Changeset 350


Ignore:
Timestamp:
Apr 19, 2010, 3:45:35 PM (14 years ago)
Author:
keesvb
Message:

added ontology/term properties, getting code to work from clean build: removed Protocol and EventDescription? controllers, cleaned up Protocol code from ImporterService?, commented out EventDescription? code in WizardController?

Location:
trunk/grails-app
Files:
5 deleted
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/WizardController.groovy

    r349 r350  
    241241                                //params.classification = Term.findByName(params.classification)
    242242
     243                                /* TODO: rewrite to Event template
     244
    243245                                // fetch protocol by name (as posted by the form)
    244246                                params.protocol = Protocol.findByName(params.protocol)
    … …  
    246248                                // transform checkbox form value to boolean
    247249                                params.isSamplingEvent = (params.containsKey('isSamplingEvent'))
     250
    248251
    249252                                // instantiate EventDescription with parameters
    … …  
    262265                                        error()
    263266                                }
     267
     268                                */
    264269                        }.to "eventDescriptions"
    265270                        on("delete") {
    266271                                def delete = params.get('do') as int;
    267272
     273                                /* TODO: rewrite to Event template
     274                               
    268275                                // handle form data
    269276                                if (!this.handleEventDescriptions(flow, flash, params)) {
    … …  
    285292                                        flow.eventDescriptions.remove(delete)
    286293                                }
     294
     295                                */
    287296                        }.to "eventDescriptions"
    288297                        on("previous") {

  • trunk/grails-app/domain/dbnp/data/Ontology.groovy

    r299 r350  
    44 * This class describes an existing ontology, of which terms can be stored (actually 'cached' would be a better description)
    55 * in the (global) Term store.
     6 * This information is mapped from the BioPortal NCBO REST service, e.g.: http://rest.bioontology.org/bioportal/ontologies/38802
     7 * @see http://www.bioontology.org/wiki/index.php/NCBO_REST_services
    68 *
    79 * Revision information:
    … …  
    1113 */
    1214class Ontology implements Serializable {
    13     String name
    14     String shortName
    15     String url
     15        String name             // BioPortal: displayLabel
     16        String description      // BioPortal: description
     17        String url              // BioPortal: homepage
     18        String versionNumber    // BioPortal: versionNumber
     19        int ncboId              // BioPortal: ontologyId
     20        int ncboVersionedId     // BioPortal: id
    1621}

  • trunk/grails-app/domain/dbnp/data/Term.groovy

    r306 r350  
    77 * The Term object should point to an existing term in an online ontology, therefore instances of this class can also
    88 * be seen as a cache of elements of the external ontology.
     9 * BioPortal example: Mus musculus: http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/38802/NCBITaxon:10090
    910 *
    1011 * Revision information:
    … …  
    1516class Term implements Serializable {
    1617        static searchable = true
    17         String name
    18         Ontology ontology
    19         String accession
     18
     19        String name             // BioPortal: label (preferred name)
     20        Ontology ontology       // Parent ontology
     21        String accession        // BioPortal: fullId
    2022
    2123        static constraints = {
     24                accession(unique: 'ontology')
    2225        }
    2326
    … …  
    2629        }
    2730
    28 
    29         /*
    30          * Very scary behaviour... commenting this code out. Refactor
    31          * your code that relies on this by using something like
    32          * Term.findByName( string ) instead...
    33          *
    34          * Jeroen 20100323
    35          *
    36 
    37         // Covenenice method for delivering Terms.
    38         // if the term is already defined, use it.
    39         // otherwise, create it and return it.
    40         // should be removed when ontologies work.
    41         static getTerm( string ) {
    42             def term = Term.find("from Term as t where t.name = '${string}'")
    43             if( term==null ) { term = new Term()
    44                     term.name=string
    45                     term.ontology = Ontology.find('from Ontology as o')
    46                     term.accession = ''
    47                     if( !term.save(flush:true) )  {
    48                             term.errors.each{ println it }
    49                     }
    50             }
    51             return term
    52         }
    53 
    54          *
    55          */
    5631}

  • trunk/grails-app/services/dbnp/importer/ImporterService.groovy

    r334 r350  
    1919import org.apache.poi.poifs.filesystem.POIFSFileSystem
    2020import org.apache.poi.ss.usermodel.DataFormatter
    21 import org.apache.poi.hssf.usermodel.HSSFDateUtil
     21
    2222import dbnp.studycapturing.TemplateFieldType
    2323import dbnp.studycapturing.Template
    … …  
    2525import dbnp.studycapturing.Subject
    2626import dbnp.studycapturing.Event
    27 import dbnp.studycapturing.Protocol
     27
    2828import dbnp.studycapturing.Sample
    2929
    30 import dbnp.data.Ontology
    3130import dbnp.data.Term
    3231
    … …  
    223222                                    persistEntity(entity)
    224223                                    break
    225                     case Protocol:  print "Persisting Protocol `" + entity.name + "`: "
    226                                     persistEntity(entity)
    227                                     break
    228224                    case Sample  :  print "Persisting Sample `" + entity.name +"`: "
    229225                                    persistEntity(entity)
    … …  
    264260        def subject = new Subject(name:"New subject", species:Term.findByName("Homo sapiens"), template:template)
    265261        def event = new Event(eventdescription:"New event", template:template)
    266         def protocol = new Protocol(name:"New protocol", template:template)
    267262        def sample = new Sample(name:"New sample", template:template)
    268263
    … …  
    283278                                    if (mc.identifier) { event.eventdescription = value; break }
    284279                                    event.setFieldValue(mc.property.name, value)
    285                                     break
    286                 case Protocol   :   (record.any {it.getClass()==mc.entity}) ? 0 : record.add(protocol)
    287                                     if (mc.identifier) { protocol.name = value; break }
    288                                     protocol.setFieldValue(mc.property.name, value)
    289280                                    break
    290281                case Sample     :   (record.any {it.getClass()==mc.entity}) ? record.add(sample) : 0
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.