88b d88P  Y88b
     23 *      888      d88P888 888     888   d88P888 888    888 888     888 888    888
     24 *      888     d88P 888 Y88b   d88P  d88P 888 888    888 888     888 888
     25 *      888    d88P  888  Y88b d88P  d88P  888 888    888 888     888 888
     26 *      888   d88P   888   Y88o88P  d88P   888 888    888 888     888 888    888
     27 *      88P  d8888888888    Y888P  d8888888888 888  .d88P Y88b. .d88P Y88b  d88P
     28 *      888 d88P     888     Y8P  d88P     888 8888888P"   "Y88888P"   "Y8888P"
     29 *    .d88P
     30 *  .d88P"
     31 * 888P"
     32 *
     33 *  .d8888b.  888  .d8888b.  888  .d8888b.  888
     34 * d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888
     35 *      .d88P 888      .d88P 888      .d88P 888
     36 *    .d88P"  888    .d88P"  888    .d88P"  888
     37 *    888"    888    888"    888    888"    888
     38 *    888     Y8P    888     Y8P    888     Y8P
     39 *             "              "              "
     40 *    888     888    888     888    888     888
     41 *
     42 *
     43 * TODO: add PROPER class and method documentation, just like have
     44 *       agreed upon hundreds of times!!!!
     45 */
    346class StudyController {
    447
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/SubjectController.groovy

    r359 r397  
    11package dbnp.studycapturing
    2 
     2/**
     3 * 888       888 888    888 8888888888 8888888b.  8888888888
     4 * 888   o   888 888    888 888        888   Y88b 888
     5 * 888  d8b  888 888    888 888        888    888 888
     6 * 888 d888b 888 8888888888 8888888    888   d88P 8888888
     7 * 888d88888b888 888    888 888        8888888P"  888
     8 * 88888P Y88888 888    888 888        888 T88b   888
     9 * 8888P   Y8888 888    888 888        888  T88b  888
     10 * 888P     Y888 888    888 8888888888 888   T88b 8888888888
     11 *
     12 * 8888888 .d8888b.     88888888888 888    888 8888888888
     13 *   888  d88P  Y88b        888     888    888 888
     14 *   888  Y88b.             888     888    888 888
     15 *   888   "Y888b.          888     8888888888 8888888
     16 *   888      "Y88b.        888     888    888 888
     17 *   888        "888        888     888    888 888
     18 *   888  Y88b  d88P        888     888    888 888
     19 * 8888888 "Y8888P"         888     888    888 8888888888
     20 *
     21 *   888888        d8888 888     888     d8888 8888888b.   .d88888b.   .d8888b.
     22 *     "88b       d88888 888     888    d88888 888  "Y88b d88P" "Y88b d88P  Y88b
     23 *      888      d88P888 888     888   d88P888 888    888 888     888 888    888
     24 *      888     d88P 888 Y88b   d88P  d88P 888 888    888 888     888 888
     25 *      888    d88P  888  Y88b d88P  d88P  888 888    888 888     888 888
     26 *      888   d88P   888   Y88o88P  d88P   888 888    888 888     888 888    888
     27 *      88P  d8888888888    Y888P  d8888888888 888  .d88P Y88b. .d88P Y88b  d88P
     28 *      888 d88P     888     Y8P  d88P     888 8888888P"   "Y88888P"   "Y8888P"
     29 *    .d88P
     30 *  .d88P"
     31 * 888P"
     32 *
     33 *  .d8888b.  888  .d8888b.  888  .d8888b.  888
     34 * d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888
     35 *      .d88P 888      .d88P 888      .d88P 888
     36 *    .d88P"  888    .d88P"  888    .d88P"  888
     37 *    888"    888    888"    888    888"    888
     38 *    888     Y8P    888     Y8P    888     Y8P
     39 *             "              "              "
     40 *    888     888    888     888    888     888
     41 *
     42 *
     43 * TODO: add PROPER class and method documentation, just like have
     44 *       agreed upon hundreds of times!!!!
     45 */
    346class SubjectController {
    447
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/TemplateController.groovy

    r359 r397  
    11package dbnp.studycapturing
    2 
     2/**
     3 * 888       888 888    888 8888888888 8888888b.  8888888888
     4 * 888   o   888 888    888 888        888   Y88b 888
     5 * 888  d8b  888 888    888 888        888    888 888
     6 * 888 d888b 888 8888888888 8888888    888   d88P 8888888
     7 * 888d88888b888 888    888 888        8888888P"  888
     8 * 88888P Y88888 888    888 888        888 T88b   888
     9 * 8888P   Y8888 888    888 888        888  T88b  888
     10 * 888P     Y888 888    888 8888888888 888   T88b 8888888888
     11 *
     12 * 8888888 .d8888b.     88888888888 888    888 8888888888
     13 *   888  d88P  Y88b        888     888    888 888
     14 *   888  Y88b.             888     888    888 888
     15 *   888   "Y888b.          888     8888888888 8888888
     16 *   888      "Y88b.        888     888    888 888
     17 *   888        "888        888     888    888 888
     18 *   888  Y88b  d88P        888     888    888 888
     19 * 8888888 "Y8888P"         888     888    888 8888888888
     20 *
     21 *   888888        d8888 888     888     d8888 8888888b.   .d88888b.   .d8888b.
     22 *     "88b       d88888 888     888    d88888 888  "Y88b d88P" "Y88b d88P  Y88b
     23 *      888      d88P888 888     888   d88P888 888    888 888     888 888    888
     24 *      888     d88P 888 Y88b   d88P  d88P 888 888    888 888     888 888
     25 *      888    d88P  888  Y88b d88P  d88P  888 888    888 888     888 888
     26 *      888   d88P   888   Y88o88P  d88P   888 888    888 888     888 888    888
     27 *      88P  d8888888888    Y888P  d8888888888 888  .d88P Y88b. .d88P Y88b  d88P
     28 *      888 d88P     888     Y8P  d88P     888 8888888P"   "Y88888P"   "Y8888P"
     29 *    .d88P
     30 *  .d88P"
     31 * 888P"
     32 *
     33 *  .d8888b.  888  .d8888b.  888  .d8888b.  888
     34 * d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888
     35 *      .d88P 888      .d88P 888      .d88P 888
     36 *    .d88P"  888    .d88P"  888    .d88P"  888
     37 *    888"    888    888"    888    888"    888
     38 *    888     Y8P    888     Y8P    888     Y8P
     39 *             "              "              "
     40 *    888     888    888     888    888     888
     41 *
     42 *
     43 * TODO: add PROPER class and method documentation, just like have
     44 *       agreed upon hundreds of times!!!!
     45 */
    346class TemplateController {
    447        def scaffold = Template
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/WizardController.groovy

    r396 r397  
    242242                                flow.page = 4
    243243
    244                                 /*
    245                                 if (!flow.event) flow.event = new Event()
    246                                 if (!flow.events) flow.events = []
    247                                 if (!flow.eventGroups) {
    248                                         flow.eventGroups = []
    249                                         flow.eventGroups[0] = new EventGroup(name: 'Group 1')   // 1 group by default
    250                                 }
    251                                 */
    252 
    253244                                if (!flow.event) {
    254245                                        flow.event                      = new Event()
     
    592583                }
    593584
    594 //println flow.study.giveFields()
    595 /*
    596                 // update study instance with parameters
    597                 params.each() { key, value ->
    598                         if (flow.study.hasProperty(key)) {
    599 println ".set property ["+key+"] with value ["+value+"]"
    600                                 flow.study.setProperty(key, value);
    601                         }
    602                 }
    603 
    604                 // walk through template fields
    605                 if (params.template) {
    606                         params.template.fields.each() { field ->
    607 println ".set field ["+field.name+"] with value ["+params.get(field.escapedName())+"]"
    608                                 flow.study.setFieldValue(field.name, params.get(field.escapedName()))
    609                         }
    610                 }
    611 */
    612585                // iterate through fields
    613586                if (flow.study.template) {
     
    616589                        }
    617590                }
    618 println "study = " + flow.study
    619 println flow.study.templateDateFields
    620                
     591
    621592                // validate study
    622593                if (flow.study.validate()) {
     
    649620                        // iterate through subjects
    650621                        it.getValue().subjects.each() { subjectId ->
    651                                 /*
    652                                 flow.subjects[ subjectId ].name = params.get('subject_' + subjectId + '_name')
    653                                 flow.subjects[ subjectId ].species = Term.findByName(params.get('subject_' + subjectId + '_species'))
    654 
    655                                 // remember name and check for duplicates
    656                                 if (!names[ flow.subjects[ subjectId ].name ]) {
    657                                         names[ flow.subjects[ subjectId ].name ] = [count: 1, first: 'subject_' + subjectId + '_name', firstId: subjectId]
    658                                 } else {
    659                                         // duplicate name found, set error flag
    660                                         names[ flow.subjects[ subjectId ].name ]['count']++
    661 
    662                                         // second occurence?
    663                                         if (names[ flow.subjects[ subjectId ].name ]['count'] == 2) {
    664                                                 // yeah, also mention the first
    665                                                 // occurrence in the error message
    666                                                 this.appendErrorMap(name: 'The subject name needs to be unique!', flash.errors, 'subject_' + names[ flow.subjects[ subjectId ].name ]['firstId'] + '_')
    667                                         }
    668 
    669                                         // add to error map
    670                                         this.appendErrorMap([name: 'The subject name needs to be unique!'], flash.errors, 'subject_' + subjectId + '_')
    671                                         errors = true
    672                                 }
    673                                 */
     622                                // TODO: name uniqueness check has been removed to 'templated domain fields' changes...
    674623
    675624                                // iterate through template fields
     
    755704                handleEventGrouping(flow, flash, params)
    756705
    757 println flow.event
    758 
    759706                return !errors
    760707        }
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/AssayType.groovy

    r359 r397  
    2323                [TRANSCRIPTOMICS, METABOLOMICS, CLINICAL_DATA]
    2424        }
    25 
    26         /*
    27         def String toString() {
    28                 return this.name
    29         }
    30         */
    3125}
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/Compound.groovy

    r359 r397  
    22
    33import dbnp.data.Term
    4 
     4/**
     5 * 888       888 888    888 8888888888 8888888b.  8888888888
     6 * 888   o   888 888    888 888        888   Y88b 888
     7 * 888  d8b  888 888    888 888        888    888 888
     8 * 888 d888b 888 8888888888 8888888    888   d88P 8888888
     9 * 888d88888b888 888    888 888        8888888P"  888
     10 * 88888P Y88888 888    888 888        888 T88b   888
     11 * 8888P   Y8888 888    888 888        888  T88b  888
     12 * 888P     Y888 888    888 8888888888 888   T88b 8888888888
     13 *
     14 * 8888888 .d8888b.     88888888888 888    888 8888888888
     15 *   888  d88P  Y88b        888     888    888 888
     16 *   888  Y88b.             888     888    888 888
     17 *   888   "Y888b.          888     8888888888 8888888
     18 *   888      "Y88b.        888     888    888 888
     19 *   888        "888        888     888    888 888
     20 *   888  Y88b  d88P        888     888    888 888
     21 * 8888888 "Y8888P"         888     888    888 8888888888
     22 *
     23 *   888888        d8888 888     888     d8888 8888888b.   .d88888b.   .d8888b.
     24 *     "88b       d88888 888     888    d88888 888  "Y88b d88P" "Y88b d88P  Y88b
     25 *      888      d88P888 888     888   d88P888 888    888 888     888 888    888
     26 *      888     d88P 888 Y88b   d88P  d88P 888 888    888 888     888 888
     27 *      888    d88P  888  Y88b d88P  d88P  888 888    888 888     888 888
     28 *      888   d88P   888   Y88o88P  d88P   888 888    888 888     888 888    888
     29 *      88P  d8888888888    Y888P  d8888888888 888  .d88P Y88b. .d88P Y88b  d88P
     30 *      888 d88P     888     Y8P  d88P     888 8888888P"   "Y88888P"   "Y8888P"
     31 *    .d88P
     32 *  .d88P"
     33 * 888P"
     34 *
     35 *  .d8888b.  888  .d8888b.  888  .d8888b.  888
     36 * d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888
     37 *      .d88P 888      .d88P 888      .d88P 888
     38 *    .d88P"  888    .d88P"  888    .d88P"  888
     39 *    888"    888    888"    888    888"    888
     40 *    888     Y8P    888     Y8P    888     Y8P
     41 *             "              "              "
     42 *    888     888    888     888    888     888
     43 *
     44 *
     45 * TODO: add PROPER class and method documentation, just like have
     46 *       agreed upon hundreds of times!!!!
     47 */
    548class Compound {
    649
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/Event.groovy

    r392 r397  
    1414 */
    1515class Event extends TemplateEntity implements Serializable {
     16//      Date startTime
     17//      Date endTime
    1618
    17         Date startTime
    18         Date endTime
    19        
    2019        static constraints = {
     20/*
    2121                endTime(validator: {val, obj ->
    22            if (val && val.before(obj.startTime)) {
    23                 return 'endTimeshouldbegreater'
    24            }
    25         })
    26         }
    27        
    28 
    29         List<TemplateField> giveDomainFields() {
    30                 [ new TemplateField(
    31                             name: 'startTime',
    32                             type: TemplateFieldType.DATE),
    33                         new TemplateField(
    34                             name: 'endTime',
    35                             type: TemplateFieldType.DATE) ];
     22                        if (val && val.before(obj.startTime)) {
     23                                return 'endTimeshouldbegreater'
     24                        }
     25                })
     26*/
    3627        }
    3728
    38         // time diff between end and start date
    39         // thus, do this manually as follows
     29        /**
     30         * return the domain fields for this domain class
     31         * @return List
     32         */
     33        List<TemplateField> giveDomainFields() {
     34                [
     35                        new TemplateField(
     36                                name: 'startTime',
     37                                type: TemplateFieldType.DATE),
     38                        new TemplateField(
     39                                name: 'endTime',
     40                                type: TemplateFieldType.DATE)
     41                ]
     42        }
    4043
     44        /**
     45         * get the event duration
     46         * @return Duration
     47         */
    4148        static def getDuration(date1, date2) {
    4249                def timeMillis = (date2.getTime() - date1.getTime()).abs()
     
    5461        }
    5562
    56         // return a string that prints the duration sensibly.
    57         // the largest date unit (sec, min, h, day, week, month, or year)
    58         // is output
    59 
     63        /**
     64         * get a prettified duration
     65         * @return String
     66         */
    6067        static def getPrettyDuration(duration) {
    6168                def handleNumerus = {number, string ->
     
    7077        }
    7178
    72         // convenience method. gives formatted string output for a duration
    7379        def getPrettyDuration() {
    7480                getPrettyDuration(getDuration())
    7581        }
    7682
    77         // convenience method. gives formatted string output for a duration
    7883        static def getPrettyDuration(date1, date2) {
    7984                return getPrettyDuration(getDuration(date1, date2))
     
    98103
    99104        def String toString() {
    100                 return fieldExists( 'Description' ) ? getFieldValue( 'Description') : ""
     105                return fieldExists('Description') ? getFieldValue('Description') : ""
    101106        }
    102 
    103107}
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/Person.groovy

    r382 r397  
    22
    33/**
    4  * Person class, describes persons that are somehow connected to the study
     4 * 888       888 888    888 8888888888 8888888b.  8888888888
     5 * 888   o   888 888    888 888        888   Y88b 888
     6 * 888  d8b  888 888    888 888        888    888 888
     7 * 888 d888b 888 8888888888 8888888    888   d88P 8888888
     8 * 888d88888b888 888    888 888        8888888P"  888
     9 * 88888P Y88888 888    888 888        888 T88b   888
     10 * 8888P   Y8888 888    888 888        888  T88b  888
     11 * 888P     Y888 888    888 8888888888 888   T88b 8888888888
     12 *
     13 * 8888888 .d8888b.     88888888888 888    888 8888888888
     14 *   888  d88P  Y88b        888     888    888 888
     15 *   888  Y88b.             888     888    888 888
     16 *   888   "Y888b.          888     8888888888 8888888
     17 *   888      "Y88b.        888     888    888 888
     18 *   888        "888        888     888    888 888
     19 *   888  Y88b  d88P        888     888    888 888
     20 * 8888888 "Y8888P"         888     888    888 8888888888
     21 *
     22 *   888888        d8888 888     888     d8888 8888888b.   .d88888b.   .d8888b.
     23 *     "88b       d88888 888     888    d88888 888  "Y88b d88P" "Y88b d88P  Y88b
     24 *      888      d88P888 888     888   d88P888 888    888 888     888 888    888
     25 *      888     d88P 888 Y88b   d88P  d88P 888 888    888 888     888 888
     26 *      888    d88P  888  Y88b d88P  d88P  888 888    888 888     888 888
     27 *      888   d88P   888   Y88o88P  d88P   888 888    888 888     888 888    888
     28 *      88P  d8888888888    Y888P  d8888888888 888  .d88P Y88b. .d88P Y88b  d88P
     29 *      888 d88P     888     Y8P  d88P     888 8888888P"   "Y88888P"   "Y8888P"
     30 *    .d88P
     31 *  .d88P"
     32 * 888P"
     33 *
     34 *  .d8888b.  888  .d8888b.  888  .d8888b.  888
     35 * d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888
     36 *      .d88P 888      .d88P 888      .d88P 888
     37 *    .d88P"  888    .d88P"  888    .d88P"  888
     38 *    888"    888    888"    888    888"    888
     39 *    888     Y8P    888     Y8P    888     Y8P
     40 *             "              "              "
     41 *    888     888    888     888    888     888
     42 *
     43 *
     44 * TODO: add PROPER class and method documentation, just like have
     45 *       agreed upon hundreds of times!!!!
    546 */
     47
    648class Person {
    749
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/PersonAffiliation.groovy

    r359 r397  
    11package dbnp.studycapturing
     2
     3/**
     4 * 888       888 888    888 8888888888 8888888b.  8888888888
     5 * 888   o   888 888    888 888        888   Y88b 888
     6 * 888  d8b  888 888    888 888        888    888 888
     7 * 888 d888b 888 8888888888 8888888    888   d88P 8888888
     8 * 888d88888b888 888    888 888        8888888P"  888
     9 * 88888P Y88888 888    888 888        888 T88b   888
     10 * 8888P   Y8888 888    888 888        888  T88b  888
     11 * 888P     Y888 888    888 8888888888 888   T88b 8888888888
     12 *
     13 * 8888888 .d8888b.     88888888888 888    888 8888888888
     14 *   888  d88P  Y88b        888     888    888 888
     15 *   888  Y88b.             888     888    888 888
     16 *   888   "Y888b.          888     8888888888 8888888
     17 *   888      "Y88b.        888     888    888 888
     18 *   888        "888        888     888    888 888
     19 *   888  Y88b  d88P        888     888    888 888
     20 * 8888888 "Y8888P"         888     888    888 8888888888
     21 *
     22 *   888888        d8888 888     888     d8888 8888888b.   .d88888b.   .d8888b.
     23 *     "88b       d88888 888     888    d88888 888  "Y88b d88P" "Y88b d88P  Y88b
     24 *      888      d88P888 888     888   d88P888 888    888 888     888 888    888
     25 *      888     d88P 888 Y88b   d88P  d88P 888 888    888 888     888 888
     26 *      888    d88P  888  Y88b d88P  d88P  888 888    888 888     888 888
     27 *      888   d88P   888   Y88o88P  d88P   888 888    888 888     888 888    888
     28 *      88P  d8888888888    Y888P  d8888888888 888  .d88P Y88b. .d88P Y88b  d88P
     29 *      888 d88P     888     Y8P  d88P     888 8888888P"   "Y88888P"   "Y8888P"
     30 *    .d88P
     31 *  .d88P"
     32 * 888P"
     33 *
     34 *  .d8888b.  888  .d8888b.  888  .d8888b.  888
     35 * d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888
     36 *      .d88P 888      .d88P 888      .d88P 888
     37 *    .d88P"  888    .d88P"  888    .d88P"  888
     38 *    888"    888    888"    888    888"    888
     39 *    888     Y8P    888     Y8P    888     Y8P
     40 *             "              "              "
     41 *    888     888    888     888    888     888
     42 *
     43 *
     44 * TODO: add PROPER class and method documentation, just like have
     45 *       agreed upon hundreds of times!!!!
     46 */
    247
    348class PersonAffiliation {
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/PersonRole.groovy

    r359 r397  
    11package dbnp.studycapturing
     2
     3/**
     4 * 888       888 888    888 8888888888 8888888b.  8888888888
     5 * 888   o   888 888    888 888        888   Y88b 888
     6 * 888  d8b  888 888    888 888        888    888 888
     7 * 888 d888b 888 8888888888 8888888    888   d88P 8888888
     8 * 888d88888b888 888    888 888        8888888P"  888
     9 * 88888P Y88888 888    888 888        888 T88b   888
     10 * 8888P   Y8888 888    888 888        888  T88b  888
     11 * 888P     Y888 888    888 8888888888 888   T88b 8888888888
     12 *
     13 * 8888888 .d8888b.     88888888888 888    888 8888888888
     14 *   888  d88P  Y88b        888     888    888 888
     15 *   888  Y88b.             888     888    888 888
     16 *   888   "Y888b.          888     8888888888 8888888
     17 *   888      "Y88b.        888     888    888 888
     18 *   888        "888        888     888    888 888
     19 *   888  Y88b  d88P        888     888    888 888
     20 * 8888888 "Y8888P"         888     888    888 8888888888
     21 *
     22 *   888888        d8888 888     888     d8888 8888888b.   .d88888b.   .d8888b.
     23 *     "88b       d88888 888     888    d88888 888  "Y88b d88P" "Y88b d88P  Y88b
     24 *      888      d88P888 888     888   d88P888 888    888 888     888 888    888
     25 *      888     d88P 888 Y88b   d88P  d88P 888 888    888 888     888 888
     26 *      888    d88P  888  Y88b d88P  d88P  888 888    888 888     888 888
     27 *      888   d88P   888   Y88o88P  d88P   888 888    888 888     888 888    888
     28 *      88P  d8888888888    Y888P  d8888888888 888  .d88P Y88b. .d88P Y88b  d88P
     29 *      888 d88P     888     Y8P  d88P     888 8888888P"   "Y88888P"   "Y8888P"
     30 *    .d88P
     31 *  .d88P"
     32 * 888P"
     33 *
     34 *  .d8888b.  888  .d8888b.  888  .d8888b.  888
     35 * d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888
     36 *      .d88P 888      .d88P 888      .d88P 888
     37 *    .d88P"  888    .d88P"  888    .d88P"  888
     38 *    888"    888    888"    888    888"    888
     39 *    888     Y8P    888     Y8P    888     Y8P
     40 *             "              "              "
     41 *    888     888    888     888    888     888
     42 *
     43 *
     44 * TODO: add PROPER class and method documentation, just like have
     45 *       agreed upon hundreds of times!!!!
     46 */
    247
    348class PersonRole {
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/Publication.groovy

    r359 r397  
    11package dbnp.studycapturing
     2
     3/**
     4 * 888       888 888    888 8888888888 8888888b.  8888888888
     5 * 888   o   888 888    888 888        888   Y88b 888
     6 * 888  d8b  888 888    888 888        888    888 888
     7 * 888 d888b 888 8888888888 8888888    888   d88P 8888888
     8 * 888d88888b888 888    888 888        8888888P"  888
     9 * 88888P Y88888 888    888 888        888 T88b   888
     10 * 8888P   Y8888 888    888 888        888  T88b  888
     11 * 888P     Y888 888    888 8888888888 888   T88b 8888888888
     12 *
     13 * 8888888 .d8888b.     88888888888 888    888 8888888888
     14 *   888  d88P  Y88b        888     888    888 888
     15 *   888  Y88b.             888     888    888 888
     16 *   888   "Y888b.          888     8888888888 8888888
     17 *   888      "Y88b.        888     888    888 888
     18 *   888        "888        888     888    888 888
     19 *   888  Y88b  d88P        888     888    888 888
     20 * 8888888 "Y8888P"         888     888    888 8888888888
     21 *
     22 *   888888        d8888 888     888     d8888 8888888b.   .d88888b.   .d8888b.
     23 *     "88b       d88888 888     888    d88888 888  "Y88b d88P" "Y88b d88P  Y88b
     24 *      888      d88P888 888     888   d88P888 888    888 888     888 888    888
     25 *      888     d88P 888 Y88b   d88P  d88P 888 888    888 888     888 888
     26 *      888    d88P  888  Y88b d88P  d88P  888 888    888 888     888 888
     27 *      888   d88P   888   Y88o88P  d88P   888 888    888 888     888 888    888
     28 *      88P  d8888888888    Y888P  d8888888888 888  .d88P Y88b. .d88P Y88b  d88P
     29 *      888 d88P     888     Y8P  d88P     888 8888888P"   "Y88888P"   "Y8888P"
     30 *    .d88P
     31 *  .d88P"
     32 * 888P"
     33 *
     34 *  .d8888b.  888  .d8888b.  888  .d8888b.  888
     35 * d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888
     36 *      .d88P 888      .d88P 888      .d88P 888
     37 *    .d88P"  888    .d88P"  888    .d88P"  888
     38 *    888"    888    888"    888    888"    888
     39 *    888     Y8P    888     Y8P    888     Y8P
     40 *             "              "              "
     41 *    888     888    888     888    888     888
     42 *
     43 *
     44 * TODO: add PROPER class and method documentation, just like have
     45 *       agreed upon hundreds of times!!!!
     46 */
    247
    348class Publication {
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/Sample.groovy

    r394 r397  
    99class Sample extends TemplateEntity {
    1010        static searchable = true
    11 
    1211        Subject parentSubject
    1312        SamplingEvent parentEvent
    1413
    15         String name      // should be unique with respect to the parent study (which can be inferred)
    16         Term material
    17         // a member that describes the quantity of the sample? --> should be in the templates
     14        //String name   // should be unique with respect to the parent study (which can be inferred)
     15        //Term material // a member that describes the quantity of the sample? --> should be in the templates
    1816
     17        /**
     18         * return the domain fields for this domain class
     19         * @return List
     20         */
    1921        List<TemplateField> giveDomainFields() {
    20                 [ new TemplateField(
    21                             name: 'name',
    22                             type: TemplateFieldType.STRING),
    23                         new TemplateField(
    24                             name: 'material',
    25                             type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM,
    26                             ontologies: [Ontology.findByNcboId(1005)])
    27                 ];
     22                [
     23                        new TemplateField(
     24                                name: 'name',
     25                                type: TemplateFieldType.STRING),
     26                        new TemplateField(
     27                                name: 'material',
     28                                type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM,
     29                                ontologies: [Ontology.findByNcboId(1005)])
     30                ]
    2831        }
    2932
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/SamplingEvent.groovy

    r359 r397  
    11package dbnp.studycapturing
     2
     3/**
     4 * 888       888 888    888 8888888888 8888888b.  8888888888
     5 * 888   o   888 888    888 888        888   Y88b 888
     6 * 888  d8b  888 888    888 888        888    888 888
     7 * 888 d888b 888 8888888888 8888888    888   d88P 8888888
     8 * 888d88888b888 888    888 888        8888888P"  888
     9 * 88888P Y88888 888    888 888        888 T88b   888
     10 * 8888P   Y8888 888    888 888        888  T88b  888
     11 * 888P     Y888 888    888 8888888888 888   T88b 8888888888
     12 *
     13 * 8888888 .d8888b.     88888888888 888    888 8888888888
     14 *   888  d88P  Y88b        888     888    888 888
     15 *   888  Y88b.             888     888    888 888
     16 *   888   "Y888b.          888     8888888888 8888888
     17 *   888      "Y88b.        888     888    888 888
     18 *   888        "888        888     888    888 888
     19 *   888  Y88b  d88P        888     888    888 888
     20 * 8888888 "Y8888P"         888     888    888 8888888888
     21 *
     22 *   888888        d8888 888     888     d8888 8888888b.   .d88888b.   .d8888b.
     23 *     "88b       d88888 888     888    d88888 888  "Y88b d88P" "Y88b d88P  Y88b
     24 *      888      d88P888 888     888   d88P888 888    888 888     888 888    888
     25 *      888     d88P 888 Y88b   d88P  d88P 888 888    888 888     888 888
     26 *      888    d88P  888  Y88b d88P  d88P  888 888    888 888     888 888
     27 *      888   d88P   888   Y88o88P  d88P   888 888    888 888     888 888    888
     28 *      88P  d8888888888    Y888P  d8888888888 888  .d88P Y88b. .d88P Y88b  d88P
     29 *      888 d88P     888     Y8P  d88P     888 8888888P"   "Y88888P"   "Y8888P"
     30 *    .d88P
     31 *  .d88P"
     32 * 888P"
     33 *
     34 *  .d8888b.  888  .d8888b.  888  .d8888b.  888
     35 * d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888
     36 *      .d88P 888      .d88P 888      .d88P 888
     37 *    .d88P"  888    .d88P"  888    .d88P"  888
     38 *    888"    888    888"    888    888"    888
     39 *    888     Y8P    888     Y8P    888     Y8P
     40 *             "              "              "
     41 *    888     888    888     888    888     888
     42 *
     43 *
     44 * TODO: add PROPER class and method documentation, just like have
     45 *       agreed upon hundreds of times!!!!
     46 */
    247
    348/**
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/Study.groovy

    r396 r397  
    1717        /**
    1818         * return the domain fields for this domain class
     19         * @return List
    1920         */
    2021        List<TemplateField> giveDomainFields() {
    21                 [ new TemplateField(
    22                             name: 'title',
    23                             type: TemplateFieldType.STRING),
    24                         new TemplateField(
    25                             name: 'startDate',
    26                             type: TemplateFieldType.DATE) ];
     22                [
     23                        new TemplateField(
     24                                name: 'title',
     25                                type: TemplateFieldType.STRING),
     26                        new TemplateField(
     27                                name: 'startDate',
     28                                type: TemplateFieldType.DATE)
     29                ]
    2730        }
    2831
     
    5154        }
    5255
     56        /**
     57         * return the title of this study
     58         */
    5359        def String toString() {
    5460                //return title;
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/StudyPerson.groovy

    r359 r397  
    22
    33/**
    4  * Link table which couples studies with persons and the role they have within the study
     4 * 888       888 888    888 8888888888 8888888b.  8888888888
     5 * 888   o   888 888    888 888        888   Y88b 888
     6 * 888  d8b  888 888    888 888        888    888 888
     7 * 888 d888b 888 8888888888 8888888    888   d88P 8888888
     8 * 888d88888b888 888    888 888        8888888P"  888
     9 * 88888P Y88888 888    888 888        888 T88b   888
     10 * 8888P   Y8888 888    888 888        888  T88b  888
     11 * 888P     Y888 888    888 8888888888 888   T88b 8888888888
     12 *
     13 * 8888888 .d8888b.     88888888888 888    888 8888888888
     14 *   888  d88P  Y88b        888     888    888 888
     15 *   888  Y88b.             888     888    888 888
     16 *   888   "Y888b.          888     8888888888 8888888
     17 *   888      "Y88b.        888     888    888 888
     18 *   888        "888        888     888    888 888
     19 *   888  Y88b  d88P        888     888    888 888
     20 * 8888888 "Y8888P"         888     888    888 8888888888
     21 *
     22 *   888888        d8888 888     888     d8888 8888888b.   .d88888b.   .d8888b.
     23 *     "88b       d88888 888     888    d88888 888  "Y88b d88P" "Y88b d88P  Y88b
     24 *      888      d88P888 888     888   d88P888 888    888 888     888 888    888
     25 *      888     d88P 888 Y88b   d88P  d88P 888 888    888 888     888 888
     26 *      888    d88P  888  Y88b d88P  d88P  888 888    888 888     888 888
     27 *      888   d88P   888   Y88o88P  d88P   888 888    888 888     888 888    888
     28 *      88P  d8888888888    Y888P  d8888888888 888  .d88P Y88b. .d88P Y88b  d88P
     29 *      888 d88P     888     Y8P  d88P     888 8888888P"   "Y88888P"   "Y8888P"
     30 *    .d88P
     31 *  .d88P"
     32 * 888P"
     33 *
     34 *  .d8888b.  888  .d8888b.  888  .d8888b.  888
     35 * d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888
     36 *      .d88P 888      .d88P 888      .d88P 888
     37 *    .d88P"  888    .d88P"  888    .d88P"  888
     38 *    888"    888    888"    888    888"    888
     39 *    888     Y8P    888     Y8P    888     Y8P
     40 *             "              "              "
     41 *    888     888    888     888    888     888
     42 *
     43 *
     44 * TODO: add PROPER class and method documentation, just like have
     45 *       agreed upon hundreds of times!!!!
     46 */
     47
     48/**
     49 * Link table which couples studies with persons and the role they have within the study
    550 */
    651class StudyPerson {
    7 
    852    Person person
    953    PersonRole role
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/Subject.groovy

    r396 r397  
    1515        static searchable = true
    1616
     17        /**
     18         * return the domain fields for this domain class
     19         * @return List
     20         */
    1721        List<TemplateField> giveDomainFields() {
    18                 [ new TemplateField(
    19                             name: 'name',
    20                             type: TemplateFieldType.STRING),
    21                         new TemplateField(
    22                             name: 'species',
    23                             type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM,
    24                             ontologies: [Ontology.findByNcboId(1132)]) ];
     22                [
     23                        new TemplateField(
     24                                name: 'name',
     25                                type: TemplateFieldType.STRING),
     26                        new TemplateField(
     27                                name: 'species',
     28                                type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM,
     29                                ontologies: [Ontology.findByNcboId(1132)])
     30                ]
    2531        }
    2632}
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/Template.groovy

    r392 r397  
    1919
    2020        static constraints = {
    21 
    2221                // outcommented for now due to bug in Grails / Hibernate
    2322                // see http://jira.codehaus.org/browse/GRAILS-6020
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/TemplateEntity.groovy

    r396 r397  
    376376
    377377        /**
    378         * Return all fields defined in the underlying template and the built-in
    379         * domain fields of this entity
    380         */
     378         * Return all fields defined in the underlying template and the built-in
     379     * domain fields of this entity
     380         */
    381381        def List<TemplateField> giveFields() {
    382382                return this.giveDomainFields() + this.giveTemplateFields();
     
    384384
    385385        /**
    386         * Return all templated fields defined in the underlying template of this entity
    387         */
     386         * Return all templated fields defined in the underlying template of this entity
     387         */
    388388        def List<TemplateField> giveTemplateFields() {
    389389                return this.template.fields;
     
    393393         * Return all relevant 'built-in' domain fields of the super class
    394394         * @return List with DomainTemplateFields
    395          * @see TemplateField
     395     * @see TemplateField
    396396         */
    397397        abstract List<TemplateField> giveDomainFields()
    398398
    399         /*def giveDomainFields() {
    400                 def fieldSet = [:];
    401                 if (super.hasProperty('name')) {
    402                         fieldSet['name'] = TemplateFieldType.STRING;
    403                 }
    404                 return fieldSet;
    405         }*/
    406 
    407         // See revision 237 for ideas about initializing the different templateField Maps
    408         // with tailored Maps that already contain the neccessary keys
    409399        /**
    410400         * Convenience method. Returns all unique templates used within a collection of TemplateEntities.
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/TemplateField.groovy

    r384 r397  
    1919        boolean required
    2020
    21     static hasMany = [listEntries :
    22                 TemplateFieldListItem, // to store the entries to choose from when the type is 'item from predefined list'
    23                 ontologies : Ontology // to store the ontologies to choose from when the type is 'ontology term'
     21    static hasMany = [
     22                listEntries     : TemplateFieldListItem,        // to store the entries to choose from when the type is 'item from predefined list'
     23                ontologies      : Ontology                                      // to store the ontologies to choose from when the type is 'ontology term'
    2424        ]
    2525       
     
    3939        }
    4040
    41 
    4241        /**
    4342         * return an escaped name which can be used in business logic
     
    4746                return name.toLowerCase().replaceAll("([^a-z0-9])","_")
    4847        }
    49 
    50         //TODO: make a convenience setter for a string array
    51         /*def setListEntries(ArrayList entries) {
    52                 list=[]
    53                 entries.each {
    54                         list.add(new TemplateFieldListItem(name: it))
    55                 }
    56                 this
    57         }*/
    58 
    5948}
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/TemplateFieldType.groovy

    r359 r397  
    4848                }
    4949        }
    50 
    51         // It would be nice to see the description string in the scaffolding,
    52         // and the following works, but then the item cannot be saved properly.
    53         // TODO: find a way to display the enum description but save the enum value in the scaffolding
    54         /*
    55         def String toString() {
    56                   return this.name
    57         }
    58         */
    5950}
  • trunk/grails-app/services/dbnp/clinicaldata/ClinicalDataLayerService.groovy

    r359 r397  
    11package dbnp.clinicaldata
    2 
     2/**
     3 * 888       888 888    888 8888888888 8888888b.  8888888888
     4 * 888   o   888 888    888 888        888   Y88b 888
     5 * 888  d8b  888 888    888 888        888    888 888
     6 * 888 d888b 888 8888888888 8888888    888   d88P 8888888
     7 * 888d88888b888 888    888 888        8888888P"  888
     8 * 88888P Y88888 888    888 888        888 T88b   888
     9 * 8888P   Y8888 888    888 888        888  T88b  888
     10 * 888P     Y888 888    888 8888888888 888   T88b 8888888888
     11 *
     12 * 8888888 .d8888b.     88888888888 888    888 8888888888
     13 *   888  d88P  Y88b        888     888    888 888
     14 *   888  Y88b.             888     888    888 888
     15 *   888   "Y888b.          888     8888888888 8888888
     16 *   888      "Y88b.        888     888    888 888
     17 *   888        "888        888     888    888 888
     18 *   888  Y88b  d88P        888     888    888 888
     19 * 8888888 "Y8888P"         888     888    888 8888888888
     20 *
     21 *   888888        d8888 888     888     d8888 8888888b.   .d88888b.   .d8888b.
     22 *     "88b       d88888 888     888    d88888 888  "Y88b d88P" "Y88b d88P  Y88b
     23 *      888      d88P888 888     888   d88P888 888    888 888     888 888    888
     24 *      888     d88P 888 Y88b   d88P  d88P 888 888    888 888     888 888
     25 *      888    d88P  888  Y88b d88P  d88P  888 888    888 888     888 888
     26 *      888   d88P   888   Y88o88P  d88P   888 888    888 888     888 888    888
     27 *      88P  d8888888888    Y888P  d8888888888 888  .d88P Y88b. .d88P Y88b  d88P
     28 *      888 d88P     888     Y8P  d88P     888 8888888P"   "Y88888P"   "Y8888P"
     29 *    .d88P
     30 *  .d88P"
     31 * 888P"
     32 *
     33 *  .d8888b.  888  .d8888b.  888  .d8888b.  888
     34 * d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888
     35 *      .d88P 888      .d88P 888      .d88P 888
     36 *    .d88P"  888    .d88P"  888    .d88P"  888
     37 *    888"    888    888"    888    888"    888
     38 *    888     Y8P    888     Y8P    888     Y8P
     39 *             "              "              "
     40 *    888     888    888     888    888     888
     41 *
     42 *
     43 * TODO: add PROPER class and method documentation, just like have
     44 *       agreed upon hundreds of times!!!!
     45 */
    346class ClinicalDataLayerService implements dbnp.data.CleanDataLayer {
    447
  • trunk/grails-app/views/wizard/pages/_events.gsp

    r390 r397  
    7171</g:if>
    7272
    73 <% /*
    74         ----- START ----- <br/>
    75         <g:each var="event" status="i" in="${events}">
    76         <div class="table">
    77                 <div class="header">
    78                         <div class="firstColumn">#</div>
    79                         <div class="firstColumn"></div>
    80                         <div class="column">Template</div>
    81                         <wizard:templateColumnHeaders template="${event.template}" class="column" />
    82                         <g:if test="${eventGroups}"><g:each var="eventGroup" status="g" in="${eventGroups}">
    83                         <div class="column">
    84                                 <g:textField name="eventGroup_${g}_name" value="${eventGroup.name}" />
    85                                 <wizard:ajaxButton name="deleteEventGroup" src="../images/icons/famfamfam/delete.png" alt="delete this eventgroup" class="famfamfam" value="-" url="[controller:'wizard',action:'pages']" update="[success:'wizardPage',failure:'wizardError']" before="\$(\'input[name=do]\').val(${g});" afterSuccess="onWizardPage()" />
    86                         </div>
    87                         </g:each></g:if>
    88                         <div class="column">
    89                                 <wizard:ajaxButton name="addEventGroup" src="../images/icons/famfamfam/add.png" alt="add a new eventgroup" class="famfamfam" value="+" url="[controller:'wizard',action:'pages']" update="[success:'wizardPage',failure:'wizardError']" afterSuccess="onWizardPage()" />
    90                         </div>
    91                 </div>
    92                 <div class="row">
    93                         <div class="firstColumn">${i + 1}</div>
    94                         <div class="firstColumn">
    95                                 <wizard:ajaxButton name="delete" src="../images/icons/famfamfam/delete.png" alt="delete this event" class="famfamfam" value="-" url="[controller:'wizard',action:'pages']" update="[success:'wizardPage',failure:'wizardError']" before="\$(\'input[name=do]\').val(${i});" afterSuccess="onWizardPage()" />
    96                         </div>
    97                         <div class="column">${event.template}</div>
    98                         <wizard:templateColumns id="${i}" entity="${event}" template="${event.template}" name="event_${i}" class="column" />
    99                         <g:if test="${eventGroups}"><g:each var="eventGroup" status="j" in="${eventGroups}">
    100                         <div class="column">
    101                                 <g:if test="${eventGroup.events.find{ it == event} }">
    102                                         <input type="checkbox" name="event_${i}_group_${j}" checked="checked" />
    103                                 </g:if><g:else>
    104                                         <input type="checkbox" name="event_${i}_group_${j}"/>
    105                                 </g:else>
    106                         </div>
    107                         </g:each></g:if>
    108                         <div class="column"></div>
    109                 </div>
    110         </div>
    111                 <div class="sliderContainer">
    112                         <div class="slider"></div>
    113                 </div>
    114 
    115         </g:each>
    116 
    117         <div class="table">
    118                 <div class="header">
    119                         <div class="firstColumn">#</div>
    120                         <div class="firstColumn"></div>
    121                         <div class="column">eventDescription</div>
    122                         <div class="column">startTime</div>
    123                         <div class="column">endTime</div>
    124                         <div class="column">duration</div>
    125                         <g:if test="${eventGroups}"><g:each var="eventGroup" status="i" in="${eventGroups}">
    126                         <div class="column">
    127                                 <g:textField name="eventGroup_${i}_name" value="${eventGroup.name}" />
    128                                 <wizard:ajaxButton name="deleteEventGroup" src="../images/icons/famfamfam/delete.png" alt="delete this eventgroup" class="famfamfam" value="-" url="[controller:'wizard',action:'pages']" update="[success:'wizardPage',failure:'wizardError']" before="\$(\'input[name=do]\').val(${i});" afterSuccess="onWizardPage()" />
    129                         </div>
    130                         </g:each></g:if>
    131                         <div class="column">
    132                                 <wizard:ajaxButton name="addEventGroup" src="../images/icons/famfamfam/add.png" alt="add a new eventgroup" class="famfamfam" value="+" url="[controller:'wizard',action:'pages']" update="[success:'wizardPage',failure:'wizardError']" afterSuccess="onWizardPage()" />
    133                         </div>
    134                 </div>
    135         <g:each var="event" status="i" in="${events}">
    136                 <div class="row">
    137                         <div class="firstColumn">${i+1}</div>
    138                         <div class="firstColumn">
    139                                 <wizard:ajaxButton name="deleteEvent" src="../images/icons/famfamfam/delete.png" alt="delete this event" class="famfamfam" value="-" url="[controller:'wizard',action:'pages']" update="[success:'wizardPage',failure:'wizardError']" before="\$(\'input[name=do]\').val(${i});" afterSuccess="onWizardPage()" />                               
    140                         </div>
    141                         <div class="column">${event.eventDescription}</div>
    142                         <div class="column"><g:formatDate format="dd/MM/yyyy hh:mm" date="${event.startTime}" /></div>
    143                         <div class="column"><g:formatDate format="dd/MM/yyyy hh:mm" date="${event.endTime}" /></div>
    144                         <div class="column">${event.getShortDuration()}</div>
    145                         <g:if test="${eventGroups}"><g:each var="eventGroup" status="j" in="${eventGroups}">
    146                         <div class="column">
    147                                 <g:if test="${eventGroup.events.find{ it == event} }">
    148                                         <input type="checkbox" name="event_${i}_group_${j}" checked="checked" />
    149                                 </g:if><g:else>
    150                                         <input type="checkbox" name="event_${i}_group_${j}"/>
    151                                 </g:else>
    152                         </div>
    153                         </g:each></g:if>
    154                         <div class="column"></div>
    155                 </div>
    156         </g:each>
    157         </div>
    158         <div class="sliderContainer">
    159                 <div class="slider"></div>
    160         </div>
    161 </g:if>
    162  */ %>
    163        
    16473</wizard:pageContent>
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.