Changeset 1794


Ignore:
Timestamp:
Apr 28, 2011, 3:33:45 PM (6 years ago)
Author:
work@…
Message:
  • added support for fuzzymatching (resolves #418)
  • removed debug lines
  • gdt up to 0.0.38
Location:
trunk
Files:
16 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/application.properties

    r1789 r1794  
    11#Grails Metadata file
    2 #Wed Apr 20 14:22:24 CEST 2011
     2#Thu Apr 28 15:26:32 CEST 2011
    33app.build.display.info=0
    44app.build.svn.revision=1079
     
    1313plugins.db-util=0.4
    1414plugins.famfamfam=1.0.1
    15 plugins.gdt=0.0.37
     15plugins.gdt=0.0.38
    1616plugins.gdtimporter=0.3.1
    1717plugins.grom=0.2.2
  • trunk/grails-app/controllers/StudyXMLController.groovy

    r1700 r1794  
    101101                        study.save()
    102102                } catch (Exception e) {
    103                         println e
     103                        //println e
    104104                }
    105105
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/authentication/RegisterController.groovy

    r1712 r1794  
    5858                def registrationCode = new RegistrationCode(username: user.username, expiryDate: new Date() + 1 )
    5959                if( !registrationCode.save() ) {
    60                         println registrationCode.errors
     60                        //println registrationCode.errors
    6161                        flash.userError = "Your password could not be reset because of database errors. Please contact the system administrator."
    6262                        return
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/exporter/ExporterController.groovy

    r1729 r1794  
    131131        def attributes_list = ["SubjectID","DataFile","HybName","SampleName","ArrayType","Label","StudyTitle","Array_ID",
    132132        "Species"]
    133         println studyInstance.samples.size()
    134         println "StudyInstance :" + studyInstance
     133        //println studyInstance.samples.size()
     134        //println "StudyInstance :" + studyInstance
    135135               
    136136        // The first row contains the attributes names
     
    164164            }
    165165            catch (Exception e){
    166                 println "Error adding properties"
     166                //println "Error adding properties"
    167167            }
    168168        }
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/importer/ImporterController.groovy

    r1676 r1794  
    475475                        else {
    476476                                mc.errors.allErrors.each {
    477                                         println it
     477                                        //println it
    478478                                }
    479479                        }
     
    490490                        else {
    491491                                im.errors.allErrors.each {
    492                                         println it
     492                                        //println it
    493493                                }
    494494                        }
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/PersonAffiliationController.groovy

    r1430 r1794  
    5252     */
    5353    def afterInterceptor = { model, modelAndView ->
    54       println( params );
    55 
    5654      if ( params['dialog'] ) {
    5755        model.layout = 'dialog';
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/PersonController.groovy

    r1430 r1794  
    5353     */
    5454    def afterInterceptor = { model, modelAndView ->
    55       println( params );
    56      
    5755      if ( params['dialog'] ) {
    5856        model.layout = 'dialog';
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/PersonRoleController.groovy

    r1430 r1794  
    5252     */
    5353    def afterInterceptor = { model, modelAndView ->
    54       println( params );
    55 
    5654      if ( params['dialog'] ) {
    5755        model.layout = 'dialog';
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/PublicationController.groovy

    r1681 r1794  
    4545        // validate term
    4646        if (publication.validate()) {
    47             println "Publication validated correctly"
    4847            publication.save()
    4948            message = "Publication added to the system"
    5049        } else {
    51             println "Publication validation failed"
    52             println "errors:"
    53             publication.errors.getAllErrors().each() {
    54                 println it
    55             }
    5650            errors = publications.errors.getAllErrors().join( ', ' );
    5751            message = "Publication addition failed"
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/SimpleWizardController.groovy

    r1686 r1794  
    183183                                }
    184184                               
    185                                 println flow.sampleForm.template
     185                                //println flow.sampleForm.template
    186186                        }.to "columns"
    187187                        on("refresh") {
     
    293293                                        if( flow.study.assays ) {
    294294                                                flow.assay = flow.study.assays[ 0 ]
    295                                                 println "Existing assay: " + flow.assay
     295                                                //println "Existing assay: " + flow.assay
    296296                                        } else {
    297297                                                flow.assay = new Assay( parent: flow.study );
     
    776776
    777777                // Import the workbook and store the table with entity records and store the failed cells
    778                 println "Importing samples for study " + study + " (" + study.id + ")";
     778                //println "Importing samples for study " + study + " (" + study.id + ")";
    779779               
    780780                def importedfile = fileService.get( flow.excel.filename )
     
    846846                                                                entity.parentEventGroup.name = "Group " + entity.name
    847847                                                                while( !entity.parentEventGroup.validate() ) {
    848                                                                         entity.parentEventGroup.getErrors().each { println it }
     848                                                                        //entity.parentEventGroup.getErrors().each { println it }
    849849                                                                        entity.parentEventGroup.name += "" + Math.floor( Math.random() * 100 )
    850850                                                                }
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/StudyController.groovy

    r1790 r1794  
    6161                ids.each { long_ids.add( Long.parseLong( it ) ) }
    6262
    63                 println( long_ids )
     63                //println( long_ids )
    6464
    6565        def startTime = System.currentTimeMillis()
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/Sample.groovy

    r1792 r1794  
    156156                        this.sampleUUID = UUID.randomUUID().toString();
    157157                        if( !this.save(flush:true) ) {
    158                                 println "Couldn't save sample UUID: " + this.getErrors();
     158                                //println "Couldn't save sample UUID: " + this.getErrors();
    159159                        }
    160160                }
  • trunk/grails-app/domain/dbnp/studycapturing/Study.groovy

    r1787 r1794  
    6060                // tested by SampleTests.testStudyPublish
    6161        }
     62
     63        // see org.dbnp.gdt.FuzzyStringMatchController and Service
     64        static fuzzyStringMatchable = [
     65            "title",
     66                "code"
     67        ]
    6268
    6369        static mapping = {
  • trunk/grails-app/views/simpleWizard/_javascripts.gsp

    r1581 r1794  
    2222<script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'jquery.ui.autocomplete.html.js', plugin: 'gdt')}"></script>
    2323
     24<% /* fuzzy matching */ %>
     25<script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'fuzzyStringMatch.js', plugin: 'gdt')}"></script>
     26
    2427<% /* Specific simplewizard stuff */ %>
    2528<script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'simpleWizard.js' )}"></script>
  • trunk/grails-app/views/studyWizard/index.gsp

    r1467 r1794  
    1818        <link rel="stylesheet" href="${resource(dir: 'css', file: 'studywizard.css')}"/>
    1919        <link rel="stylesheet" href="${resource(dir: 'css', file: 'templates.css')}"/>
    20 
    2120        <script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'studywizard.js')}"></script>
    2221        <script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'tooltips.js', plugin: 'gdt')}"></script>
    23 
    2422        <link rel="stylesheet" href="${resource(dir: 'css', file: 'table-editor.css', plugin: 'gdt')}"/>
    2523        <script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'table-editor.js', plugin: 'gdt')}"></script>
    26 
    27 
    28 
     24        <script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'fuzzyStringMatch.js', plugin: 'gdt')}"></script>
    2925        <script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'jquery.qtip-1.0.0-rc3.js', plugin: 'gdt')}"></script>
    3026        <script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'ontology-chooser.js', plugin: 'gdt')}"></script>
  • trunk/web-app/js/studywizard.js

    r1748 r1794  
    8484                }
    8585        });
     86
     87        // handle fuzzy matching
     88        new FuzzyStringMatcher().init({});
    8689
    8790        // initialize accordeon(s)
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.