Changeset 1689

Show
Ignore:
Timestamp:
04-04-11 11:54:25 (3 years ago)
Author:
robert@…
Message:

Removed assayModule platform field (#387)

Location:
trunk/grails-app
Files:
7 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/DatabaseUpgrade.groovy

    r1657 r1689  
    3737                alterStudyAndAssay(sql, db)                                     // r1594 
    3838                fixDateCreatedAndLastUpdated(sql, db) 
     39                dropAssayModulePlatform(sql, db)                        // r1689 
    3940        } 
    4041 
     
    283284                } 
    284285        } 
     286         
     287         
     288        /** 
     289         * drops the field platform from assay modules 
     290         * @param sql 
     291         * @param db 
     292         */ 
     293        public static void dropAssayModulePlatform(sql, db) { 
     294                // are we running postgreSQL? 
     295                if (db == "org.postgresql.Driver") { 
     296                        // do we need to perform this update? 
     297                        if (sql.firstRow("SELECT * FROM information_schema.columns WHERE columns.table_name='assay_module' AND columns.column_name='platform'")) { 
     298                                if (String.metaClass.getMetaMethod("grom")) "performing database upgrade: removing assayModule platform".grom() 
     299 
     300                                try { 
     301                                        sql.execute("ALTER TABLE assay_module DROP COLUMN platform") 
     302                                } catch (Exception e) { 
     303                                        println "dropAssayModulePlatform database upgrade failed: " + e.getMessage() 
     304                                } 
     305                        } 
     306                } 
     307        } 
    285308} 
  • trunk/grails-app/conf/dbnp/configuration/ExampleStudies.groovy

    r1635 r1689  
    4343                def clinicalModule = new AssayModule( 
    4444                        name: 'SAM module for clinical data', 
    45                         platform: 'clinical measurements', 
    4645                        url: config.modules.sam.url.toString() 
    4746                ).save(failOnError:true) 
     
    5049                def metabolomicsModule = new AssayModule( 
    5150                        name: 'Metabolomics module', 
    52                         platform: 'GCMS/LCMS', 
    5351                        url: config.modules.metabolomics.url.toString() 
    5452                ).save(failOnError:true) 
     
    5755                def metagenomicsModule = new AssayModule( 
    5856                        name: 'Metagenomics module', 
    59                         platform: 'High throughput sequencing', 
    6057                        url: config.modules.metagenomics.url.toString() 
    6158                ).save(failOnError:true) 
     
    400397                def clinicalModule = new AssayModule( 
    401398                        name: 'SAM module for clinical data', 
    402                         platform: 'clinical measurements', 
    403399                        url: config.modules.sam.url.toString() 
    404400                ).save(failOnError:true) 
     
    407403                def metabolomicsModule = new AssayModule( 
    408404                        name: 'Metabolomics module', 
    409                         platform: 'GCMS/LCMS', 
    410405                        url: config.modules.metabolomics.url.toString() 
    411406                ).save(failOnError:true) 
     
    414409                def metagenomicsModule = new AssayModule( 
    415410                        name: 'Metagenomics module', 
    416                         platform: 'High throughput sequencing', 
    417411                        url: config.modules.metagenomics.url.toString() 
    418412                ).save(failOnError:true) 
  • trunk/grails-app/views/advancedQuery/studyresults.gsp

    r1548 r1689  
    7878                                        </g:if> 
    7979                                        <g:else> 
    80                                                 ${studyInstance.assays.module.platform.unique().join(', ')} 
     80                                                ${studyInstance.assays.module.name.unique().join(', ')} 
    8181                                        </g:else> 
    8282                                </td> 
  • trunk/grails-app/views/exporter/index.gsp

    r1617 r1689  
    7171                    </g:if> 
    7272                    <g:else> 
    73                       ${studyInstance.assays.module.platform.unique().join( ', ' )} 
     73                      ${studyInstance.assays.module.name.unique().join( ', ' )} 
    7474                    </g:else> 
    7575                  </td> 
  • trunk/grails-app/views/pilot/list.gsp

    r1430 r1689  
    4444                    </g:if> 
    4545                    <g:else> 
    46                       ${studyInstance.assays.module.platform.unique().join( ', ' )} 
     46                      ${studyInstance.assays.module.name.unique().join( ', ' )} 
    4747                    </g:else> 
    4848                  </td> 
  • trunk/grails-app/views/study/list.gsp

    r1621 r1689  
    7575                                                        </g:if> 
    7676                                                        <g:else> 
    77                                                                 ${studyInstance.assays.module.platform.unique().join(', ')} 
     77                                                                ${studyInstance.assays.module.name.unique().join(', ')} 
    7878                                                        </g:else> 
    7979                                                </td> 
  • trunk/grails-app/views/study/show_assays.gsp

    r1594 r1689  
    1111                <th width="100">Assay Name</th> 
    1212                <th width="100">Module</th> 
    13                 <th width="150">Platform</th> 
    1413                <th>Link</th> 
    1514                <th>Samples</th> 
     
    2827                  <td>${assay?.name}</td> 
    2928                  <td>${assay?.module?.name}</td> 
    30                   <td>${assay?.module?.platform}</td> 
    3129                  <td> 
    3230                        <g:if test="${assay?.module.openInFrame == null || assay?.module.openInFrame == Boolean.TRUE}"> 
    3331                  <jumpbar:link frameSource="${assay?.module.url}/assay/showByToken/${assay?.giveUUID()}" pageTitle="${assay?.module.name}"> 
    34                                 view 
     32                                details 
    3533                          </jumpbar:link> 
    3634                         </g:if> 
    3735                         <g:else> 
    38                                 <g:link url="${assay?.module.url}/assay/showByToken/${assay?.giveUUID()}">view</g:link> 
     36                                <g:link url="${assay?.module.url}/assay/showByToken/${assay?.giveUUID()}">details</g:link> 
    3937                         </g:else> 
    4038                </td>