Changeset 339

Show
Ignore:
Timestamp:
12-04-10 16:19:28 (4 years ago)
Author:
keesvb
Message:

added plant template to BootStrap?

Location:
trunk/grails-app
Files:
2 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy

    r331 r339  
    3939                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    4040 
     41                        def nciOntology = new Ontology( 
     42                                name: 'NCI Thesaurus', 
     43                                shortName: 'NCI', 
     44                                url: 'http://bioportal.bioontology.org/ontologies/42331' 
     45                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     46 
    4147                        // terms 
    4248                        def mouseTerm = new Term( 
     
    5056                                accession: '9606' 
    5157                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    52  
     58                        def arabTerm = new Term( 
     59                                name: 'Arabidopsis thaliana', 
     60                                ontology: speciesOntology, 
     61                                accession: '3702' 
     62                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     63                         
    5364                        def bloodTerm = new Term( 
    5465                                name: 'Portion of blood', 
    5566                                ontology: humanBodyOntology, 
    5667                                accession: '9670' 
     68                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     69 
     70                        def c57bl6Term = new Term( 
     71                                name: 'C57BL/6 Mouse', 
     72                                ontology: nciOntology, 
     73                                accession: 'C14424' 
    5774                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    5875 
     
    163180                                name: 'Age (years)',type: TemplateFieldType.INTEGER,unit: 'years') 
    164181                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     182 
     183                        def genotypeField = new TemplateField( 
     184                                name: 'Genotype', type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM) 
     185                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     186 
     187                        def genotypeTypeField = new TemplateField( 
     188                                name: 'Genotype type',type: TemplateFieldType.STRINGLIST, 
     189                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'transgenic'), 
     190                                        new TemplateFieldListItem(name:'knock-out'), 
     191                                        new TemplateFieldListItem(name:'knock-in')]) 
     192                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     193 
    165194 
    166195                        // Nutritional study template 
     
    175204                                .addToFields(new TemplateField(name: 'Lab code',type: TemplateFieldType.STRING)) 
    176205                                .addToFields(new TemplateField(name: 'Institute',type: TemplateFieldType.STRING)) 
    177                                 .addToFields(new TemplateField(name: 'Some Integer',type: TemplateFieldType.INTEGER)) 
    178206                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    179207 
     
    183211                        .addToFields(new TemplateField( 
    184212                                name: 'Strain', type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM)) 
    185                         .addToFields(new TemplateField( 
    186                                 name: 'Genotype', type: TemplateFieldType.STRING)) 
    187                         .addToFields(new TemplateField( 
    188                                 name: 'Genotype type',type: TemplateFieldType.STRINGLIST, 
    189                                 listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'transgenic'),new TemplateFieldListItem(name:'knock-out'),new TemplateFieldListItem(name:'knock-in')])) 
     213                        .addToFields(genotypeField) 
     214                        .addToFields(genotypeTypeField) 
    190215                        .addToFields(genderField) 
    191216                        .addToFields(new TemplateField( 
     
    202227                        .addToFields(new TemplateField( 
    203228                                name: 'Weight (g)', type: TemplateFieldType.DOUBLE, unit: 'gram')) 
    204                         .addToFields(new TemplateField( 
    205                                 name: 'SomeOntology', type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM)) 
    206229                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    207230 
     
    222245                                name: 'Race',type: TemplateFieldType.STRING)) 
    223246                        .addToFields(new TemplateField( 
    224                                 name: 'Waist circumvence',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'cm')) 
    225                         .addToFields(new TemplateField( 
    226                                 name: 'Hip circumvence',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'cm')) 
     247                                name: 'Waist circumference',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'cm')) 
     248                        .addToFields(new TemplateField( 
     249                                name: 'Hip circumference',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'cm')) 
    227250                        .addToFields(new TemplateField( 
    228251                                name: 'Systolic blood pressure',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'mmHg')) 
     
    235258                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    236259 
     260 
     261                        def sampleDescriptionField = new TemplateField( 
     262                                name: 'Description',type: TemplateFieldType.TEXT) 
     263                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     264                        def sampleTypeField = new TemplateField( 
     265                                name: 'SampleType',type: TemplateFieldType.STRING) 
     266                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     267                        def sampleProtocolField = new TemplateField( 
     268                                name: 'SampleProtocol',type: TemplateFieldType.STRING) 
     269                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     270                        def sampleVialTextField = new TemplateField( 
     271                                name: 'Text on vial',type: TemplateFieldType.STRING) 
     272                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    237273 
    238274                        // Human sample template 
    239275                        def humanSampleTemplate = new Template( 
    240276                                name: 'Human tissue sample', entity: dbnp.studycapturing.Sample) 
    241                         .addToFields(new TemplateField( 
    242                                 name: 'Description',type: TemplateFieldType.TEXT)) 
    243                         .addToFields(new TemplateField( 
    244                                 name: 'SampleType',type: TemplateFieldType.STRING)) 
    245                         .addToFields(new TemplateField( 
    246                                 name: 'SampleProtocol',type: TemplateFieldType.STRING)) 
    247                         .addToFields(new TemplateField( 
    248                                 name: 'Text on vial',type: TemplateFieldType.STRING)) 
    249                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     277                        .addToFields(sampleDescriptionField) 
     278                        .addToFields(sampleTypeField) 
     279                        .addToFields(sampleProtocolField) 
     280                        .addToFields(sampleVialTextField) 
     281                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     282 
     283                        //Plant template 
     284                        def plantTemplate = new Template( 
     285                                name: 'Plant template', entity: dbnp.studycapturing.Subject) 
     286                        .addToFields(new TemplateField( 
     287                                name: 'Variety', type: TemplateFieldType.STRING)) 
     288                        .addToFields(new TemplateField( 
     289                                name: 'Ecotype', type: TemplateFieldType.STRING)) 
     290                        .addToFields(genotypeField) 
     291                        .addToFields(genotypeTypeField) 
     292                        .addToFields(new TemplateField( 
     293                                name: 'Growth location', type: TemplateFieldType.STRINGLIST, 
     294                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Greenhouse'),new TemplateFieldListItem(name: 'Field')])) 
     295                        .addToFields(new TemplateField( 
     296                                name: 'Room', type: TemplateFieldType.STRING, 
     297                                comment: 'Chamber number in case of Greenhouse')) 
     298                        .addToFields(new TemplateField( 
     299                                name: 'Position X', type: TemplateFieldType.FLOAT)) 
     300                        .addToFields(new TemplateField( 
     301                                name: 'Position Y', type: TemplateFieldType.FLOAT)) 
     302                        .addToFields(new TemplateField( 
     303                                name: 'Block', type: TemplateFieldType.STRING)) 
     304                        .addToFields(new TemplateField( 
     305                                name: 'Temperature at day', type: TemplateFieldType.FLOAT)) 
     306                        .addToFields(new TemplateField( 
     307                                name: 'Temperature at night', type: TemplateFieldType.FLOAT)) 
     308                        .addToFields(new TemplateField( 
     309                                name: 'Photo period', type: TemplateFieldType.STRING)) 
     310                        .addToFields(new TemplateField( 
     311                                name: 'Light intensity', type: TemplateFieldType.STRING)) 
     312                        .addToFields(new TemplateField( 
     313                                name: 'Start date', type: TemplateFieldType.DATE)) 
     314                        .addToFields(new TemplateField( 
     315                                name: 'Harvest date', type: TemplateFieldType.DATE)) 
     316                        .addToFields(new TemplateField( 
     317                                name: 'Growth type', type: TemplateFieldType.STRINGLIST, 
     318                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Standard'),new TemplateFieldListItem(name: 'Experimental')])) 
     319                        .addToFields(new TemplateField( 
     320                                name: 'Growth protocol', type: TemplateFieldType.TEXT)) 
     321                        .addToFields(new TemplateField( 
     322                                name: 'Harvest delay', type: TemplateFieldType.TEXT)) 
     323                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     324 
     325                        def plantSampleTemplate = new Template( 
     326                                name: 'Plant sample', entity: dbnp.studycapturing.Sample) 
     327                        .addToFields(sampleDescriptionField) 
     328                        .addToFields(sampleTypeField) 
     329                        .addToFields(sampleProtocolField) 
     330                        .addToFields(sampleVialTextField) 
     331                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     332 
    250333 
    251334                        //events 
     
    445528                                ) 
    446529                                .setFieldValue("Gender", "Male") 
    447                                 .setFieldValue("Genotype", "C57/Bl6j") 
     530                                .setFieldValue("Genotype", c57bl6Term) 
    448531                                .setFieldValue("Age (weeks)", 17) 
    449532                                .setFieldValue("Cage", "" + (int)(x/2)) 
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/TemplateField.groovy

    r338 r339  
    22 
    33/** 
    4  * This is the superclass for template fields. Normally, this class will not be instantiated. 
     4 * This is the class for template fields. These should be part of one or more templates via Template.fields 
    55 * 
    66 * Revision information: