Changeset 339


Ignore:
Timestamp:
Apr 12, 2010, 4:19:28 PM (7 years ago)
Author:
keesvb
Message:

added plant template to BootStrap?

Location:
trunk/grails-app
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy

    r331 r339  
    3939                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    4040
     41                        def nciOntology = new Ontology(
     42                                name: 'NCI Thesaurus',
     43                                shortName: 'NCI',
     44                                url: 'http://bioportal.bioontology.org/ontologies/42331'
     45                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     46
    4147                        // terms
    4248                        def mouseTerm = new Term(
     
    5056                                accession: '9606'
    5157                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    52 
     58                        def arabTerm = new Term(
     59                                name: 'Arabidopsis thaliana',
     60                                ontology: speciesOntology,
     61                                accession: '3702'
     62                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     63                       
    5364                        def bloodTerm = new Term(
    5465                                name: 'Portion of blood',
    5566                                ontology: humanBodyOntology,
    5667                                accession: '9670'
     68                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     69
     70                        def c57bl6Term = new Term(
     71                                name: 'C57BL/6 Mouse',
     72                                ontology: nciOntology,
     73                                accession: 'C14424'
    5774                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    5875
     
    163180                                name: 'Age (years)',type: TemplateFieldType.INTEGER,unit: 'years')
    164181                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     182
     183                        def genotypeField = new TemplateField(
     184                                name: 'Genotype', type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM)
     185                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     186
     187                        def genotypeTypeField = new TemplateField(
     188                                name: 'Genotype type',type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
     189                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'transgenic'),
     190                                        new TemplateFieldListItem(name:'knock-out'),
     191                                        new TemplateFieldListItem(name:'knock-in')])
     192                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     193
    165194
    166195                        // Nutritional study template
     
    175204                                .addToFields(new TemplateField(name: 'Lab code',type: TemplateFieldType.STRING))
    176205                                .addToFields(new TemplateField(name: 'Institute',type: TemplateFieldType.STRING))
    177                                 .addToFields(new TemplateField(name: 'Some Integer',type: TemplateFieldType.INTEGER))
    178206                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    179207
     
    183211                        .addToFields(new TemplateField(
    184212                                name: 'Strain', type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM))
    185                         .addToFields(new TemplateField(
    186                                 name: 'Genotype', type: TemplateFieldType.STRING))
    187                         .addToFields(new TemplateField(
    188                                 name: 'Genotype type',type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
    189                                 listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'transgenic'),new TemplateFieldListItem(name:'knock-out'),new TemplateFieldListItem(name:'knock-in')]))
     213                        .addToFields(genotypeField)
     214                        .addToFields(genotypeTypeField)
    190215                        .addToFields(genderField)
    191216                        .addToFields(new TemplateField(
     
    202227                        .addToFields(new TemplateField(
    203228                                name: 'Weight (g)', type: TemplateFieldType.DOUBLE, unit: 'gram'))
    204                         .addToFields(new TemplateField(
    205                                 name: 'SomeOntology', type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM))
    206229                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    207230
     
    222245                                name: 'Race',type: TemplateFieldType.STRING))
    223246                        .addToFields(new TemplateField(
    224                                 name: 'Waist circumvence',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'cm'))
    225                         .addToFields(new TemplateField(
    226                                 name: 'Hip circumvence',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'cm'))
     247                                name: 'Waist circumference',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'cm'))
     248                        .addToFields(new TemplateField(
     249                                name: 'Hip circumference',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'cm'))
    227250                        .addToFields(new TemplateField(
    228251                                name: 'Systolic blood pressure',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'mmHg'))
     
    235258                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    236259
     260
     261                        def sampleDescriptionField = new TemplateField(
     262                                name: 'Description',type: TemplateFieldType.TEXT)
     263                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     264                        def sampleTypeField = new TemplateField(
     265                                name: 'SampleType',type: TemplateFieldType.STRING)
     266                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     267                        def sampleProtocolField = new TemplateField(
     268                                name: 'SampleProtocol',type: TemplateFieldType.STRING)
     269                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     270                        def sampleVialTextField = new TemplateField(
     271                                name: 'Text on vial',type: TemplateFieldType.STRING)
     272                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    237273
    238274                        // Human sample template
    239275                        def humanSampleTemplate = new Template(
    240276                                name: 'Human tissue sample', entity: dbnp.studycapturing.Sample)
    241                         .addToFields(new TemplateField(
    242                                 name: 'Description',type: TemplateFieldType.TEXT))
    243                         .addToFields(new TemplateField(
    244                                 name: 'SampleType',type: TemplateFieldType.STRING))
    245                         .addToFields(new TemplateField(
    246                                 name: 'SampleProtocol',type: TemplateFieldType.STRING))
    247                         .addToFields(new TemplateField(
    248                                 name: 'Text on vial',type: TemplateFieldType.STRING))
    249                         .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     277                        .addToFields(sampleDescriptionField)
     278                        .addToFields(sampleTypeField)
     279                        .addToFields(sampleProtocolField)
     280                        .addToFields(sampleVialTextField)
     281                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     282
     283                        //Plant template
     284                        def plantTemplate = new Template(
     285                                name: 'Plant template', entity: dbnp.studycapturing.Subject)
     286                        .addToFields(new TemplateField(
     287                                name: 'Variety', type: TemplateFieldType.STRING))
     288                        .addToFields(new TemplateField(
     289                                name: 'Ecotype', type: TemplateFieldType.STRING))
     290                        .addToFields(genotypeField)
     291                        .addToFields(genotypeTypeField)
     292                        .addToFields(new TemplateField(
     293                                name: 'Growth location', type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
     294                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Greenhouse'),new TemplateFieldListItem(name: 'Field')]))
     295                        .addToFields(new TemplateField(
     296                                name: 'Room', type: TemplateFieldType.STRING,
     297                                comment: 'Chamber number in case of Greenhouse'))
     298                        .addToFields(new TemplateField(
     299                                name: 'Position X', type: TemplateFieldType.FLOAT))
     300                        .addToFields(new TemplateField(
     301                                name: 'Position Y', type: TemplateFieldType.FLOAT))
     302                        .addToFields(new TemplateField(
     303                                name: 'Block', type: TemplateFieldType.STRING))
     304                        .addToFields(new TemplateField(
     305                                name: 'Temperature at day', type: TemplateFieldType.FLOAT))
     306                        .addToFields(new TemplateField(
     307                                name: 'Temperature at night', type: TemplateFieldType.FLOAT))
     308                        .addToFields(new TemplateField(
     309                                name: 'Photo period', type: TemplateFieldType.STRING))
     310                        .addToFields(new TemplateField(
     311                                name: 'Light intensity', type: TemplateFieldType.STRING))
     312                        .addToFields(new TemplateField(
     313                                name: 'Start date', type: TemplateFieldType.DATE))
     314                        .addToFields(new TemplateField(
     315                                name: 'Harvest date', type: TemplateFieldType.DATE))
     316                        .addToFields(new TemplateField(
     317                                name: 'Growth type', type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
     318                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Standard'),new TemplateFieldListItem(name: 'Experimental')]))
     319                        .addToFields(new TemplateField(
     320                                name: 'Growth protocol', type: TemplateFieldType.TEXT))
     321                        .addToFields(new TemplateField(
     322                                name: 'Harvest delay', type: TemplateFieldType.TEXT))
     323                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     324
     325                        def plantSampleTemplate = new Template(
     326                                name: 'Plant sample', entity: dbnp.studycapturing.Sample)
     327                        .addToFields(sampleDescriptionField)
     328                        .addToFields(sampleTypeField)
     329                        .addToFields(sampleProtocolField)
     330                        .addToFields(sampleVialTextField)
     331                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     332
    250333
    251334                        //events
     
    445528                                )
    446529                                .setFieldValue("Gender", "Male")
    447                                 .setFieldValue("Genotype", "C57/Bl6j")
     530                                .setFieldValue("Genotype", c57bl6Term)
    448531                                .setFieldValue("Age (weeks)", 17)
    449532                                .setFieldValue("Cage", "" + (int)(x/2))
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/TemplateField.groovy

    r338 r339  
    22
    33/**
    4  * This is the superclass for template fields. Normally, this class will not be instantiated.
     4 * This is the class for template fields. These should be part of one or more templates via Template.fields
    55 *
    66 * Revision information:
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.