Changeset 2010


Ignore:
Timestamp:
Sep 8, 2011, 4:13:40 PM (9 years ago)
Author:
robert@…
Message:
  • Changed visualization button to a real button
  • Serverside - Clientside communication is now done with HTTP params instead of JSON
Location:
trunk
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/visualization/VisualizeController.groovy

    r2009 r2010  
    203203        def fields = []
    204204        def source = "GSCF"
    205 
    206                 def domainObjects = [
    207                         "subjects": Subject,
    208                         "events": Event,
    209                         "samples": Sample,
    210                         "samplingEvents": SamplingEvent,
    211                         "assays": Assay,
    212                         "studies": Study ]
    213                
    214                 def templateObjects = [
    215                         "subjects": study?.samples?.parentSubject,
    216                         "events": study?.samples?.parentEventGroup?.events,
    217                         "samples": study?.samples,
    218                         "samplingEvents": study?.samples?.parentEventGroup?.samplingEvents,
    219                         "assays": study?.assays,
    220                         "studies": study ]
    221205               
    222206                if( type == "domainfields" )
    223                         collection = domainObjects[ category ]?.giveDomainFields();
     207                        collection = domainObjectCallback( category )?.giveDomainFields();
    224208                else
    225                         collection = templateObjects[ category ]?.template?.fields
     209                        collection = templateObjectCallback( category, study )?.template?.fields
    226210
    227211        collection?.unique()
    … …  
    326310                def studyIds, rowIds, columnIds, visualizationType;
    327311               
    328                 def inputData = params.get( 'data' );
    329                 try{
    330                         def input_object = JSON.parse(inputData)
    331                        
    332                         studyIds = input_object.get('studies')*.id
    333                         rowIds = input_object.get('rows')*.id
    334                         columnIds = input_object.get('columns')*.id
    335                         visualizationType = "barchart"
    336                 } catch(Exception e) {
    337             /* TODO: Find a way to handle these kinds of exceptions without breaking the user interface.
    338                 Doing things in this way results in the user interface getting a 400.
    339                         returnError(400, "An error occured while retrieving the user input")
    340             infoMessage = "An error occured while retrieving the user input."
    341                         log.error("VisualizationController: parseGetDataParams: "+e)
    342             return sendInfoMessage()
    343             */
    344                 }
     312                studyIds = params.list( 'study' );
     313                rowIds = params.list( 'rows' );
     314                columnIds = params.list( 'columns' );
     315                visualizationType = params.get( 'types')
    345316
    346317                return [ "studyIds" : studyIds, "rowIds": rowIds, "columnIds": columnIds, "visualizationType": visualizationType ];
    … …  
    618589       
    619590        /**
     591        * Returns the domain object that should be used with the given entity string
     592        *
     593        * For example:
     594        *               What object should be consulted if the user asks for "studies"
     595        *               Response: Study
     596        * @return       Domain object that should be used with the given entity string
     597        */
     598   protected def domainObjectCallback( String entity ) {
     599           switch( entity ) {
     600                   case "Study":
     601                   case "studies":
     602                           return Study
     603                   case "Subject":
     604                   case "subjects":
     605                           return Subject
     606                   case "Sample":
     607                   case "samples":
     608                           return Sample
     609                   case "Event":
     610                   case "events":
     611                        return Event
     612                   case "SamplingEvent":
     613                   case "samplingEvents":
     614                           return SamplingEvent
     615                   case "Assay":
     616                   case "assays":
     617                                return Assay
     618           }
     619   }
     620
     621   /**
     622   * Returns the objects within the given study that should be used with the given entity string
     623   *
     624   * For example:
     625   *            What object should be consulted if the user asks for "samples"
     626   *            Response: study.samples
     627   * @return    List of domain objects that should be used with the given entity string
     628   */
     629  protected def templateObjectCallback( String entity, Study study ) {
     630          switch( entity ) {
     631                  case "Study":
     632                  case "studies":
     633                          return study
     634                  case "Subject":
     635                  case "subjects":
     636                          return study?.samples?.parentSubject
     637                  case "Sample":
     638                  case "samples":
     639                          return study?.samples
     640                  case "Event":
     641                  case "events":
     642                           return study?.samples?.parentEventGroup?.events
     643                  case "SamplingEvent":
     644                  case "samplingEvents":
     645                          return study?.samples?.parentEventGroup?.samplingEvents
     646                  case "Assay":
     647                  case "assays":
     648                                  return study?.assays
     649          }
     650  }
     651       
     652        /**
    620653         * Computes the mean value and Standard Error of the mean (SEM) for the given values
    621654         * @param values        List of values to compute the mean and SEM for. Strings and null
    … …  
    799832                // Domainfield or memberclass
    800833                try{
    801                     switch( parsedField.type ) {
    802                         case "Study":
    803                         case "studies":
    804                             return determineCategoryFromClass(Study.class.getDeclaredField(parsedField.name).type)
    805                             break
    806                         case "Subject":
    807                         case "subjects":
    808                             return determineCategoryFromClass(Subject.class.getDeclaredField(parsedField.name).type)
    809                             break
    810                         case "Sample":
    811                         case "samples":
    812                             return determineCategoryFromClass(Sample.class.getDeclaredField(parsedField.name).type)
    813                             break
    814                         case "Event":
    815                         case "events":
    816                             return determineCategoryFromClass(Event.class.getDeclaredField(parsedField.name).type)
    817                             break
    818                         case "SamplingEvent":
    819                         case "samplingEvents":
    820                             return determineCategoryFromClass(SamplingEvent.class.getDeclaredField(parsedField.name).type)
    821                             break
    822                         case "Assay":
    823                         case "assays":
    824                             return determineCategoryFromClass(Assay.class.getDeclaredField(parsedField.name).type)
    825                             break
    826                     }
     834                                        return determineCategoryFromClass(domainObjectCallback( parsedField.type )?.fields[parsedField.name].type)
    827835                } catch(Exception e){
    828836                    log.error("VisualizationController: determineFieldType: "+e)

  • trunk/grails-app/views/visualize/index.gsp

    r2004 r2010  
    6666                <div class="menu_arrow"> </div>
    6767                <div class="menu_item" id="menu_go">
    68                     <div id="button_visualize" onClick="visualize();">Visualize</div>
     68                    <button id="button_visualize" onClick="visualize(); return false;" >Visualize</button>
    6969                    <input type="checkbox" name="autovis" id="autovis" CHECKED/><span style="font-size: small;">auto</span></div>
    7070                <div class="menu_spacer"> </div>

  • trunk/web-app/css/visualization.css

    r2003 r2010  
    146146
    147147#button_visualize {
    148     border-style: outset;
    149     border-width: 2px;
    150     border-color: gray;
    151148    margin: 4px;
    152149    padding: 10px;

  • trunk/web-app/js/visualization.js

    r2008 r2010  
    1717    );
    1818    $("#menu_go").unbind('mouseover').unbind('mouseout');
    19 
    20     $('#button_visualize').mousedown(function() {
    21         $('#button_visualize').css("border-style", 'inset');
    22     });
    23     $('#button_visualize').mouseup(function() {
    24         $('#button_visualize').css("border-style", 'outset');
    25     });
    26 
    2719});
    2820
    … …  
    4840                }
    4941
     42                clearStep(".menu_item");
     43               
    5044                // Add all fields to the lists
    51                 var returnData = data.returnData;
    52                 $.each( returnData, function( idx, field ) {
    53                     $( '#rows, #columns' ).append( $( "<option>" ).val( field.id ).text( field.name ) );
    54                 });
    55 
    56                 clearStep(".menu_item");
    57                 $( "#menu_study" ).find("div.menu_item_info").html("<br />"+$( '#study option:selected' ).text());
    58                 $( "#menu_study" ).addClass("menu_item_done");
    59                 $( "#menu_row, #menu_column" ).addClass("menu_item_fill");
     45                if( data.returnData ) {
     46                        var returnData = data.returnData;
     47                        $.each( returnData, function( idx, field ) {
     48                            $( '#rows, #columns' ).append( $( "<option>" ).val( field.id ).text( field.name ) );
     49                        });
     50                       
     51                        $( "#menu_study" ).find("div.menu_item_info").html("<br />"+$( '#study option:selected' ).text());
     52                        $( "#menu_study" ).addClass("menu_item_done");
     53                        $( "#menu_row, #menu_column" ).addClass("menu_item_fill");
     54                }
    6055            }
    6156        },'menu_study');
    … …  
    280275 */
    281276function gatherData( type ) {
    282         var data = {};
    283 
    284         // different types of request require different data arrays
    285         // However, some data is required for all types. For that reason,
    286         // the fallthrough option in the switch statement is used.
    287         switch( type ) {
    288                 case "getData":
    289                         var typeElement = $( '#type' );
    290                         data[ "type" ] = { "id": typeElement.val() };                                   
    291                 case "getVisualizationTypes":
    292                         var rowsElement = $( '#rows' );
    293                         var columnsElement = $( '#columns' );
    294                         data[ "rows" ] = [
    295                                 { "id": rowsElement.val() }
    296                         ];                                     
    297                         data[ "columns" ] = [
    298                                         { "id": columnsElement.val() }
    299                         ];                                     
    300                 case "getFields":
    301                         var studyElement = $( '#study' );
    302                         data[ "studies" ] = [
    303                                 { "id": studyElement.val() }
    304                         ];                                     
    305                        
    306                 case "getStudies":
    307         }
    308 
    309         return data;
     277        // For simplicity, we send the whole form to the server. In the
     278        // future this might be enhanced, based on the given type
     279        return $( 'form#visualizationForm' ).serialize();
    310280}
    311281
    … …  
    347317        $.ajax($.extend({
    348318                url: visualizationUrls[ action ],
    349                 data: "data=" + JSON.stringify( data ),
     319                data: data,
    350320                dataType: "json",
    351321        }, ajaxParameters ) );
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.