Changeset 394


Ignore:
Timestamp:
May 4, 2010, 5:45:23 PM (9 years ago)
Author:
keesvb
Message:

added ontology specifications to Subject species and Sample material domain fields

Location:
trunk/grails-app
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy

    r392 r394  
    3232                                ncboId: '1132',
    3333                                ncboVersionedId: '38802'
     34                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     35
     36                        println ".adding BRENDA source material ontology"
     37                        def brendaOntology = new Ontology(
     38                                name: 'BRENDA tissue / enzyme source',
     39                                description: 'A structured controlled vocabulary for the source of an enzyme. It comprises terms for tissues, cell lines, cell types and cell cultures from uni- and multicellular organisms.',
     40                                url: 'http://www.brenda-enzymes.info',
     41                                versionNumber: '1.3',
     42                                ncboId: '1005',
     43                                ncboVersionedId: '40643'
    3444                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    3545
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/Sample.groovy

    r392 r394  
    22
    33import dbnp.data.Term
     4import dbnp.data.Ontology
    45
    56/**
     
    2223                        new TemplateField(
    2324                            name: 'material',
    24                             type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM) ];
     25                            type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM,
     26                            ontologies: [Ontology.findByNcboId(1005)])
     27                ];
    2528        }
    2629
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/Subject.groovy

    r392 r394  
    22
    33import dbnp.data.Term
     4import dbnp.data.Ontology
    45
    56/**
     
    2223                        new TemplateField(
    2324                            name: 'species',
    24                             type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM) ];
     25                            type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM,
     26                            ontologies: [Ontology.findByNcboId(1132)]) ];
    2527        }
    2628}
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.