Changeset 224 for trunk/grails-app/conf


Ignore:
Timestamp:
Mar 2, 2010, 6:10:52 PM (11 years ago)
Author:
keesvb
Message:

revised templating system: templates are now per entity rather than per study, moved samples to Study

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy

    r212 r224  
    123123
    124124                        // create system user
    125                         /*
    126                         def systemUser = userService.createUser(InstanceGenerator.user(
     125
     126                        /*def systemUser = userService.createUser(InstanceGenerator.user(
    127127                                username: 'system',
    128128                                pass: 'system',
    129129                                passConfirm: 'system',
    130130                                enabled: true
    131                         ))
    132                         */
    133 
    134                         def genderField = new TemplateSubjectField(
     131                        ))*/
     132                       
     133
     134                        def genderField = new TemplateField(
    135135                                name: 'Gender',type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
    136136                                listEntries: ['Male','Female'])
    137137                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    138                         def ageField = new TemplateSubjectField(
     138                        def ageField = new TemplateField(
    139139                                name: 'Age',type: TemplateFieldType.INTEGER)
    140140                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     
    142142                        // Mouse template
    143143                        def mouseTemplate = new Template(
    144                                 name: 'Mouse'
    145                         ).addToSubjectFields(new TemplateSubjectField(
     144                                name: 'Mouse', entity: dbnp.studycapturing.Subject
     145                        ).addToFields(new TemplateField(
    146146                                name: 'Genotype',type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
    147147                                listEntries: ['C57/Bl6j','wild type']))
    148                         .addToSubjectFields(genderField)
    149                         .addToSubjectFields(ageField)
    150                         .addToSubjectFields(new TemplateSubjectField(
     148                        .addToFields(genderField)
     149                        .addToFields(ageField)
     150                        .addToFields(new TemplateField(
    151151                                name: 'Cage',type: TemplateFieldType.INTEGER))
    152                         .addToSubjectFields(new TemplateSubjectField(
     152                        .addToFields(new TemplateField(
    153153                                name: 'Some double', type: TemplateFieldType.DOUBLE))
    154                         .addToSubjectFields(new TemplateSubjectField(
     154                        .addToFields(new TemplateField(
    155155                                name: 'Some ontology', type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM))
    156156                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     
    158158                        // Human template
    159159                        def humanTemplate = new Template(
    160                                 name: 'Human')
    161                         .addToSubjectFields(genderField)
    162                         .addToSubjectFields(ageField)
    163                         .addToSubjectFields(new TemplateSubjectField(
     160                                name: 'Human', entity: dbnp.studycapturing.Subject)
     161                        .addToFields(genderField)
     162                        .addToFields(ageField)
     163                        .addToFields(new TemplateField(
    164164                                name: 'DOB',type: TemplateFieldType.DATE))
    165                         .addToSubjectFields(new TemplateSubjectField(
     165                        .addToFields(new TemplateField(
    166166                                name: 'Height',type: TemplateFieldType.DOUBLE))
    167                         .addToSubjectFields(new TemplateSubjectField(
     167                        .addToFields(new TemplateField(
    168168                                name: 'Weight',type: TemplateFieldType.DOUBLE))
    169                         .addToSubjectFields(new TemplateSubjectField(
     169                        .addToFields(new TemplateField(
    170170                                name: 'BMI',type: TemplateFieldType.DOUBLE))
    171171                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     
    245245                        println 'Adding PPSH study'
    246246
    247             def humanStudy = new Study(
     247                        def humanStudy = new Study(
    248248                                title:"NuGO PPS human study",
    249249                                code:"PPSH",
     
    291291                                        eventDescription: bloodSamplingEvent,
    292292                                        parameterFloatValues: ['Sample volume':4.5F])
    293                                         .addToSamples(new Sample(
    294                                                 name: currentSubject.name + '_B',
    295                                                 material: bloodTerm
    296                                 ))
    297                                 ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     293                                )
     294                                .addToSamples(new Sample(
     295                                        name: currentSubject.name + '_B',
     296                                        material: bloodTerm)
     297                                )
     298                                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    298299                        }
    299300
     
    334335                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    335336
    336                         humanStudy.giveSamples()*.each {
     337                        humanStudy.samples*.each {
    337338                                new dbnp.clinicaldata.ClinicalFloatData(
    338339                                        assay: lipidAssayInstance,
     
    365366                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    366367
    367                         humanStudy.giveSamples()*.each {
     368                        humanStudy.samples*.each {
    368369                                lipidAssayRef.addToSamples(it)
    369370                        }
     
    372373                        humanStudy.addToAssays(lipidAssayRef);
    373374                        humanStudy.save()
     375
    374376                }
    375377        }
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.