Ignore:
Timestamp:
Apr 20, 2010, 10:49:54 AM (9 years ago)
Author:
duh
Message:
  • refactored termField tag
  • refactored subjects page
  • added terms and ontologies to bootstrap
File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy

    r349 r353  
    9292                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    9393
     94                        // add NCBI species ontology
     95                        println ".adding NCBI species ontology"
     96                        def speciesOntology = new Ontology(
     97                                name: 'NCBI organismal classification',
     98                                description: 'A taxonomic classification of living organisms and associated artifacts for their controlled description within the context of databases.',
     99                                url: 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/',
     100                                versionNumber: '1.2',
     101                                ncboId: '1132',
     102                                ncboVersionedId: '38802'
     103                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     104
     105                        // add TERMS
     106                        println ".adding mouse term"
     107                        def mouseTerm = new Term(
     108                                name: 'Mus musculus',
     109                                ontology: speciesOntology,
     110                                accession: '10090'
     111                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     112                        println ".adding human term"
     113                        def humanTerm = new Term(
     114                                name: 'Homo sapiens',
     115                                ontology: speciesOntology,
     116                                accession: '9606'
     117                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    94118
    95119
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.