Changeset 269

Show
Ignore:
Timestamp:
15-03-10 22:40:37 (4 years ago)
Author:
keesvb
Message:

upgraded to webflow plugin 1.2.1, added templates to BootStrap?, changed some code to get list_extended back up but it's still not working

Location:
trunk
Files:
5 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/application.properties

    r222 r269  
    1313plugins.shiro=1.0.1 
    1414plugins.tomcat=1.2.1 
    15 plugins.webflow=1.2.0 
     15plugins.webflow=1.2.1 
  • trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy

    r266 r269  
    161161 
    162162                        def ageField = new TemplateField( 
    163                                 name: 'Age',type: TemplateFieldType.INTEGER) 
     163                                name: 'Age (years)',type: TemplateFieldType.INTEGER,unit: 'years') 
    164164                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    165165 
    166166                        // Nutritional study template 
    167167 
     168                        println "Adding academic study template..." 
    168169                        def studyTemplate = new Template( 
    169                                 name: 'Nutritional study', entity: dbnp.studycapturing.Study 
    170                         ).addToFields(new TemplateField( 
    171                                 name: 'NuGO Code',type: TemplateFieldType.STRING) 
    172                         ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    173  
     170                                name: 'Academic study', entity: dbnp.studycapturing.Study) 
     171                        .addToFields(new TemplateField(name: 'Consortium',type: TemplateFieldType.STRING)) 
     172                        .addToFields(new TemplateField(name: 'Cohort name',type: TemplateFieldType.STRING)) 
     173                        .addToFields(new TemplateField(name: 'Time zone',type: TemplateFieldType.STRING)) 
     174                        .addToFields(new TemplateField(name: 'Responsible scientist',type: TemplateFieldType.STRING)) 
     175                        .addToFields(new TemplateField(name: 'Lab code',type: TemplateFieldType.STRING)) 
     176                        .addToFields(new TemplateField(name: 'Institute',type: TemplateFieldType.STRING)) 
     177                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    174178 
    175179                        // Mouse template 
    176180                        def mouseTemplate = new Template( 
    177                                 name: 'Mouse', entity: dbnp.studycapturing.Subject 
    178                         ).addToFields(new TemplateField( 
    179                                 name: 'Genotype',type: TemplateFieldType.STRINGLIST, 
    180                                 listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'C57/Bl6j'),new TemplateFieldListItem(name:'wild type')])) 
     181                                name: 'Mouse', entity: dbnp.studycapturing.Subject) 
     182                        .addToFields(new TemplateField( 
     183                                name: 'Strain', type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM)) 
     184                        .addToFields(new TemplateField( 
     185                                name: 'Genotype', type: TemplateFieldType.STRING)) 
     186                        .addToFields(new TemplateField( 
     187                                name: 'Genotype type',type: TemplateFieldType.STRINGLIST, 
     188                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'transgenic'),new TemplateFieldListItem(name:'knock-out'),new TemplateFieldListItem(name:'knock-in')])) 
    181189                        .addToFields(genderField) 
    182                         .addToFields(ageField) 
    183                         .addToFields(new TemplateField( 
    184                                 name: 'Cage',type: TemplateFieldType.INTEGER)) 
    185                         .addToFields(new TemplateField( 
    186                                 name: 'SomeDouble', type: TemplateFieldType.DOUBLE)) 
     190                        .addToFields(new TemplateField( 
     191                                name: 'Age (weeks)', type: TemplateFieldType.INTEGER, unit: 'weeks')) 
     192                        .addToFields(new TemplateField( 
     193                                name: 'Age type',type: TemplateFieldType.STRINGLIST, 
     194                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'postnatal'),new TemplateFieldListItem(name:'embryonal')])) 
     195                        .addToFields(new TemplateField( 
     196                                name: 'Cage',type: TemplateFieldType.STRING)) 
     197                        .addToFields(new TemplateField( 
     198                                name: '#Mice in cage',type: TemplateFieldType.INTEGER)) 
     199                        .addToFields(new TemplateField( 
     200                                name: 'Litter size',type: TemplateFieldType.INTEGER))    
     201                        .addToFields(new TemplateField( 
     202                                name: 'Weight (g)', type: TemplateFieldType.DOUBLE, unit: 'gram')) 
    187203                        .addToFields(new TemplateField( 
    188204                                name: 'SomeOntology', type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM)) 
     
    197213                                name: 'DOB',type: TemplateFieldType.DATE)) 
    198214                        .addToFields(new TemplateField( 
    199                                 name: 'Height',type: TemplateFieldType.DOUBLE)) 
    200                         .addToFields(new TemplateField( 
    201                                 name: 'Weight',type: TemplateFieldType.DOUBLE)) 
    202                         .addToFields(new TemplateField( 
    203                                 name: 'BMI',type: TemplateFieldType.DOUBLE)) 
     215                                name: 'Height',type: TemplateFieldType.DOUBLE, unit: 'm')) 
     216                        .addToFields(new TemplateField( 
     217                                name: 'Weight (kg)',type: TemplateFieldType.DOUBLE, unit: 'kg')) 
     218                        .addToFields(new TemplateField( 
     219                                name: 'BMI',type: TemplateFieldType.DOUBLE, unit: 'kg/m2')) 
     220                        .addToFields(new TemplateField( 
     221                                name: 'Race',type: TemplateFieldType.STRING)) 
     222                        .addToFields(new TemplateField( 
     223                                name: 'Waist circumvence',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'cm')) 
     224                        .addToFields(new TemplateField( 
     225                                name: 'Hip circumvence',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'cm')) 
     226                        .addToFields(new TemplateField( 
     227                                name: 'Systolic blood pressure',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'mmHg')) 
     228                        .addToFields(new TemplateField( 
     229                                name: 'Diastolic blood pressure',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'mmHg')) 
     230                        .addToFields(new TemplateField( 
     231                                name: 'Heart rate',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'beats/min')) 
     232                        .addToFields(new TemplateField( 
     233                                name: 'Run-in-food',type: TemplateFieldType.TEXT)) 
     234                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     235 
     236 
     237                        // Human sample template 
     238                        def humanSampleTemplate = new Template( 
     239                                name: 'Human tissue sample', entity: dbnp.studycapturing.Sample) 
     240                        .addToFields(new TemplateField( 
     241                                name: 'Description',type: TemplateFieldType.TEXT)) 
     242                        .addToFields(new TemplateField( 
     243                                name: 'SampleType',type: TemplateFieldType.STRING)) 
     244                        .addToFields(new TemplateField( 
     245                                name: 'SampleProtocol',type: TemplateFieldType.STRING)) 
     246                        .addToFields(new TemplateField( 
     247                                name: 'Text on vial',type: TemplateFieldType.STRING)) 
    204248                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    205249 
     
    391435                                .setFieldValue("Gender", "Male") 
    392436                                .setFieldValue("Genotype", "C57/Bl6j") 
    393                                 .setFieldValue("Age", 17) 
    394                                 .setFieldValue("Cage", (int)(x/2)) 
     437                                .setFieldValue("Age (weeks)", 17) 
     438                                .setFieldValue("Cage", "" + (int)(x/2)) 
    395439                                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    396440 
     
    456500                      name: "" + y++, 
    457501                      species: humanTerm, 
    458                       template: humanTemplate).setFieldValue("Gender", (boolean) (x / 2) ? "Male" : "Female").setFieldValue("DOB", new java.text.SimpleDateFormat("dd-mm-yy").parse("01-02-19" + (10 + (int) (Math.random() * 80)))).setFieldValue("Age", 30).setFieldValue("Height", Math.random() * 2F).setFieldValue("Weight", Math.random() * 150F).setFieldValue("BMI", 20 + Math.random() * 10F).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     502                      template: humanTemplate).setFieldValue("Gender", (boolean) (x / 2) ? "Male" : "Female").setFieldValue("DOB", new java.text.SimpleDateFormat("dd-mm-yy").parse("01-02-19" + (10 + (int) (Math.random() * 80)))).setFieldValue("Age (years)", 30).setFieldValue("Height", Math.random() * 2F).setFieldValue("Weight (kg)", Math.random() * 150F).setFieldValue("BMI", 20 + Math.random() * 10F).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    459503 
    460504              rootGroup.addToSubjects currentSubject 
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/StudyController.groovy

    r253 r269  
    1212        params.max = Math.min(params.max ? params.int('max') : 10, 100) 
    1313        [studyInstanceList: Study.list(params), studyInstanceTotal: Study.count()] 
     14    } 
     15 
     16    def list_extended = { 
     17        params.max = Math.min(params.max ? params.int('max') : 10, 100) 
     18        [studyList: Study.list(params), studyInstanceTotal: Study.count()] 
    1419    } 
    1520 
     
    4146        } 
    4247    } 
     48 
    4349 
    4450    /*def edit = { 
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/Template.groovy

    r247 r269  
    1919 
    2020        static constraints = { 
    21                 name(unique:['entity']) 
     21 
     22                // outcommented for now due to bug in Grails / Hibernate 
     23                // see http://jira.codehaus.org/browse/GRAILS-6020 
     24                //      name(unique:['entity']) 
    2225        } 
    2326 
     
    6164        public static findAllByEntity(java.lang.Class entity) { 
    6265                def results = [] 
    63  
     66                println "Searching for" + entity 
    6467                // 'this' should not work in static context, however it does so I'll keep 
    6568                // this in for now :) 
  • trunk/grails-app/views/study/list_extended.gsp

    r247 r269  
    1  
    21<%@ page import="dbnp.studycapturing.Study" %> 
    32<html> 
     
    87  <title><g:message code="default.list.label" args="[entityName]" /></title> 
    98 
    10   <my:jqueryui/> 
    119  <script type="text/javascript"> 
    1210    $(function() { 
     
    290288            <tr> 
    291289              <td><g:link controller="event" action="show" id="${e.id}">  ${e.eventDescription.name}</g:link></td> 
    292           <td>${e.subject.id}</td> 
     290          <td>?</td> 
    293291          <td>${e.getPrettyDuration(stud.startDate,e.startTime)}</td> 
    294292          <td>${e.getPrettyDuration()}</td> 
     
    305303          <tr> 
    306304          <td><g:link controller="event" action="show" id="${e.id}">${e.eventDescription.name}</g:link></td> 
    307           <td>${e.subject.id}</td> 
     305          <td>?</td> 
    308306          <td>${e.getPrettyDuration(stud.startDate,e.startTime)}</td> 
    309307          <td>${e.getPrettyDuration()}</td>