Ignore:
Timestamp:
Feb 25, 2010, 3:06:16 PM (9 years ago)
Author:
keesvb
Message:

refactored template entity code into TemplateEntity?, added more template field types, updated BootStrap? with some more details on PPSH, changed code in study overview to get template field contents in a nicer way

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy

    r211 r212  
    55import dbnp.data.Ontology
    66import dbnp.data.Term
     7import java.text.SimpleDateFormat
    78
    89/**
     
    7273                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    7374
    74 
    75                         // added by Jahn for testing the event views
    76                         def treatmentProtocol2 = new Protocol(
    77                                 name: 'MADMAX Experimental Protocol 2',
     75                        def fastingProtocol = new Protocol(
     76                                name: 'Fasting',
    7877                                reference: treatmentTerm
    7978                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     
    9392                        .save()
    9493
    95 
    96                         // added by Jahn for testing the event views
    97                         treatmentProtocol2
    98                         .addToParameters(new ProtocolParameter(
    99                                 name: 'Diet',
    100                                 type: ProtocolParameterType.STRINGLIST,
    101                                 listEntries: ['99% fat (crude oil)','1% fat (palm oil)']))
    102                         .addToParameters(new ProtocolParameter(
    103                                 name: 'BackgroundDiet',
     94                        fastingProtocol
     95                        .addToParameters(new ProtocolParameter(
     96                                name: 'Fasting period',
    10497                                type: ProtocolParameterType.STRING))
    10598                        .save()
     
    143136                                listEntries: ['Male','Female'])
    144137                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     138                        def ageField = new TemplateSubjectField(
     139                                name: 'Age',type: TemplateFieldType.INTEGER)
     140                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    145141
    146142                        // Mouse template
     
    151147                                listEntries: ['C57/Bl6j','wild type']))
    152148                        .addToSubjectFields(genderField)
    153                         .addToSubjectFields(new TemplateSubjectField(
    154                                 name: 'Age',type: TemplateFieldType.INTEGER))
     149                        .addToSubjectFields(ageField)
    155150                        .addToSubjectFields(new TemplateSubjectField(
    156151                                name: 'Cage',type: TemplateFieldType.INTEGER))
    157152                        .addToSubjectFields(new TemplateSubjectField(
    158                                 name: 'Some float', type: TemplateFieldType.FLOAT))
     153                                name: 'Some double', type: TemplateFieldType.DOUBLE))
    159154                        .addToSubjectFields(new TemplateSubjectField(
    160155                                name: 'Some ontology', type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM))
     
    165160                                name: 'Human')
    166161                        .addToSubjectFields(genderField)
     162                        .addToSubjectFields(ageField)
     163                        .addToSubjectFields(new TemplateSubjectField(
     164                                name: 'DOB',type: TemplateFieldType.DATE))
     165                        .addToSubjectFields(new TemplateSubjectField(
     166                                name: 'Height',type: TemplateFieldType.DOUBLE))
     167                        .addToSubjectFields(new TemplateSubjectField(
     168                                name: 'Weight',type: TemplateFieldType.DOUBLE))
     169                        .addToSubjectFields(new TemplateSubjectField(
     170                                name: 'BMI',type: TemplateFieldType.DOUBLE))
    167171                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    168172
     
    191195
    192196
    193                         def eventTreatment2 = new EventDescription(
    194                                 name: 'Diet treatment',
    195                                 description: 'Treatment Protocol NuGO PPSH',
    196                                 protocol: treatmentProtocol2,
     197                        def fastingTreatment = new EventDescription(
     198                                name: 'Fasting treatment',
     199                                description: 'Fasting Protocol NuGO PPSH',
     200                                protocol: fastingProtocol,
    197201                                isSamplingEvent: false
    198202                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     
    244248                                title:"NuGO PPS human study",
    245249                                code:"PPSH",
    246                                 researchQuestion:"etc.",
     250                                researchQuestion:"How much are fasting plasma and urine metabolite levels affected by prolonged fasting ?",
    247251                                description:"Human study",
    248252                                ecCode:"unknown",
    249                                 startDate: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-11'),
     253                                startDate: Date.parse('yyyy-MM-dd','2009-01-01'),
    250254                                template: humanTemplate
    251255                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    252256
    253257                        def y=1
    254                         5.times {
     258                        11.times {
    255259                                def currentSubject = new Subject(
    256                                         name: "A" + y++,
     260                                        name: "" + y++,
    257261                                        species: humanTerm,
    258262                                        template: humanTemplate,
    259                                         templateStringFields: ["Gender" : "Male"],
     263                                        templateStringFields: [
     264                                                "Gender" : (boolean)(x/2) ? "Male" : "Female"
     265                                                ],
     266                                        templateDateFields: [
     267                                                "DOB" : new java.text.SimpleDateFormat("dd-mm-yy").parse("01-02-19"+(10+(int)(Math.random()*80)))
     268                                        ],
     269                                        templateIntegerFields: [
     270                                                "Age" : 30
     271                                        ],
     272                                        templateDoubleFields: [
     273                                                "Height" : Math.random()*2F,
     274                                                "Weight" : Math.random()*150F,
     275                                                "BMI" : 20 + Math.random()*10F
     276                                        ]
    260277                                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    261278
     
    265282                                        startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
    266283                                        endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
    267                                         eventDescription: eventTreatment2,
    268                                         parameterStringValues: ['Diet':'99% fat (crude oil)','BackgroundDiet':'Mediterranean diet'])
     284                                        eventDescription: fastingTreatment,
     285                                        parameterStringValues: ['Fasting period':'8h'])
    269286                                )
    270287                                .addToSamplingEvents(new SamplingEvent(
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.