Changeset 1635


Ignore:
Timestamp:
Mar 15, 2011, 2:06:25 PM (6 years ago)
Author:
work@…
Message:
  • added checks to Grom calls if Grom is available so we can uninstall the plugin on packaging time... resolves issue #359
Location:
trunk/grails-app/conf
Files:
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy

    r1590 r1635  
    2929
    3030        def init = { servletContext ->
    31                 // grom what's happening
    32                 "bootstrapping application".grom()
     31                // Grom a development message
     32                if (String.metaClass.getMetaMethod("grom")) "bootstrapping application".grom()
    3333
    3434                // get configuration
     
    6161                // from other modules. Part of gscf ticket #185
    6262                if (config.modules) {
    63                         // register SAM REST methods
    64                         "Registering SAM REST methods".grom()
     63                        // Grom a development message
     64                        if (String.metaClass.getMetaMethod("grom")) "Registering SAM REST methods".grom()
    6565                        CommunicationManager.registerModule('gscf', config.grails.serverURL, config.modules)
    6666                        CommunicationManager.registerRestWrapperMethodsFromSAM()
     
    102102
    103103        def destroy = {
    104                 "stopping application...".grom()
     104                // Grom a development message
     105                if (String.metaClass.getMetaMethod("grom")) "stopping application...".grom()
    105106        }
    106107}
  • trunk/grails-app/conf/BuildConfig.groovy

    r1590 r1635  
    2424        grailsPlugins()
    2525        grailsHome()
    26 //        mavenRepo "http://nmcdsp.org:8080/nexus-webapp-1.7.2/content/repositories/releases/"
    27         mavenRepo "http://nexus.nmcdsp.org/content/repositories/releases"
    2826        grailsCentral()
    2927
     
    3129        // from public Maven repositories
    3230        //mavenLocal()
    33         //mavenCentral()
     31                mavenCentral()
     32                mavenRepo 'http://repository.jboss.org/maven2/'
     33                mavenRepo "http://nexus.nmcdsp.org/content/repositories/releases"
    3434        //mavenRepo "http://snapshots.repository.codehaus.org"
    3535        //mavenRepo "http://repository.codehaus.org"
     
    3939    dependencies {
    4040        // specify dependencies here under either 'build', 'compile', 'runtime', 'test' or 'provided' scopes eg.
    41 
    4241        // runtime 'mysql:mysql-connector-java:5.1.5'
     42                build 'org.codehaus.gpars:gpars:0.11'
    4343    }
    4444}
  • trunk/grails-app/conf/DatabaseUpgrade.groovy

    r1602 r1635  
    4747                if (sql.firstRow("SELECT count(*) as total FROM template_field WHERE templatefieldentity='dbnp.studycapturing.Study' AND templatefieldname='Description'").total > 0) {
    4848                        // grom that we are performing the upgrade
    49                         "performing database upgrade: study description".grom()
     49                        if (String.metaClass.getMetaMethod("grom")) "performing database upgrade: study description".grom()
    5050
    5151                        // database upgrade required
     
    9696                        if (sql.firstRow("SELECT count(*) as total FROM information_schema.columns WHERE columns.table_schema::text = 'public'::text AND columns.table_name='study' AND column_name='description' AND data_type != 'text'").total > 0) {
    9797                                // grom that we are performing the upgrade
    98                                 "performing database upgrade: study description to text".grom()
     98                                if (String.metaClass.getMetaMethod("grom")) "performing database upgrade: study description to text".grom()
    9999
    100100                                // database upgrade required
     
    121121                        sql.eachRow("SELECT columns.table_name as tablename FROM information_schema.columns WHERE columns.table_schema::text = 'public'::text AND column_name='template_text_fields_elt' AND data_type != 'text';")
    122122                                { row ->
    123                                         "performing database upgrade: ${row.tablename} template_text_fields_string/elt to text".grom()
     123                                        if (String.metaClass.getMetaMethod("grom")) "performing database upgrade: ${row.tablename} template_text_fields_string/elt to text".grom()
    124124                                        try {
    125125                                                // change the datatype of text fields to text
     
    147147                        (sql.firstRow("SELECT * FROM assay_module WHERE notify IS NULL") || sql.firstRow("SELECT * FROM assay_module WHERE open_in_frame IS NULL"))
    148148                ) {
    149                         "performing database upgrade: assay_module default values for boolean fields".grom()
     149                        if (String.metaClass.getMetaMethod("grom")) "performing database upgrade: assay_module default values for boolean fields".grom()
    150150
    151151                        try {
     
    175175                if (db == "org.postgresql.Driver") {
    176176                        if (sql.firstRow("SELECT * FROM pg_constraint WHERE contype='mapping_column_name_key'")) {
    177                                 "performing database upgrade: mapping column name constraint".grom()
     177                                if (String.metaClass.getMetaMethod("grom")) "performing database upgrade: mapping column name constraint".grom()
    178178                                try {
    179179                                        // Check if constraint still exists
     
    196196                        // do we need to perform this update?
    197197                        if (sql.firstRow("SELECT * FROM information_schema.columns WHERE columns.table_name='mapping_column' AND columns.column_name='value' AND is_nullable='NO'")) {
    198                                 "performing database upgrade: making mapping_column::value nullable".grom()
     198                                if (String.metaClass.getMetaMethod("grom")) "performing database upgrade: making mapping_column::value nullable".grom()
    199199
    200200                                try {
     
    220220                        // see if table assay contains a column external_assayid
    221221                        if (sql.firstRow("SELECT * FROM information_schema.columns WHERE columns.table_name='assay' AND columns.column_name='external_assayid'")) {
    222                                 "performing database upgrade: dropping column 'external_assayid' from table 'assay'".grom()
     222                                if (String.metaClass.getMetaMethod("grom")) "performing database upgrade: dropping column 'external_assayid' from table 'assay'".grom()
    223223
    224224                                try {
     
    233233                        // see if table study contains a column code which is not nullable
    234234                        if (sql.firstRow("SELECT * FROM information_schema.columns WHERE columns.table_name='study' AND columns.column_name='code' AND is_nullable='NO'")) {
    235                                 "performing database upgrade: dropping column 'code' from table 'study'".grom()
     235                                if (String.metaClass.getMetaMethod("grom")) "performing database upgrade: dropping column 'code' from table 'study'".grom()
    236236
    237237                                try {
     
    245245                        // Load all studies and save them again. This prevents errors on saving later
    246246                        if (updated) {
    247                                 "re-saving studies...".grom()
     247                                if (String.metaClass.getMetaMethod("grom")) "re-saving studies...".grom()
    248248
    249249                                Study.list().each { study ->
    250                                         "re-saving study: ${study}".grom()
     250                                        if (String.metaClass.getMetaMethod("grom")) "re-saving study: ${study}".grom()
    251251                                        study.save()
    252252                                }
  • trunk/grails-app/conf/dbnp/configuration/BootStrapAuthentication.groovy

    r1588 r1635  
    1919         */
    2020        public static void initDefaultAuthentication(springSecurityService) {
    21                 "setting up default authentication".grom()
     21                // Grom a development message
     22                if (String.metaClass.getMetaMethod("grom")) "setting up default authentication".grom()
    2223
    2324                // user work variable
     
    5354        }
    5455}
    55 
    56 //package dbnp.configuration
    57 //import dbnp.authentication.*
    58 //import org.codehaus.groovy.grails.commons.ConfigurationHolder
    59 //
    60 ///**
    61 // * @Author Jeroen Wesbeek <work@osx.eu>
    62 // * @Since 20101111
    63 // *
    64 // * Revision information:
    65 // * $Rev$
    66 // * $Author$
    67 // * $Date$
    68 // */
    69 //class BootStrapAuthentication {
    70 //      /**
    71 //       * set up the initial roles and users if required
    72 //       * @visibility  public
    73 //       * @void
    74 //       */
    75 //      public static void initDefaultAuthentication(springSecurityService) {
    76 //              "setting up default authentication".grom()
    77 //
    78 //              // user work variable
    79 //              def user=null
    80 //
    81 //              // get configuration
    82 //              def config = ConfigurationHolder.config
    83 //
    84 //              // create the admin role
    85 //              def adminRole = SecRole.findByAuthority('ROLE_ADMIN') ?: new SecRole(authority: 'ROLE_ADMIN').save()
    86 //
    87 //              // iterate through default users, see
    88 //              //      - grails-app/conf/config-environment.properties
    89 //              //      - ~/.grails-config/environment-gscf.properties
    90 //              config.authentication.users.each { key, values ->
    91 //                      // make sure we do not add duplicate users
    92 //                      if (!SecUser.findAllByUsername(values.username)) {
    93 //                              // create user instance
    94 //                              user = new SecUser(
    95 //                                      username:values.username,
    96 //                                      password:springSecurityService.encodePassword( values.password , values.username ),
    97 //                                      email:values.email,
    98 //                                      userConfirmed: true,
    99 //                                      adminConfirmed: true
    100 //                              ).save(failOnError: true)
    101 //
    102 //                              // is this user an administrator?
    103 //                              if (values.administrator == 'true') {
    104 //                                      SecUserSecRole.create(user, adminRole, true)
    105 //                              }
    106 //                      }
    107 //              }
    108 //      }
    109 //}
  • trunk/grails-app/conf/dbnp/configuration/ExampleStudies.groovy

    r1594 r1635  
    6666         */
    6767        public static void addExampleStudies(dbnp.authentication.SecUser owner, dbnp.authentication.SecUser otherUser) {
    68                 "inserting initial studies".grom()
     68                // Grom a development message
     69                if (String.metaClass.getMetaMethod("grom")) "inserting initial studies".grom()
    6970
    7071                // get configuration
  • trunk/grails-app/conf/dbnp/configuration/ExampleTemplates.groovy

    r1604 r1635  
    2323         */
    2424        public static void initTemplateOntologies() {
    25                 "inserting initial ontologies".grom()
     25                // Grom a development message
     26                if (String.metaClass.getMetaMethod("grom")) "inserting initial ontologies".grom()
    2627
    2728                // If running in development or test mode, add ontologies manually to speed up development and allow running offline
     
    8485         */
    8586        public static void initTemplates() {
    86                 "inserting initial templates".grom()
     87                // Grom a development message
     88                if (String.metaClass.getMetaMethod("grom")) "inserting initial templates".grom()
    8789
    8890                def genderField = new TemplateField(
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.