Changeset 253


Ignore:
Timestamp:
Mar 10, 2010, 2:40:58 PM (13 years ago)
Author:
keesvb
Message:

Cleaned up BootStrap? (removed accidental multiple addition of eventGroup in PPSH study), cleaned up scaffolded classes in root package, removed obsolete BaseController?, added some code to Sandbox

Location:
trunk/grails-app
Files:
1 added
4 deleted
5 edited
3 moved

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy

    r247 r253  
    152152                                enabled: true
    153153                        ))*/
    154                        
     154
    155155
    156156                        def genderField = new TemplateField(
    … …  
    158158                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Male'),new TemplateFieldListItem(name: 'Female')])
    159159                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    160                                                
     160
    161161                        def ageField = new TemplateField(
    162162                                name: 'Age',type: TemplateFieldType.INTEGER)
    … …  
    235235
    236236
    237                         def fastingTreatment = new EventDescription(
     237            def fastingTreatment = new EventDescription(
    238238                                name: 'Fasting treatment',
    239239                                description: 'Fasting Protocol NuGO PPSH',
    … …  
    379379                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    380380
    381 
     381            // Add subjects and samples and compose EventGroups
    382382
    383383                        def x=1
    … …  
    450450                        rootGroup.save()
    451451
    452                         def y=1
    453                         11.times {
    454                                 def currentSubject = new Subject(
    455                                         name: "" + y++,
    456                                         species: humanTerm,
    457                                         template: humanTemplate)
    458                                 .setFieldValue("Gender", (boolean)(x/2) ? "Male" : "Female")
    459                                 .setFieldValue("DOB", new java.text.SimpleDateFormat("dd-mm-yy").parse("01-02-19"+(10+(int)(Math.random()*80))))
    460                                 .setFieldValue("Age", 30)
    461                                 .setFieldValue("Height",Math.random()*2F)
    462                                 .setFieldValue("Weight",Math.random()*150F)
    463                                 .setFieldValue("BMI",20 + Math.random()*10F)
    464                                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    465 
    466                                 def currentSample = new Sample(
    467                                         name: currentSubject.name + '_B',
    468                                         material: bloodTerm,
    469                                         parentSubject: currentSubject,
    470                                         parentEvent: bloodSamplingEvent);
    471 
    472                                 rootGroup.addToSubjects currentSubject
    473                                 rootGroup.save()
    474 
    475                                 humanStudy.addToSubjects(currentSubject)
    476                                 .addToSamples(currentSample)
    477                                 .addToEventGroups rootGroup
    478                                 .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    479                         }
    480 
    481                         humanStudy.addToEventGroups(rootGroup).save()
    482 
    483 //                        new Study(title:"example",code:"Excode",researchQuestion:"ExRquestion",description:"Exdescription",ecCode:"ExecCode",dateCreated:new Date(),lastUpdated:new Date(),startDate:new Date()).save()
    484 //                        new Study(title:"testAgain",code:"testcode",researchQuestion:"testRquestion",description:"testdescription",ecCode:"testCode",dateCreated:new Date(),lastUpdated:new Date(),startDate:new Date()).save()
    485 //                        new Study(title:"Exampletest",code:"Examplecode",researchQuestion:"ExampleRquestion",description:"Exampledescription",ecCode:"ExampleecCode",dateCreated:new Date(),lastUpdated:new Date(),startDate:new Date()).save()
     452            def y = 1
     453            11.times {
     454              def currentSubject = new Subject(
     455                      name: "" + y++,
     456                      species: humanTerm,
     457                      template: humanTemplate).setFieldValue("Gender", (boolean) (x / 2) ? "Male" : "Female").setFieldValue("DOB", new java.text.SimpleDateFormat("dd-mm-yy").parse("01-02-19" + (10 + (int) (Math.random() * 80)))).setFieldValue("Age", 30).setFieldValue("Height", Math.random() * 2F).setFieldValue("Weight", Math.random() * 150F).setFieldValue("BMI", 20 + Math.random() * 10F).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     458
     459              rootGroup.addToSubjects currentSubject
     460              rootGroup.save()
     461
     462              def currentSample = new Sample(
     463                      name: currentSubject.name + '_B',
     464                      material: bloodTerm,
     465                      parentSubject: currentSubject,
     466                      parentEvent: bloodSamplingEvent);
     467
     468
     469              humanStudy.addToSubjects(currentSubject).addToSamples(currentSample).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     470          }
     471
     472          humanStudy.addToEventGroups rootGroup
     473          humanStudy.save()
    486474
    487475                        // Add clinical data

  • trunk/grails-app/controllers/SandboxController.groovy

    r247 r253  
    1313                // Get the example study in a lazy way
    1414                def st = Study.get(1)
    15                 def f = st.template.subjectFields
    16 
    17                 //println st.giveAllFields()
     15                def fieldsAll = st.giveSubjectTemplates().fields
     16        def f = fieldsAll[0]
     17        println fieldsAll.class
     18            println f.class
     19      f.each {
     20        println "" + it + "-" + it.class
     21      }
     22      //println st.giveAllFields()
    1823
    1924                // This is a way to iterate over the fields in your controller
    … …  
    2126                // Most of the time, you would just iterate over them in the view using <g:each>
    2227                // See also views/sandbox/index.gsp
    23                 f.each {field ->
     28                f.each { field ->
    2429                        println field.name + "(" + field.type + ")"
    2530                }
    … …  
    4247
    4348                // Specify which variables we want to be available in the controller (implicit return statement)
    44                 [fields: f, subjects: st.subjects]
     49                [fields: f, subjects: st.subjects, studyInstance: st]
    4550        }
    4651}

  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/data/OntologyController.groovy

    r252 r253  
    1 import dbnp.data.Ontology
     1package dbnp.data
    22
    33class OntologyController {

  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/ProtocolController.groovy

    r247 r253  
    11package dbnp.studycapturing
    2 import dbnp.data.Term
    32
    43class ProtocolController {
    5 
    6     static allowedMethods = [save: "POST", update: "POST", delete: "POST"]
    7 
    8 
    9     def index = {
    10         redirect(action: "list", params: params)
    11     }
    12 
    13     def list = {
    14         params.max = Math.min(params.max ? params.int('max') : 10, 100)
    15         [protocolInstanceList: Protocol.list(params), protocolInstanceTotal: Protocol.count()]
    16     }
    17 
    18     def create = {
    19         def protocolInstance = new Protocol()
    20         protocolInstance.properties = params
    21         return [protocolInstance: protocolInstance]
    22     }
    23 
    24     def save = {
    25 
    26         def protocolInstance =  new Protocol(params)
    27 
    28         if (protocolInstance.save(flush: true)) {
    29             flash.message = "${message(code: 'default.created.message', args: [message(code: 'protocol.label', default: 'Protocol'), protocolInstance.id])}"
    30             redirect(action:show, id: protocolInstance.id)
    31         }
    32         else {
    33             render(view: "create", model: [protocolInstance: protocolInstance])
    34         }
    35     }
    36 
    37     def show = {
    38 
    39         println params
    40 
    41         def protocolInstance = Protocol.get(params.id)
    42         if (!protocolInstance) {
    43             flash.message = "${message(code: 'default.not.found.message', args: [message(code: 'protocol.label', default: 'Protocol'), params.id])}"
    44             redirect(action: "list")
    45         }
    46         else { [protocolInstance: protocolInstance] }
    47     }
    48 
    49     def edit = {
    50         def protocolInstance = Protocol.get(params.id)
    51         if (!protocolInstance) {
    52             flash.message = "${message(code: 'default.not.found.message', args: [message(code: 'protocol.label', default: 'Protocol'), params.id])}"
    53             redirect(action: "list")
    54         }
    55         else {
    56             return [protocolInstance: protocolInstance]
    57         }
    58     }
    59 
    60     def update = {
    61         def protocolInstance = Protocol.get(params.id)
    62         if (protocolInstance) {
    63             if (params.version) {
    64                 def version = params.version.toLong()
    65                 if (protocolInstance.version > version) {
    66                    
    67                     protocolInstance.errors.rejectValue("version", "default.optimistic.locking.failure", [message(code: 'protocol.label', default: 'Protocol')] as Object[], "Another user has updated this Protocol while you were editing")
    68                     render(view: "edit", model: [protocolInstance: protocolInstance])
    69                     return
    70                 }
    71             }
    72             protocolInstance.properties = params
    73             if (!protocolInstance.hasErrors() && protocolInstance.save(flush: true)) {
    74                 flash.message = "${message(code: 'default.updated.message', args: [message(code: 'protocol.label', default: 'Protocol'), protocolInstance.id])}"
    75                 redirect(action: "show", id: protocolInstance.id)
    76             }
    77             else {
    78                 render(view: "edit", model: [protocolInstance: protocolInstance])
    79             }
    80         }
    81         else {
    82             flash.message = "${message(code: 'default.not.found.message', args: [message(code: 'protocol.label', default: 'Protocol'), params.id])}"
    83             redirect(action: "list")
    84         }
    85     }
    86 
    87     def delete = {
    88         def protocolInstance = Protocol.get(params.id)
    89         if (protocolInstance) {
    90             try {
    91                 protocolInstance.delete(flush: true)
    92                 flash.message = "${message(code: 'default.deleted.message', args: [message(code: 'protocol.label', default: 'Protocol'), params.id])}"
    93                 redirect(action: "list")
    94             }
    95             catch (org.springframework.dao.DataIntegrityViolationException e) {
    96                 flash.message = "${message(code: 'default.not.deleted.message', args: [message(code: 'protocol.label', default: 'Protocol'), params.id])}"
    97                 redirect(action: "show", id: params.id)
    98             }
    99         }
    100         else {
    101             flash.message = "${message(code: 'default.not.found.message', args: [message(code: 'protocol.label', default: 'Protocol'), params.id])}"
    102             redirect(action: "list")
    103         }
    104     }
    105 
    106     def createDummies =
    107     {
    108          def newInstance = new Protocol()
    109          newInstance.name = "Hugo (dummy #1)"
    110          newInstance.reference = Term.find("from Term t")
    111 
    112          if( newInstance.save() )
    113          { redirect( action:show, id: newInstance.id ) }
    114          else { chain( action:list ) }
    115     }
    116 
     4    def scaffold = Protocol
    1175}

  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/ProtocolParameterController.groovy

    r252 r253  
     1package dbnp.studycapturing
    12class ProtocolParameterController {
    23

  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/StudyController.groovy

    r252 r253  
    1 /**
    2  * Home Controler
    3  *
    4  * My Description
    5  *
    6  * @author  Kees van Bochove
    7  * @since   20091028
    8  * @package studycapturing
    9  *
    10  * Revision information:
    11  * $Rev$
    12  * $Author$
    13  * $Date$
    14  */
    15 class StudyController extends BaseController {
    16     def scaffold = dbnp.studycapturing.Study
     1package dbnp.studycapturing
    172
    18     def list_extended = {
    19        
     3class StudyController {
     4
     5    //static allowedMethods = [save: "POST", update: "POST", delete: "POST"]
     6
     7    def index = {
     8        redirect(action: "list", params: params)
    209    }
    2110
    22     def see = {
    23         render params
     11    def list = {
     12        params.max = Math.min(params.max ? params.int('max') : 10, 100)
     13        [studyInstanceList: Study.list(params), studyInstanceTotal: Study.count()]
    2414    }
     15
     16    /*def create = {
     17        def studyInstance = new Study()
     18        studyInstance.properties = params
     19        return [studyInstance: studyInstance]
     20    }
     21
     22    def save = {
     23        def studyInstance = new Study(params)
     24        if (studyInstance.save(flush: true)) {
     25            flash.message = "${message(code: 'default.created.message', args: [message(code: 'study.label', default: 'Study'), studyInstance.id])}"
     26            redirect(action: "show", id: studyInstance.id)
     27        }
     28        else {
     29            render(view: "create", model: [studyInstance: studyInstance])
     30        }
     31    }*/
     32
     33    def show = {
     34        def studyInstance = Study.get(params.id)
     35        if (!studyInstance) {
     36            flash.message = "${message(code: 'default.not.found.message', args: [message(code: 'study.label', default: 'Study'), params.id])}"
     37            redirect(action: "list")
     38        }
     39        else {
     40            [studyInstance: studyInstance]
     41        }
     42    }
     43
     44    /*def edit = {
     45        def studyInstance = Study.get(params.id)
     46        if (!studyInstance) {
     47            flash.message = "${message(code: 'default.not.found.message', args: [message(code: 'study.label', default: 'Study'), params.id])}"
     48            redirect(action: "list")
     49        }
     50        else {
     51            return [studyInstance: studyInstance]
     52        }
     53    }
     54
     55    def update = {
     56        def studyInstance = Study.get(params.id)
     57        if (studyInstance) {
     58            if (params.version) {
     59                def version = params.version.toLong()
     60                if (studyInstance.version > version) {
     61                   
     62                    studyInstance.errors.rejectValue("version", "default.optimistic.locking.failure", [message(code: 'study.label', default: 'Study')] as Object[], "Another user has updated this Study while you were editing")
     63                    render(view: "edit", model: [studyInstance: studyInstance])
     64                    return
     65                }
     66            }
     67            studyInstance.properties = params
     68            if (!studyInstance.hasErrors() && studyInstance.save(flush: true)) {
     69                flash.message = "${message(code: 'default.updated.message', args: [message(code: 'study.label', default: 'Study'), studyInstance.id])}"
     70                redirect(action: "show", id: studyInstance.id)
     71            }
     72            else {
     73                render(view: "edit", model: [studyInstance: studyInstance])
     74            }
     75        }
     76        else {
     77            flash.message = "${message(code: 'default.not.found.message', args: [message(code: 'study.label', default: 'Study'), params.id])}"
     78            redirect(action: "list")
     79        }
     80    }
     81
     82    def delete = {
     83        def studyInstance = Study.get(params.id)
     84        if (studyInstance) {
     85            try {
     86                studyInstance.delete(flush: true)
     87                flash.message = "${message(code: 'default.deleted.message', args: [message(code: 'study.label', default: 'Study'), params.id])}"
     88                redirect(action: "list")
     89            }
     90            catch (org.springframework.dao.DataIntegrityViolationException e) {
     91                flash.message = "${message(code: 'default.not.deleted.message', args: [message(code: 'study.label', default: 'Study'), params.id])}"
     92                redirect(action: "show", id: params.id)
     93            }
     94        }
     95        else {
     96            flash.message = "${message(code: 'default.not.found.message', args: [message(code: 'study.label', default: 'Study'), params.id])}"
     97            redirect(action: "list")
     98        }
     99    }*/
    25100}

  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/TemplateController.groovy

    r247 r253  
    22
    33class TemplateController {
    4     //def index = { }
    5         def scaffold = true
     4        def scaffold = Template
    65}

  • trunk/grails-app/views/sandbox/index.gsp

    r247 r253  
    3030</tr>
    3131</table>
    32 <%@
    33  def a = new Column(value:"value", name:"naam")
    34  println a.name
    35 %>
     32<h2>Events</h2>
     33<% println studyInstance.events.eventDescription.protocol.name %>
    3634</body>
    3735</html>
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.