Changeset 1794

Show
Ignore:
Timestamp:
28-04-11 15:33:45 (3 years ago)
Author:
work@…
Message:

- added support for fuzzymatching (resolves #418)
- removed debug lines
- gdt up to 0.0.38

Location:
trunk
Files:
16 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/application.properties

    r1789 r1794  
    11#Grails Metadata file 
    2 #Wed Apr 20 14:22:24 CEST 2011 
     2#Thu Apr 28 15:26:32 CEST 2011 
    33app.build.display.info=0 
    44app.build.svn.revision=1079 
     
    1313plugins.db-util=0.4 
    1414plugins.famfamfam=1.0.1 
    15 plugins.gdt=0.0.37 
     15plugins.gdt=0.0.38 
    1616plugins.gdtimporter=0.3.1 
    1717plugins.grom=0.2.2 
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/authentication/RegisterController.groovy

    r1712 r1794  
    5858                def registrationCode = new RegistrationCode(username: user.username, expiryDate: new Date() + 1 ) 
    5959                if( !registrationCode.save() ) { 
    60                         println registrationCode.errors 
     60                        //println registrationCode.errors 
    6161                        flash.userError = "Your password could not be reset because of database errors. Please contact the system administrator." 
    6262                        return 
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/exporter/ExporterController.groovy

    r1729 r1794  
    131131        def attributes_list = ["SubjectID","DataFile","HybName","SampleName","ArrayType","Label","StudyTitle","Array_ID", 
    132132        "Species"] 
    133         println studyInstance.samples.size() 
    134         println "StudyInstance :" + studyInstance 
     133        //println studyInstance.samples.size() 
     134        //println "StudyInstance :" + studyInstance 
    135135                 
    136136        // The first row contains the attributes names 
     
    164164            } 
    165165            catch (Exception e){ 
    166                 println "Error adding properties" 
     166                //println "Error adding properties" 
    167167            } 
    168168        } 
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/importer/ImporterController.groovy

    r1676 r1794  
    475475                        else { 
    476476                                mc.errors.allErrors.each { 
    477                                         println it 
     477                                        //println it 
    478478                                } 
    479479                        } 
     
    490490                        else { 
    491491                                im.errors.allErrors.each { 
    492                                         println it 
     492                                        //println it 
    493493                                } 
    494494                        } 
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/PersonAffiliationController.groovy

    r1430 r1794  
    5252     */ 
    5353    def afterInterceptor = { model, modelAndView -> 
    54       println( params ); 
    55  
    5654      if ( params['dialog'] ) { 
    5755        model.layout = 'dialog'; 
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/PersonController.groovy

    r1430 r1794  
    5353     */ 
    5454    def afterInterceptor = { model, modelAndView -> 
    55       println( params ); 
    56        
    5755      if ( params['dialog'] ) { 
    5856        model.layout = 'dialog'; 
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/PersonRoleController.groovy

    r1430 r1794  
    5252     */ 
    5353    def afterInterceptor = { model, modelAndView -> 
    54       println( params ); 
    55  
    5654      if ( params['dialog'] ) { 
    5755        model.layout = 'dialog'; 
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/PublicationController.groovy

    r1681 r1794  
    4545        // validate term 
    4646        if (publication.validate()) { 
    47             println "Publication validated correctly" 
    4847            publication.save() 
    4948            message = "Publication added to the system" 
    5049        } else { 
    51             println "Publication validation failed" 
    52             println "errors:" 
    53             publication.errors.getAllErrors().each() { 
    54                 println it 
    55             } 
    5650            errors = publications.errors.getAllErrors().join( ', ' ); 
    5751            message = "Publication addition failed" 
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/SimpleWizardController.groovy

    r1686 r1794  
    183183                                } 
    184184                                 
    185                                 println flow.sampleForm.template 
     185                                //println flow.sampleForm.template 
    186186                        }.to "columns" 
    187187                        on("refresh") { 
     
    293293                                        if( flow.study.assays ) { 
    294294                                                flow.assay = flow.study.assays[ 0 ] 
    295                                                 println "Existing assay: " + flow.assay 
     295                                                //println "Existing assay: " + flow.assay 
    296296                                        } else { 
    297297                                                flow.assay = new Assay( parent: flow.study ); 
     
    776776 
    777777                // Import the workbook and store the table with entity records and store the failed cells 
    778                 println "Importing samples for study " + study + " (" + study.id + ")"; 
     778                //println "Importing samples for study " + study + " (" + study.id + ")"; 
    779779                 
    780780                def importedfile = fileService.get( flow.excel.filename ) 
     
    846846                                                                entity.parentEventGroup.name = "Group " + entity.name 
    847847                                                                while( !entity.parentEventGroup.validate() ) { 
    848                                                                         entity.parentEventGroup.getErrors().each { println it } 
     848                                                                        //entity.parentEventGroup.getErrors().each { println it } 
    849849                                                                        entity.parentEventGroup.name += "" + Math.floor( Math.random() * 100 ) 
    850850                                                                } 
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/StudyController.groovy

    r1790 r1794  
    6161                ids.each { long_ids.add( Long.parseLong( it ) ) } 
    6262 
    63                 println( long_ids ) 
     63                //println( long_ids ) 
    6464 
    6565        def startTime = System.currentTimeMillis() 
  • trunk/grails-app/controllers/StudyXMLController.groovy

    r1700 r1794  
    101101                        study.save() 
    102102                } catch (Exception e) { 
    103                         println e 
     103                        //println e 
    104104                } 
    105105 
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/Sample.groovy

    r1792 r1794  
    156156                        this.sampleUUID = UUID.randomUUID().toString(); 
    157157                        if( !this.save(flush:true) ) { 
    158                                 println "Couldn't save sample UUID: " + this.getErrors(); 
     158                                //println "Couldn't save sample UUID: " + this.getErrors(); 
    159159                        } 
    160160                } 
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/Study.groovy

    r1787 r1794  
    6060                // tested by SampleTests.testStudyPublish 
    6161        } 
     62 
     63        // see org.dbnp.gdt.FuzzyStringMatchController and Service 
     64        static fuzzyStringMatchable = [ 
     65            "title", 
     66                "code" 
     67        ] 
    6268 
    6369        static mapping = { 
  • trunk/grails-app/views/simpleWizard/_javascripts.gsp

    r1581 r1794  
    2222<script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'jquery.ui.autocomplete.html.js', plugin: 'gdt')}"></script> 
    2323 
     24<% /* fuzzy matching */ %> 
     25<script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'fuzzyStringMatch.js', plugin: 'gdt')}"></script> 
     26 
    2427<% /* Specific simplewizard stuff */ %> 
    2528<script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'simpleWizard.js' )}"></script> 
  • trunk/grails-app/views/studyWizard/index.gsp

    r1467 r1794  
    1818        <link rel="stylesheet" href="${resource(dir: 'css', file: 'studywizard.css')}"/> 
    1919        <link rel="stylesheet" href="${resource(dir: 'css', file: 'templates.css')}"/> 
    20  
    2120        <script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'studywizard.js')}"></script> 
    2221        <script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'tooltips.js', plugin: 'gdt')}"></script> 
    23  
    2422        <link rel="stylesheet" href="${resource(dir: 'css', file: 'table-editor.css', plugin: 'gdt')}"/> 
    2523        <script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'table-editor.js', plugin: 'gdt')}"></script> 
    26  
    27  
    28  
     24        <script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'fuzzyStringMatch.js', plugin: 'gdt')}"></script> 
    2925        <script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'jquery.qtip-1.0.0-rc3.js', plugin: 'gdt')}"></script> 
    3026        <script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'ontology-chooser.js', plugin: 'gdt')}"></script> 
  • trunk/web-app/js/studywizard.js

    r1748 r1794  
    8484                } 
    8585        }); 
     86 
     87        // handle fuzzy matching 
     88        new FuzzyStringMatcher().init({}); 
    8689 
    8790        // initialize accordeon(s)